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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4401 | 2025-10-06 |
Deciphering distinct pathogenic mechanisms of ankylosing spondylitis and systemic sclerosis via shared biomarkers ZSWIM6 and CCL3L3: Insights from an integrative bioinformatics approach
2025-12, Autoimmunity
IF:3.3Q3
DOI:10.1080/08916934.2024.2445557
PMID:39727004
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研究论文 | 通过整合生物信息学方法鉴定强直性脊柱炎和系统性硬化症的共享生物标志物ZSWIM6和CCL3L3,揭示其不同的致病机制 | 首次发现ZSWIM6和CCL3L3作为AS和SSc的共享生物标志物,并通过多组学数据分析揭示其在两种自身免疫疾病中的不同分子机制 | 研究主要基于公共数据库的RNA-seq数据,需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 探索强直性脊柱炎和系统性硬化症不同炎症发病机制的分子基础 | 强直性脊柱炎和系统性硬化症患者的外周血单核细胞和骨髓血样本 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | SVM递归特征消除, CIBERSORT免疫细胞分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据集GSE73754、GSE19617和GSE194315的多个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4402 | 2025-10-06 |
Mature tertiary lymphoid structures linked to HPV status and anti-PD-1 based chemoimmunotherapy response in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2528109
PMID:40621740
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研究论文 | 本研究探讨成熟三级淋巴结构与HPV状态及抗PD-1化疗免疫治疗反应在头颈鳞状细胞癌中的关联 | 首次揭示成熟三级淋巴结构的组成特征及其与HPV阳性肿瘤和化疗免疫治疗反应的关联 | 研究样本来源和数量未明确说明,需要进一步验证 | 研究三级淋巴结构在头颈鳞状细胞癌化疗免疫治疗中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,多光谱免疫组化,流式细胞术,ELISA | NA | 转录组数据,病理切片图像,单细胞数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4403 | 2025-10-06 |
PerturbSeq.db: An Integrated Repository for Comprehensive Analysis of Single-cell Perturbation Data
2025-Sep-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169209
PMID:40381983
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研究论文 | 介绍了一个整合单细胞扰动数据的综合数据库PerturbSeq.db | 开发了首个全面整合和统一处理单细胞扰动数据的数据库,采用统一处理流程确保数据一致性 | 未提及具体的数据更新频率和长期维护计划 | 解决单细胞扰动研究领域数据可访问性和整合性的挑战 | 单细胞扰动数据集,包括遗传和化学干预数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞测序数据 | 189个数据集来自77项研究,涵盖约50种不同细胞系或组织 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
4404 | 2025-10-06 |
Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes
2025-Sep, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873
PMID:40499345
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研究论文 | 提出一种基于参考向量引导的进化算法RVEA-CAST,用于单细胞转录组数据的聚类分析 | 首次将单细胞转录组聚类问题建模为多目标优化问题,并设计了三个问题感知的变异算子 | 仅在十个真实scRNA-seq数据集上验证,需要更多数据集验证通用性 | 解决单细胞RNA测序数据的聚类分析问题 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 参考向量引导的进化算法 | 基因表达数据 | 十个真实scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4405 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals distinct immune characteristics of hepatocellular carcinoma in HBV-positive vs. HBV-negative cases
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2871
PMID:40636452
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较HBV阳性和阴性肝细胞癌的免疫特征差异 | 首次在单细胞水平揭示HBV感染如何改变肝细胞癌肿瘤微环境中免疫细胞的组成和状态 | 未完全阐明HBV诱导肿瘤微环境改变的具体分子机制 | 探究HBV感染对肝细胞癌免疫微环境的影响 | HBV阳性和阴性肝细胞癌患者的肿瘤样本 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4406 | 2025-10-06 |
Construction and validation of a lipid metabolism-related genes prognostic signature for skin cutaneous melanoma
2025-Aug-15, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152115
PMID:40460484
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研究论文 | 构建并验证了皮肤黑色素瘤中脂质代谢相关基因的预后特征模型 | 首次基于脂质代谢相关基因建立皮肤黑色素瘤预后特征模型,并通过单细胞RNA测序和体内外实验验证关键基因CCNA2的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 研究脂质代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值和功能作用 | 皮肤黑色素瘤患者 | 生物信息学 | 皮肤黑色素瘤 | mRNA测序,单细胞RNA测序,NMF聚类分析,WGCNA,LASSO回归,Cox回归 | 预后风险模型,列线图 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的多个队列(包括GSE65904,GSE54467,GSE72056) | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
4407 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer
2025-Aug, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01067-4
PMID:40358847
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了癌症相关成纤维细胞和代谢重编程在非小细胞肺癌新辅助免疫治疗病理反应预测中的作用 | 首次发现甲硫氨酸循环可作为T细胞分化和良好病理反应的预测因子,并鉴定出与免疫检查点抑制剂反应相关的基质特征 | 研究基于已发表的单细胞数据集和本地队列,样本量有限,需要进一步实验验证机制 | 探索非小细胞肺癌患者对新辅助PD-1阻断免疫治疗产生耐药性的潜在机制 | 可切除局部晚期非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 转录组数据,单细胞数据 | 本地III期NSCLC队列+4个公共ICI转录组队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4408 | 2025-10-06 |
ATF3 Deficiency Exacerbates Ageing-Induced Atherosclerosis and Clinical Intervention Strategy
2025-Jul-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202502249
PMID:40641410
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研究论文 | 本研究揭示了ATF3在血管平滑肌细胞衰老和动脉粥样硬化中的保护作用及其分子机制 | 发现ATF3-ATG7正反馈放大环路调控自噬,并首次提出特唑嗪可通过稳定ATF3 mRNA延缓血管衰老 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 识别血管平滑肌细胞衰老调控因子并开发衰老相关动脉粥样硬化的临床干预策略 | 人动脉粥样硬化颈动脉、血管平滑肌细胞、SMC特异性ATF3敲除小鼠 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, CUT&Tag-seq, m6A表观转录组分析, 高通量虚拟筛选 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传学分析 | NA | NA |
4409 | 2025-10-06 |
Androgen Receptor Governs Tip Cell Formation in Cerebrovascular Malformations
2025-Jul-11, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326471
PMID:40641462
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄激素受体在脑血管畸形尖端细胞形成中的关键作用 | 发现了不依赖雄激素的AR介导的内皮细胞出芽新模式,并验证了AR降解剂ARD-2585的治疗潜力 | 样本量相对有限(13例患者样本),且主要基于小鼠模型验证 | 探究脑血管畸形中异常血管生成的调控机制 | 人类脑血管畸形样本(脑海绵状畸形和脑动静脉畸形)及相应小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,体外功能实验,动物模型验证 | NA | 单细胞转录组数据 | 13例人类脑血管畸形样本(10例脑海绵状畸形,3例脑动静脉畸形)和13例对照脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4410 | 2025-10-06 |
Profiling the spatial architecture of multiple myeloma in human bone marrow trephine biopsy specimens with spatial transcriptomics
2025-Jul-11, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025028896
PMID:40643106
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术解析多发性骨髓瘤患者骨髓微环境的细胞和分子特征 | 首次在人类骨髓环钻活检标本中应用亚细胞空间转录组学技术,揭示了骨髓瘤亚群形成独特微环境的新机制 | 样本量相对有限(共21例),且仅分析了新诊断和癌前病变阶段 | 探究多发性骨髓瘤骨髓微环境的空间结构和分子特征 | 人类骨髓环钻活检标本 | 空间转录组学 | 多发性骨髓瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 21例个体(包括7例癌前病变和10例新诊断多发性骨髓瘤) | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞空间转录组学技术(可分析5001个基因) |
4411 | 2025-10-06 |
Integration of scRNA-seq and bulk tissue RNA-seq data to identify cancer-associated fibroblast-related gene RGMA as a potential treatment target for esophageal cancer
2025-Jul-11, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01660-8
PMID:40643758
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk组织RNA测序数据,鉴定出癌症相关成纤维细胞相关基因RGMA作为食管癌的潜在治疗靶点 | 首次发现RGMA在食管癌中作为肿瘤抑制基因的功能,并揭示其通过调控Akt信号通路和肿瘤促进性趋化因子影响癌症相关成纤维细胞分化的新机制 | 未提供临床实验数据,研究主要基于细胞系和动物模型 | 鉴定食管癌中癌症相关成纤维细胞相关基因并探索其治疗潜力 | 食管癌组织、ECA109细胞系、癌症相关成纤维细胞和正常成纤维细胞 | 生物信息学 | 食管癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, RT-qPCR, western blot, 体外和体内实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | TCGA-ESCA队列数据集GSE196756及实验验证样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
4412 | 2025-10-06 |
Modulation of infiltrating CD206-positive macrophages restricts progression of pulmonary lymphangioleiomyomatosis (LAM)
2025-Jul-10, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00084-2025
PMID:40639874
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现肺淋巴管平滑肌瘤病(LAM)中CD206阳性M2样巨噬细胞促进疾病进展,并验证靶向该巨噬细胞的治疗潜力 | 首次揭示LAM细胞通过CXCL12招募并极化M2样巨噬细胞的机制,并证明靶向CD206阳性巨噬细胞可抑制疾病进展 | 临床前研究结果需在人体试验中验证,样本量有限 | 探索LAM疾病进展机制并寻找新的治疗靶点 | 肺淋巴管平滑肌瘤病患者标本和TSC2缺陷细胞 | 单细胞生物学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光染色, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 图像数据 | 人肺LAM标本和临床前小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
4413 | 2025-10-06 |
Integrative multiomics elucidate crotonylation-associated GCDH in Parkinson's disease pathogenesis via metabolome remodeling
2025-Jul-10, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-025-10151-x
PMID:40640550
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研究论文 | 通过整合多组学方法阐明巴豆酰化相关基因GCDH通过代谢组重塑在帕金森病发病机制中的作用 | 首次将孟德尔随机化与中介分析相结合,系统揭示GCDH通过代谢物介导的巴豆酰化调控网络在帕金森病中的因果机制 | 研究主要基于公共数据库和已有数据集,缺乏实验验证 | 阐明巴豆酰化及其代谢组调控网络在帕金森病发病机制中的作用 | 巴豆酰化相关基因、代谢物和帕金森病患者脑组织 | 生物信息学 | 帕金森病 | 孟德尔随机化分析、中介分析、单细胞转录组分析 | 两样本MR分析、两步MR分析 | 基因表达数据、代谢物数据、单细胞转录组数据 | eQTLGen数据集、GEO单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4414 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Hair Cell-Specific Molecular Responses to Polystyrene Nanoplastics in a Zebrafish Embryo Model
2025-Jul-10, Biotechnology and applied biochemistry
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/bab.70028
PMID:40641182
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼胚胎中毛细胞对聚苯乙烯纳米塑料的特异性分子响应 | 首次在单细胞水平揭示纳米塑料对斑马鱼毛细胞的特异性分子影响,发现细胞类型比例变化和特定基因上调 | 仅使用环境相关浓度,未观察到大体表型变化,对长期生态影响评估有限 | 探究聚苯乙烯纳米塑料对斑马鱼胚胎的生理和分子影响 | 斑马鱼胚胎 | 单细胞组学 | 环境毒理学 | 单细胞RNA测序,表型分析 | NA | 单细胞转录组数据,表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4415 | 2025-10-06 |
Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus
2025-Jul-09, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04205-9
PMID:40629343
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析和脑部MRI验证,发现干燥综合征与右侧尾侧前扣带皮层表面积减少存在遗传因果关系 | 首次使用孟德尔随机化方法证明干燥综合征对大脑皮层结构的因果影响,并识别出相关的基因和细胞类型 | 样本量有限,仅针对初治患者进行研究,需要更大规模的研究验证 | 探究干燥综合征对大脑皮层结构的影响及其机制 | 干燥综合征患者的大脑皮层结构 | 神经科学 | 干燥综合征 | 孟德尔随机化分析, GWAS, TWAS, scRNA-seq, 脑部MRI | 逆方差加权, MR-Egger, 加权中位数, 线性模型 | 基因组数据, 转录组数据, 脑部影像数据 | 初治干燥综合征患者群体 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因型-组织表达数据库v8版 |
4416 | 2025-10-06 |
Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer
2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002829
PMID:40638251
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研究论文 | 本研究揭示了铁死亡相关基因HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用机制 | 首次发现HMOX1在卵巢癌细胞和巨噬细胞中具有相反表达模式,并通过不同信号通路共同促进免疫抑制微环境形成 | 研究主要基于卵巢癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明铁死亡相关因子在调节免疫微环境中的双重作用机制 | 卵巢癌肿瘤微环境中的上皮细胞和巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质印迹, 多重免疫组织化学, 小鼠模型 | Cox回归, Kaplan-Meier | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 来自多个数据库的卵巢癌样本(TCGA、GTEx、GEO等) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
4417 | 2025-10-06 |
Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice
2025-Jul-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61614-3
PMID:40628749
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑灌注不足通过EPAS1调控导致静脉功能异常的机制 | 首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性信号传导及其在脑血管功能障碍中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类验证数据有限 | 探究慢性脑灌注不足导致血管性痴呆的分子机制 | 小鼠模型和人类细胞模型 | 神经科学 | 血管性痴呆 | 单细胞转录组测序, 成像技术 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | 小鼠模型和人类细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4418 | 2025-10-06 |
Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06463-2
PMID:40628770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者外周血单核细胞中丙酸代谢差异,并构建诊断模型 | 首次在单细胞水平揭示脓毒症中丙酸代谢的异质性,发现浆细胞可分为高/低丙酸代谢亚群,并鉴定出13个关键诊断基因 | 机制研究仍需进一步实验验证,样本量相对有限 | 探索丙酸代谢在脓毒症发病机制中的作用,寻找诊断生物标志物和治疗靶点 | 脓毒症患者和健康对照的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost | 基因表达数据 | 脓毒症患者和健康对照的外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4419 | 2025-10-06 |
Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection
2025-Jul-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10676-w
PMID:40629048
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研究论文 | 本研究通过多组学方法发现硫氧还蛋白(TXN)是甲型流感病毒(IAV)感染中T细胞增殖的关键靶基因 | 首次结合转录组和单细胞转录组分析鉴定TXN在增殖性T细胞中的特异性高表达及其与IAV感染的关联 | 未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负向调控 | 探索IAV感染过程中T细胞的免疫变化及相关靶基因 | T淋巴细胞 | 免疫学 | 流感病毒感染 | 多组学方法,转录组分析,单细胞转录组分析,差异分析,WGCNA,Friends分析 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4420 | 2025-10-06 |
CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment
2025-Jul-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08380-6
PMID:40629043
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研究论文 | 本研究通过多维度分析揭示了卵巢癌微环境中癌症相关成纤维细胞高表达GLUT1并通过代谢重编程促进肿瘤进展的机制 | 首次发现GLUT1在CAFs中的关键代谢调控作用,并通过单细胞测序和3D生物打印模型验证其在肿瘤微环境重塑中的功能 | 未明确GLUT1在CAFs中高表达的具体上游调控机制 | 解析卵巢癌微环境中癌症相关成纤维细胞的葡萄糖代谢重编程及其在肿瘤进展中的作用 | 卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞和卵巢癌细胞 | 肿瘤代谢 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 3D生物打印 | 3D生物打印模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |