单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-06-12	Utilizing Multi-omics analysis to elucidate the role of mitochondrial gene defects in Gastric cancer progression 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325520 PMID:40489463	研究论文	通过多组学分析揭示线粒体基因缺陷在胃癌进展中的作用	识别了八个与线粒体自噬相关的预后基因，并建立了预测胃癌患者3年生存状态的预后模型，其中DUSP1被确定为关键基因	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	阐明线粒体自噬相关基因在胃癌进展中的作用	胃癌细胞	生物信息学	胃癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归分析, ssGSEA算法, CIBERSORT算法	预后模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
422	2025-06-12	Integration of Bulk and Single-Cell Transcriptomics Reveals BCL2L14 as a Novel IGKC+ T Cell-Associated Therapeutic Target in Breast Cancer 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523147 PMID:40491783	研究论文	本研究通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，发现BCL2L14作为IGKC+ T细胞亚群的新型治疗靶点在乳腺癌中的作用	发现了一个新的IGKC+ T细胞亚群及其相关生物标志物BCL2L14，并验证了其在乳腺癌进展中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要进一步的体内实验验证	识别乳腺癌中新的免疫细胞亚群及其相关生物标志物，以开发靶向治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	机器学习算法	RNA测序数据	乳腺癌队列中的多个样本
423	2025-06-12	GSDMD is a novel predictive biomarker for immunotherapy response: in the pan-cancer and single cell landscapes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1570901 PMID:40491921	研究论文	该文章探讨了GSDMD作为免疫治疗反应预测生物标志物的潜力及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次将GSDMD确立为跨癌种免疫治疗反应的预测生物标志物，并揭示了其通过增强焦亡途径调控PARPi抗肿瘤效应的新机制	研究主要基于TCGA数据库和类器官模型，尚未进行大规模临床队列验证	探索GSDMD作为免疫治疗预测标志物的潜力及其调控肿瘤免疫微环境的机制	多种癌症类型（pan-cancer）及免疫细胞群体	肿瘤免疫学	泛癌种	单细胞RNA测序、类器官功能实验、生物信息学分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	TCGA泛癌数据集及单细胞测序数据
424	2025-06-12	A telomere-associated molecular landscape reveals immunological, microbial, and therapeutic heterogeneity in colorectal cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1615533 PMID:40492114	research paper	该研究开发了一个名为TELscore的端粒评分系统，通过整合转录组和肿瘤内微生物组数据，揭示了结直肠癌中的免疫、微生物和治疗异质性	开发了TELscore评分系统，首次将端粒生物学、免疫微环境和肿瘤内微生物组整合到结直肠癌的分子分型中	研究主要基于公开数据集，需要进一步的前瞻性临床验证	探索端粒生物学在结直肠癌中的临床意义并开发新的分子分型工具	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	转录组测序，16S rRNA测序，scRNA-seq，全切片数字病理成像，免疫组化	NA	转录组数据，微生物组数据，病理图像数据，单细胞RNA测序数据	多个公开结直肠癌队列的数据
425	2025-06-12	Unveiling fatty acid subtypes: immunometabolic interplay and therapeutic opportunities in gastric cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570873 PMID:40492126	研究论文	本研究开发了一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	通过整合转录组学和代谢组学数据，揭示了脂肪酸代谢特征在胃癌患者中的临床相关性，并开发了一个新的R包GCFAMS用于预后评估	研究样本量有限，且需要进一步验证模型的临床适用性	开发一个基于脂肪酸代谢相关基因的预测特征，用于评估胃癌患者的预后	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序，转录组学，代谢组学	随机森林模型，Cox回归	基因表达数据，代谢数据	多个数据集中的胃癌患者样本
426	2025-06-12	Fibroblast Heterogeneity in Hepatocellular Carcinoma and Identification of Prognostic Markers Based on Single-cell Transcriptome Analysis 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673348482241028074147 PMID:39528451	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肝细胞癌中成纤维细胞的异质性及其转录调控机制，并识别了潜在的预后标志物	首次在肝细胞癌中系统分析了成纤维细胞的异质性、转录调控机制及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了与预后相关的关键转录因子CEBPD和FOSB	研究样本量有限，且仅基于单细胞转录组数据，需要进一步的实验验证	探索成纤维细胞在肝细胞癌中的复杂作用及其转录调控机制，发现潜在的预后标志物	肝细胞癌中的成纤维细胞	单细胞转录组学	肝细胞癌	单细胞转录组测序、inferCNV、CellChat、Monocle 2、SCENIC分析、qRT-PCR、Transwell实验	NA	单细胞转录组数据	来自GSE149614数据集的非肿瘤肝组织和原发性肝细胞癌组织样本
427	2025-06-12	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学研究的优化协议	提出了一种自动化友好的代谢标记RNA协议，结合单细胞RNA测序和组合索引技术，用于捕获基因表达的时间动态信息	需要参考Maizels等人的研究以获取完整的协议执行细节	研究基因表达的动态变化	单细胞RNA	转录组学	NA	4-thiouridine (4sU)标记，单细胞RNA测序，组合索引	NA	RNA测序数据	NA
428	2025-06-12	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文提出了一种基于抗CD3/CD28珠刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的T细胞激活研究协议	使用抗CD3/CD28珠刺激和scRNA-seq技术研究T细胞激活的详细协议	协议的具体执行细节需参考Li等人的文献	研究T细胞激活的分子机制	人类外周血单个核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
429	2025-06-12	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文提出了一种分离特定神经元类型用于批量及单细胞RNA测序的方案	提供了一种针对秀丽隐杆线虫特定神经元类型的分离、RNA提取及单细胞测序准备的详细步骤	方案可能不适用于其他生物体的神经元分离	开发一种分离特定神经元类型用于基因表达分析的方法	秀丽隐杆线虫的神经元	分子生物学	NA	RNA测序（包括批量及单细胞RNA测序）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	幼虫和成年秀丽隐杆线虫的特定神经元类型
430	2025-06-12	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文提出了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）获取高质量单细胞多组学数据的协议	改进了多组学样本处理流程，整合了单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种获取高质量单细胞多组学数据的标准化流程	人类外周血单核细胞（PBMCs）	生物医学	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组分析、蛋白质组分析	NA	基因组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	NA
431	2025-06-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	证明了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，提供了出色的空间解析基因表达成像和定量结果	NA	开发并验证一种适用于Xenium空间转录组学研究的实验协议	固定冷冻小鼠脑切片	空间转录组学	NA	Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
432	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
433	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
434	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
435	2025-06-12	Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52762-z PMID:39366958	研究论文	研究ONECUT3转录因子在下丘脑神经元形态发生中的调控作用	发现ONECUT3通过调控NAV2影响下丘脑神经元的极化和形态发生，这一机制在不同神经元亚型和多个物种中保守	研究主要基于小鼠和线虫模型，人类神经元中的具体机制尚需进一步验证	探究转录因子ONECUT3在神经元分化过程中的作用机制	下丘脑GABA能多巴胺神经元和促甲状腺激素释放激素(TRH)谷氨酸能神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能获得性实验、siRNA敲降	NA	基因表达数据	小鼠和线虫模型
436	2025-06-12	The lncRNA SNHG26 drives the inflammatory-to-proliferative state transition of keratinocyte progenitor cells during wound healing 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52783-8 PMID:39366968	研究论文	该研究揭示了长链非编码RNA SNHG26在皮肤伤口愈合过程中调控角质形成细胞祖细胞从炎症状态向增殖状态转变的关键作用	首次发现SNHG26通过调控转录因子ILF2的基因组定位来促进角质形成细胞祖细胞的炎症-增殖状态转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	探索伤口愈合过程中炎症相向增殖相转变的分子机制	角质形成细胞祖细胞	分子生物学	皮肤创伤	单细胞转录组分析、功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用Snhg26缺陷小鼠和体外培养细胞
437	2025-06-12	Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction 2024-10, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10764-w PMID:39028417	research paper	该研究描述了人类胎盘中滋养层侧群标记物的特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的异常表达	首次在胎盘功能不全疾病中表征了滋养层侧群标记物的表达模式，并揭示了这些标记物在滋养层细胞分化过程中的动态变化	样本量相对较小（n=3用于定位研究，n=78/30/18用于mRNA测量），且SERPINE3在体外验证中未被检测到	探究滋养层侧群标记物在胎盘发育和胎盘功能不全疾病中的作用	人类胎盘组织、先兆子痫和胎儿生长受限患者的胎盘样本	生殖医学	先兆子痫和胎儿生长受限	单细胞转录组学、体外细胞分化模型、mRNA定量分析	人滋养层干细胞(hTSC)向绒毛外滋养层(EVT)分化模型	基因表达数据、组织切片	定位研究n=3，mRNA测量n=78先兆子痫/30FGR/18对照，体外验证n=5
438	2025-06-12	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究探讨了转录因子GATA3在早期妊娠胎盘中外绒毛滋养细胞(EVT)分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍发生的关联	揭示了GATA3在EVT分化过程中对上皮-间质转化(EMT)和细胞衰老的双重调控作用，并发现其在复发性流产(RM)中的异常定位	研究主要基于细胞系和有限的临床样本，需要在更大规模的临床队列中验证	阐明GATA3在EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	人外绒毛滋养细胞(EVT)、JEG3和HTR8/SVneo细胞系	生殖医学	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胎盘类器官模型和胎盘组织样本
439	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
440	2025-06-12	Single-cell Profiling of Reprogrammed Human Neural Stem Cells Unveils High Similarity to Neural Progenitors in the Developing Central Nervous System 2024-07, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10698-3 PMID:38519702	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了重编程人类神经干细胞与发育中中枢神经系统神经祖细胞的高度相似性	首次在单细胞水平上全面比较了诱导神经干细胞(iNSCs)与生理对应细胞的转录组特征，发现其与胚胎神经上皮细胞的相似性	研究仅基于转录组数据，缺乏功能验证实验	评估诱导神经干细胞(iNSCs)与生理神经干细胞的相似性	人类诱导神经干细胞(iNSCs)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量