单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29909 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-07-20 |
Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae096
PMID:39872360
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研究论文 | 提出了一种结合bulk RNA-seq和scRNA-seq优势的计算流程，用于发现癌症治疗中的双特异性抗体靶点 | 结合bulk RNA-seq和scRNA-seq的优势，克服单独使用这两种方法时的问题，提高了双特异性抗体靶点发现的准确性 | 虽然结合了多种技术，但scRNA-seq的低覆盖率问题可能仍会影响结果的全面性 | 发现癌症治疗中双特异性抗体的潜在靶点 | 肝细胞癌（HCC） | 计算生物学 | 肝癌 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学 | NA | RNA-seq数据 | bulk RNA-seq样本来自OCTAD数据库，scRNA-seq包含39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞 |
| 422 | 2025-07-20 |
Deriving early single-rosette brain organoids from human pluripotent stem cells
2023-12-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.10.020
PMID:37995702
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research paper | 开发了一种从人类多能干细胞生成早期单玫瑰花结脑类器官的技术 | 该方法通过从2D单层细胞启动脑类器官形成，模拟了神经板到神经管的2D到3D发育转变，生成了具有单一中央腔的球体 | NA | 研究人类大脑发育和疾病建模 | 人类多能干细胞 | developmental biology | neurodevelopmental disorder | small molecule patterning, immunocytochemistry, single-cell RNA sequencing | single-rosette cortical organoids (SOSR-COs) | RNA-seq data, imaging data | NA |
| 423 | 2025-07-20 |
Melanoma differentiation associated gene-9/syndecan binding protein promotes hepatocellular carcinoma
2023-12-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32797
PMID:36120720
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研究论文 | 本研究探讨了MDA-9/SDCBP在肝细胞癌（HCC）中的作用及其机制 | 首次构建了肝细胞特异性过表达MDA-9的转基因小鼠模型，并揭示了MDA-9通过NF-κB和Spp1促进HCC的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的具体作用仍需进一步验证 | 探究MDA-9在肝细胞癌发生发展中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌（HCC） | 癌症研究 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 转基因小鼠与野生型小鼠的比较研究 |
| 424 | 2025-07-20 |
Integrative lactylation and tumor microenvironment signature as prognostic and therapeutic biomarkers in skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05483-7
PMID:37955686
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研究论文 | 本研究通过整合乳酸化修饰和肿瘤微环境特征，开发了一种新的预后和治疗生物标志物分类器，用于皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的预后预测和治疗方案制定 | 首次将乳酸化修饰（LAC）评分与肿瘤微环境（TME）评分相结合构建LAC-TME分类器，并验证其在SKCM预后预测和免疫治疗方案制定中的价值 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要更多前瞻性临床研究验证 | 开发SKCM的新型预后预测模型并探索其免疫治疗指导价值 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）患者和细胞系（A375和A2058） | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序、LASSO回归分析、Cox回归分析 | LAC-TME分类器 | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA和GTEx数据库中的SKCM样本 |
| 425 | 2025-07-20 |
Combined signature of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment provides a prognostic and therapeutic biomarker for skin cutaneous melanoma
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05486-4
PMID:38006451
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research paper | 该研究通过分析皮肤黑色素瘤（SKCM）中G蛋白偶联受体（GPCRs）相关基因（GPRGs）和肿瘤微环境（TME），构建了一个预后模型，以帮助SKCM患者获得准确的临床治疗策略 | 研究首次结合GPCRs相关基因和肿瘤微环境构建了SKCM的预后模型，并识别出新的生物标志物GPR19 | 研究主要基于公开数据库的数据，未来需要更多实验验证模型的普适性 | 构建SKCM的预后模型，为患者提供更精准的治疗策略 | 皮肤黑色素瘤（SKCM）患者 | 肿瘤学 | 皮肤黑色素瘤 | 差异表达分析、LASSO算法、单变量和多变量cox回归分析、免疫浸润分析、功能富集分析、肿瘤突变负荷分析、免疫治疗预测、scRNA-seq数据分析 | GPR-TME分类器 | 基因表达数据和临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的SKCM表达数据和临床信息 |
| 426 | 2025-07-20 |
Machine learning- and WGCNA-mediated double analysis based on genes associated with disulfidptosis, cuproptosis and ferroptosis for the construction and validation of the prognostic model for breast cancer
2023-Dec, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05378-7
PMID:37712959
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research paper | 该研究基于与二硫键凋亡、铜死亡和铁死亡相关的基因，通过机器学习和WGCNA双重分析，构建并验证了乳腺癌的预后模型 | 首次整合了二硫键凋亡相关基因(DRGs)、铜死亡相关基因(CRGs)和铁死亡相关基因(FRGs)来构建乳腺癌的预后特征 | 研究主要依赖于TCGA-BRCA数据库和两个外部验证集，可能受到数据来源的限制 | 开发乳腺癌的临床预后工具和设计免疫治疗方案 | 乳腺癌患者 | machine learning | breast cancer | WGCNA, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析 | Lasso-Cox分析 | 基因表达数据 | 来自TCGA-BRCA数据库的内部训练集和验证集，以及GSE20685和GSE42568作为外部验证集 |
| 427 | 2025-07-20 |
Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer
2023-11-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006
PMID:37922910
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序分析了转移性去势敏感前列腺癌患者在抗PD-1免疫治疗和雄激素剥夺治疗联合治疗下的肿瘤微环境免疫浸润情况 | 首次在转移性去势敏感前列腺癌中揭示了抗PD-1免疫治疗联合雄激素剥夺治疗诱导的免疫浸润特征及其与临床结局的关联 | 样本量较小(来自II期临床试验)，且仅分析了特定治疗方案的响应情况 | 探究转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境特征及联合治疗对其的影响 | 转移性去势敏感前列腺癌患者的肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | II期临床试验(NCT03951831)患者样本 |
| 428 | 2025-07-20 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、表型和代谢分析，定义了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其在胸腺中的发育途径 | 揭示了小鼠和人类MAIT细胞在转录组和代谢状态上的显著差异，特别是在IL-17产生型(MAIT17)和IFN-γ产生型(MAIT1)亚群之间 | 研究主要基于小鼠和人类的MAIT细胞，可能不适用于其他物种 | 探究MAIT细胞在不同器官中的群体特征及其发育途径 | 小鼠和人类的MAIT细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、表型和代谢分析 | NA | 转录组数据、代谢数据 | 未明确说明样本数量，但涉及多个器官的小鼠和人类MAIT细胞 |
| 429 | 2025-07-20 |
IFNɣ but not IFNα increases recognition of insulin defective ribosomal product-derived antigen to amplify islet autoimmunity
2023-11, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-05991-8
PMID:37581620
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研究论文 | 本研究探讨了早期先天细胞因子（IFNα）和晚期免疫适应性事件（IFNγ）在胰岛素缺陷核糖体产物（DRiP）衍生肽向致糖尿病CD8+ T细胞呈递中的作用 | 揭示了IFNγ通过诱导免疫蛋白酶体催化亚基PSMB10的表达，在胰岛素DRiP衍生肽向T细胞呈递中的关键作用，并发现PSMB10在1型糖尿病患者的胰腺中被优先破坏的β细胞亚群中上调 | 研究主要基于体外实验和单细胞转录组学数据，未涉及体内实验验证 | 阐明免疫蛋白酶体在β细胞免疫原性中的作用，为1型糖尿病治疗提供新靶点 | 人类胰岛β细胞系EndoC-βH1和1型糖尿病患者的胰腺组织 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞转录组学、siRNA抑制、抗原肽呈递监测 | NA | RNA-seq数据 | 单细胞RNA-seq数据集（GSE218316） |
| 430 | 2025-07-20 |
Spatial enrichment of the type 1 interferon signature in the brain of a neuropsychiatric lupus murine model
2023-11, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2023.06.021
PMID:37369340
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研究论文 | 本研究验证了一种神经精神性狼疮小鼠模型，并发现外周1型干扰素特征升高与神经精神性狼疮症状相关 | 通过空间转录组学技术揭示了1型干扰素特征在小鼠脑实质中的空间富集模式 | 研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证 | 探究1型干扰素在中枢神经系统中的作用及其与神经精神性狼疮症状的关系 | 神经精神性狼疮小鼠模型 | 神经科学 | 系统性红斑狼疮 | 单核测序, 空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体数量的小鼠样本 |
| 431 | 2025-07-20 |
Machine learning and single-cell sequencing reveal the potential regulatory factors of mitochondrial autophagy in the progression of gastric cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05287-9
PMID:37648811
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞测序技术，揭示了线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的潜在调控因素 | 结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了胃癌中线粒体自噬的关键基因和调控网络 | 研究样本量有限，仅包含13个胃癌样本的28,836个细胞 | 全面分析线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用 | 胃癌（GC） | 机器学习 | 胃癌 | RNA-seq, scRNA-seq | SVM-RVF, 随机森林 | 基因表达数据 | 13个胃癌样本的28,836个细胞 |
| 432 | 2025-07-20 |
A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05222-y
PMID:37558766
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研究论文 | 本文开发了一个包含卷曲螺旋结构域相关基因的特征，用于预测乳腺癌的预后和治疗效果 | 首次建立了卷曲螺旋结构域包含蛋白家族在乳腺癌中的预后特征，并通过多数据库验证其预测价值 | 研究结果需要进一步通过实验验证，且样本来源仅限于公开数据库 | 开发乳腺癌预后预测模型并评估其治疗效果预测能力 | 乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 基因表达分析，单细胞测序 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据和临床数据 | 来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的乳腺癌患者数据 |
| 433 | 2025-07-20 |
The role of KPNA2 as a monotonically changing differentially expressed gene in the diagnosis, risk stratification, and chemotherapy sensitivity of chronic hepatitis B-liver cirrhosis-hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05213-z
PMID:37526663
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研究论文 | 本研究探讨了KPNA2基因在慢性乙型肝炎-肝硬化-肝细胞癌（CLH）诊断、风险分层和化疗敏感性中的作用 | 首次将KPNA2作为血清生物标志物用于CLH不同阶段的诊断和动态监测，并发现其与化疗药物敏感性的相关性 | 研究样本量未明确说明，且未进行多中心验证 | 探索CLH演变过程中的早期诊断生物标志物和治疗靶点 | 慢性乙型肝炎患者、肝硬化患者和肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | ELISA、单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | 列线图模型 | 基因表达数据 | NA |
| 434 | 2025-07-20 |
Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05075-5
PMID:37458803
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研究论文 | 本研究首次探讨了Cx基因在泛癌中的表达差异和预后意义，并聚焦于LUAD，旨在全面分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性 | 首次在泛癌中探讨Cx基因的表达差异和预后意义，并针对LUAD开发了一个结合风险评分和临床特征的综合预后模型 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证 | 分析Connexin基因家族在LUAD中的表达谱、预后意义、遗传变异、潜在生物学功能及药物敏感性 | Connexin基因家族在LUAD中的表达和功能 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞测序 | 综合预后模型 | 基因表达数据 | NA |
| 435 | 2025-07-20 |
Integrated single-cell and bulk sequencing analyses with experimental validation identify the prognostic and immunological implications of CD226 in pan-cancer
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05268-y
PMID:37580402
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量测序分析，结合实验验证，探讨了CD226在泛癌中的预后和免疫学意义 | 首次全面分析了CD226在泛癌中的表达谱及其与免疫治疗反应的关系，并验证了其在肿瘤浸润免疫细胞中的功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠B16F10黑色素瘤模型 | 探究CD226的生物学功能、在肿瘤免疫中的作用及其预测预后和免疫治疗反应的潜力 | 泛癌样本和小鼠B16F10黑色素瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 泛癌 | 单细胞测序、批量测序、基因集富集分析(GSEA)、流式细胞术 | 小鼠B16F10黑色素瘤模型 | 测序数据、流式细胞数据 | 多种癌症类型的样本和小鼠模型 |
| 436 | 2025-07-20 |
Selenium metabolism heterogeneity in pan-cancer: insights from bulk and single-cell RNA sequencing
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05333-6
PMID:37648807
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研究论文 | 本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序揭示了硒代谢在泛癌中的异质性及其与免疫反应和癌症生物学的关联 | 首次系统描绘了硒代谢在泛癌中的景观，并揭示了其与免疫反应、癌症标志物的相关性，以及通过机器学习预测免疫检查点抑制剂治疗反应的潜力 | 研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和功能实验验证 | 探索硒代谢在癌症发生发展和免疫反应中的作用 | 多种癌症类型（泛癌） | 生物信息学 | 泛癌 | RNA测序（批量RNA测序和单细胞RNA测序），GSEA，机器学习 | 机器学习模型（具体类型未说明） | RNA测序数据 | TCGA、GTEx、CCLE数据库及整合的泛癌单细胞数据集 |
| 437 | 2025-07-20 |
Identification an innovative classification and nomogram for predicting the prognosis of thyroid carcinoma patients and providing therapeutic schedules
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05252-6
PMID:37596371
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研究论文 | 本研究探讨了程序性细胞死亡（PCD）模式与甲状腺癌预后的关联，并开发了基于PCD基因的预后指数 | 利用六种机器学习算法创建了程序性细胞死亡特征（PCDS），并通过SVM模型确定了最佳模型，同时发现了两种具有不同生物学过程和药物敏感性的THCA分子亚型 | 研究依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制 | 探究PCD与甲状腺癌预后的关系，并开发预后预测模型 | 甲状腺癌患者 | 机器学习 | 甲状腺癌 | 机器学习算法（SVM等），非负矩阵分解（NMF） | SVM | 基因表达数据，临床数据 | 568名甲状腺癌患者 |
| 438 | 2025-07-20 |
Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05202-2
PMID:37535162
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研究论文 | 通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，构建了一个与干性相关的特征模型，用于预测肝细胞癌的预后和免疫治疗反应 | 首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建干性相关特征模型，并通过多种算法验证其在预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应中的有效性 | 研究仅基于现有数据集，需要进一步实验验证 | 开发一个能够预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的干性相关特征模型 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, WGCNA, CytoTRACE, LASSO | 预后预测模型 | RNA-seq数据 | 四个数据集中的肝细胞癌患者样本 |
| 439 | 2025-07-20 |
A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05208-w
PMID:37535163
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，全面分析了坏死性凋亡在肝细胞癌（HCC）中的潜在作用，并构建了一个基于坏死性凋亡相关基因（NAGs）的预后预测模型 | 构建了一个5基因预后模型，揭示了HCC中两种不同的坏死性凋亡亚型，并发现CD5L、CETP和MARCO表达的巨噬细胞亚群对坏死性凋亡高度敏感 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，可能需要更多独立队列验证模型的普适性 | 探究坏死性凋亡在HCC发展和进展中的作用，并构建预后预测模型 | 肝细胞癌（HCC）患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，CIBERSORT算法 | 预后预测模型 | 基因表达数据，临床数据 | TCGA数据库中的HCC患者数据 |
| 440 | 2025-07-20 |
Comprehensive analysis of anoikis-related genes in prognosis and immune infiltration of gastric cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05157-4
PMID:37474682
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研究论文 | 基于批量及单细胞RNA测序数据，全面分析失巢凋亡相关基因在胃癌预后及免疫浸润中的作用 | 首次构建基于失巢凋亡相关基因的胃癌预后风险模型，并探索其在免疫浸润及治疗反应中的预测价值 | 研究结果需要进一步实验验证，且样本量可能限制模型的泛化能力 | 探索失巢凋亡相关基因在胃癌预后评估及治疗指导中的潜在应用 | 胃癌患者及其相关基因表达数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | Cox回归风险模型 | RNA测序数据 | 多个数据集中的胃癌样本 |