单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-09-30	Intervention of Rutin and Ochnaflavone in the Attenuation of Neuroinflammation and Neuronal Apoptosis in Spinal Cord Injury 2025-Sep-26, Global spine journal IF:2.6Q1 DOI:10.1177/21925682251383489 PMID:41001708	研究论文	本研究探讨芦丁和奥纳黄酮通过调控PI3K/AKT和NF-κB信号通路减轻脊髓损伤后神经炎症和神经元凋亡的机制	首次发现芦丁和奥纳黄酮的协同作用能通过抑制PI3K/AKT和NF-κB通路磷酸化来调节小胶质细胞活化和神经元凋亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	阐明芦丁和奥纳黄酮在脊髓损伤中的神经保护机制	小鼠脊髓损伤模型、BV2小胶质细胞系、小胶质细胞-神经元共培养系统	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、网络药理学、Western blotting、免疫荧光、ELISA	小鼠SCI模型、细胞共培养模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞成像数据	未明确样本数量，使用小鼠模型和细胞系进行实验
422	2025-09-30	Integrated multi-omics analysis reveals PTM networks as key regulators of colorectal cancer progression and immune evasion 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03445-8 PMID:41003898	研究论文	通过整合多组学分析揭示翻译后修饰网络在结直肠癌进展和免疫逃逸中的关键调控作用	首次系统阐明PTM网络在CRC中的全局作用，发现GALNT6介导的糖基化通过稳定PD-L1和排斥CD8+T细胞驱动免疫逃逸，并开发了5基因PTM活性特征	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTM网络的具体调控机制	探索翻译后修饰在结直肠癌进展和免疫逃逸中的综合作用机制	结直肠癌患者的多组学数据	生物信息学	结直肠癌	多组学分析、RNA-seq、单细胞转录组、孟德尔随机化、空间转录组	LASSO、SVM、随机森林	转录组数据、单细胞数据	批量RNA-seq数据1783例，单细胞转录组41143个细胞
423	2025-09-30	Multi-omics analysis reveals the prognostic value and immunomodulatory role of CTSW in breast cancer 2025-Sep-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03550-8 PMID:41003895	研究论文	通过多组学分析揭示CTSW在乳腺癌中的预后价值和免疫调节作用	首次采用多组学框架系统研究CTSW在乳腺癌免疫微环境中的关键作用，发现其不仅反映T细胞数量更反映功能质量	基于生物信息学分析的发现需要后续实验验证	探索乳腺癌新型生物标志物和潜在治疗靶点	乳腺癌患者和相关的分子数据	生物信息学	乳腺癌	转录组学、甲基化组学、数量性状位点分析、全基因组关联研究、单细胞RNA测序	Cox回归、Kaplan-Meier生存分析、孟德尔随机化	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	未明确具体样本数量，但使用了多种公共数据库的乳腺癌相关数据
424	2025-09-30	Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming 2025-Sep-26, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00569-z PMID:41006334	研究论文	提出一种从转录组数据自动推断布尔网络的方法，用于预测细胞分化和重编程	开发了整合转录组数据和先验知识自动生成布尔网络集合的通用方法，能够处理模型不确定性并预测稳健的重编程靶点	模型构建依赖于实验重复和二值化方法的选择，存在一定的不确定性	开发数据驱动的布尔网络推断方法以模拟细胞动态过程	基因调控网络和细胞分化过程	计算生物学	NA	RNA-seq，单细胞RNA测序，布尔网络建模	布尔网络	转录组数据	涉及造血过程和骨髓基质细胞分化的RNA-seq数据集
425	2025-09-30	Integrative analysis of molecular mechanisms in prostate cancer via single-cell RNA sequencing and weighted gene co-expression network analysis 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-15682-6 PMID:41006377	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析研究前列腺癌的分子机制	首次结合scRNA-seq和hdWGCNA方法在前列腺癌中构建基因共表达网络，识别出6个关键基因并建立预后预测模型	需要进一步的临床验证	探索前列腺癌进展的分子机制并发现潜在治疗靶点	前列腺癌组织样本中的细胞	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、PCA、t-SNE、Louvain聚类、Harmony批次校正、Cox回归、lasso回归	预后预测模型	基因表达数据、临床数据	9,809个高质量细胞，来自前列腺癌组织样本数据集
426	2025-09-30	Hypersonic levitation and spinning: paving the way for enhanced single-cell analysis via contactless tissue dissociation 2025-Sep-26, Communications engineering DOI:10.1038/s44172-025-00497-0 PMID:41006575	研究论文	本文介绍了一种新型非接触式组织解离技术——超音速悬浮旋转技术，用于提升单细胞分析效果	开发了基于三声谐振探头的超音速悬浮旋转技术，实现非接触式组织解离，通过微尺度'液体射流'施加精确流体动力	NA	开发高效、温和的组织解离方法以改善单细胞分析	人类肾癌组织	单细胞分析	肾癌	超音速悬浮旋转技术、流式细胞术、原代细胞培养、免疫荧光、单细胞RNA测序	NA	实验数据	NA
427	2025-09-30	Comprehensive characterization of lysosome-dependent cell death reveals prognostic significance and immune landscape in colon adenocarcinoma 2025-Sep-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18267-5 PMID:41006689	研究论文	本研究全面分析了溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后价值和免疫景观特征	首次系统鉴定结肠腺癌中LDCD相关分子亚型并构建五基因预后特征，发现SLC11A1在调控肿瘤细胞增殖和侵袭中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，实验验证仅限于细胞系水平	探索溶酶体依赖性细胞死亡相关基因在结肠腺癌中的预后意义和免疫调控作用	结肠腺癌患者组织和细胞系	生物信息学	结肠癌	转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO和Cox回归分析、集落形成实验、Transwell迁移实验、Western blotting	预后特征模型	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者样本
428	2025-09-30	Single-cell mapping of TMZ-resistant glioma reveals CXCL2/3-CXCR2-associated neutrophil communication 2025-Sep-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152706 PMID:41016335	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中与替莫唑胺耐药相关的肿瘤-中性粒细胞通讯机制	首次发现CXCL2/3-CXCR2趋化轴在胶质瘤耐药中的关键作用，并揭示了肿瘤细胞通过该信号通路与中性粒细胞建立特异性通讯	研究主要基于转录组数据分析，需要更多功能实验验证机制细节	探索胶质母细胞瘤中替莫唑胺耐药与肿瘤微环境的关联机制	胶质瘤细胞、肿瘤微环境中的免疫细胞（特别是中性粒细胞）	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、CellChat分析、功能验证实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	基于已发表的大规模单细胞RNA-seq数据集
429	2025-09-30	Integrated Multiomics Analysis Identifies CDO1 as a Novel Therapeutic Target for Osteoarthritis 2025-Sep-25, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303387442250918111006 PMID:41017094	研究论文	通过整合多组学分析鉴定CDO1作为骨关节炎的新型治疗靶点	首次通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和WGCNA分析鉴定CDO1为骨关节炎的因果风险基因，并通过体内实验验证其治疗潜力	研究主要基于大鼠模型，需要在人类样本中进行进一步验证	识别骨关节炎进展中的关键基因和潜在治疗靶点	骨关节炎患者样本和大鼠骨关节炎模型	生物信息学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA、孟德尔随机化分析、siRNA敲低	大鼠骨关节炎模型	基因表达数据	7个公共OA数据集和大鼠体内验证模型
430	2025-09-30	Expression patterns of desmosome family members during tooth development and the role of Desmocollin-3 in cytodifferentiation of stratum intermedium 2025-Sep-24, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106404 PMID:41016088	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析发现桥粒蛋白家族成员在牙齿发育中的表达模式，并揭示Desmocollin-3对中间层细胞分化和成釉细胞谱系定向的重要作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定中间层细胞特异性标志物，并揭示Dsc3在维持中间层细胞完整性和支持成釉细胞分化中的新功能	研究主要使用细胞系模型，缺乏体内实验验证；样本数量有限，仅使用出生后12天磨牙	探究桥粒蛋白家族成员在牙齿发育过程中的表达模式及Dsc3在中间层细胞分化中的功能	小鼠磨牙牙齿发育过程中的中间层细胞和SF2牙上皮细胞系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因敲低	NA	基因表达数据，细胞形态数据	出生后12天小鼠磨牙，SF2牙上皮细胞系
431	2025-09-30	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction in the aging mammalian brain 2025-Sep-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116165 PMID:40833855	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了热量限制对衰老小鼠大脑的细胞和分子影响	首次结合单细胞转录组学和空间转录组学，在时空维度上系统解析热量限制对衰老大脑的影响机制	研究仅针对小鼠模型，结果向人类转化的有效性需要进一步验证	探究热量限制在哺乳动物大脑衰老过程中的保护作用机制	36只对照和热量限制处理的小鼠大脑，涵盖三个年龄组	生物信息学	衰老相关疾病	EasySci单核转录组学、IRISeq空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	超过50万个细胞，36只小鼠大脑，12个脑切片
432	2025-09-30	gwSPADE: gene frequency-weighted reference-free deconvolution in spatial transcriptomics 2025-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf966 PMID:41002029	研究论文	提出一种名为gwSPADE的基因频率加权无参考空间转录组解卷积方法	无需依赖外部单细胞参考数据，通过主题模型中适当的加权方案准确恢复细胞类型转录谱及其空间比例	NA	开发无参考的空间转录组数据解卷积方法以解析细胞类型组成	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	主题模型	基因计数矩阵	NA
433	2025-09-30	Dihydroartemisinin inhibits histone lactylation through YAP1 to act as a 'hot' switch for 'cold' tumor in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-23, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157307 PMID:41016295	研究论文	本研究揭示双氢青蒿素通过抑制YAP1降低组蛋白乳酸化，将肝癌免疫冷肿瘤微环境转化为免疫热状态	首次发现双氢青蒿素通过YAP1-乳酸化正反馈环路调控肿瘤微环境免疫状态的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探索双氢青蒿素将肝癌免疫抑制微环境转化为免疫刺激状态的具体机制	肝细胞癌小鼠模型和肝癌细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、Western blot、免疫荧光、代谢流分析、共免疫沉淀、趋化因子芯片、流式细胞术	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据	多种免疫缺陷小鼠模型（NCG小鼠、BALB/c裸鼠、CD8+ T细胞清除小鼠）和肝特异性Yap1敲除小鼠
434	2025-09-30	Single-cell-scale spatial transcriptome of the developing and adult mouse ovary 2025-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.16.676655 PMID:41000831	研究论文	本研究利用空间转录组技术构建了小鼠卵巢发育过程中的单细胞尺度空间基因表达图谱	首次在保持卵巢原生细胞结构的前提下，通过10X Genomics Visium HD空间转录组技术实现了卵巢发育过程中近单细胞分辨率的空间基因表达分析	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物卵巢	解析哺乳动物卵巢发育过程中的空间转录组特征及其调控机制	发育期和成年期小鼠卵巢组织	空间转录组学	生殖系统疾病	10X Genomics Visium HD空间转录组技术	NA	空间转录组数据	8个关键胎儿期和出生后时间点的卵巢样本
435	2025-09-30	Downregulation of heat shock protein 90 alpha family class A member 1 inhibits necroptosis in cardiac microvascular endothelial cells and alleviates sepsis-induced cardiomyopathy 2025-Sep-16, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114757 PMID:40967330	研究论文	本研究探讨HSP90AA1下调通过抑制心脏微血管内皮细胞坏死性凋亡并下调NF-κB信号通路缓解脓毒症诱导心肌病的作用机制	首次通过单细胞RNA测序发现Hsp90aa1+毛细血管内皮细胞在SIC中显著增加，并证实Hsp90aa1通过调控NF-κB信号通路影响心肌细胞坏死性凋亡	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	探究Hsp90AA1对小鼠心脏微血管内皮细胞功能和坏死性凋亡的影响及其在脓毒症诱导心肌病病理过程中的作用机制	小鼠心脏微血管内皮细胞和脓毒症诱导心肌病小鼠模型	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、酶联免疫吸附测定、经胸超声心动图	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞功能实验数据	小鼠模型和体外细胞模型
436	2025-09-30	Single-Cell and Spatial Transcriptomics-Based Research Reveals Association Between M2a Macrophages and Tumor Spread through Air Spaces in Lung Adenocarcinoma 2025-Sep-12, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.07.017 PMID:40946801	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术探讨M2a巨噬细胞与肺腺癌气腔播散的关系	创新性地结合单细胞RNA测序与数字空间分析空间转录组学技术研究STAS的空间特征	NA	探索肿瘤相关巨噬细胞影响肺腺癌气腔播散发生发展的机制	肺腺癌患者组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、数字空间分析空间转录组学测序	NA	空间转录组数据、单细胞测序数据	NA
437	2025-09-30	Interleukin-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3-dimensional Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用三维肝脏切片模型探究IL-4通过细胞重编程促进肝脏再生的机制	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的三维培养系统中证实IL-4的促再生作用，并揭示其调控髓系细胞和肝祖细胞的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探究IL-4在肝脏细胞重编程和再生过程中的作用机制	小鼠精密肝脏切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	细胞生物学	肝脏疾病	单核RNA测序、免疫组织化学染色、ATP检测	三维组织培养系统	转录组数据、蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间长达5天
438	2025-09-30	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图谱平台分析全球牛群中结构变异对种群结构和表型形成的影响	首次在牛群中系统评估结构变异的作用，发现约40.14%的结构变异未被邻近SNP标记，并鉴定出一个作为IGFBP7基因增强子的独特结构变异	研究样本仅包含2,409个个体，可能无法完全代表全球所有牛种群的遗传多样性	探究结构变异在牛群遗传多样性和表型形成中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409个个体，来自82个牛品种
439	2025-09-30	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	开发了一种名为MouSSE的新方法，用于在小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中估计细胞因子活性	提出了首个专门针对小鼠数据的单细胞水平细胞因子活性预测方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	开发准确估计小鼠单细胞转录组数据中细胞因子活性的计算方法	小鼠单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症、感染反应	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因集评分方法	改进的方差调整马氏距离技术	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA
440	2025-09-30	Safety and Anti-Inflammatory Effects of Engineered Extracellular Vesicles (ILB-202) for NF-κB Inhibition: A Double-Blind, Randomized, Placebo-Controlled Phase 1 Trial 2025-Sep, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70141 PMID:41002119	研究论文	评估工程化细胞外囊泡ILB-202在健康志愿者中的安全性及抑制NF-κB的初步抗炎效果	首次使用工程化细胞外囊泡作为NF-κB抑制剂进行临床试验，避免了传统抑制剂导致的广泛免疫抑制	单中心研究，样本量较小，仅评估短期安全性	评估ILB-202在健康志愿者中的安全性、耐受性和初步药效学效应	18名健康志愿者	细胞治疗	炎症性疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据、实验室参数、单细胞RNA测序数据	18名健康志愿者