单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-09-20	Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective 2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03479-4 PMID:40713820	研究论文	从病理学角度比较同一组织切片上Xenium 5K和Visium HD空间转录组数据的性能差异	首次使用同一组织切片生成的公开肺数据集，结合详细病理标注进行两种高分辨率空间转录组技术的真实比较	研究基于特定肺数据集，结果可能受组织类型和样本特性影响	比较Visium-HD和Xenium原位两种空间转录组技术的优劣，为不同研究场景选择合适方法提供依据	肺组织样本的空间转录组数据	空间转录组学	肺癌	Visium-HD测序技术, Xenium原位成像技术	NA	空间转录组数据, 病理标注数据	公开可用的肺数据集（具体样本数量未明确说明）
422	2025-09-20	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出一种名为DeepSAS的框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	结合深度图表示学习与实验验证，首次构建内禀-hoc框架用于衰老细胞异质性解析，并在多数据集上展示优越性能	NA	解析衰老细胞的异质性并识别衰老相关基因，以增进对衰老及年龄相关疾病的理解	衰老细胞及其相关基因	机器学习	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	基因表达数据	健康眼细胞图谱数据和内部特发性肺纤维化数据集
423	2025-09-20	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	提出MORPH框架，用于预测遗传扰动在单细胞层面的跨条件和数据模态的结果	结合基于差异的变分自编码器和注意力机制，支持预测未见过的扰动、扰动组合及新细胞环境中的扰动	NA	建模细胞对遗传扰动的响应，支持跨数据类型的预测模型	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	单细胞转录组学、成像技术	变分自编码器(VAE)、注意力机制	基因表达数据、图像数据	NA
424	2025-09-20	MuST: multiple-modality structure transformation for single-cell spatial transcriptomics 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf405 PMID:40874816	研究论文	提出一种名为MuST的多模态结构转换方法，用于整合单细胞空间转录组数据中的多模态信息	通过拓扑发现策略和拓扑融合损失函数解决多模态不一致性问题，有效缓解模态偏差现象	NA	解决空间转录组数据中的模态偏差问题，提升多模态数据整合效果	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	深度学习	多模态数据（转录组、空间、形态学）	NA
425	2025-09-20	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜移植后宿主髓系细胞的激活状态及其可逆性	首次使用单细胞RNA测序技术解析视网膜移植后微胶质细胞/巨噬细胞的异质性和双向激活轨迹，证明其激活过程具有可逆性	研究仅关注移植后3天时间点的细胞状态，未评估长期动态变化；样本量相对有限	探究视网膜神经元移植后宿主髓系细胞的激活机制和细胞异质性	小鼠视网膜中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium, FACS, RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据	每个样本最多10,000个分选的GFP阳性髓系细胞，来自3-6月龄基因敲入小鼠
426	2025-09-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	研究eNAMPT作为肺纤维化新型治疗靶点及其中和抗体ALT-100的疗效	首次证实eNAMPT是肺纤维化的关键DAMP分子，并验证其中和抗体可逆转病理过程	研究主要基于小鼠模型和人类样本关联分析，需进一步临床试验验证	探索eNAMPT在肺纤维化中的作用机制并评估其作为治疗靶点的潜力	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	呼吸系统疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、批量RNA测序、组织生化分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理数据	人类IPF患者血液/PBMCs/肺组织样本及小鼠模型样本
427	2025-09-20	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	介绍causarray，一种针对未测量混杂因素的双重稳健因果推断框架，用于分析阵列基因组数据	整合广义混杂调整方法和半参数推断，结合灵活机器学习技术，在异质数据中稳健分离处理效应与混杂因素	NA	解决观察性基因组数据中因选择偏差和未测量混杂因素导致的因果推断挑战	自闭症风险基因和阿尔茨海默病的单细胞基因组数据	基因组学	神经发育疾病和神经退行性疾病	单细胞测序，CRISPR，Perturb-seq，转录组分析	机器学习技术	基因组阵列数据，单细胞数据	多个小鼠和人类大脑数据集（具体数量未明确说明）
428	2025-09-20	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序技术，深入表征了小鼠健康与疾病肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及其在坏死病变中的作用	识别了坏死病变相关巨噬细胞新亚群（如C1q+ MoMFs），并发现其表达促坏死病变消退的关键蛋白（如Ece1）	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本验证	解析肝脏巨噬细胞在健康状态和损伤修复过程中的功能与异质性	小鼠肝脏组织中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞（MoMFs）	免疫学与病理学	肝脏疾病	多重免疫荧光染色、scRNA-seq、图像分析	NA	图像数据、基因表达数据	小鼠肝脏样本（健康及ConA诱导急/慢性损伤模型）
429	2025-09-20	New insights into liver injury and regeneration from single-cell transcriptomics 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100202 PMID:40735115	综述	本文综述了单细胞转录组学在急性肝损伤和再生研究中的最新进展与应用	揭示了肝损伤修复界面中的胎儿样和迁移性肝细胞、不同激活状态的肝星状细胞以及区域特异性内皮细胞反应等新发现	NA	总结单细胞转录组学在肝脏研究中的平台、分析方法及其对急性肝损伤和再生机制的解析	肝脏细胞（包括肝细胞、肝星状细胞、内皮细胞和巨噬细胞等）	生物信息学	急性肝病	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
430	2025-09-20	Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331580 PMID:40956822	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征	在单细胞水平探索内皮细胞在肝细胞癌中的作用，并开发了基于五个基因的新型预后特征模型	样本量相对较小（12个HCC样本），需要更大规模的外部验证	识别肝细胞癌的内皮细胞特异性标志物并构建预后预测模型	肝细胞癌患者组织样本和公开数据库数据	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, Lasso-Cox回归分析, IHC, Western blotting	多基因特征模型	单细胞转录组数据、临床预后数据、蛋白质表达数据	12个HCC样本（scRNA-seq），TCGA和ICGC队列验证
431	2025-09-20	Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1613596 PMID:40958861	研究论文	本研究揭示了LncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制，并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯重塑肿瘤免疫微环境	研究主要基于生物信息学分析和细胞实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的深入验证	探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用和临床意义	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤分子生物学	肝细胞癌	多组学分析、生物信息学分析(GEPIA2、TCGA)、细胞实验、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的肝细胞癌样本和对应癌旁组织
432	2025-09-20	Personalised immunotherapy strategies informed by single cell profiling in thyroid cancer: a mini review 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651088 PMID:40959084	综述	本文探讨了单细胞分析如何指导甲状腺癌的个性化免疫治疗策略	通过单细胞转录组分析揭示甲状腺癌中的细胞状态和免疫微环境特征，并据此提出新型组合治疗策略	NA	总结单细胞分析在甲状腺癌免疫治疗中的应用和前景	甲状腺癌肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), CITE-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	超过150,000个肿瘤和免疫细胞
433	2025-09-20	A multi-omic analysis reveals a predictive value of tertiary lymphoid structures in improving the prognosis of colorectal cancer patients with BRAF mutation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1662573 PMID:40959083	研究论文	本研究通过多组学分析探讨三级淋巴结构（TLS）对改善BRAF突变结直肠癌患者预后的预测价值	首次揭示TLS特征（数量、成熟度）与BRAF突变状态的关联，并证明TLS可能抵消BRAF突变的不良预后影响	样本量有限（200例组织病理学评估），回顾性研究设计可能存在偏倚	评估TLS在BRAF突变结直肠癌预后中的作用机制	结直肠癌患者（含BRAF野生型和突变型）	肿瘤免疫微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、免疫浸润分析（ESTIMATE/CIBERSORT）	10基因预后模型	转录组数据、组织病理学数据	TCGA队列+5个GEO数据集（GSE146771等）+200例患者组织切片
434	2025-09-20	Single-cell RNA-seq reveals a repair pattern in cystic lesions in steroid induced osteonecrosis of the femoral head 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626337 PMID:40959091	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的细胞异质性和修复机制	首次在SIONFH囊性病变中鉴定出8种细胞类型，并将软骨细胞细分为5个功能亚群，发现CLIC3+表达的肥大软骨细胞群在骨修复中的关键作用	样本量较小（仅3例患者），需要更大规模研究验证发现	探究类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的转录组特征和修复机制	类固醇诱导股骨头坏死患者的囊性病变组织	单细胞组学	骨坏死疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），计算生物学方法，组织学检测	NA	单细胞转录组数据，组织病理学数据	3例SIONFH患者的囊性病变样本
435	2025-09-20	Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover SIRPα-CD47 immune checkpoint and glycolysis-driven immune evasion in cardiac myxoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652645 PMID:40959090	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示了心脏黏液瘤中SIRPα-CD47免疫检查点和糖酵解驱动的免疫逃逸机制	首次在心脏黏液瘤中发现ap-CAF细胞通过趋化因子招募免疫细胞，证实肿瘤细胞源自间充质干细胞，并揭示糖酵解激活和SIRPα-CD47免疫检查点的作用	NA	深入解析心脏黏液瘤的微环境组成、细胞生长机制和免疫逃逸策略	心脏黏液瘤组织样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 蛋白质组学, western blot, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
436	2025-09-20	Spermidine potentiates anti-tumor immune responses and immunotherapy sensitivity in breast cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.113235 PMID:40959110	研究论文	本文探讨了亚精胺在乳腺癌中通过增强CD8⁺ T细胞活化和抗肿瘤免疫反应来提高免疫治疗敏感性的作用	首次通过多组学分析揭示肿瘤内亚精胺水平与CD8⁺ T细胞浸润和活化的正相关性，并证实外源性亚精胺补充可直接促进抗肿瘤免疫	NA	阐明亚精胺在乳腺癌免疫调节中的作用及其治疗潜力	乳腺癌标本和CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、多重免疫组化	NA	多组学数据、组织标本	NA
437	2025-09-20	Comprehensive analytical approach identifies a subtype of CTCF+ tumor-associated neutrophils associated with CRC development and as a biomarker for immunotherapy 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.111529 PMID:40959269	研究论文	本研究通过多组学方法鉴定并功能验证了结直肠癌中CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型及其促癌机制	首次发现并表征CTCF+ TANs亚型，揭示其通过CTCF-MIEN1-IL-1β轴驱动肿瘤进展和免疫抑制的新机制	NA	探究结直肠癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其促肿瘤作用的分子机制	结直肠癌患者样本及肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、体内外功能实验	NA	基因组数据、转录组数据、空间表达数据	NA
438	2025-09-20	Senescent Tumoral HLA-E Reshapes Microenvironment through Impairing NK Cell-Dendritic Cell-T Cell Network in Malignant Pleural Effusion from Lung Cancer 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.116499 PMID:40959273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析恶性胸腔积液中衰老肿瘤细胞通过HLA-E抑制NK细胞功能并破坏免疫细胞网络，揭示免疫逃逸机制	首次揭示HLA-E表达的衰老肿瘤细胞通过损害NK-树突细胞-T细胞网络重塑肿瘤微环境	样本来源限于心衰和肺癌-MPE患者，机制验证仍需进一步实验	探究肺癌恶性胸腔积液中先天和适应性免疫反应的相互作用机制	肺癌患者的恶性胸腔积液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, Luminex, ELISA, 免疫组化	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质定量数据, 组织切片图像	心衰和肺癌-MPE患者的临床样本
439	2025-09-20	Integration of multi-omics data reveals dysregulated RNA methylation in retinal pigment epithelium drives age-related macular degeneration 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.09.03 PMID:40881439	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示了视网膜色素上皮细胞中RNA甲基化失调在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的驱动作用	首次结合单细胞转录组、多组学QTL数据和机器学习方法系统验证RNA甲基化与AMD的因果关系	样本量相对有限（单细胞数据34例，Bulk RNA数据68例），需更大队列验证	探究RNA甲基化在AMD发病机制中的作用	人视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	单细胞转录组测序、Bulk RNA测序、GWAS、多组学QTL分析（eQTL/pQTL/sQTL/mQTL）、孟德尔随机化（SMR）、机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	单细胞数据：34例样本（11正常对照+23 AMD患者）；Bulk RNA数据：68例样本（31正常对照+37 AMD患者）
440	2025-09-20	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619760 PMID:39484623	研究论文	利用等位基因包含现象学习抗体序列约束条件	首次大规模发现并利用等位基因包含的B细胞数据训练机器学习模型，揭示抗体序列的新约束规律	主要基于人类数据，小鼠部分仅为初步观察，需进一步验证	探索抗体序列的生物学约束机制	人类和小鼠的B细胞及其抗体序列	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习模型	序列数据	数千个人类初始B细胞