单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4421	2025-03-08	CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions 2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.26.538498 PMID:37163077	研究论文	本文介绍了一种名为iAssembloids的3D共培养系统，用于研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在健康和疾病中的功能	开发了iAssembloids系统，结合CRISPRi筛选技术，首次在3D环境中揭示了GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激反应的机制，并研究了APOE-4在阿尔茨海默病中的作用	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的普适性	研究神经元与胶质细胞之间的相互作用及其在脑健康和疾病中的分子机制	神经元与胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPRi筛选、单细胞转录组学、免疫组织化学	iAssembloids（诱导多谱系组装体）	单细胞转录组数据、免疫组织化学数据	NA
4422	2025-03-08	Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612119 PMID:39314416	研究论文	本文通过多组学分析（单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术）研究了300多名健康成年人的外周免疫系统，揭示了年龄相关的免疫细胞动态变化	利用多组学技术对健康成年人进行长期免疫分析，创建了包含超过1600万个PBMC的单细胞RNA测序数据集，并开发了新的免疫健康图谱	研究主要关注健康成年人，未涉及特定疾病状态下的免疫变化	研究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，以开发针对年龄相关感染和疾病的干预措施	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪	免疫学	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据	300多名健康成年人，包括96名年轻和年长成年人，进行了为期两年的年度疫苗接种跟踪
4423	2025-03-08	Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts 2024-Jul-18, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313 PMID:38807368	研究论文	本研究探讨了与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其单细胞表达谱，特别关注了未在OMIM数据库中列出的基因中的新生变异（DNVs）	通过结合路径分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了新生变异基因在OFC发展中的潜在作用，特别是在外胚层和内皮细胞中的表达模式	由于CPO相关的新生变异基因数量有限，未能在此类基因集中获得显著发现	探索与口面裂（OFCs）相关的新基因功能及其在细胞水平上的表达特征	853个基因中的960个新生变异（DNVs），以及从OMIM数据库中筛选的178个CL/P和277个CPO相关基因	基因组学	口面裂	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	960个新生变异（DNVs）来自853个基因
4424	2025-03-08	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-04, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	本文研究了急性髓性白血病（AML）微环境中炎症对健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的影响	揭示了HSPCs在白血病微环境中作为炎症传播的未被识别的组成部分，并发现AML来源的纳米级细胞外囊泡（EV）足以触发HSPCs的炎症反应	研究主要基于两种同源AML模型，可能无法完全代表所有AML亚型的炎症反应	探讨AML微环境中炎症对HSPCs功能的影响及其在疾病进展中的作用	健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	两种同源AML模型
4425	2025-03-08	Tetrahedral DNA loaded siCCR2 restrains M1 macrophage polarization to ameliorate pulmonary fibrosis in chemoradiation-induced murine model 2024-Mar-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.01.022 PMID:38273656	研究论文	本文通过整合博来霉素气管内给药和胸部照射，构建了一种模拟特发性肺纤维化（IPF）临床特征的鼠模型，揭示了CCL2/CCR2轴在驱动M1巨噬细胞极化中的决定性作用，并开发了一种新型的FNA-siCCR2治疗策略	构建了一种新的IPF鼠模型，揭示了M1巨噬细胞在IPF中的关键作用，并开发了FNA-siCCR2作为潜在的治疗策略	研究主要基于鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究特发性肺纤维化（IPF）的发病机制及潜在治疗方法	鼠模型和IPF患者	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	鼠模型	基因表达数据	鼠模型和IPF患者的scRNA-seq数据
4426	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
4427	2025-03-08	Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease 2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.3233/JAD-230861 PMID:38217599	综述	本文综述了单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病研究中的应用	单细胞测序技术能够在个体细胞水平上研究复杂疾病，克服了传统批量测序无法反映细胞异质性的问题	NA	探讨单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用	阿尔茨海默病	数字病理学	老年病	单细胞测序技术，包括转录组学、表观基因组学、基因组学和蛋白质组学	NA	NA	NA
4428	2025-03-08	Polygenic enrichment distinguishes disease associations of individual cells in single-cell RNA-seq data 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01167-z PMID:36050550	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞疾病相关性评分（scDRS）的方法，通过将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多基因疾病风险在单细胞分辨率上联系起来，独立于注释的细胞类型	scDRS方法能够在单细胞水平上识别与疾病相关的基因表达过量的细胞，且不依赖于现有的细胞类型标签，揭示了疾病相关细胞的亚群	NA	通过单细胞RNA测序数据，研究多基因疾病风险与单个细胞的关联	74种疾病/特征和31个组织/器官中的130万个单细胞基因表达谱	单细胞RNA测序	炎症性肠病、精神分裂症、甘油三酯水平相关疾病	scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	130万个单细胞基因表达谱
4429	2025-03-08	Transcriptional programming of immunoregulatory responses in human Langerhans cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.892254 PMID:36203560	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析研究了人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	揭示了稳态LCs存在于一个成熟状态的连续体中，并在迁移过程中上调抗原呈递基因和免疫调节模块，同时发现迁移诱导的转录因子IRF4、KLF6和RelB在免疫调节基因调控网络中的关键作用	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探讨人类表皮朗格汉斯细胞在稳态期间的转录编程及其迁移后的功能变化	人类表皮朗格汉斯细胞（LCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCENIC, Partial Information Decomposition in Context	RNA测序数据	NA
4430	2025-03-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Mar-06, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法揭示了甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别出ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	首次使用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在肿瘤侵袭和血管生成中的核心作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4431	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
4432	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4433	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
4434	2025-03-06	CD36 Promotes Iron Accumulation and Dysfunction in CD8+ T Cells via the p38-CEBPB-TfR1 Axis in Early-stage Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-04, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的机制	发现了CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1的表达，导致CD8+ T细胞功能障碍的新机制，并提出了通过激活NRF2来恢复T细胞功能的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能障碍的机制	早期肝细胞癌中的CD8+ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠HCC模型	RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类早期肝细胞癌样本
4435	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
4436	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
4437	2025-03-06	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学在患者来源的异种移植模型中捕捉了治疗期间的克隆谱系演化，揭示了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学和深度学习技术，结合转录组学和组织学数据，识别了表型不同的细胞群体，并揭示了治疗期间状态变化和谱系选择的时空分辨率	研究主要依赖于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	理解BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态，以识别防止治疗失败的策略	BRAF突变黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 深度学习	深度学习模型	转录组数据, 组织学图像	患者来源的异种移植模型
4438	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
4439	2025-03-06	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Mar-03, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	本文探讨了利用单细胞和单核基因组技术创建高分辨率脑细胞图谱，以系统定义神经发育障碍（NDD）的病因	结合突变模型和基因组学方法，在细胞分辨率上系统定义NDD的病因，并应用单细胞和空间转录组学技术研究发育轨迹、细胞组成、电路活动和连接性	需要大规模实施这些方法以最大化洞察力并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因，并在分子、细胞和电路水平上识别NDD之间的共同点	神经发育障碍（NDD）基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和单核基因组技术、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
4440	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）