单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-05-01	scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924 PMID:40294099	研究论文	提出了一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	使用深度自编码器和两部分广义伽马分布学习自表达矩阵，生成相似性矩阵及其二次幂，提高了聚类性能	未提及该方法在高噪声或极稀疏数据上的表现	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	12个真实生物数据集
422	2025-05-01	The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration 2025-Apr, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70013 PMID:40300044	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心脏发育和再生中的应用	利用scRNA-seq技术揭示心脏损伤和修复过程中的细胞反应，为成人心脏再生提供关键线索	主要关注scRNA-seq的应用，未涉及其他可能的技术或方法	探讨scRNA-seq在心脏发育和再生研究中的应用及其潜在治疗价值	哺乳动物心脏（包括新生儿和成人）及斑马鱼等脊椎动物心脏	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
423	2025-05-01	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	research paper	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性并确定最佳算法及其适用场景	未提及具体算法的局限性	评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法，并为医学和生命科学家提供算法选择指导	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	30个合成数据集和74个真实数据集
424	2025-05-01	adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168 PMID:40234247	research paper	该研究评估了单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发了一个名为adverSCarial的R包来模拟这些攻击	开发了adverSCarial工具，用于模拟单细胞转录组数据的对抗攻击，评估scRNA-seq分类器的脆弱性	仅评估了五种scRNA-seq分类器，可能无法涵盖所有类型的机器学习算法	评估单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发工具以模拟这些攻击	单细胞RNA测序分类器	machine learning	NA	scRNA-seq	NA	gene expression data	四个不同的数据集
425	2025-05-01	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性和康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	利用scRNA-seq技术检测非可培养状态的细胞内微生物，为研究免疫细胞功能提供了新方法	未提及样本量或实验结果的验证数据	研究SARS-CoV-2感染和康复患者免疫细胞中细胞内微生物的多样性	SARS-CoV-2阳性和康复患者的免疫细胞	数字病理	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
426	2025-05-01	Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation† 2025-Mar-16, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf004 PMID:39756438	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对马妊娠子宫内膜在胚胎植入前后的转录组和细胞亚群进行了比较分析	首次报道了马子宫内膜中丰富的子宫内膜自然杀伤细胞(eNK)及其与胎儿MHC I的潜在相互作用，并发现了新的免疫细胞亚群如常驻先天淋巴样细胞和黏膜相关不变T细胞	研究仅分析了妊娠第33天和第42天两个时间点的样本，未能覆盖整个胚胎植入过程的动态变化	探究马胚胎晚期植入的调控机制及其与其他物种的异同	妊娠母马的子宫内膜细胞	单细胞转录组学	生殖生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	约97,000个子宫内膜细胞，来自妊娠第33天和第42天的子宫内膜活检样本
427	2025-05-01	Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury 2025-Mar-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	research paper	该研究揭示了神经元衍生的TAFA2通过招募CCR2+巨噬细胞到肝脏并触发肝损伤的神经免疫相互作用，以及酸味刺激如何减轻这种损伤	发现了TAFA2在肝脏缺血再灌注损伤中的作用机制，以及酸味刺激通过减少TAFA2产生来减轻肝损伤的新途径	研究仅部分揭示了酸味刺激减轻肝损伤的机制，具体信号通路仍需进一步探索	探索神经元信号在肝脏缺血再灌注损伤中的作用及潜在治疗方法	小鼠模型和临床肝切除术患者	神经免疫学	肝脏疾病	单细胞测序，RNA测序，基因敲除	动物模型和临床试验	基因表达数据，临床数据	小鼠模型和临床试验患者（具体数量未提及）
428	2025-05-01	Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589 PMID:39745778	research paper	研究探讨了巨噬细胞在CTL丰富的肝细胞癌中的空间组织如何影响CTL的抗肿瘤活性	揭示了巨噬细胞空间聚集作为CTL丰富肝细胞癌中免疫抑制微环境和不良预后的独特空间模式	样本量相对较小（20例CTL丰富的HCC），且需要进一步验证巨噬细胞空间分布的功能机制	探究CTL丰富肝细胞癌中空间免疫变异对临床结果的影响	肝细胞癌（HCC）患者	肿瘤免疫学	肝细胞癌	多重原位染色、单细胞转录组学、空间转录组学	随机森林模型、Cox回归模型	单细胞数据、空间转录组数据、临床数据	20例CTL丰富的HCC（探索队列），386例患者（验证队列）
429	2025-05-01	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	研究论文	一项I期临床试验，评估在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位治疗性癌症疫苗的效果	首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101联合使用的效果	临床结果不如预期的临床前结果，且样本量较小	评估OX40激动剂与SD101联合治疗低级别B细胞淋巴瘤的安全性和有效性	低级别B细胞淋巴瘤患者	癌症免疫治疗	B细胞淋巴瘤	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	临床数据和生物标志物数据	14名患者
430	2025-05-01	A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution 2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114 PMID:39732364	研究论文	本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂FM101通过诱导单核细胞来源的Kupffer细胞坏死性凋亡和炎症消退，改善代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的机制	揭示了A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解途径诱导线粒体功能障碍和坏死性凋亡的新机制，并首次证明FM101在MASLD治疗中的潜在应用价值	研究主要基于小鼠模型，人类临床转化效果需进一步验证	探究A3AR拮抗剂对单核细胞来源Kupffer细胞的调控作用及其在MASLD治疗中的应用	MASLD患者样本、FFD喂养小鼠模型、A3AR基因敲除小鼠	肝脏疾病治疗	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	空间转录组学、基因敲除技术	动物模型（小鼠）	基因表达数据、组织病理学数据	MASLD患者样本和FFD喂养小鼠模型（具体数量未明确说明）
431	2025-05-01	Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants 2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-024-10095-8 PMID:39738578	研究论文	本研究通过整合基因组分析，探讨了m6A和m5C RNA修饰在自闭症谱系障碍(ASD)中的潜在因果变异	首次整合m6A和m5C变异、cis-eQTL、基因差异表达和基因富集分析来识别ASD的因果变异	需要进一步的实验验证来确认这些变异在细胞系中的功能影响	识别与ASD相关的潜在因果RNA修饰变异	自闭症谱系障碍(ASD)相关的RNA修饰变异	基因组学	自闭症谱系障碍	整合基因组分析、cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
432	2025-05-01	Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136 PMID:39740725	research paper	单细胞RNA测序揭示了原始生殖细胞（PGCs）命运决定的新机制	发现了细胞周期驱动细胞异质性，并识别了参与PGC自我更新的活跃群体及衰老细胞命运特征	PGCs培养条件在不同实验室或品种间的可重复性仍是一个挑战	研究培养PGCs系网络逐步建立的分子动力学	原始生殖细胞（PGCs）	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
433	2025-05-01	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-Mar, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	本研究探讨了慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡细胞毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能异常	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损机制，并发现通过维持氧化还原平衡可部分恢复其效应记忆表型	样本量相对较小(共87例)，且未探讨其他类型免疫细胞的变化	探究CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的功能状态和分子机制	慢性乙型肝炎患者(36例)和CHB合并NAFLD患者(19例)以及健康对照(32例)	免疫学	慢性乙型肝炎,非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术,单细胞RNA测序,体外共培养实验	NA	流式细胞数据,单细胞转录组数据	87例(32例健康对照+36例CHB患者+19例CHB+NAFLD患者)
434	2025-05-01	Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury 2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair IF:3.7Q1 DOI:10.1177/15459683241304325 PMID:39744962	review	本文总结了免疫细胞在外周神经系统（PNS）损伤和修复过程中的关键作用	通过单细胞测序分析为巨噬细胞在损伤过程中的表型提供新见解，并探讨了不同免疫细胞在PNS损伤中的作用	巨噬细胞在损伤过程中的表型仍存在争议，且淋巴细胞在PNS损伤后的作用研究较少	探讨免疫细胞在外周神经系统损伤和修复过程中的作用机制	外周神经系统（PNS）损伤后的免疫细胞（如巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等）	免疫学	神经系统损伤	单细胞测序分析	NA	NA	NA
435	2025-05-01	The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis 2025-Mar, The American journal of clinical nutrition DOI:10.1016/j.ajcnut.2024.12.026 PMID:39746397	research paper	该研究通过孟德尔随机化和多组学分析探讨了高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的关系	结合孟德尔随机化、转录组和单细胞测序分析，揭示了高脂饮食通过改变特定肠道菌群导致系统性慢性炎症的机制	研究主要基于欧洲人群数据，可能不适用于其他人群	探究高脂饮食如何通过改变肠道微生物组导致系统性慢性炎症	高脂饮食、肠道微生物组、系统性慢性炎症	生物医学	代谢性疾病	孟德尔随机化(MR)、转录组测序、单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	欧洲人群GWAS数据和小鼠实验数据
436	2025-05-01	Mixed exposure to PFOA and PFOS induces oocyte apoptosis and subfertility in mice by activating the Hippo signaling pathway 2025-Mar, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.) DOI:10.1016/j.reprotox.2024.108829 PMID:39746460	研究论文	研究PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路诱导小鼠卵母细胞凋亡和生育能力下降的机制	首次揭示了PFOA和PFOS混合物通过激活Hippo信号通路导致卵母细胞凋亡和生育能力下降的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究PFOA和PFOS混合物对卵母细胞质量和雌性生育能力的影响机制	雌性小鼠及其卵母细胞	生殖毒理学	生育障碍	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
437	2025-05-01	Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16440 PMID:39749376	研究论文	研究头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中淋巴细胞相关的小细胞外囊泡（sEVs）如何激活自然杀伤细胞（NK细胞）	揭示了sEVs中RNA货物的异质性，并发现T细胞通过sEVs间接增强NK细胞的细胞毒性能力	研究结果基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和算法限制的影响	探索HNSCC中sEVs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的小细胞外囊泡（sEVs）和自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	SEVtras算法	RNA测序数据	NA
438	2025-05-01	Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer 2025-Mar-01, Endocrine-related cancer IF:4.1Q2 DOI:10.1530/ERC-24-0169 PMID:39752183	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境，重点关注预耗竭CD8+ T细胞的流行情况及生物标志物	发现预耗竭CD8+ T细胞在ATC中普遍存在，并鉴定出GNLY作为其潜在生物标志物	未来研究需要探索GNLY及其他已鉴定生物标志物在调节甲状腺癌免疫反应中的功能意义	了解甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态，为开发靶向免疫疗法提供依据	未分化甲状腺癌(ATC)和乳头状甲状腺癌(PTC)的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光染色, 共培养实验	NA	单细胞转录组数据	多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集
439	2025-05-01	Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307 PMID:39753172	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了浆细胞在结肠炎症中的异质性反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析了浆细胞在炎症不同阶段的动态变化，并鉴定了关键基因和转录因子	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究浆细胞在结肠炎症中的动态变化及其分子机制	DSS诱导的小鼠结肠炎模型中的浆细胞	单细胞测序	结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6周龄雄性C57BL/6小鼠
440	2025-05-01	Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01996-0 PMID:39753773	研究论文	本文介绍了一种名为潜在嵌入多元回归（LEMUR）的模型，用于分析多条件单细胞RNA测序数据，无需预先进行离散分类	LEMUR模型能够在无需预先进行离散分类的情况下，整合不同条件下的数据，预测细胞基因表达变化，并识别具有一致差异表达的细胞邻域	未明确提及具体局限性	开发一种新的分析方法，用于识别异质组织中不同条件下的基因表达差异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症、阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	潜在嵌入多元回归（LEMUR）	基因表达数据	NA