单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4381	2025-02-08	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	研究论文	本文通过空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）的细胞特异性RNA景观	首次将人类细胞标记物成功应用于马DRG的空间转录组学研究，并确定了不同DRG区域的基因表达差异	研究仅限于健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组景观，以了解其在健康和疾病状态下的细胞特异性转录变化	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling	NA	RNA表达数据	NA
4382	2025-02-08	A novel protein encoded by porcine circANKRD17 activates the PPAR pathway to regulate intramuscular fat metabolism 2025-Feb-05, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01153-5 PMID:39905551	研究论文	本研究通过circRNA-seq和Ribo-seq数据筛选出具有编码潜力的circRNA候选物，发现circANKRD17在Lantang猪的长背肌中显著升高，并通过单细胞测序和脂质组学分析揭示了其在脂质代谢中的调控机制	首次发现circANKRD17具有开放阅读框并能翻译成一种新型571氨基酸蛋白质，该蛋白质通过PPAR途径调控脂质代谢	研究主要集中于Lantang和Landrace猪品种，未涉及其他猪品种或物种	探索circRNA在脂质代谢中的调控机制，特别是与肌肉内脂肪含量相关的代谢特性	Lantang和Landrace猪的长背肌细胞	分子生物学	NA	circRNA-seq, Ribo-seq, 单细胞测序, 脂质组学分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据, 脂质组数据	18个circRNA候选物, 477个差异表达基因
4383	2025-02-08	Early downmodulation of tumor glycolysis predicts response to fasting-mimicking diet in triple-negative breast cancer patients 2025-Feb-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2024.11.004 PMID:39694040	研究论文	本研究探讨了周期性模拟禁食饮食（FMD）在三阴性乳腺癌（TNBC）患者中的抗肿瘤活性和疗效，特别是在与术前化疗结合使用时	首次在早期TNBC患者中展示了严重热量限制的周期性FMD与术前化疗结合使用的高病理完全缓解率（pCR）和长期临床结果	研究样本量较小（30名患者），需要更大规模的临床试验来验证结果	评估周期性FMD在早期TNBC患者中的疗效，并验证肿瘤内糖酵解的早期变化作为营养限制临床益处的预测因子	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	30名早期TNBC患者
4384	2025-02-08	CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization 2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073353509241205065221 PMID:39917921	研究论文	本研究通过单细胞分析和孟德尔随机化方法，探讨了骨质疏松症（OP）与衰老之间的关系及其共享的分子机制	首次通过单细胞数据整合和孟德尔随机化分析，识别出CD4+效应记忆T细胞（CD4+ TEM）在OP和衰老样本中的核心作用，并揭示了KLRB1、NR4A2和S100A4基因与OP的因果关系	研究主要基于单细胞数据和动物模型，仍需进一步临床验证	探讨骨质疏松症与衰老之间的关系及其分子机制	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血单细胞数据	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、RT-qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	骨质疏松症患者、衰老个体和健康对照者的外周血样本
4385	2025-02-08	Comprehensive Single-Cell Chromatin and Transcriptomic Profiling of Peripheral Immune Cells in Non-Segmental Vitiligo 2025-Jan-31, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf041 PMID:39888372	研究论文	本研究采用多组学单细胞方法，整合转录组和染色质可及性数据，研究非节段性白癜风（NSV）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的系统性免疫失调	首次在NSV患者的PBMCs中进行多组学单细胞研究，揭示了由细胞毒性、抗原呈递、耗竭和调节功能失调驱动的系统性免疫失调	样本量相对较小（NSV患者11例，对照组5例），尽管在扩展队列中进行了验证，但仍需更大规模的研究来进一步验证这些发现	研究非节段性白癜风（NSV）患者外周血单个核细胞（PBMCs）的系统性免疫失调机制	非节段性白癜风（NSV）患者和健康对照组的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞组学	白癜风	scRNA-seq/scATAC-seq, 光谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NSV患者11例，对照组5例（初始研究）；NSV患者16例，对照组9例（扩展验证）
4386	2025-02-08	SLAM-seq reveals independent contributions of RNA processing and stability to gene expression in African trypanosomes 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1203 PMID:39673807	研究论文	本文通过开发代谢RNA标记方法和结合超短代谢标记与瞬时转录组测序（TT-seq），研究了非洲锥虫中基因表达的控制，特别是RNA加工和降解对总mRNA水平的独立贡献	开发了高效的代谢RNA标记方法SLAM-seq，首次在非洲锥虫中全局量化RNA加工速率和半衰期，揭示了RNA加工和稳定性对总mRNA水平的独立影响	研究主要集中于非洲锥虫，结果可能不直接适用于其他生物体	探讨非洲锥虫中基因表达的控制机制，特别是RNA加工和降解的作用	非洲锥虫（Trypanosoma brucei）	分子生物学	NA	SLAM-seq, TT-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
4387	2025-02-08	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	本文介绍了一种名为Telomemore的新工具，能够量化非对齐的亚端粒读取，并展示了其在单细胞数据分析中的应用	Telomemore工具的创新在于能够量化非对齐的亚端粒读取，并揭示染色质凝聚状态，补充了RNA-seq在细胞周期推断中的不足	ATAC-seq端粒样读取不能用于推断端粒长度，主要来源于亚端粒区域	研究目的是通过单细胞分析工具Telomemore，揭示染色质凝聚状态及其在细胞周期推断中的应用	研究对象包括成纤维细胞和B细胞的多组学图谱	单细胞分析	NA	单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 多组学分析, 长读长测序	NA	单细胞RNA-seq数据, 单细胞ATAC-seq数据	多个公共数据集及新生成的多组学成纤维细胞和B细胞图谱
4388	2025-02-08	The high efficacy of claudin18.2-targeted CAR-T cell therapy in advanced pancreatic cancer with an antibody-dependent safety strategy 2025-Jan-10, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.01.012 PMID:39797399	研究论文	本研究探讨了claudin18.2靶向的CAR-T细胞疗法在晚期胰腺癌中的高效性，并采用抗体依赖的安全策略控制副作用	首次报道了使用tEGFR表达的claudin18.2靶向CAR-T细胞治疗晚期胰腺癌患者，并展示了抗体依赖的安全开关策略在控制CAR-T细胞引起的脱靶毒性中的可行性	研究中观察到胃黏膜损伤，这是由于claudin18.2在正常胃组织中的表达导致的脱靶毒性	评估claudin18.2靶向CAR-T细胞疗法在晚期胰腺癌中的疗效和安全性	3名晚期胰腺癌患者	癌症治疗	胰腺癌	CAR-T细胞疗法，单细胞转录组测序，T细胞受体测序	NA	临床数据，单细胞转录组数据，T细胞受体测序数据	3名晚期胰腺癌患者
4389	2025-02-08	RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis 2025-01, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13869 PMID:39428350	研究论文	本研究探讨了RGS10在溃疡性结肠炎（UC）中的作用，发现RGS10缺乏通过抑制Th1/Th17细胞介导的免疫反应减轻肠道黏膜炎症	首次揭示了RGS10在UC中的具体作用机制，特别是其通过抑制STAT1和STAT3的磷酸化来阻断Th1和Th17细胞的分化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究RGS10在溃疡性结肠炎中的作用及其机制	溃疡性结肠炎患者和小鼠模型	免疫学	溃疡性结肠炎	qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫组化, 免疫荧光分析, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 流式细胞术	RGS10基因敲除小鼠	基因表达数据, 蛋白质数据	UC患者和健康对照的样本
4390	2025-02-08	Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009 PMID:39911841	研究论文	本研究提出了一种多轮双细胞去除（MRDR）策略，通过多次运行算法来有效减少随机性，提高双细胞去除的效果	提出了一种新的多轮双细胞去除策略，通过多次运行算法来减少随机性，提高双细胞去除的效果	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中双细胞去除的效率	14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集
4391	2025-02-08	InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms 2024-Dec-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1 PMID:39711533	研究论文	本文介绍了一种新型的多模态单细胞RNA测序技术InTraSeq，能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标记、细胞质蛋白和核蛋白，从而提供对细胞功能的全面理解	InTraSeq技术通过使用寡核苷酸条形码抗体，首次实现了在单个细胞中同时测量RNA和蛋白质表达，包括翻译后修饰和转录因子，揭示了新的细胞亚型和状态	尽管InTraSeq提供了全面的细胞功能视图，但其协议相对简单，可能在某些复杂应用中存在局限性	研究目的是通过多模态单细胞RNA测序技术，揭示细胞分化和调控机制中的新生物学见解	研究对象是Th17细胞分化过程中的复杂细胞状态和调控机制	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多模态测序	NA	RNA和蛋白质表达数据	超过85,000个细胞
4392	2025-02-08	The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.06.622243 PMID:39574659	研究论文	本文研究了MRAP2蛋白如何通过与MC3R受体直接相互作用来增强信号传导，揭示了MRAP2在能量稳态中的关键作用	首次使用单分子下拉技术（SiMPull）确认MC3R和MRAP2在HEK293细胞中的相互作用，并通过荧光漂白步骤分析显示它们以1:1的化学计量比形成异二聚体	研究主要在HEK293细胞中进行，未在更复杂的生物体模型中验证结果	探讨MRAP2如何调节MC3R的功能及其在能量稳态中的作用	MC3R受体和MRAP2蛋白	分子生物学	肥胖症	单分子下拉技术（SiMPull）、荧光漂白步骤分析、单核和空间转录组学	NA	细胞实验数据、转录组数据	HEK293细胞
4393	2025-02-08	Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421 PMID:39476533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体肥胖导致后代纤维化的胚胎起源	首次在胚胎水平上揭示了母体肥胖导致后代纤维化的细胞机制，并提出了AMPK作为潜在的治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究母体肥胖对后代纤维化的影响及其机制	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎	单细胞RNA测序	纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎（E9.5, E11.5, E13.5）
4394	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
4395	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
4396	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4397	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
4398	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
4399	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
4400	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞