单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27574 篇文献，本页显示第 4421 - 4440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4421 | 2025-02-05 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
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研究论文 | 本文提出了一种新的物种无关的迁移学习方法，用于跨物种转录组数据的整合，无需依赖基因同源信息 | 提出了一种不依赖基因同源信息的跨物种知识转移方法，通过异质域适应的方式整合不同物种的数据，并识别潜在空间中影响最大的基因的功能注释 | NA | 解决跨物种转录组数据整合中的信息丢失问题，实现无需基因同源信息的跨物种知识转移 | 小鼠、斑马鱼等模型生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 迁移学习 | 转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 |
| 4422 | 2025-02-05 |
BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae045
PMID:38385877
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BiGATAE的双分图注意力自编码器，用于从单切片到多切片增强空间转录组数据中的空间域识别 | BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，使其能够进行多切片聚类 | NA | 提高空间转录组数据中空间域识别的准确性和适用性 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | 双分图注意力自编码器（BiGATAE） | 基因表达数据 | 三个不同的数据集 |
| 4423 | 2025-02-05 |
Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae047
PMID:38388681
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研究论文 | 本文提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应新出现的单细胞RNA测序数据 | CANAL工具结合了持续学习和预训练语言模型，解决了现有工具无法从新数据中扩展知识的问题，并有效缓解了灾难性遗忘的困境 | NA | 开发一种能够持续适应新数据的单细胞RNA测序数据细胞类型注释工具 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练语言模型 | RNA测序数据 | NA |
| 4424 | 2025-02-05 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMMT的深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入 | 提出了一种新的特征提取技术，并构建了一个基于GradNorm方法的多任务学习框架，以增强对具有挑战性的免疫细胞的识别，并通过细胞类型注释和蛋白质预测任务之间的相互促进来减少标签噪声的影响 | 未明确提及具体限制 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性，以促进生物学和医学研究，特别是在理解疾病进展和肿瘤微环境方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多任务学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 |
| 4425 | 2025-02-05 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
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综述 | 本文比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中识别细胞周期阶段的不同方法，并提出了一个误差函数来评估这些方法的准确性 | 提出了一个误差函数来评估细胞周期阶段识别方法的准确性，并探讨了将具有多个已知细胞周期阶段的基准数据整合到分析中的潜在好处 | 未提及具体方法的局限性，仅强调了参考数据与目标数据集之间的兼容性对方法有效性的影响 | 比较和评估scRNA-seq数据中识别细胞周期阶段的不同方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 |
| 4426 | 2025-02-05 |
ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease
2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573893
PMID:38260408
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研究论文 | 本文研究了ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中对突触完整性的保护作用 | 通过CRISPR/Cas9基因编辑技术生成斑马鱼模型，揭示了ABCA7依赖性神经肽Y信号在维持突触完整性和星形胶质细胞增殖中的新机制 | 研究主要依赖于动物模型，人类临床数据的验证仍需进一步扩展 | 探讨ABCA7依赖性神经肽Y信号在阿尔茨海默病中的作用机制 | 斑马鱼模型和人类临床数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞转录组学 | 斑马鱼基因敲除模型 | 基因表达数据、临床数据 | 斑马鱼模型和人类临床样本 |
| 4427 | 2025-02-05 |
Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341
PMID:39896798
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研究论文 | 本研究评估了供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓性白血病（AML）患者中的疗效和安全性 | 首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗AML患者，并通过单细胞RNA测序揭示了CAR-T细胞的动态变化 | 样本量较小（12例患者），且2例患者因疾病快速进展退出研究 | 评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗AML患者中的疗效和安全性 | 14例异基因造血干细胞移植后复发的AML患者 | 癌症免疫治疗 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 14例AML患者（12例完成治疗） |
| 4428 | 2025-02-05 |
Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153
PMID:39896800
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤异质性和免疫微环境，旨在发现新的治疗靶点并改善治疗效果 | 利用单细胞RNA测序技术深入解析HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，特别是C2 IGF2+肿瘤细胞亚型在预后不良中的关键作用 | 研究依赖于公开的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和样本量 | 揭示HGSOC的分子机制、免疫景观和药物敏感性，以开发更有效和个性化的治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 4429 | 2025-02-04 |
Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984
PMID:39896814
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研究论文 | 本研究通过两样本孟德尔随机化分析和转录组学数据分析，探讨了循环免疫细胞与特发性肺纤维化（IPF）之间的因果关系，并探索了潜在的生物标志物 | 结合孟德尔随机化分析和转录组学数据，首次系统地探讨了循环免疫细胞与IPF之间的因果关系，并识别了CTSB、IL10和AGER作为IPF的潜在生物标志物 | 研究依赖于公开的基因组关联研究数据，可能存在数据偏差或限制 | 阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系，并探索潜在的生物标志物 | 循环免疫细胞和特发性肺纤维化（IPF）患者 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组关联研究数据、转录组学数据、单细胞RNA测序数据 | NA |
| 4430 | 2025-02-05 |
Comprehensive analysis of disulfidptosis-related genes and the immune microenvironment in heart failure
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1516898
PMID:39897078
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研究论文 | 本文通过生物信息学分析探讨了与二硫化物凋亡相关基因（DRGs）如何影响心力衰竭（HF）的免疫微环境 | 首次将二硫化物凋亡与心力衰竭的免疫微环境联系起来，并开发了一个基于DRGs的预测模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨二硫化物凋亡相关基因对心力衰竭免疫微环境的影响 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 |
| 4431 | 2025-02-04 |
Eliminating the persistent HIV reservoir based on biomarker expression - How do we get there?
2025-Feb, Virology
IF:2.8Q3
DOI:10.1016/j.virol.2024.110368
PMID:39721194
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研究论文 | 本文讨论了基于生物标志物表达消除持久性HIV病毒库的挑战和未来方向 | 提出了识别共同表达蛋白质以减少生物标志物面板中蛋白质数量的新策略，并强调了空间转录组学和蛋白质组学等新技术在未来的应用 | 目前缺乏特定的分子标志物来定义所有潜伏感染的HIV细胞，且病毒库的异质性增加了消除的难度 | 研究目标是识别和开发能够定义所有HIV病毒库子集的最小蛋白质集合，以实现病毒库的靶向消除 | 研究对象是潜伏感染的HIV细胞及其生物标志物 | 生物医学 | HIV/AIDS | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 蛋白质表达数据、转录组数据 | NA |
| 4432 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
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研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 |
| 4433 | 2025-02-04 |
Superloaded Multiplexed scRNA-seq Data Preserves Primary Immune Cell Heterogeneity but Necessitates Stringent Doublet Removal
2025-Jan-30, Immunological investigations
IF:2.9Q3
DOI:10.1080/08820139.2025.2457039
PMID:39882751
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中，超载（superloading）对多路复用数据的影响，特别是对T细胞受体（TCR）数据的分析 | 研究了超载对多路复用单细胞基因表达和TCR数据的影响，并提出了基于TCR配置的双重去除步骤以提高T细胞分析的准确性 | 超载可能导致高多重率和样本复杂性，影响计算分析的准确性 | 评估超载对多路复用单细胞RNA测序数据的影响，特别是对T细胞受体数据的分析 | 人类胸腺和血液样本中的T细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据和T细胞受体（TCR）数据 | 来自不同捐赠者的人类胸腺和血液样本 |
| 4434 | 2025-02-04 |
ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634618
PMID:39896674
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研究论文 | 本文提出了一种名为ARTEMIS的生成模型，结合变分自编码器（VAE）和不平衡扩散薛定谔桥（uDSB），用于从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化 | ARTEMIS首次将VAE与uDSB结合，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，并引入漂移函数捕捉基因表达趋势，同时使用神经网络估计单细胞沿轨迹的时间依赖性死亡率，从而恢复细胞群体变化 | ARTEMIS依赖于单细胞测序数据，而单细胞测序的高成本和破坏性限制了数据的获取，且模型在复杂生物过程中的泛化能力仍需进一步验证 | 研究目标是开发一种能够从时间序列单细胞数据中重建细胞轨迹、揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化的生成模型 | 研究对象包括胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的上皮-间质转化（EMT）等过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE）与不平衡扩散薛定谔桥（uDSB）结合 | 时间序列单细胞数据 | 三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞中的EMT） |
| 4435 | 2025-02-04 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
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研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞对七种致畸病毒的反应，发现疱疹病毒诱导了DUX4刺激基因（DSGs）的表达，这些基因在滋养层细胞中具有独特的抗病毒功能 | 揭示了DUX4及其刺激基因（DSGs）在滋养层细胞中作为抗疱疹病毒防御机制的关键作用，填补了滋养层细胞对致畸病毒反应理解的空白 | 研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒，未涵盖所有可能的病毒类型 | 探讨滋养层细胞对致畸病毒的抗病毒反应机制 | 人类滋养层细胞 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类滋养层细胞器官样体 |
| 4436 | 2025-02-04 |
CD8 + T cells mediate vaccination-induced lymphatic containment of latent Mycobacterium tuberculosis infection following immunosuppression, while B cells are dispensable
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634479
PMID:39896630
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4437 | 2025-02-04 |
Smooth Muscle Cells and Fibroblasts in the Proximal Thoracic Aorta Exhibit Minor Differences Between Embryonic Origins in Angiotensin II-driven Transcriptional Alterations
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.610985
PMID:39896657
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研究论文 | 本研究探讨了在血管紧张素II（AngII）驱动下，近端胸主动脉中平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异 | 揭示了在AngII诱导的胸主动脉病变前期，平滑肌细胞和成纤维细胞在胚胎起源上的转录差异较小，并发现了一个新的成纤维细胞亚群 | 研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变前期，未涉及病变后期的变化 | 探讨AngII诱导的胸主动脉病变中，不同胚胎起源的平滑肌细胞和成纤维细胞的转录差异 | 近端胸主动脉中的平滑肌细胞和成纤维细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Mef2c-Cre R26R mT/mG小鼠的近端胸主动脉样本 |
| 4438 | 2025-02-04 |
Accurate tiling of spatial single-cell data with Tessera
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.17.633630
PMID:39896464
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4439 | 2025-02-04 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4440 | 2025-02-04 |
Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development
2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67491
PMID:39895643
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研究论文 | 本文介绍了一种从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的三维（3D）脑类器官模型，该模型包含了小胶质细胞的发育，用于研究人类大脑发育和神经系统疾病的发病机制 | 本文的创新点在于将高度纯化的造血祖细胞（HPC）整合到iPSC衍生的胚胎体（EBs）中，成功开发出包含小胶质细胞和神经元的脑类器官模型，克服了现有方法的技术挑战和不一致性问题 | 本文未提及该模型在长期培养中的稳定性或其在模拟复杂神经系统疾病中的局限性 | 研究目标是开发一种包含小胶质细胞的3D脑类器官模型，以研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用 | 研究对象是从人类iPSC衍生的造血祖细胞（HPC）和胚胎体（EBs） | 神经科学 | 神经系统疾病 | 免疫染色和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq） | 3D脑类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |