单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-06-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响	首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成	研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证	探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因	小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系	转录组学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集
422	2025-06-05	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上比较了原发性乳腺癌与淋巴结、骨和脑转移的差异，并鉴定了与转移相关的恶性上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞(pCAFs)的作用	样本量较小(原发性乳腺癌n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2)，且数据来源于公共数据库	探究乳腺癌转移至淋巴结、骨和脑的潜在细胞起源和驱动因素	乳腺癌原发灶及淋巴结、骨和脑转移灶的细胞组成	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, InferCNV算法, CellChat包, 基因集变异分析, 免疫组化染色, 多光谱免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据	原发性乳腺癌(n=4)、淋巴结转移(n=4)、脑转移(n=3)和骨转移(n=2)样本
423	2025-06-05	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了白癜风发病的遗传和分子机制，并探索了JAK/STAT通路对潜在治疗靶点CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次系统阐明JAK/STAT通路通过调控CTSS参与黑素细胞抗原处理的分子机制	需要进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力	阐明白癜风发病机制并寻找潜在治疗靶点	白癜风患者血液和皮肤病变组织	多组学分析	白癜风	GWAS-meta分析、pQTL/eQTL分析、微阵列、单细胞RNA-seq、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本量（包含GWAS荟萃分析、微阵列和单细胞测序数据）
424	2025-06-05	Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103851 PMID:39744231	研究论文	本研究探讨了内皮MerTK在升主动脉瘤和夹层(AAAD)进展中的作用，通过单细胞RNA测序和大数据分析揭示了其机制	首次揭示了内皮MerTK表达抑制在AAAD中的关键作用及其通过影响内皮功能和SMC表型变化促进AAAD发展的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	阐明内皮MerTK在AAAD发病机制中的作用	升主动脉瘤和夹层(AAAD)患者样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型	生物医学研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA-seq, 大数据分析	小鼠基因缺陷模型	基因表达数据	约600,000个交叉分析数据点和小鼠模型
425	2025-06-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在动脉粥样硬化中通过促进内皮-间质转化（EndMT）加剧疾病进程的机制	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化中的关键作用，并提出了小分子Max-40279作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究PIM1在动脉粥样硬化中促进EndMT的分子机制	内皮细胞、小鼠动脉粥样硬化模型、人类动脉粥样硬化病变组织	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、免疫共沉淀、H&E染色、油红O染色、Masson三色染色	小鼠动脉粥样硬化模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	高脂饮食喂养不同时间的小鼠动脉粥样硬化斑块、人类和小鼠动脉粥样硬化病变组织
426	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者在轻链逃逸前后的肿瘤亚群差异及其与溶骨性基因表达的关系	首次使用scRNA-seq技术追踪多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象，揭示了LAMP5过表达与溶骨性病变风险的新关联	研究样本仅来自单一患者，需要在更大队列中验证发现	探究多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	1名患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
427	2025-06-05	Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104697 PMID:39898252	研究论文	本文通过科学计量和可视化分析，综述了过去15年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肌肉骨骼疾病（MSK）研究中的应用进展	首次对scRNA-seq在MSK疾病研究中的应用趋势进行全面的科学计量和可视化分析，揭示了主要研究方向和未来前景	仅基于Web of Science Core Collection的数据，可能未涵盖所有相关研究	分析scRNA-seq在MSK疾病研究中的发展趋势和关键研究方向	肌肉骨骼疾病（MSK）	生物信息学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文献数据	Web of Science Core Collection中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献
428	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)、多重原位杂交(multiplex in situ hybridization)、人工智能辅助分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者样本
429	2025-06-05	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	research paper	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化及其在肿瘤微环境中的作用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌中成纤维细胞的分化轨迹及其在恶性转化过程中的细胞间网络	研究主要聚焦于胰腺导管腺癌，其他类型的胰腺癌可能具有不同的微环境特征	探索胰腺癌微环境中基质细胞与癌细胞之间的相互作用，以寻找新的治疗干预点	正常、炎症和恶性胰腺组织中的成纤维细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	正常、炎症和恶性胰腺组织样本
430	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活的机制	首次在单细胞水平上揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响，特别是对NLRP3炎症小体激活、氧化应激和线粒体途径的影响	研究仅使用了人类扁桃体组织作为模型，可能无法完全反映体内其他组织的反应	探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同作用	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)	NA	单细胞转录组数据	NA
431	2025-06-05	Single-Nucleus and Spatial Transcriptomics Revealing Host Response Differences Triggered by Mutated Virus in Severe Dengue 2024-11-15, Viruses DOI:10.3390/v16111779 PMID:39599894	研究论文	通过单核和空间转录组学揭示突变病毒在严重登革热中引发的宿主反应差异	首次利用单核和空间RNA测序技术分析突变登革热病毒在小鼠模型中的宿主反应差异，并鉴定出NRG/ErbB信号通路的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究突变登革热病毒引发严重症状的分子机制	突变登革热病毒DENV-2 N10及其在小鼠模型中的宿主反应	转录组学	登革热	单核RNA测序、空间RNA测序、计算机分子建模分析	小鼠模型	RNA测序数据	未感染、轻度感染(NGC组)和严重感染(N10组)的小鼠肝脏组织样本
432	2025-06-05	GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae151 PMID:39499852	research paper	通过斑马鱼垂体单细胞转录组学揭示了GnRH与促性腺激素细胞的相互作用	首次在gnrh3-/-斑马鱼中通过单细胞RNA测序分析了所有垂体细胞的基因表达，揭示了LH和FSH促性腺激素细胞中两种促性腺激素β亚基的表达比例及GnRH受体表达的差异	Gnrh3与LH促性腺激素细胞通过Gnrhr2直接相互作用的结果尚不清楚，且Gnrh3调节fshb表达的途径仍需进一步研究	阐明下丘脑Gnrh3及其他机制在调节垂体促性腺激素细胞中的作用	野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的垂体细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的垂体细胞
433	2025-06-05	Spatial transcriptomics of a parasitic flatworm provides a molecular map of drug targets and drug resistance genes 2024-10-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53215-3 PMID:39414795	研究论文	本研究通过空间转录组学技术绘制了寄生虫肝片吸虫的分子图谱，识别了八个不同组织的基因表达谱和标记基因	首次提供了肝片吸虫的空间转录组图谱，揭示了具有医学重要性的基因（如疫苗候选基因和耐药基因）的独特表达模式	研究仅针对肝片吸虫一种寄生虫，结果可能不适用于其他寄生虫	解析寄生虫组织的基因表达空间分布及其功能	肝片吸虫（Fasciola hepatica）	空间转录组学	寄生虫感染	空间转录组学，原位杂交	NA	空间基因表达数据	NA
434	2025-06-05	TGF-β-mediated crosstalk between TIGIT+ Tregs and CD226+CD8+ T cells in the progression and remission of type 1 diabetes 2024-10-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53264-8 PMID:39406740	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了1型糖尿病（T1D）不同阶段免疫细胞景观的动态变化，并鉴定了与疾病进展和缓解相关的关键免疫细胞亚群	首次发现TIGIT+CCR7+ Tregs和CD226+CD8+ T细胞在T1D缓解期的动态变化，并揭示它们通过TGF-β信号通路相互作用	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的机制研究验证	探索1型糖尿病进展和缓解过程中的免疫细胞动态变化及其机制	1型糖尿病患者和小鼠糖尿病模型中的免疫细胞	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、机器学习算法、细胞通讯分析、体外功能实验	预测模型（未明确具体算法）	单细胞转录组数据	未明确说明患者数量，但包含多个T1D阶段的患者样本和两种小鼠糖尿病模型
435	2025-06-05	Non-homogenous intratumor ionizing radiation doses synergize with PD1 and CXCR2 blockade 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53015-9 PMID:39397001	研究论文	研究探讨了非均匀肿瘤内电离辐射剂量与PD1和CXCR2阻断的协同作用	提出了一种结合低剂量放疗(LDRT)和高剂量放疗(HDRT)的部分肿瘤照射方法，与免疫调节剂联合使用可增强抗肿瘤反应	研究仅在免疫活性雌性小鼠的结直肠癌和乳腺癌模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索减少放疗毒性并提高放疗与免疫检查点组合治疗效果的策略	结直肠癌和乳腺癌模型中的免疫活性雌性小鼠	肿瘤免疫治疗	结直肠癌, 乳腺癌	流式细胞术, 细胞因子分析, 单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	生物分子数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及结直肠癌和乳腺癌模型的小鼠
436	2025-06-05	Cell type and regulatory analysis in amphioxus illuminates evolutionary origin of the vertebrate head 2024-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52938-7 PMID:39402029	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学、信号通路扰动和顺式调控分析，揭示了脊椎动物头部起源的进化线索	首次在文昌鱼中鉴定出类似前脊索板、前迁移和迁移神经嵴样细胞群，并揭示了Nodal、Hedgehog和Wnt信号通路在这些细胞群发育中的保守作用	研究主要基于文昌鱼模型，可能无法完全代表所有脊椎动物的进化过程	阐明脊椎动物头部的进化起源	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞类型	进化发育生物学	NA	单细胞转录组学、信号通路扰动分析、顺式调控分析、跨物种转基因实验	NA	单细胞转录组数据	文昌鱼胚胎发育过程中的细胞样本
437	2025-06-05	Best practices for differential accessibility analysis in single-cell epigenomics 2024-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53089-5 PMID:39394227	研究论文	本文对单细胞表观基因组数据中的差异可及性（DA）分析方法进行了系统评估，并提出了最佳实践指南	首次系统评估了用于识别单细胞ATAC-seq数据中DA区域的统计方法，并开发了实现这些最佳实践的R包	研究主要基于scATAC-seq数据，可能不适用于其他类型的单细胞表观基因组数据	评估单细胞表观基因组数据中差异可及性分析方法的性能并建立最佳实践	单细胞ATAC-seq数据中的差异可及性区域	表观基因组学	NA	scATAC-seq, bulk ATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞表观基因组数据	基于多个scATAC-seq实验的数据集
438	2025-06-05	WGCNA reveals a biomarker for cancer-associated fibroblasts to predict prognosis in cervical cancer 2024-Sep-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA IF:1.9Q2 DOI:10.1097/JCMA.0000000000001129 PMID:38946034	研究论文	本研究通过WGCNA分析宫颈癌中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的基因，并构建了一个预测模型	首次利用WGCNA识别CAFs相关基因并构建宫颈癌预后预测模型，发现了COL4A1等关键基因标志物	研究主要基于TCGA和GEO数据库数据，需要更多独立队列验证	开发基于CAFs基因特征的宫颈癌预后预测模型	宫颈癌患者和CAFs相关基因	生物信息学	宫颈癌	WGCNA, LASSO Cox回归分析, 单细胞RNA测序, 实时荧光定量PCR, 免疫组化	LASSO Cox回归模型	转录组测序数据, 临床数据	来自TCGA和GEO数据库的宫颈癌患者数据
439	2025-06-05	Caveats in Interpretation of Molecular Diagnostics in Heart Allografts 2024-07-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004895 PMID:38294835	评论	本文对心脏同种异体移植活检中使用分子诊断（MDX）区分损伤、T细胞介导的排斥反应或抗体介导的排斥反应的局限性进行了批判性回顾	指出了分子诊断在心脏移植活检中的局限性，并提出了改进方法，如分析所有活检片段和整合空间转录组学	分子诊断与组织学诊断的一致性较低，且治疗方法与组织学之间的差异尚未探讨	评估分子诊断在心脏同种异体移植活检中的应用及其局限性	心脏同种异体移植活检样本	分子诊断	心血管疾病	分子诊断（MDX）、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
440	2025-06-05	MEK1/2-PKM2 Pathway Modulates the Immunometabolic Reprogramming of Proinflammatory Allograft-infiltrating Macrophages During Heart Transplant Rejection 2024-05-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004899 PMID:38238904	研究论文	本研究探讨了MEK1/2-PKM2通路在心脏移植排斥反应中促炎性同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）免疫代谢重编程中的作用	首次揭示了MEK1/2-PKM2通路在调节AIMs免疫代谢表型中的关键作用，并提出了其作为心脏移植治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	阐明心脏移植排斥反应中巨噬细胞免疫代谢调控的分子机制	同种异体移植物浸润巨噬细胞（AIMs）	免疫代谢	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、基因敲除	小鼠心脏移植模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量（基于小鼠实验）