单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-07-22	An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07926-8 PMID:39232171	research paper	该研究通过建立小鼠模型和患者队列分析，揭示了呼吸道病毒感染后长期后遗症（PASC）中异常免疫-上皮祖细胞生态位的作用机制	首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞互作通过IFNγ/TNF-IL-1β轴导致肺泡再生障碍和肺纤维化的机制，并提出针对急性期后纤维化疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类患者样本的验证仍需进一步扩大	阐明新冠病毒等呼吸道病毒感染后长期肺纤维化后遗症的发病机制	呼吸道PASC患者队列和小鼠模型	免疫病理学	COVID-19后遗症	空间转录组学、成像技术	小鼠疾病模型	基因表达数据、影像数据	三个患者队列（具体数量未说明）和小鼠模型
422	2025-07-22	Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08087-4 PMID:39478210	研究论文	通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究肿瘤与非癌细胞在2D和3D空间中的相互作用及肿瘤微环境	定义了'肿瘤微区域'和'空间亚克隆'概念，结合深度学习算法揭示了肿瘤在3D空间中的异质性和免疫微环境特征	样本量相对有限，仅包含6种癌症类型	探究肿瘤在空间维度上的演化机制及其与微环境的相互作用	131个肿瘤切片（来自78例6种癌症类型患者）	数字病理学	癌症	Visium空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、共检测索引(CODEX)	无监督深度学习算法	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	131个肿瘤切片（78例患者）、48个匹配单核RNA测序样本、22个匹配CODEX样本、16个样本的48个连续ST切片
423	2025-07-22	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加脑源性神经营养因子（BDNF）来逆转颅脑放疗（RT）引起的认知功能下降和神经退行性后果的效果	首次证明RZ通过增加BDNF水平，改善RT引起的认知功能障碍，并揭示了其神经保护机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减轻颅脑放疗引起的认知功能障碍的潜在治疗方法	成年小鼠模型	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠模型	基因表达数据、生化数据、行为数据	未明确说明小鼠数量，但涉及RT+Veh和RT+RZ两组比较
424	2025-07-22	Gene expression prediction from histology images via hypergraph neural networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae500 PMID:39401144	研究论文	提出了一种新的超图神经网络模型HGGEP，用于从组织学图像预测基因表达	HGGEP模型通过梯度增强模块增强对细胞形态信息的感知，并利用注意力机制和多尺度特征关联来提高预测性能	NA	基于成本效益高的组织学图像预测基因表达	组织学图像和基因表达数据	数字病理学	癌症和肿瘤疾病	超图神经网络	HGGEP	图像	多个疾病样本数据集
425	2025-07-22	Genetic association with autoimmune diseases identifies molecular mechanisms of coronary artery disease 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110715 PMID:39262791	研究论文	本研究利用GWAS数据探索冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病之间的遗传关系	通过统计遗传学方法识别CAD与多种自身免疫性疾病之间的相关性和因果性SNP，并利用单细胞RNA测序技术解析冠状动脉粥样硬化斑块中的细胞类型	未提及样本量具体数据，且可能受限于GWAS数据的覆盖范围	揭示CAD与自身免疫性疾病的遗传关联机制	冠状动脉疾病（CAD）与自身免疫性疾病	遗传学	冠状动脉疾病	GWAS, CPASSOC, MR, COLOC, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
426	2025-07-22	NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma 2024-09-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023529 PMID:38875515	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞，揭示了NK细胞在骨髓和外周血中的转录组变化及其与患者预后的关联	首次在多发性骨髓瘤患者中发现CD16/CD226Lo NK细胞的积累及其与不良预后的关联	样本量较小（10名患者和10名健康捐赠者），且部分分析基于回顾性队列	研究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的功能缺陷及其对预后的影响	多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者的NK细胞	免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10名多发性骨髓瘤患者和10名健康捐赠者，以及177名患者的回顾性队列
427	2025-07-22	A Novel Non-Invasive Murine Model of Neonatal Hypoxic-Ischemic Encephalopathy Demonstrates Developmental Delay and Motor Deficits with Activation of Inflammatory Pathways in Monocytes 2024-09-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13181551 PMID:39329733	research paper	该研究提出了一种新型非侵入性小鼠模型，用于模拟新生儿缺氧缺血性脑病（HIE），并展示了发育延迟和运动缺陷与单核细胞炎症通路的激活	首次将母体免疫激活（MIA）与产后缺氧结合，创建了一种非侵入性HIE模型，揭示了炎症基因上调及微胶质细胞亚群的变化	该模型产生的表型较现有HIE模型更温和，而HIE在临床上具有异质性，可能导致不同的人类结果	开发一种新型非侵入性小鼠模型，用于研究HIE的发病机制及潜在治疗靶点	新生小鼠	NA	新生儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了新生小鼠作为研究对象
428	2025-07-22	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文提出了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中重建B细胞克隆谱系的进化历史，包括体细胞高频突变和类别转换重组	TRIBAL算法首次同时考虑了体细胞高频突变和类别转换重组，相比现有方法能更全面、准确地重建B细胞谱系树	NA	改进B细胞谱系追踪，用于疫苗反应建模、疾病进展研究和治疗性抗体识别	B细胞克隆谱系	生物信息学	NA	scRNA-seq	TRIBAL算法	单细胞RNA测序数据	NA
429	2025-07-22	Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy 2024-Sep-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798 PMID:39058036	research paper	该研究通过整合大量和单细胞RNA测序与空间转录组学数据，揭示了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路如何介导免疫反应并预测免疫治疗疗效	首次在MCC中识别出CD8 Trm和Vδ1 γδ T细胞作为免疫检查点阻断（ICB）反应的临床可操作生物标志物和治疗靶点	样本量虽为迄今最大但仍有限（116例患者），且需要进一步验证这些生物标志物的临床实用性	探索MCC中预测ICB疗效的生物标志物和免疫机制	默克尔细胞癌（MCC）患者肿瘤样本和免疫细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	116例患者的186份样本（包括14对ICB治疗前后匹配样本）
430	2025-07-22	Multi-omic analysis and validation reveal ZBP1 as a potential prognostic and immunotherapy-related biomarker in head and neck squamous cell carcinoma 2024-09, Journal of stomatology, oral and maxillofacial surgery DOI:10.1016/j.jormas.2024.101901 PMID:38688403	研究论文	本研究通过多组学分析验证了ZBP1作为头颈部鳞状细胞癌潜在预后和免疫治疗相关生物标志物的作用	首次全面揭示了ZBP1在HNSCC中的预后价值和免疫治疗相关性	验证队列样本量较小(66例肿瘤样本和37例对照)	探索ZBP1在头颈部鳞状细胞癌中的潜在功能	头颈部鳞状细胞癌患者	癌症基因组学	头颈部鳞状细胞癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库数据+独立验证队列(66例肿瘤样本和37例对照)
431	2025-07-22	Eganelisib combined with immune checkpoint inhibitor therapy and chemotherapy in frontline metastatic triple-negative breast cancer triggers macrophage reprogramming, immune activation and extracellular matrix reorganization in the tumor microenvironment 2024-Aug-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009160 PMID:39214650	研究论文	本研究探讨了eganelisib联合免疫检查点抑制剂疗法和化疗在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的作用，特别是对肿瘤微环境中巨噬细胞重编程、免疫激活和细胞外基质重组的影响	首次报告了eganelisib联合atezolizumab和nab-paclitaxel在转移性三阴性乳腺癌一线治疗中的转化分析结果，包括配对肿瘤活检数据	样本量相对较小（n=11-18），且为II期临床试验结果，需要更大规模的验证	评估eganelisib联合免疫检查点抑制剂和化疗在转移性三阴性乳腺癌治疗中的效果和机制	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	多重免疫荧光、GeoMx数字空间转录组分析、流式细胞术、多重细胞因子分析	NA	肿瘤活检组织、外周血样本	11-18例患者的配对肿瘤活检样本
432	2025-07-22	Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs 2024-Aug-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51590-5 PMID:39209833	research paper	介绍了一种名为空间图傅里叶变换（SpaGFT）的方法，用于空间组学数据的表示和分析	提出了一种新的解释性图表示方法，能够识别空间可变基因并提高基因表达插补的准确性	未提及具体的数据规模或计算资源需求	探索组织生物学和功能的空间组学数据分析	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据	空间组学	NA	空间图傅里叶变换（SpaGFT）	NA	空间转录组数据、空间蛋白质组数据	人类和小鼠的空间转录组数据、人类淋巴结Visium数据、人类扁桃体CODEX数据
433	2025-07-22	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞中识别细胞身份基因	SCIG方法利用遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未提及具体局限性	解析细胞身份基因以理解细胞分化、发育及与细胞身份失调相关的疾病	血管内皮细胞	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习	基因表达数据	人类内皮细胞图谱
434	2025-07-22	Inhalable Stem Cell Exosomes Promote Heart Repair After Myocardial Infarction 2024-Aug-27, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.065005 PMID:39186525	研究论文	研究提出了一种通过吸入干细胞外泌体促进心肌梗死后心脏修复的非侵入性治疗方法	首次报道了通过吸入方式递送干细胞外泌体的治疗方法（SCENT），并揭示了内皮细胞CD36敲除对心脏损伤的改善作用	研究主要基于动物模型，尚未进行人体临床试验	探索心肌梗死后心脏修复的新型治疗方法	心肌梗死模型小鼠和猪	再生医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、心脏磁共振成像	EC-Cd36fl/-条件性敲除小鼠模型	影像数据、基因表达数据	小鼠和猪的心肌梗死模型
435	2025-07-22	FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology 2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.09.602778 PMID:39026885	research paper	介绍了一个名为FUSION的基于网络的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的关联	开发了一个集成的网络工具，结合深度学习和可视化技术，用于分析空间组学数据及其相关的高分辨率组织学图像	未提及具体的技术验证或用户反馈数据	连接分子和组织病理学特征，提供一个统一的工作空间以促进生物学机制的深入理解	健康与病变组织的空间转录组数据（FFPE和冷冻制备样本）	digital pathology	NA	空间转录组学（ST）	deep learning-based algorithms	image, spatial -OMICS data	未明确提及具体样本数量，但包括FFPE和冷冻制备的健康与病变组织数据集
436	2025-07-22	Multi-parametric atlas of the pre-metastatic liver for prediction of metastatic outcome in early-stage pancreatic cancer 2024-Aug, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03075-7 PMID:38942992	研究论文	通过多参数分析术前肝脏活检，预测早期胰腺癌患者的转移风险、时间和器官部位	结合代谢组学、组织学和单细胞转录组学及多重成像方法，首次开发了基于机器学习的模型预测转移结果	样本量较小（49例胰腺癌患者和19例对照组），需要更大规模的研究验证	预测胰腺癌患者的转移风险和器官特异性转移	早期胰腺癌患者和对照组非癌性胰腺病变患者的肝脏活检样本	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、单细胞转录组学、多重成像	机器学习模型	组织样本、代谢组数据、转录组数据、图像数据	49例胰腺癌患者和19例对照组
437	2025-07-22	Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis 2024-Aug-01, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011 PMID:38768394	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫亚群	首次在活体患者中鉴定了与心肌炎和肌炎相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群，并发现IL1B+TNF+髓系细胞与更严重的毒性和不良临床结果相关	样本量较小（n=10心肌炎加肌炎患者，n=1单纯心肌炎患者，n=9对照组）	揭示免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制	接受免疫检查点疗法治疗并出现心肌炎和/或肌炎的癌症患者	免疫学	心肌炎和肌炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	NA	单细胞RNA测序数据和免疫组织化学数据	20例（10例心肌炎加肌炎患者，1例单纯心肌炎患者，9例对照组）
438	2025-07-22	A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage 2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.15.603542 PMID:39071399	研究论文	本研究探讨了小肠中一种罕见且独特的分泌细胞群CHEs的命运决定机制，揭示了Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用	首次发现Notch信号在分泌细胞谱系中的第二波激活作用，用于区分CHEs与其他分泌细胞类型	研究主要基于大鼠模型，人类数据验证有限	阐明小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制	大鼠和人类小肠中的CHEs细胞	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序，伪时间轨迹分析	NA	基因表达数据	NA
439	2025-07-22	Transcriptomic Analysis Reveals That Excessive Thyroid Hormone Signaling Impairs Phototransduction and Mitochondrial Bioenergetics and Induces Cellular Stress in Mouse Cone Photoreceptors 2024-Jul-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25137435 PMID:39000540	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了甲状腺激素信号过度对小鼠视锥细胞光转导和线粒体生物能量学的损害及其诱导的细胞应激	首次使用单细胞RNA测序技术揭示甲状腺激素信号过度对视锥细胞转录组的影响，发现了光转导和氧化磷酸化受损及线粒体功能障碍	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究甲状腺激素信号过度诱导视锥细胞退化的分子机制	小鼠视锥细胞	转录组学	视网膜退化	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	155,866个单细胞，其中视锥细胞占4.1%
440	2025-07-22	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异会导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次发现POPDC2基因变异与人类心脏传导系统疾病和肥厚型心肌病的直接关联，并通过实验验证了这些变异对TREK-1钾通道功能的损害	研究样本量较小（仅4个家族），且肌肉活检未显示明显的肌病特征	探索POPDC2基因变异与心脏传导系统疾病的因果关系	4个携带POPDC2基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA表达数据	4个家族（具体人数未明确）和超过100万人的群体遗传数据