单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4381	2025-02-26	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，深入解析了人类自然杀伤细胞（NK细胞）的异质性	首次在健康人血液中识别出三个主要的NK细胞亚群，并进一步细分为六个不同的亚组，揭示了它们的分子特征、关键转录因子、生物学功能、代谢特性和细胞因子反应	研究主要基于健康个体的样本，对于疾病状态下的NK细胞异质性分析尚不充分	解析人类自然杀伤细胞的异质性及其在不同组织中的分布	人类自然杀伤细胞（NK细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康人血液、肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞样本，以及22种肿瘤类型的样本
4382	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
4383	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
4384	2025-02-26	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	研究论文	本文探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出了SCT作为免疫疾病细胞疗法的新范式，揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本量有限，且主要依赖于小鼠模型进行功能验证	研究SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术	小鼠异种移植模型	外周血和肠道组织样本	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本
4385	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
4386	2025-02-26	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本文通过整合小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用	首次通过整合多个公共单细胞RNA测序数据集，揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗支持细胞	生物信息学	听力损失	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	多个公共数据集，涵盖E14到P33阶段的小鼠耳蜗样本
4387	2025-02-26	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	本文研究了在杜氏肌营养不良症小鼠模型中，腺相关病毒（AAV）介导的先天性和适应性免疫反应	通过双剂量AAV9给药的小鼠模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应，揭示了抗AAV IgG和补体激活在免疫反应中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	理解AAV诱导的免疫反应机制，以改进临床前模型	杜氏肌营养不良症小鼠模型	免疫学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
4388	2025-02-26	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了免疫检查点阻断（ICB）对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地比较了ICB对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的影响，并揭示了ICB对T细胞浸润和特定巨噬细胞群体的影响	样本量相对较小，且主要依赖于已发表的数据集，可能限制了结果的普遍性	探讨免疫检查点阻断（ICB）对转移性脑肿瘤微环境的影响，以寻找提高ICB疗效的潜在策略	19个ICB未治疗和9个ICB治疗的转移性脑肿瘤样本，以及已发表的复发性胶质母细胞瘤（rGBM）数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多重免疫荧光，空间转录组学	NA	RNA测序数据，图像数据	28个脑转移瘤样本（19个ICB未治疗，9个ICB治疗）
4389	2025-02-26	Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment 2023-06, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031 PMID:35483629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	首次系统地研究了基质硬度对肿瘤内异质性的影响，特别是对肿瘤促进型M2样巨噬细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需进一步验证	探讨基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤样本
4390	2025-02-26	Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC PMID:35417304	研究论文	本研究通过全外显子组数据分析、单变异疾病关联测试、KIF15功能研究及人类肺单细胞RNA测序数据，探讨了KIF15基因在特发性肺纤维化（IPF）和家族性肺纤维化中的遗传风险	首次将KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与IPF易感性联系起来，揭示了非端粒酶途径的细胞增殖与IPF的关联	研究主要依赖于基因负担分析和单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有潜在的遗传变异和机制	识别与IPF和家族性肺纤维化相关的基因，特别是富含罕见有害变异的基因	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者的全外显子组数据	遗传学	特发性肺纤维化	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者
4391	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Conserved Metaplasia Program in Pancreatic Injury 2022-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.027 PMID:34695382	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了胰腺损伤中保守的化生程序	首次定义了胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生（ADM）的细胞群体及其转录变化，并发现了疾病进展的标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限（15例）	研究胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生的细胞群体及其转录变化，探索疾病进展的机制	小鼠胰腺腺泡细胞及人类慢性胰腺炎样本	单细胞转录组学	胰腺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、免疫染色图像	超过13,000个EYFP+细胞，15例人类慢性胰腺炎样本
4392	2025-02-26	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞的转录组景观	揭示了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用，并发现了库普弗细胞与单核细胞来源的巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探索NAFLD的细胞和分子机制	健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠的肝细胞和非实质细胞	单细胞测序	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	82,168个单细胞转录组
4393	2025-02-26	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程	使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力	未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证	开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4394	2025-02-26	Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029 PMID:32828819	研究论文	本文研究了肠道微生物产生的琥珀酸如何促进Tuft细胞的分化，从而抑制回肠炎症	揭示了Tuft细胞通过感知微生物代谢产物琥珀酸来调节免疫反应的新机制，并提出了通过扩增Tuft细胞治疗克罗恩病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需进一步验证其临床适用性	探讨Tuft细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的相互作用	克罗恩病患者、健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微镜观察、细胞因子检测	NA	基因表达数据、代谢物数据、微生物组数据、图像数据	19名克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠
4395	2025-02-26	Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms 2020-Jul-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06843-0 PMID:32616006	研究论文	本文介绍了一种名为TruDrop的双索引文库结构，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）与新型测序技术（如Illumina NovaSeq 6000）的兼容性问题	开发了TruDrop双索引文库结构，解决了scRNA-seq与新型测序技术的兼容性问题，并显著提高了测序数据的质量	尚未系统评估TruDrop文库在其他测序平台上的表现	提高单细胞RNA测序的兼容性和数据质量，以支持更高通量的测序需求	单细胞RNA测序文库	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24个单细胞RNA测序文库
4396	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4397	2025-02-25	Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma 2025-Feb-24, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991 PMID:39992403	研究论文	本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用	首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点	研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点	102例肾细胞癌患者的生物样本	肿瘤免疫学	肾细胞癌	转录组分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	102例肾细胞癌患者
4398	2025-02-25	Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637729 PMID:39990481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响	揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体	研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC	探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响	人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点
4399	2025-02-25	Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637521 PMID:39990382	研究论文	本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用	揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型	研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证	探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用	刺鼠的耳部组织	细胞生物学	NA	免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	刺鼠耳部组织样本
4400	2025-02-25	CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation 2025-Feb-11, ArXiv PMID:39990788	研究论文	本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据	CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制	现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60%	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能	基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	Causal Attention Transformer	基因表达数据	10个组织数据集