单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-08	Proximal Tubule Cells Contribute to the Thin Descending Limb of the Loop of Henle during Mouse Kidney Development 2025-May-06, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000721 PMID:40327839	研究论文	本研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环细降支形成中的作用	首次发现近端小管细胞可贡献于Henle环细降支的形成，并揭示了转录因子Hnf4a在此过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Henle环细降支细胞的发育起源	小鼠肾脏发育过程中的细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	整合多个非突变发育小鼠肾脏数据集
422	2025-05-08	Oncostatin-M: a novel leukocyte-derived factor facilitating the ovulatory process in the human ovary 2025-May-06, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf076 PMID:40327872	研究论文	研究白细胞衍生的Oncostatin-M (OSM)在人类优势卵泡排卵过程中的调控作用	首次揭示白细胞衍生的OSM通过激活关键信号通路调控人类排卵前颗粒细胞的功能，影响类固醇生成、前列腺素合成和组织重塑	研究使用体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)，可能无法完全模拟体内排卵动态，且结果仅适用于人类样本，需要在其他哺乳动物物种中验证	探究白细胞衍生的OSM在人类排卵过程中的调控机制	人类优势卵泡和体外受精(IVF)患者的卵泡抽吸物	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、免疫组化、Western blotting、RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	自然周期女性优势卵泡(n=19)和IVF患者卵泡抽吸物(n=12)
423	2025-05-08	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-May-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了乳糜泻（CD）患者小肠中免疫-上皮-基质网络的细胞生态系统	首次在CD中展示了上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应以及分泌和肠内分泌细胞群的扰动，并发现了治疗后的持续免疫-上皮'疤痕'	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且仅针对乳糜泻患者	揭示乳糜泻中小肠损伤的免疫-上皮-基质相互作用机制	乳糜泻患者的肠道活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	86,442个免疫、实质和上皮细胞（35名参与者），空间转录组学（20名参与者）
424	2025-05-08	Single-cell analysis of diquat-induced oxidative stress and its impact on organ-specific toxicity 2025-May-05, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118246 PMID:40327929	研究论文	通过单细胞分析揭示了敌草快诱导的氧化应激及其对器官特异性毒性的影响	首次构建了敌草快中毒后小鼠多器官单细胞图谱，揭示了氧化应激微环境在多器官损伤中的核心作用	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探究敌草快诱导的多器官损伤特征及其分子机制	敌草快中毒小鼠的肺、肝和肾脏	单细胞测序	中毒性器官损伤	scRNA-seq/snRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	超过270,000个小鼠细胞
425	2025-05-08	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-May-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过多模态方法研究肠道隐窝组织中干细胞的动态变化	整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示隐窝底部干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	NA	解析肠道隐窝组织中干细胞的动态变化及其在维持肠道上皮稳态中的作用	肠道隐窝底部的Lgr5阳性干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	single-cell RNA sequencing data	NA
426	2025-05-08	Microglia transcriptional states and their functional significance: Context drives diversity 2025-May-05, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.009 PMID:40328255	综述	本文探讨了不同情境下小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞转录状态的多样性，并探讨了非稳态条件下特定情境特征的诱导	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨小胶质细胞转录状态的多样性及其功能意义，以推动针对小胶质细胞的治疗策略	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
427	2025-05-08	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	本研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息增强的细胞类型特异性（CTS）差异基因表达分析，并应用于AD相关表型研究	ST数据样本量较小可能影响分析效力	提高AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436例死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
428	2025-05-08	The immunosuppressive role of VSIG4 in colorectal cancer and its interaction with the tumor microenvironment 2025-May-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02411-8 PMID:40317372	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了VSIG4在结直肠癌免疫微环境中的关键作用及其与肿瘤微环境的相互作用	首次证明VSIG4、CYBBC3AR1和FCGR1A在结直肠癌免疫微环境中起关键作用，特别是VSIG4在巨噬细胞活性和CD8+T细胞免疫耗竭中的免疫调节功能	未提及具体样本量限制或实验设计的潜在缺陷	探究结直肠癌免疫微环境中的关键基因及其作用机制	结直肠癌患者数据及巨噬细胞亚群	癌症免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、PCR、非负矩阵分解(NMF)、LASSO和随机森林模型	LASSO、随机森林	基因表达数据、单细胞转录组数据	TCGA-COAD数据集和GEO数据库中的结直肠癌患者数据（具体数量未说明）
429	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing reveals a fibroblast gene signature that promotes T-cell infiltration in muscle-invasive bladder cancer 2025-May-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08094-9 PMID:40319103	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了促进T细胞浸润的成纤维细胞基因特征在肌层浸润性膀胱癌中的作用	发现了两种干扰素响应的成纤维细胞群在MIBC肿瘤微环境中的主导作用，并揭示了Tex细胞与CAFs之间的双向作用机制	样本量较小（19个组织样本来自12名患者）	探究肌层浸润性膀胱癌中肿瘤微环境的复杂相互作用机制	肌层浸润性膀胱癌患者的组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	19个组织样本（来自12名患者：7例MIBC，3例NMIBC，9例正常组织）
430	2025-05-08	FMO2+ cancer-associated fibroblasts sensitize anti-PD-1 therapy in patients with hepatocellular carcinoma 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011648 PMID:40316306	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和转录组分析，发现了一种特定的FMO2+癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，能够提高肝细胞癌（HCC）患者对PD-1抑制剂的治疗反应	首次鉴定出FMO2+ CAF亚群，并揭示了其通过CCL19-CCR7轴促进三级淋巴结构形成和免疫细胞浸润的机制，为HCC免疫治疗提供了新的生物标志物和治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床验证	探索肝细胞癌免疫治疗反应异质性的分子机制	肝细胞癌患者和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、时间飞行质谱流式细胞术	小鼠原位HCC模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	不同PD-1治疗反应的HCC患者样本和小鼠模型
431	2025-05-08	Combination of HDAC inhibition and cytokine enhances therapeutic HPV vaccine therapy 2025-May-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011074 PMID:40316302	research paper	研究评估了HPV疫苗PDS0101与免疫细胞因子NHS-IL12及Entinostat或αPD-1联合治疗HPV16+癌症的疗效	首次将HPV疫苗PDS0101与NHS-IL12及Entinostat联合用于治疗HPV16+癌症，并展示了优于αPD-1组合的疗效	研究仅在αPD-1耐药的HPV16+癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	开发针对HPV16相关恶性肿瘤的新型联合疗法	HPV16+癌症小鼠模型（TC-1和mEER肿瘤）	肿瘤免疫治疗	HPV相关恶性肿瘤	流式细胞术、多重免疫荧光、细胞因子评估、单细胞RNA测序（TCR富集）	NA	细胞表型数据、转录组数据	HPV16+癌症小鼠模型
432	2025-05-08	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells From Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2025-May, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24657 PMID:39916387	研究论文	研究伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次发现伊布地司特通过抑制PDE和激活mTOR通路保护视网膜双极细胞，并揭示了双极细胞与Müller胶质细胞之间的旁分泌信号通路在神经保护中的作用	研究仅使用鸡的视网膜损伤模型，未在哺乳动物或人类中进行验证，且mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡	探究伊布地司特对视网膜神经元的保护机制及其潜在临床应用价值	鸡视网膜神经元（特别是双极细胞）和Müller胶质细胞	神经保护	视网膜损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、光谱域光学相干断层扫描（SD-OCT）、视网膜电图	兴奋性毒性视网膜损伤模型	基因表达数据、影像数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用鸡视网膜模型
433	2025-05-08	Integrating microbial GWAS and single-cell transcriptomics reveals associations between host cell populations and the gut microbiome 2025-May, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-01978-w PMID:40195537	研究论文	该研究通过整合微生物GWAS和单细胞转录组学，揭示了宿主细胞群与肠道微生物组之间的关联	开发了计算框架scBPS，首次系统地整合微生物GWAS和单细胞RNA测序数据，识别与肠道微生物相关的宿主组织和细胞类型	研究依赖于现有的GWAS和单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的覆盖范围和深度	探索宿主遗传、肠道微生物组与特定细胞环境之间的联系	人类24个器官的微生物组和254种宿主细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序、微生物GWAS	scBPS	单细胞RNA测序数据、GWAS数据	207种微生物分类群和254种宿主细胞类型
434	2025-05-08	Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer 2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011899 PMID:40306958	research paper	该研究探讨了肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的潜在免疫调节作用及其与化疗免疫疗法结合的潜力	揭示了TIMCs在TNBC肿瘤免疫微环境中的关键调节作用，并提出了TIMCs靶向治疗与化疗免疫疗法结合的新策略	研究主要基于小鼠和人类单细胞测序数据，临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索TNBC中TIMCs的免疫调节机制及其在化疗免疫疗法中的潜在增强作用	三阴性乳腺癌（TNBC）中的肿瘤浸润性肥大细胞（TIMCs）	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	整合了小鼠和人类的单细胞测序数据（具体样本数量未提及）
435	2025-05-08	scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations 2025-Apr-30, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108483 PMID:40328048	research paper	该研究提出了一种名为scDGG的多视图图学习架构，用于从各种信号通路中压缩动态基因图，以提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	提出动态基因图的概念，相比静态基因图能更全面地观察调控机制，并开发了scDGG多视图图学习架构	未明确提及具体的数据集规模限制或模型计算复杂度问题	提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	多视图图学习架构(scDGG)	基因表达数据	基准scRNA-seq数据集（未明确数量）
436	2025-05-08	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	首次系统地评估了数字空间分析(DSP)技术在临床样本中的表现，并与单分子成像(SMI)平台进行了比较	研究主要关注肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床应用中的可行性和可靠性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP), 单分子成像(SMI)	NA	空间转录组数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
437	2025-05-08	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Apr-28, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次发现并证实脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后伤口愈合的必要性和充分性	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞和心肌梗死后心脏修复	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、RNA测序数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者
438	2025-05-08	Investigative needle core biopsies support multimodal deep-data generation in glioblastoma 2025-Apr-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58452-8 PMID:40295505	研究论文	本文探讨了在胶质母细胞瘤（GBM）中，通过常规立体定向针芯活检进行多组学分析的可行性和应用	展示了从常规立体定向针芯活检中生成深度数据的可能性，并进行了高分辨率的多组学分析，包括单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学等	研究样本量有限，且立体定向活检用于监测治疗反应的效用尚未明确	评估立体定向针芯活检在胶质母细胞瘤治疗反应监测中的可行性和数据生成能力	胶质母细胞瘤（GBM）患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、T细胞克隆型分析、MHC I类免疫肽组学	NA	多组学数据	未明确提及具体样本数量，但使用了标准活检组织
439	2025-05-08	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	研究揭示了哺乳动物前脑发育过程中区域扩张的机制，特别是通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱和单细胞RNA测序技术	提供了小鼠大脑的单细胞分辨率出生日期图谱，识别了FAM210B作为调控线粒体功能和乳酸产生的关键因子，从而影响前脑神经祖细胞的自我复制分裂	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚未完全验证	探索哺乳动物大脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑的神经祖细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑的单细胞数据
440	2025-05-08	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	研究肥胖与骨关节炎（OA）严重程度和疼痛之间的关系，特别是脂肪分泌的瘦素和补体因子D的作用	揭示了脂肪分泌的瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响OA的结构和疼痛表型，证实了脂肪与关节之间的系统性交互作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究肥胖相关脂肪因子（特别是瘦素）在OA发病机制中的具体作用	脂肪分泌的瘦素和补体因子D，以及它们对OA严重程度和疼痛的影响	生物医学	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠模型（脂肪营养不良小鼠）	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠实验模型