单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38047 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-03-30 |
Utilizing bulk and single-cell RNA sequencing to identify potential biomarkers linked to angiogenesis and integrated stress response in chondrosarcoma
2026-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40800-3
PMID:41723200
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研究论文 | 本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物HSPA8、LMNA和SERPINH1，并探索了其分子机制 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析软骨肉瘤，系统识别了与血管生成和整合应激反应相关的三个关键基因，并构建了包括转录因子、miRNA和lncRNA在内的分子调控网络 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步的体内外实验验证这些生物标志物的功能和临床意义 | 识别与软骨肉瘤血管生成和整合应激反应相关的潜在生物标志物，并阐明其分子机制 | 软骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 软骨肉瘤 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 分子对接分析 | 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析, 细胞通讯分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个数据集（包括GSE184118、GSE30835、GSE22855），具体样本数量未明确说明 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 422 | 2026-03-30 |
Integrative analysis of polyamine-associated genes reveals a prognostic and immunological signature in esophageal squamous cell carcinoma
2026-Feb-19, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03915-z
PMID:41714427
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研究论文 | 本文通过整合单细胞和批量转录组分析，探讨了多胺代谢在食管鳞状细胞癌中的预后和免疫学意义 | 首次在ESCA中结合单细胞RNA-seq和批量转录组数据，构建了一个基于八种多胺相关基因的预后模型，并揭示了其与免疫微环境的关联 | 研究样本量有限（仅基于四个患者的单细胞数据），且需要更多独立队列验证模型的普适性 | 探索多胺代谢在食管鳞状细胞癌中的预后价值和免疫调控作用 | 食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤组织 | 计算生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq，批量转录组分析 | Cox和LASSO回归模型 | 转录组数据 | 四个患者的单细胞RNA-seq数据（GSE188900），以及训练（GSE53624）和验证（GSE53622）队列的批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 423 | 2026-03-30 |
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L orchestrates alternative splicing critical for primordial follicle formation
2026-Feb-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.02.047
PMID:41722690
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研究论文 | 本研究揭示了hnRNPL介导的可变剪接在原始卵泡形成中的关键作用及其与原发性卵巢功能不全的关联 | 首次鉴定hnRNPL作为调控原始卵泡形成的关键剪接因子，并阐明其与PTBP1和SRSF10相互作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明从原始生殖细胞到原始卵泡形成过程中可变剪接的动态调控机制 | 小鼠生殖细胞发育过程 | 发育生物学 | 原发性卵巢功能不全 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RIP-seq, IP-MS, 免疫荧光 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、蛋白质互作数据 | 小鼠胚胎期E16.5-E18.5及出生后P1时间点的卵巢组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2026-03-30 |
Cardiac Macrophages Across Space and Time: Roles in Homeostasis, Disease, and Remodeling
2026-Feb-19, The Canadian journal of cardiology
DOI:10.1016/j.cjca.2026.02.025
PMID:41722856
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综述 | 本文综述了心脏巨噬细胞在稳态、疾病和重塑中的空间和时间特异性作用，强调了其异质性和靶向治疗潜力 | 整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了心脏巨噬细胞在空间和时间上的动态分布及其在疾病中的精确调控作用 | 综述性质文章，未涉及具体实验验证，且基于现有研究，可能存在数据局限性 | 探讨心脏巨噬细胞在稳态维持、损伤响应和修复中的角色，以开发精准免疫调节疗法 | 心脏巨噬细胞，包括组织驻留巨噬细胞和招募的单核细胞来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 425 | 2026-03-30 |
A pathomics-based pyroptosis signature predicts survival in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04685-y
PMID:41706247
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研究论文 | 本研究开发了一种基于病理组学和细胞焦亡信号的新型预后模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的生存 | 首次在ccRCC中整合病理组学特征与细胞焦亡相关信号来构建预后模型 | 模型主要基于TCGA数据，需要外部验证以确认其普适性 | 开发更准确的预后工具以改善透明细胞肾细胞癌的临床管理 | 透明细胞肾细胞癌患者及其全切片图像与基因表达数据 | 数字病理 | 肾细胞癌 | 病理组学分析、单细胞测序 | StepCox[forward]+Lasso算法 | 图像、基因表达数据 | 基于TCGA数据集的样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 426 | 2026-03-30 |
Dipeptidylpeptidase 4 inhibition attenuates gestational pathologies via immune homeostasis restoration in the pulmonary-uterine axis
2026-Feb-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69620-9
PMID:41702893
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研究论文 | 本研究揭示了呼吸道病毒感染通过肺-子宫免疫轴影响妊娠的机制，并发现DPP4抑制剂西格列汀可通过恢复免疫稳态来减轻妊娠并发症 | 首次揭示了肺-子宫免疫轴的存在及其在妊娠并发症中的作用机制，并发现DPP4抑制剂可作为针对病毒感染诱导的妊娠病理的双器官治疗策略 | 研究机制主要基于动物模型，尚未在人体中得到验证；具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究呼吸道病毒感染如何影响妊娠结局，并寻找潜在的治疗策略 | 妊娠期小鼠模型及相关的免疫细胞 | 免疫学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 427 | 2026-02-15 |
Single-cell RNA sequencing combined with single-cell genome-wide association study identifies SF3B4 as a hub gene in hepatocellular carcinoma progression
2026-Feb-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04501-7
PMID:41689695
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 428 | 2026-03-30 |
Tissue-Specific High-Quality Protoplast Isolation for Single-Cell Analyses in Arabidopsis
2026-02-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69330
PMID:41729799
|
研究论文 | 本文介绍了一种从拟南芥多种组织中分离高质量原生质体的稳健且可重复的协议，适用于单细胞分析 | 该协议针对不同组织类型（如叶片、茎、花和根）的独特生理特性，优化了酶消化条件和纯化步骤，确保了高产量和广泛细胞类型的代表性 | NA | 优化植物单细胞RNA测序（scRNAseq）应用中的原生质体分离方法，以研究细胞类型特异性基因表达和发育动态 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana）的多种组织，包括地上部分（叶片、茎、花）和根组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术（FACS）、瞬时基因表达分析 | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 429 | 2026-03-30 |
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-01-30, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69749
PMID:41697880
|
研究论文 | 本文建立了一种优化的FACS方法，用于从小鼠皮层组织中分离周细胞，适用于单细胞RNA测序 | 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上，引入了20% BSA溶液重悬细胞的关键步骤，以最小化应激和聚集，从而最大化测序所需的细胞活力和RNA质量 | NA | 研究周细胞的异质性，并阐明其在神经血管疾病中的机制 | 小鼠大脑周细胞 | 单细胞测序 | 神经血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 3只成年C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 430 | 2026-03-30 |
Molecular and Chromatin Accessibility Programs Underlying Epithelial Injury and Impaired Regeneration in Neonatal Necrotizing Enterocolitis
2026-Jan-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2026.101730
PMID:41571092
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研究论文 | 本研究通过整合多组学方法，揭示了新生儿坏死性小肠结肠炎中上皮损伤和再生障碍的分子与染色质可及性机制 | 首次在实验性NEC中构建了全面的多组学图谱，并识别出Ezh2作为LGR5+肠道干细胞身份和再生的关键调控因子 | 研究基于小鼠模型，结果在人类NEC中的直接适用性尚需进一步验证 | 阐明NEC中上皮再生缺陷的机制，以识别治疗靶点恢复上皮再生 | 新生小鼠的小肠组织，特别是上皮细胞 | 数字病理学 | 新生儿坏死性小肠结肠炎 | bulk RNA-seq, snRNA-seq, snATAC-seq, MERFISH | NA | 转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 431 | 2026-03-30 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-01, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
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研究论文 | 本文介绍了AUTOENCODIX，一个用于训练和评估自编码器的开源框架，旨在标准化和灵活处理生物表示学习任务 | 提出一个标准化、灵活且可比较的自编码器框架，支持基于本体和跨模态的自编码器，增强了表示学习的可解释性和数据模态转换能力 | 未明确说明框架在特定数据集或应用场景中的性能限制或潜在偏差 | 开发一个通用框架以标准化自编码器的训练和评估，促进生物表示学习的研究 | 自编码器架构及其在生物数据表示学习中的应用 | 机器学习 | NA | 自编码器深度学习 | 自编码器（包括基于本体和跨模态的自编码器） | 多模态数据（包括基因组、单细胞测序和成像数据） | NA | NA | NA | NA | NA |
| 432 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法，揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞，从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞，揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞，特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学，抗生素介导的微生物耗竭，无菌小鼠，小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 433 | 2026-03-30 |
RAB25 modulates pit cell commitment by coordinating transforming growth factor-alpha secretion from gastric epithelial cells
2025-Dec-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-08316-2
PMID:41365858
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研究论文 | 本文探讨了RAB25通过协调胃上皮细胞分泌转化生长因子-α来调控胃小凹细胞命运决定的作用 | 首次揭示RAB25在胃环境中通过调节TGFA分泌来维持正常谱系决定的生理功能，并关联到人类Ménétrier's疾病 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类疾病关联性证据尚有限 | 探究胃中EGFR配体来源及其调控机制，以理解谱系决定的分子基础 | 胃上皮细胞、小鼠模型、人类Ménétrier's疾病样本 | 单细胞生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序、小鼠原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序数据、组织样本 | 未明确指定样本数量，涉及小鼠模型和人类疾病样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 434 | 2026-03-30 |
Hybrid identity and distinct methylation profiles of incomplete intestinal metaplasia in the stomach
2025-Dec-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335793
PMID:40691053
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学、DNA甲基化分析和单细胞RNA测序，揭示了胃不完全性肠化生的分子特征及其与胃癌的关联 | 首次利用空间转录组学结合定制谱系富集面板，揭示了不完全性肠化生的混合谱系特征及其起源于深部胃窦腺细胞，并建立了亚型特异性类器官模型进行表观遗传分析 | 研究样本可能有限，且类器官模型可能无法完全模拟体内微环境，空间转录组学技术分辨率有待进一步提高 | 阐明不完全性肠化生的分子身份、分化潜能和致癌相关性，以确定其作为胃癌前病变的作用 | 胃肠化生组织、胃癌组织以及亚型特异性肠化生类器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学、DNA甲基化分析、染色质可及性分析、单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 转录组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量，但涉及胃肠化生和胃癌组织样本及类器官模型 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 使用定制谱系富集面板进行空间转录组学分析 |
| 435 | 2026-03-30 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
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研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学，对结直肠癌肿瘤微环境中的金属依赖性信号通路进行了概念验证分析 | 首次将元素成像与空间转录组学整合，实现了组织范围内金属-基因相互作用的全面探索，突破了传统孤立研究金属或基因的局限 | 本研究仅为单样本概念验证，样本量有限，未来需要扩大患者队列进行验证 | 探索肿瘤微环境中金属丰度、转运机制、细胞分布与肿瘤进展相关生物通路（如代谢、胶原重塑）之间的复杂相互作用 | 结直肠癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 元素成像、空间转录组学、基因表达相关性分析 | 空间多模态工作流程 | 图像、基因表达数据、细胞组成数据、组织病理学特征 | 单一样本（结直肠癌肿瘤） | NA | 空间转录组学、元素成像 | NA | NA |
| 436 | 2026-03-30 |
Conditional Ablation of PKCλ/ι in CD4+ T Cells Ameliorates Hepatic Fibrosis in Schistosoma japonicum-Infected Mice via T Follicular Helper (Tfh) Cell Suppression Coupled with Increased Follicular Regulatory T (Tfr) and Regulatory B (Breg) Cell Activities
2025-10-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15101430
PMID:41154658
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研究论文 | 本研究通过构建CD4+ T细胞特异性PKCλ/ι条件性敲除小鼠模型，探讨了PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的作用机制 | 首次在CD4+ T细胞中条件性敲除PKCλ/ι，揭示了其通过调控Tfh/Tfr细胞平衡和Breg细胞功能来减轻肝纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；单细胞测序样本量有限；具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的免疫调节作用 | 感染日本血吸虫的小鼠模型，重点关注CD4+ T细胞、Tfh细胞、Tfr细胞和Breg细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，RT-qPCR，ELISA，转录组分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据，流式细胞数据，基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 437 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集，对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs）的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集，构建了强大的元数据资源，并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs，对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据，功能验证相对有限；样本来源为回顾性数据集，需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞，特别是调节性T细胞（Tregs）的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞（Tregs） | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集，总计137,648个单细胞；使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 438 | 2026-03-30 |
The kinase ERK plays a conserved dominant role in the heterogeneity of epithelial-mesenchymal transition in pancreatic cancer cells
2025-Aug-12, Science signaling
IF:6.7Q1
DOI:10.1126/scisignal.ads7002
PMID:40794842
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研究论文 | 本研究通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息分析，揭示了ERK激酶在胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性中的主导作用 | 首次在信号蛋白水平上研究EMT异质性，使用互信息分析揭示ERK在多种生长因子和化疗药物响应中的决定性作用，克服了群体水平研究和单细胞转录组学的局限性 | 研究主要聚焦于胰腺癌细胞，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证；分析方法依赖于蛋白质测量，可能受技术灵敏度限制 | 探究胰腺癌细胞上皮-间质转化异质性的信号通路机制，以识别促进化疗反应的药物组合靶点 | 胰腺癌细胞和肿瘤 | 细胞信号转导 | 胰腺癌 | 迭代间接免疫荧光成像，互信息分析 | 互信息分析模型 | 蛋白质成像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 439 | 2026-03-30 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase，利用多视图图神经网络识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异性通讯事件 | 提出首个考虑生态位异质性的单细胞/斑点水平细胞间通讯推断方法，通过可解释的多视图图神经网络和CCC感知注意力机制 | NA | 开发能够捕捉生态位特异性细胞间通讯的计算工具 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 440 | 2026-03-30 |
Multimodal learning for mapping genotype-phenotype dynamics
2025-04, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00765-7
PMID:39875699
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研究论文 | 本研究提出了一个计算集成遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观，并开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平上的基因型-表型关系流形 | 整合单细胞RNA测序等高通量基因分型方法与语言模型等先进学习方法，构建了一个用于分析基因型-表型动态关系的多模态基础模型，能够以更高分辨率解析细胞异质性 | NA | 解析复杂基因表达模式如何产生复杂表型这一生物学基本问题，探索基因表达与表型表现之间的动态相互作用 | 人类转录组学数据，特别是内皮细胞中的von Willebrand因子（VWF）基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |