单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4381	2025-02-06	COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment 2024-Jan-25, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-08918-z PMID:38270688	研究论文	本研究探讨了COL6A3基因在骨质疏松微环境中通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞（BMSCs）成骨分化潜力的机制	首次揭示了COL6A3基因通过促进线粒体自噬来增强BMSCs在骨质疏松微环境中的成骨分化能力，为骨质疏松的干细胞治疗提供了新的策略	研究主要基于体外实验，未进行体内验证，且未探讨COL6A3在其他疾病模型中的作用	探讨COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的影响及其机制	骨髓间充质干细胞（BMSCs）	细胞生物学	骨质疏松	单细胞测序、Western blotting、免疫荧光、TUNEL检测、JC-1染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞图像数据	未明确说明具体样本数量，但涉及BMSCs的体外实验
4382	2025-02-06	Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia 2024-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176479 PMID:37971878	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，识别了良性前列腺增生（BPH）中可能的基质驱动因子	首次通过激光显微切割和转录组分析，识别了BPH基质中可能介导前列腺腺体上皮诱导的分泌因子，特别是IGF1和CXCL13	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索良性前列腺增生的基质驱动因子及其分子机制	良性前列腺增生（BPH）的基质和腺体上皮	数字病理学	前列腺癌	激光显微切割，转录组分析，RNA原位杂交，3D培养	NA	转录组数据	NA
4383	2025-02-06	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive and early onset prostate cancer using Mendelian randomization and tumor spatial transcriptomics 2023-Sep-22, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.09.21.23295864 PMID:37790472	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	首次结合孟德尔随机化和空间转录组学方法，识别出与前列腺癌风险相关的20种蛋白质，其中多数为新发现并得到验证	研究主要基于欧洲和非洲血统的GWAS数据，可能限制了结果的普适性	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者，特别是侵袭性和早发性前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	基于两个独立的癌症GWAS数据集，分别来自欧洲和非洲血统
4384	2025-02-06	MARVEL: an integrated alternative splicing analysis platform for single-cell RNA sequencing data 2023-03-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac1260 PMID:36631981	研究论文	本文介绍了一个名为MARVEL的综合R包，用于单细胞RNA测序数据的剪接分析	MARVEL是首个适用于板式和液滴式方法生成的RNA测序数据的单细胞剪接分析工具，填补了该领域计算工具的空白	NA	开发一个综合工具来分析单细胞RNA测序数据中的剪接动态	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	多个公开数据集中的多种细胞类型
4385	2025-02-06	Targeting Epsins to Inhibit Fibroblast Growth Factor Signaling While Potentiating Transforming Growth Factor-β Signaling Constrains Endothelial-to-Mesenchymal Transition in Atherosclerosis 2023-02-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.063075 PMID:36591786	研究论文	本研究探讨了epsin内吞适配蛋白在动脉粥样硬化中促进内皮-间质转化（EndoMT）的分子机制，并评估了一种治疗性肽在动脉粥样硬化临床前模型中的疗效	揭示了epsin通过增加转化生长因子-β信号传导促进动脉粥样硬化中的EndoMT，并提出了一种通过减少epsin-成纤维细胞生长因子受体-1相互作用来抑制EndoMT的新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨epsin在动脉粥样硬化中促进EndoMT的分子机制，并评估治疗性肽的疗效	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、分子、细胞和生化分析	NA	RNA测序数据、分子和细胞数据	Apoe-/-小鼠模型和动脉粥样硬化小鼠模型
4386	2025-02-06	Spatial transcriptomic characterization of COVID-19 pneumonitis identifies immune circuits related to tissue injury 2023-Jan-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.157837 PMID:36472908	研究论文	本研究利用空间转录组学方法，描述了COVID-19肺炎中不同组织损伤区域的细胞、通路和基因，揭示了免疫细胞信号回路与组织损伤的关系	首次使用空间转录组学方法在COVID-19肺炎中识别出与组织损伤相关的免疫细胞信号回路，并验证了这些发现在其他患者队列中的普遍性	样本量较小，仅包括3名患者的肺组织样本，可能存在一定的异质性	研究COVID-19肺炎中免疫细胞与基质细胞之间的复杂相互作用，揭示组织损伤的免疫机制	COVID-19患者的肺组织样本	数字病理学	COVID-19	空间转录组学	NA	基因表达数据	3名患者的46个感兴趣区域，覆盖超过62,000个细胞
4387	2025-02-06	Epsin Nanotherapy Regulates Cholesterol Transport to Fortify Atheroma Regression 2023-01-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.122.321723 PMID:36444722	研究论文	本研究探讨了Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发了一种创新的纳米疗法，通过靶向巨噬细胞Epsins来治疗动脉粥样硬化	开发了一种新型的S2P共轭脂质纳米颗粒，用于封装小干扰RNA以抑制Epsins，并揭示了Epsins通过结合CD36促进脂质摄取和通过溶酶体促进ABCG1降解的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究Epsins在巨噬细胞介导的代谢调节中的作用，并开发针对Epsins的纳米疗法以治疗动脉粥样硬化	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、MEBOCOST算法、纳米颗粒技术	LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型	RNA测序数据、生物医学数据	使用LysM-DKO和LysM-DKO-ABCG1fl/+小鼠模型进行研究
4388	2025-02-06	Colorectal Cancer Metastases in the Liver Establish Immunosuppressive Spatial Networking between Tumor-Associated SPP1+ Macrophages and Fibroblasts 2023-01-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-2041 PMID:36239989	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间成像技术，揭示了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的免疫抑制性空间网络	首次详细描述了结直肠癌肝转移肿瘤微环境中SPP1+巨噬细胞和成纤维细胞之间的相互作用及其在免疫抑制中的作用	研究主要关注微卫星稳定的结直肠癌肝转移，可能不适用于其他类型的结直肠癌	研究结直肠癌肝转移肿瘤微环境的细胞变化及其对肿瘤生长的影响	结直肠癌肝转移患者的肿瘤组织、正常肝组织和外周血单核细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重空间成像、细胞去卷积	NA	RNA测序数据、空间成像数据	一系列微卫星稳定的结直肠癌肝转移样本及其配对的正常肝组织和外周血单核细胞
4389	2025-02-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	本文通过单细胞转录组分析比较了肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），并揭示了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1	通过单细胞RNA测序数据集分析，识别了肥胖和瘦小鼠ASPCs中的差异基因，并发现这些基因在3T3-L1细胞分化中的表达变化，以及木犀草素对这些基因表达的逆转作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	识别与肥胖相关的脂肪生成基因，并探讨木犀草素对这些基因的影响	肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）	生物信息学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三个独立的单细胞RNA测序数据集
4390	2025-02-05	The next generation of regenerative dentistry: From tooth development biology to periodontal tissue, dental pulp, and whole tooth reconstruction in the clinical setting 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.002 PMID:39885872	review	本文综述了牙齿发育的基础过程、基础研究的最新发现以及牙科再生医学中的临床应用，探讨了实现牙齿和牙周组织完全再生的潜力	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学等最新技术，探讨了从牙齿发育生物学到牙周组织、牙髓及全牙重建的再生牙科新方向	尽管技术进展显著，但牙齿和牙周组织的完全再生在临床应用中仍未实现	探讨实现牙齿和牙周组织完全再生的科学基础和临床潜力	牙齿、牙周组织、牙髓及全牙重建	再生医学	牙科疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	分子数据	NA
4391	2025-02-05	Hepatic HSD17B6 is dispensable for diet-induced fatty liver disease in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101924 PMID:39896111	研究论文	本研究探讨了HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	首次揭示了HSD17B6在肝脏中的表达与脂肪肝疾病的相关性，并发现其肝脏特异性缺失不影响脂肪肝疾病的发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	小鼠模型	代谢疾病研究	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序, AAV8介导的基因编辑	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据, 蛋白质组数据	小鼠模型
4392	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing provides new insights into the interaction between astrocytes and neurons after spinal cord injury in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101917 PMID:39896108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠脊髓损伤后不同阶段及正常组织中星形胶质细胞和神经元亚型的动态变化及其功能，揭示了特定星形胶质细胞亚型在脊髓损伤过程中可能向神经元转化的机制	发现了一种特定亚型的星形胶质细胞，其具有独特的基因表达特征，并在脊髓损伤过程中可能转化为神经元，同时揭示了糖酵解途径在这一细胞转化过程中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脊髓损伤后星形胶质细胞与神经元之间的相互作用及其在疾病进展中的机制	小鼠脊髓损伤模型中的星形胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脊髓损伤模型及正常组织样本
4393	2025-02-05	Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111708 PMID:39898054	研究论文	本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境	通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用	研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证	揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化	雄性小鼠的垂体	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本
4394	2025-02-05	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Feb-04, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，揭示了不同成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的不同作用	首次利用单细胞RNA测序技术深入研究了瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，并识别出POSTN+间充质成纤维细胞和IGFBP2+成纤维细胞在瘢痕疙瘩中的不同作用	样本量较小，仅包括三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本	研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，探索新的抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤样本	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三个瘢痕疙瘩组织和三个正常皮肤样本
4395	2025-02-05	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2025-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过激活LY6A+复兴干细胞（RSCs）并促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）发生的机制	发现了F. nucleatum通过LY6A受体上调RPS14，驱动RSCs过度增殖和肿瘤转化的新信号轴	研究主要基于小鼠模型和临床样本分析，尚未在人体中进行干预实验验证	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌发生中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型中的肠道隐窝细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞测序分析	小鼠模型	基因表达数据	结直肠癌患者和小鼠模型
4396	2025-02-04	Exploring the tumor microenvironment of colorectal cancer patients post renal transplantation by single-cell analysis 2025-Feb, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16409 PMID:39623744	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，探索了肾移植后结直肠癌患者的肿瘤微环境，揭示了免疫抑制药物对肿瘤免疫微环境的影响	首次在肾移植后结直肠癌患者中应用单细胞RNA测序技术，详细比较了移植与非移植患者的肿瘤免疫微环境差异，并发现了CD8效应T细胞和CD4FOXP3调节T细胞的功能变化	样本量较小，仅包括4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者的数据	研究肾移植后结直肠癌患者的肿瘤免疫微环境变化及其对免疫治疗策略的影响	肾移植后结直肠癌患者的肿瘤和正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者
4397	2025-02-05	MAZ-mediated tumor progression and immune evasion in hormone receptor-positive breast cancer: Targeting tumor microenvironment and PCLAF+ subtype-specific therapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102280 PMID:39805182	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了激素受体阳性乳腺癌的肿瘤亚型，揭示了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用，并提出了新的预后模型	通过单细胞RNA测序技术识别了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型，并发现MAZ在该亚型中的关键作用，提出了基于PCLAF+/MAZ调控网络的新型预后模型	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	揭示激素受体阳性乳腺癌的分子机制，特别是肿瘤异质性和肿瘤微环境的变化，以克服治疗耐药性并开发新的治疗靶点	激素受体阳性乳腺癌（HR+BC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	NA
4398	2025-02-05	Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70217 PMID:39888275	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶KMT2A在肺纤维化中的作用及其通过调控PU.1转录因子促进纤维化的机制	揭示了KMT2A通过催化PU.1基因启动子区域的H3K4me3修饰来上调PU.1表达，从而促进肺纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨KMT2A在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点价值	肺纤维化患者和小鼠模型中的成纤维细胞	表观遗传学	肺纤维化	微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本
4399	2025-02-05	Molecular characterization of ovarian mesonephric-like adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing and mitochondrial metabolism 2025-Feb, Gynecologic oncology reports IF:1.2Q3 DOI:10.1016/j.gore.2024.101670 PMID:39895896	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对卵巢中肾样腺癌（MLA）进行了分子特征分析，并与高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）进行了比较	首次使用单细胞RNA测序技术对卵巢MLA进行分子特征分析，揭示了其与HGSOC的差异，并提出了针对MAP激酶和PI3K/AKT/mTOR通路的联合治疗策略	需要在更大规模的队列中进行验证以支持临床应用	揭示卵巢MLA的分子特征及其与HGSOC的差异，探索潜在的治疗靶点	卵巢中肾样腺癌（MLA）和高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	一个卵巢MLA样本和HGSOC的单细胞RNA测序数据集
4400	2025-02-02	MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization 2025-Jan-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56424-6 PMID:39885131	研究论文	本文介绍了一种名为MetaQ的元细胞算法，旨在解决大规模单细胞测序数据分析中的计算障碍	MetaQ通过将细胞量化为离散码本，实现了线性运行时间和恒定内存使用，显著降低了计算复杂度，同时保持或超越了现有元细胞算法的性能	未明确提及具体限制	开发一种能够高效、准确地推断元细胞的算法，以支持大规模单细胞测序数据的分析	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	数百万个细胞的数据集