单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-08-05	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞水平上揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了线粒体编程和糖酵解是影响肿瘤细胞代谢特征的主要因素	研究仅基于3个供体的17,284个细胞，样本量相对较小	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	单细胞组学	成釉细胞瘤	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	3个供体的17,284个细胞
422	2025-08-05	CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study 2025-Jul, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15266 PMID:39962879	研究论文	本研究探讨了口腔扁平苔藓(OLP)中适应性免疫的启动机制，特别关注诱导性三级淋巴结构(iTLSs)和基质-免疫微环境的作用	首次在单细胞分辨率水平上揭示了OLP中iTLSs的细胞组成和成纤维细胞-免疫细胞相互作用，并发现CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化中的关键作用	这是一项回顾性研究，样本量有限，且机制研究主要在组织水平进行	阐明口腔扁平苔藓的发病机制，特别是三级淋巴结构和基质-免疫微环境的作用	口腔扁平苔藓患者组织和临床数据	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据，图像数据	回顾性收集的OLP患者临床数据
423	2025-08-05	Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease 2025-Jun-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1 PMID:40678223	research paper	该研究探讨了基孔肯雅病毒在关节相关巨噬细胞中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用	通过scRNA-seq、空间转录组学和流式细胞术，发现关节相关组织中炎症性巨噬细胞的积累及其携带的CHIKV RNA，揭示了CD4 T细胞在炎症中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类慢性疾病的机制	研究基孔肯雅病毒等关节致病性甲病毒导致慢性疾病的机制	感染甲病毒的小鼠关节相关组织	病毒学	基孔肯雅病毒感染	scRNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 流式细胞数据	感染甲病毒的小鼠关节相关组织样本
424	2025-08-05	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G(r): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	研究论文	提出了一种无需置换的闭式解析解方法，用于快速计算最近邻空间随机性（CSR）的均值和方差	提供了闭式解析解替代计算昂贵的置换方法，显著提高了计算效率和可重复性	未明确提及方法在其他类型空间数据或更大样本量下的适用性	开发一种快速、可重复的空间随机性计算方法，用于流行病学、组织生物学等领域	空间点模式数据，特别是免疫荧光样本中的细胞分布	空间分析	肾细胞癌	多重免疫荧光	解析解方法	空间点数据	模拟样本30个点，真实肾细胞癌样本未明确数量
425	2025-08-05	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，分析了非人灵长类动物早期结核病模型中肺组织和肉芽肿内巨噬细胞的表型和功能多样性	揭示了巨噬细胞在结核病肉芽肿中的空间分布多样性及其与结核分枝杆菌感染的关联	研究仅限于早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
426	2025-08-05	Identification of the CD8 + T-cell Related Signature for Predicting the Prognosis of Gastric Cancer Based on Integrated Analysis of Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data 2024-Sep-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000528 PMID:38809517	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，识别了与CD8 + T细胞相关的特征，用于预测胃癌患者的预后	首次探索了CD8 + T细胞在胃癌中的作用，并构建了一个新的风险模型和定量列线图来预测预后和指导免疫治疗决策	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	预测胃癌患者的预后并指导免疫治疗决策	胃癌患者的基因表达数据和CD8 + T细胞相关基因	digital pathology	gastric cancer	RNA-seq, scRNA-seq	risk model, nomogram	gene expression data	数据来源于The Cancer Genome Atlas数据库和GSE134520数据集
427	2025-08-05	TIGIT Blockade Reshapes the Tumor Microenvironment Based on the Single-cell RNA-Sequencing Analysis 2024-Jun-01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000511 PMID:38545758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究TIGIT阻断对肿瘤微环境的改变及其在癌症免疫治疗中的潜力	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析TIGIT阻断后肿瘤微环境的变化，揭示了TIGIT阻断对Treg细胞、NK细胞和cDC1细胞的影响及其机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探究TIGIT阻断对肿瘤免疫微环境的影响及其在癌症治疗中的应用	小鼠模型中的T细胞、NK细胞和cDC1细胞	肿瘤免疫学	恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明小鼠数量
428	2025-08-05	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	利用基于对抗学习的人工智能方法，从基因表达数据中识别能够有效诱导乳腺癌干细胞分化的小分子	采用对抗学习方法消除不同数据域间的偏差，基于转录组数据预测小分子的分化诱导能力	仅验证了六种高分分子中的五种，样本量有限	开发针对乳腺癌干细胞的靶向治疗策略	乳腺癌干细胞（MDA-MB-231和MCF7细胞系）	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）与对抗学习	基因表达数据	公开可用的未处理人类诱导多能干细胞单细胞RNA-Seq数据及LINCS数据库药物诱导基因表达谱
429	2025-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	本文介绍了一种名为scCRT的新型降维模型，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	scCRT整合了细胞级和集群级的对比学习模块，以利用上游分析的先验信息，提高轨迹推断的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集
430	2025-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种名为scEWE的高阶元素加权集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的异质性分析	提出了一种基于自表示集成学习框架的高阶元素加权策略，能够为单个细胞分配不同的基础聚类权重，并提取细胞间的高阶信息	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据异质性分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	集成学习框架	基因表达数据	未明确提及具体样本量
431	2025-08-05	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了TAMs风险评分（TRS）作为结直肠癌的预后指标，并预测患者对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在结直肠癌（CRC）发展和预后中的作用，并构建预测模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归和LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的样本
432	2025-08-04	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	研究论文	通过整合从六周胚胎到老年男性的92,488个人类睾丸细胞，构建了全面的人类男性生殖细胞图谱，揭示了调控男性生殖细胞发育的因子	首次构建了从胚胎到老年的人类男性生殖细胞发育图谱，并揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴和ANGPTL信号在生殖细胞发育中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞	生殖生物学	男性不育症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	92,488个睾丸细胞，覆盖从六周胚胎到老年男性的多个发育阶段
433	2025-08-04	Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945 PMID:40456298	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了腹泻型肠易激综合征患者的免疫特征变化	识别了T淋巴细胞中的新标记物，发现了HIF-1α、NF-kappa B和IL-17信号通路的失调，并提出了FOS信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小（4名患者和4名健康对照），且部分结果来自大鼠模型，需进一步验证	探究T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征（IBS-D）中的免疫特征及其病理机制	IBS-D患者和大鼠模型	生物信息学	肠易激综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA、三参数荧光分析	NA	RNA测序数据、血清和结肠组织数据	4名IBS-D患者和4名健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本
434	2025-08-04	Spatial pattern enhanced cellular and tissue recognition for spatial transcriptomics 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf106 PMID:40746376	研究论文	开发了一种名为SPECTRUM的空间模式增强细胞和组织识别统一方法，用于空间转录组学数据分析	结合了已知的细胞类型特异性标记和空间加权方法，用于细胞类型识别和空间群落检测	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据分析的准确性和深度	空间转录组学数据中的细胞和组织	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	SPECTRUM	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
435	2025-08-04	Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss 2025-Aug-02, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03580-9 PMID:40751792	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了m5C相关基因与复发性流产(RPL)发病机制之间的关系	首次将RPL患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的RPL诊断模型	样本量较小(48例子宫内膜组织样本)，且机制研究仍需进一步实验验证	探索m5C相关基因与复发性流产发病机制的关联	复发性流产患者的子宫内膜组织样本	生物信息学	复发性流产	GEO数据查询、机器学习、scRNA-seq	多种ML方法(未指定具体模型)	基因表达数据	48例子宫内膜组织样本(24例RPL患者)
436	2025-08-04	Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States 2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良性和恶性状态过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织标本	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和治疗干预提供潜在靶点	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	36例患者(包含VCP、VCL和LSCC), 共计318,907个细胞和12,679个空间转录组位点
437	2025-08-04	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫图谱	首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序技术全面分析帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，揭示了疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物	样本量相对较小(10名健康对照和14名帕金森病患者)，且仅分析了外周血单个核细胞	探索帕金森病患者外周免疫特征，寻找早期诊断生物标志物和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	24名参与者(10名健康对照和14名帕金森病患者)的78,876个细胞
438	2025-08-04	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	研究论文	通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭对青春期前人类睾丸中精原细胞分化状态及标记物表达的影响	首次在青春期前男孩睾丸中确认仅存在未分化精原细胞，并发现化疗诱导的精原细胞耗竭会减少ID4、FGFR3和KIT蛋白的表达	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及化疗对其影响	青春期前男孩睾丸组织样本	生殖医学	癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩睾丸样本（0-17岁）、14个生物库对照样本（0.6-13.1岁）、31个癌症患儿睾丸组织样本（0.7-13.1岁）
439	2025-08-04	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度，包括细胞间距离和细胞簇效应	研究仅针对八种批次校正方法进行评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较不同批次校正方法在scRNA-seq数据分析中的表现	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
440	2025-08-04	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	research paper	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确3D空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	现有方法通常过于专注于单一模态或分辨率，阻碍了对多层生物异质性的全面捕捉	开发一个多切片联合分析框架，以精确重建3D空间域并深入分析疾病病理	组织切片和病理数据集	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics (ST), H&E imaging	graph attention autoencoder	image, pathological data	连续的组织切片和病理数据集