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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-04-30 |
The inhibitory effect of hepatic cancer energy metabolism on immune checkpoint therapy: perspectives from single-cell multi-omics analysis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1753670
PMID:42051493
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析研究肝细胞癌免疫检查点抑制剂治疗后代谢重编程,尤其是丙酮酸代谢变化,并构建代谢相关预后模型及评估LDHA靶向治疗潜力 | 首次从单细胞多组学层面揭示免疫检查点抑制剂治疗后肝癌细胞丙酮酸代谢重编程(LDHA上调)及其对免疫治疗耐药的影响,并验证LDHA抑制剂与PD-1抗体联合治疗的抗肿瘤效果 | 研究基于公共数据集和体外/体内实验,样本量和临床验证有限,且未深入探讨代谢重编程导致免疫耐药的具体分子机制 | 探究肝细胞癌免疫检查点抑制剂治疗前后的代谢重编程(尤其是丙酮酸代谢),构建预后模型并评估LDHA靶向治疗潜力 | 肝细胞癌肿瘤组织样本(GEO和Mendeley数据库来源的单细胞RNA-seq数据)及Huh7肝癌细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 文本 | GEO和Mendeley数据库中的单细胞RNA-seq样本,数量未明确说明;TCGA队列用于预后模型构建;Huh7细胞系用于体外实验,异种移植模型用于体内实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 422 | 2026-04-30 |
Genome to single-cell characterization of the MAPK family in bighead carp (Hypophthalmichthys nobilis) spleen during Aeromonas hydrophila challenge
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1777786
PMID:42051520
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研究论文 | 对大头鲤MAPK家族进行基因组到单细胞水平的表征,并探索其在嗜水气单胞菌感染下的脾脏免疫反应 | 首次在24个物种中比较基因组分析MAPK家族,并利用单细胞RNA测序揭示大头鲤脾脏中对细菌感染的早期免疫应答中mapk6和mapk11的潜在作用 | 未明确讨论局限性 | 解析大头鲤MAPK家族基因组组成及在细菌感染中的转录响应 | 大头鲤(Hypophthalmichthys nobilis)的脾脏组织及分离的细胞 | 数字病理学 | 鱼类细菌性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 加权基因共表达网络分析, 细胞间通讯分析, 假时间分析 | NA | 基因序列、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 来自大头鲤脾脏的28,348个细胞 | Illumina(推断) | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | Illumina NovaSeq(推断) | 单细胞RNA测序(具体平台未提及) |
| 423 | 2026-04-30 |
NR2F2 in cancer-associated fibroblasts drives immune microenvironment remodeling and promotes lung adenocarcinoma progression
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1776008
PMID:42051516
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研究论文 | 本研究整合单细胞和转录组数据,鉴定出肺癌相关成纤维细胞中驱动免疫微环境重塑并促进肺腺癌进展的NR2F2因子 | 首次通过单细胞RNA测序和体外实验验证NR2F2在癌症相关成纤维细胞中通过协同增强TGF-β信号和EMT过程促进肿瘤恶性进展,并构建了有效的预后模型 | 未具体提及局限性 | 探索肺腺癌中癌症相关成纤维细胞的功能异质性及其驱动肿瘤进展的分子机制 | 肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 计算机视觉 | 肺癌 | scRNA-seq, RNA-seq, siRNA敲低, 质粒过表达, CCK-8, EdU标记, Transwell实验 | LASSO-Cox回归 | 单细胞转录组数据, 转录组数据 | 公开数据集包括GEO和TCGA数据,以及独立验证队列GSE72094,未提供具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2026-04-30 |
CXCL2 affects macrophage antitumor function and immunotherapy efficacy in esophageal squamous cell carcinoma through calcium signaling
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1695387
PMID:42051510
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research paper | 通过单细胞RNA测序分析发现CXCL2+巨噬细胞与食管鳞状细胞癌免疫治疗反应相关,并通过钙信号影响抗肿瘤功能和免疫治疗效果 | 首次发现巨噬细胞特异性CXCL2作为预测食管鳞状细胞癌免疫治疗疗效的新型生物标志物,并揭示其通过钙信号促进巨噬细胞向免疫激活状态转变的机制 | NA | 鉴定与食管鳞状细胞癌免疫治疗反应相关的关键巨噬细胞亚群 | 食管鳞状细胞癌患者肿瘤组织及小鼠模型 | machine learning | lung cancer | 单细胞RNA测序, RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | ESCC患者样本数量未明确提及 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 425 | 2026-04-30 |
Exploring immune modulation in osteoarthritis: identifying key biomarkers and the role of PTPRC in regulating immune microenvironment for therapeutic intervention
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1795075
PMID:42051521
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研究论文 | 探索骨关节炎中免疫调节机制,鉴定关键生物标志物及PTPRC在调控免疫微环境中的作用 | 首次通过整合转录组分析、单细胞测序和免疫细胞浸润分析,揭示PTPRC在骨关节炎免疫微环境中的调控作用,为组织工程联合免疫调节治疗提供新靶点 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证和大规模临床样本确认 | 探索骨关节炎免疫相关进展机制并鉴定潜在生物标志物,用于诊断和治疗干预 | 骨关节炎患者关节组织及免疫细胞 | 机器学习 | 骨关节炎 | RNA-seq, 单细胞测序 | XGBoost, 随机森林, 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2026-04-30 |
Deciphering the peripheral immune landscape of Alzheimer's disease through integrated multi-omics research and cohort validation
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1648591
PMID:42051535
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研究论文 | 通过整合多组学孟德尔随机化和队列验证,解析阿尔茨海默病相关的外周免疫基因失调 | 首次将大规模GWAS、多组织eQTL/mQTL数据、单细胞转录组和临床队列验证相结合,系统鉴定了阿尔茨海默病外周免疫致病基因及其表观遗传调控机制 | NA | 探索阿尔茨海默病相关外周免疫失调的分子驱动因素,以识别致病基因和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞、血液转录组、血浆蛋白质组和脑脊液生物标志物 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | GWAS, eQTL, mQTL, 单细胞RNA测序, 全转录组关联研究 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、蛋白质组数据、临床测量数据 | GWAS荟萃分析涵盖894710例样本;ADNI队列包含基因表达、脑脊液生物标志物、认知测量、免疫细胞谱和血浆蛋白质组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 427 | 2026-04-30 |
Dyslipidemia is associated with monocyte lipid metabolic reprogramming in Guillain-Barré syndrome
2026, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2026.1797582
PMID:42051772
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研究论文 | 研究吉兰-巴雷综合征中血脂异常与单核细胞脂质代谢重编程的关系 | 首次揭示GBS中血脂异常与外周血单核细胞亚群脂质代谢重编程的协同作用,并鉴定CEBPB为核心转录因子调控这一过程 | 仅基于已有单细胞RNA测序数据集,未进行进一步实验验证转录因子功能 | 探索GBS中循环血脂异常与单核细胞免疫代谢重塑的内在联系及潜在机制 | 吉兰-巴雷综合征患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 机器学习 | 吉兰-巴雷综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 163例GBS患者和169例健康对照的临床数据,以及公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 428 | 2026-04-30 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2025-Dec-11, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adl1988
PMID:40997217
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研究论文 | 本研究结合全基因组表观组图谱、表观基因组编辑、表型及单细胞RNA测序CRISPR筛选,发现了一类对机械微环境响应的基因组增强子,并探究其如何通过表观遗传调控影响细胞功能及疾病相关基因 | 首次鉴定出对细胞外基质软硬度响应的“机械增强子”,并通过表观遗传编辑重编程细胞对机械微环境的响应 | 未提及具体局限性 | 探究机械微环境如何通过表观遗传状态调控转录,并识别响应机械信号的基因组增强子 | 肺成纤维细胞(来自健康及纤维化供体) | 表观遗传学、单细胞组学 | 纤维化疾病 | 全基因组表观组学、表观基因组编辑、单细胞RNA测序、CRISPR筛选 | NA | 表观组数据、单细胞转录组数据 | 健康及纤维化供体的肺成纤维细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 429 | 2026-04-30 |
Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine
2025-12, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP287463
PMID:39639676
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类小肠类器官来源的肠内分泌细胞群体 | 首次利用CRISPR-Cas9标记的类器官模型结合单细胞RNA测序,系统绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱,并揭示不同细胞亚型的激素、营养感应机制及转录因子的差异表达 | 未提及具体局限性,但类器官模型可能无法完全模拟体内微环境 | 利用单细胞RNA测序绘制人类小肠肠内分泌细胞图谱,比较不同细胞类型的分子特征 | 人类十二指肠和回肠类器官来源的肠内分泌细胞(EECs) | 单细胞转录组学 | 糖尿病、肥胖、肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9 | 细胞类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 人类十二指肠和回肠类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 单细胞RNA测序平台 |
| 430 | 2026-04-30 |
Spatial Dynamics of Tumor Cell Plasticity in Lung Adenocarcinoma Revealed by Region-Specific Single Cell Transcriptomics
2025-12, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70101
PMID:41454525
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研究论文 | 通过区域特异性单细胞转录组学揭示肺腺癌中肿瘤细胞可塑性的空间动态 | 首次在单个肺腺癌肿瘤的不同区域(核心、核心旁、边缘)进行单细胞RNA测序,系统刻画了EMT和干性特征的空间异质性,并发现与预后相关的生物标志物PCBP1和PA2G4 | 样本仅来自单个肺腺癌患者,可能限制了结论的普适性;EMT与干性之间的相关性较弱(R=0.17),需进一步验证 | 研究肺腺癌中肿瘤细胞可塑性(EMT和干性)的空间分布及其与预后的关联 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本(10个肿瘤片段来自3个区域) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 1例肺腺癌患者的10个肿瘤片段(核心、核心旁、边缘各若干个) | BGI | 单细胞RNA测序 | SURFSeq 5000 | BGI SURFSeq 5000测序平台进行单细胞RNA测序 |
| 431 | 2026-04-30 |
Monocyte/macrophage-derived NLRP3 Promotes the Onset and Progression of Ankylosing Spondylitis Via the NOD-like Receptor Pathway
2025-Nov-26, Journal of clinical immunology
IF:7.2Q1
DOI:10.1007/s10875-025-01961-4
PMID:41291215
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research paper | 本研究通过单细胞测序和转录组分析揭示了单核细胞/巨噬细胞衍生的NLRP3通过NOD样受体通路促进强直性脊柱炎的发病和进展 | 首次通过单细胞测序分析强直性脊柱炎患者骨髓样本,明确单核细胞-巨噬细胞-炎症性巨噬细胞分化轨迹,并识别NLRP3的核心作用及上游调控因子 | 未提及具体局限性 | 阐明强直性脊柱炎的致病通路并探索潜在治疗策略 | 从强直性脊柱炎患者和骨折对照患者收集的骨髓样本 | machine learning | 强直性脊柱炎 | 单细胞测序, 转录组分析 | NA | 单细胞数据, 转录组数据 | 强直性脊柱炎患者与骨折对照患者的骨髓样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 432 | 2026-04-30 |
Induction alectinib or crizotinib for stage III NSCLC harboring ALK fusion: A study with 4-year follow-up
2025-Oct-24, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003798
PMID:41139663
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研究论文 | 探讨诱导性阿来替尼或克唑替尼在III期ALK融合非小细胞肺癌中的短期和长期疗效 | 首次系统评估诱导性ALK-TKI在局部晚期III期肺癌中的治疗价值,并利用纵向单细胞RNA测序揭示治疗后残留肿瘤的免疫微环境变化 | 研究样本量较小(仅40例),且为单中心回顾性研究,可能影响统计效能和结论的普适性 | 评估诱导性ALK靶向治疗在III期ALK阳性非小细胞肺癌中的短长期疗效和安全性 | 自2016年起收集的广东省肺癌研究所III期(ⅢA-ⅢB)ALK阳性非小细胞肺癌患者 | 机器学习 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 40例III期NSCLC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 433 | 2026-04-30 |
Limited nasal IFN production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses
2025-Oct-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182836
PMID:40956633
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研究论文 | 通过小鼠模型和COVID-19患者数据,揭示鼻部干扰素产生不足导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗应答不佳 | 首次系统阐明鼻部干扰素反应低下是病毒清除延迟和黏膜免疫应答不佳的关键机制,并验证I型或III型干扰素鼻腔给药的免疫保护与疫苗佐剂效果 | 主要基于小鼠模型,人类数据仅来自COVID-19患者,缺乏对其他呼吸道病毒的直接验证 | 探究鼻部干扰素反应在呼吸道病毒感染和黏膜疫苗应答中的作用 | 人类偏肺病毒(HMPV)感染的小鼠模型和COVID-19患者的鼻腔样本 | 机器学习和数字病理学 | 呼吸道感染, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型(具体数量未说明)和COVID-19患者(数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 434 | 2026-04-30 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Depletion and Dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-Specific Th1 and Th17 Cells Early After Acquisition of Human Immunodeficiency Virus
2025-Oct-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiaf354
PMID:40605619
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示HIV感染早期后结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭与失调 | 首次纵向研究HIV感染前后Mtb特异性CD4 T细胞的单细胞RNA测序,揭示早期感染后Th1/Th17细胞优先耗竭及转录调控异常 | 未提及具体局限性 | 评估HIV感染对Mtb特异性CD4 T细胞频率和功能的影响 | HIV阳性与阴性个体中的Mtb特异性CD4 T细胞 | 单细胞转录组学 | 结核病、HIV感染 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 部分个体在HIV感染前后进行纵向单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 435 | 2026-04-30 |
Single-cell RNA-sequencing of BCG naïve and recurrent non-muscle invasive bladder cancer reveals a CD6/ALCAM-mediated immune-suppressive pathway
2025-Sep-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01093-3
PMID:41006678
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析BCG初治和复发性非肌层浸润性膀胱癌,揭示CD6/ALCAM介导的免疫抑制通路 | 首次发现CD6/ALCAM信号通路与BCG耐药性之间的关联,并指出该通路可作为增强BCG疗效的潜在治疗靶点 | 未明确说明局限性,样本量可能有限,且需进一步验证CD6/ALCAM信号在其他队列中的普适性 | 探究BCG治疗抵抗背后的免疫机制,以改善复发非肌层浸润性膀胱癌的治疗效果 | BCG初治和复发性非肌层浸润性膀胱癌患者的肿瘤组织 | 单细胞组学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序 | NA | 基因表达数据、外显子变异数据 | 多个NMIBC患者样本(具体数量未提供),包括BCG治疗前后 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于scRNA-seq |
| 436 | 2026-04-30 |
Redefining macrophage phenotypes after spinal cord injury: An open data approach
2025-Jun, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115222
PMID:40113007
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研究论文 | 通过开放数据方法重新定义脊髓损伤后巨噬细胞表型 | 利用三种公开单细胞RNA测序数据集进行跨数据集比较,采用无偏分析方法识别出脊髓损伤后四种保守的巨噬细胞群体 | 未提及具体局限性,但可能包括样本仅限于年轻雌性小鼠,且仅分析损伤后7天的时间点 | 利用公开单细胞RNA测序数据重新定义脊髓损伤后巨噬细胞的异质性 | 脊髓损伤后7天的年轻雌性小鼠 | 机器学习 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | Seurat分析流程、SingleR跨数据集比较工具 | 基因表达数据 | 三个独立研究团队的数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 437 | 2026-04-30 |
SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data
2025-May-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03573-y
PMID:40317049
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研究论文 | SlideCNA是一种从Slide-seq类空间转录组数据中检测空间拷贝数变异(CNA)的计算工具 | 利用表达感知的空间分箱方法克服数据稀疏性,从近单细胞分辨率的空间转录组数据中提取拷贝数变异信号,实现空间亚克隆检测 | 未提及具体局限性 | 开发从稀疏空间转录组数据中检测拷贝数变异的方法,以揭示实体瘤的遗传空间异质性 | 模拟数据和真实Slide-seq数据(转移性乳腺癌样本) | 机器学习, 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学, RNA-seq | 分箱算法 | 空间基因表达数据 | 模拟数据和真实乳腺癌数据 | 未指定平台公司 | 空间转录组学(Slide-seq类) | Slide-seq | 近单细胞分辨率的空间转录组数据 |
| 438 | 2026-04-30 |
Single-Cell Profiling of Mononuclear Cells Identifies Transcriptomics Signatures Differentiating Prostate Cancer From Benign Prostatic Hyperplasia
2025-05, Genes, chromosomes & cancer
DOI:10.1002/gcc.70051
PMID:40346907
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析外周血单核细胞,揭示前列腺癌与良性前列腺增生的转录组学差异 | 首次利用单细胞转录组学方法系统比较前列腺癌与良性前列腺增生患者外周血单核细胞的免疫细胞亚群及基因表达差异,发现CD14+单核细胞、NK细胞和γδT细胞在前列腺癌中显著升高,并鉴定出多个潜在生物标志物 | 样本量较小,仅包含4例前列腺癌和3例良性前列腺增生患者,且未进行功能验证 | 探究前列腺癌与良性前列腺增生在外周血单核细胞水平的分子差异,寻找区分两种疾病的潜在生物标志物 | 4例前列腺癌患者和3例良性前列腺增生患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 7例外周血样本(4例前列腺癌,3例良性前列腺增生) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 439 | 2026-04-30 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-Apr-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
|
研究论文 | 利用多尺度3D成像和单细胞转录组学,描绘鸡肺中适应单向气流的形态发生、分子和细胞特征 | 首次揭示鸡肺中支持单向气流的发育过程,包括超长分支末端的融合、新末端径向形成肺泡,以及发现第三种鸡特异性肺泡细胞类型(KRT14表达的腔细胞) | 未对物种特异性遗传决定因素进行功能验证分析 | 探索鸡肺单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制,为肺多样化进化研究奠定基础 | 鸡肺的发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 图像、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 鸡肺关键发育阶段样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, Stereo-seq | 10x Chromium用于单细胞转录组学,Stereo-seq用于空间转录组学 |
| 440 | 2026-04-30 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2025-03, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
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综述 | 本文更新并扩展了关于心脏病分子和细胞神经生物学的基础,重点讨论了心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现 | 利用患者特异性干细胞研究交感神经损伤,通过空间转录组学和新型成像技术发现治疗心脏自主神经功能障碍的分子靶点 | 文中强调了尚未解答的问题和存在争议的领域 | 探讨心脏病的分子和细胞神经心脏学机制及治疗潜力 | 心脏自主神经系统、神经化学通路、患者特异性干细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |