单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-09-05	scSorterDL: a deep neural network-enhanced ensemble LDAs for single cell classifications 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf446 PMID:40889117	研究论文	提出一种结合惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络的创新方法scSorterDL，用于提升单细胞RNA测序数据的细胞类型分类性能	首次将惩罚LDA、群体学习和深度神经网络集成，通过生成随机数据子集并利用DNN整合模型输出，捕获传统方法可能忽略的复杂关系	NA	解决单细胞RNA测序数据高维性和稀疏性带来的细胞类型注释挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, GPU计算	pLDA, DNN, 群体学习	基因表达数据	13个真实scRNA-seq数据集和20对跨平台数据集
422	2025-09-05	Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms 2025-Aug-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03198-4 PMID:40885845	研究论文	本研究探讨艾氯胺酮对源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官电生理和代谢重编程的影响	首次使用人源脑类器官模型揭示艾氯胺酮通过能量代谢途径调控NMDAR活性和电生理的浓度和时间依赖性机制	NA	阐明艾氯胺酮的抗抑郁药理机制	源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序，电生理监测，代谢分析	NA	电生理数据，基因表达数据，代谢数据	使用健康对照和抑郁症患者来源的iPSC脑类器官（具体数量未明确说明）
423	2025-09-05	Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway 2025-Aug-29, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293 PMID:40886854	研究论文	本研究探讨机械敏感离子通道Piezo1通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎进展的机制	首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的作用机制	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其信号调控机制	野生型和Piezo1Lyz2基因敲除小鼠的溃疡性结肠炎模型	分子病理学	炎症性肠病	单细胞测序、RNA测序、DSS诱导结肠炎模型	NA	基因表达数据、病理学数据	小鼠结肠炎模型（具体数量未明确说明）
424	2025-09-05	TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens 2025-Aug-28, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105747 PMID:40902342	研究论文	本研究揭示了STAT2和SMAD3转录因子激活TGFB2/IGFBP5通路引发鸡颗粒细胞退化及卵泡闭锁的分子机制	首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子，并揭示JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用	NA	探究鸡卵泡闭锁的分子调控机制以改善产蛋性能	鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程	分子生物学	生殖系统疾病	DNA pull-down assay, 质谱分析, 单细胞调控网络推断与聚类(SCENIC), 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据	NA
425	2025-09-05	Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma 2025-Aug-27, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09445-6 PMID:40866703	研究论文	本研究揭示机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换	首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动增殖态与侵袭态的表型转换	NA	探究黑色素瘤表型转换的外部触发机制	斑马鱼黑色素瘤模型及人类样本中的肿瘤界面细胞	肿瘤细胞生物学	黑色素瘤	空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模	NA	转录组数据、形态学数据	斑马鱼模型与人类样本联合研究
426	2025-09-05	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用	首次通过基因敲除模型证明ACAN缺失会导致斑块沉积增加、形态异常，并发现其对疾病相关小胶质细胞（DAM）表型的调控作用	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5xFAD转基因小鼠模型和ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	条件性基因敲除模型	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型群体（具体数量未明确说明）
427	2025-09-05	MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660202 PMID:40667002	研究论文	本研究探讨MYD88突变在克隆造血中的作用及其通过激活先天免疫通路促进炎症和造血干细胞扩增的机制	首次揭示MYD88突变（包括淋巴瘤相关和新变异）在普通人群和实体癌患者中驱动克隆造血的具体炎症机制	未明确说明样本规模及人群代表性，可能限制结论的普适性	阐明MYD88基因突变在克隆造血中的功能及其对炎症和血液疾病的影响	人类血液细胞、小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、小鼠模型构建、IRAK1/4抑制剂干预	小鼠基因工程模型	基因组数据、转录组数据	NA
428	2025-09-05	Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii 2025-Aug-25, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01277-25 PMID:40853149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转换图谱	首次建立卡氏肺孢子虫的单细胞转录组图谱，揭示其13个转录特征不同的发育阶段	依赖宿主环境且无法连续培养的病原体研究存在技术挑战	解析宿主专性真菌病原体的完整生命周期和生殖转换机制	卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii）	基因组学	肺部感染	scRNA-seq（10× Genomics平台）, RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	87,716个细胞（来自感染大鼠的支气管肺泡灌洗液）
429	2025-09-05	Investigating cytotoxic and inflammatory human IL-7 receptor low effector memory CD8+ T cells in lupus 2025-Aug-25, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105898 PMID:40857939	研究论文	本研究通过分析狼疮患者中IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞的异质性，探讨其在炎症和组织损伤中的作用	首次发现IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞亚群在狼疮外周血和肾脏中积累，并证实其通过TNF-α和IFN-γ诱导中性粒细胞胞外诱捕网形成	NA	探究CD8+ T细胞异质性在狼疮发病机制中的作用	狼疮患者的外周血和肾脏组织样本	免疫学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列, 成像质谱流式技术(IMC)	NA	基因表达数据, 组织成像数据	来自狼疮患者和正常人的外周血及肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
430	2025-09-05	A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001 PMID:40876454	研究论文	开发了一种利用小鼠上皮干细胞生成大脑皮层类器官的可重复协议，用于模拟皮层发育和顺式调控进化	首次建立了能够重现胚胎皮层时序和细胞分化程序的小鼠皮层类器官平台，并利用杂交干细胞系统全面绘制发育过程中顺式调控变异	NA	研究大脑皮层发育的基因调控机制和跨物种顺式调控进化	小鼠大脑皮层类器官	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	类器官模型	基因表达数据	来自实验室小鼠（C57BL/6J）与四种野生近交系杂交产生的F1杂交上皮干细胞
431	2025-09-05	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Aug-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计框架，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值偏移和方差偏移	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型信息权重，能同时检测均值和方差偏移	NA	开发更全面的差异表达分析方法，检测基因表达中的各种分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计框架	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA亚洲免疫多样性图谱的单细胞RNA-seq数据
432	2025-09-05	Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis 2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	研究论文	通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和特定单核细胞亚群在破骨细胞生成中的驱动作用	首次在单细胞水平描绘PMOP骨髓细胞异质性，鉴定出THBS1+单核细胞亚群及其通过NOD样受体通路促进破骨细胞生成的新机制	样本量较小（10例患者+10例对照），主要发现仍需进一步体内外实验验证	解析绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成关键通路	绝经后骨质疏松症患者骨髓细胞及小鼠模型	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，组织学验证，体外通路调控	NA	单细胞转录组数据	20例样本（10例PMOP患者+10例对照），共93,867个细胞
433	2025-09-05	MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.02.631152 PMID:40894791	研究论文	提出一种名为MODE的多模态自编码器流程，用于高分辨率数字解离，联合预测个性化多组学谱和细胞组成	通过结合内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据，实现多维度特征关联，解决了传统方法依赖模糊细胞标记和参考目标差异的问题	NA	开发适用于多组学数据的组织数字解离方法，提升细胞图谱构建和肿瘤微环境分解能力	批量组织样本的多组学数据	计算生物学	肿瘤	多组学分析，scRNA-seq	多模态自编码器	多组学数据	多种组织类型的真实多组学数据（具体数量未明确说明）
434	2025-09-05	Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells 2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.670223 PMID:40894735	研究论文	本研究通过单细胞克隆谱系追踪揭示了新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控程序	首次联合单细胞转录组和TCR分析技术，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹	研究基于小鼠前列腺癌模型，人类临床适用性仍需进一步验证	解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制及其与临床疗效的关联	新抗原特异性CD8+T细胞	免疫学	前列腺癌	单细胞转录组测序、TCR谱分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	小鼠前列腺癌模型中的肿瘤和引流淋巴结样本
435	2025-09-05	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	开发基于Transformer的CART-GPT模型，利用单细胞RNA测序数据预测CAR-T疗法疗效和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用创新的细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	提高CAR-T疗法患者特异性治疗效果和神经毒性预测能力	CAR-T细胞群体和接受CAR-T治疗的患者	自然语言处理	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	112万个经过临床结果注释的CAR-T单细胞RNA-seq图谱
436	2025-09-05	Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures 2025-Aug-12, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/68957 PMID:40889269	研究论文	本文介绍了耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用	详细描述了通过逐步增加药物浓度筛选耐药细胞系的标准实验流程	NA	开发耐药细胞系以研究耐药机制和克服治疗失败的策略	癌细胞系	NA	癌症	细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序	NA	实验数据	NA
437	2025-09-05	Progress and new challenges in image-based profiling 2025-Aug-07, ArXiv PMID:40799808	综述	回顾基于图像的细胞表型分析的计算方法进展、当前流程、局限性及未来发展方向	深度学习重塑特征提取与多模态数据整合，单细胞分析和批次效应校正等方法的引入提升分析精度	领域仍面临重大挑战，需创新性解决方案	为研究者提供该快速发展领域的技术进展与挑战路线图	细胞表型分析	数字病理	NA	显微镜成像，深度学习	深度学习	图像	NA
438	2025-09-05	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究通过单细胞全基因组测序揭示全基因组加倍（WGD）是高级别浆液性卵巢癌中持续发生的突变过程，并探讨其如何促进肿瘤进化与免疫失调	开发了基于突变的WGD时序分析方法doubleTime，首次在单细胞分辨率揭示WGD作为持续突变过程驱动肿瘤进化的多种模式及其对免疫通路的差异化影响	研究样本仅针对高级别浆液性卵巢癌，结论在其他癌种中的普适性尚未验证	探究全基因组加倍对肿瘤体细胞进化与免疫逃逸的影响机制	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，转录组数据，图像数据	41名患者的70个肿瘤样本（包含30,260个肿瘤基因组）
439	2025-09-05	Cathepsin K as a key regulator of myocardial fibrosis in dilated cardiomyopathy and a promising therapeutic target 2025-Aug, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110421 PMID:40578558	研究论文	本研究揭示了组织蛋白酶K（CTSK）作为扩张型心肌病中心肌纤维化的关键调节因子及潜在治疗靶点	首次通过scRNA-seq技术发现CTSK在心脏成纤维细胞中的特异性表达，并证实其通过PDGF-BB通路调控细胞增殖而非TGF-β1诱导的转分化	未明确CTSK调控纤维化的具体分子机制，且体外实验未能完全模拟体内复杂环境	探究扩张型心肌病中心肌纤维化的分子机制并寻找治疗靶点	人类心脏成纤维细胞（HCFs）及扩张型心肌病患者心脏组织	心血管疾病研究	扩张型心肌病	scRNA-seq, 加权基因共表达网络分析, 蛋白质互作分析, Masson三色染色, 免疫荧光染色	NA	基因表达数据, 组织切片图像	人类心脏组织样本及体外培养的心脏成纤维细胞
440	2025-09-05	Autophagy Regulates Müller Glial Cell Inflammatory Activation 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.74 PMID:40879296	研究论文	本研究探讨自噬在小鼠视网膜Müller细胞中对炎症激活的调控作用及其对眼部免疫豁免的维持机制	首次揭示自噬通过调控Müller细胞的异质性激活状态来限制炎症反应，并发现自噬缺陷导致所有Müller细胞均呈现激活状态	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类视网膜中的适用性尚需验证	探究自噬是否通过调控Müller细胞来维持眼部的免疫豁免状态	小鼠视网膜Müller细胞	细胞生物学	眼部炎症疾病	基因敲除、单细胞RNA测序、免疫荧光共聚焦显微镜、流式细胞术、siRNA敲低	NA	基因表达数据、细胞图像数据、流式细胞数据	对照组和Atg5缺陷型小鼠的视网膜Müller细胞