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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-12-02 |
Optimal Gene Panel Selection for Targeted Spatial Transcriptomics Experiments
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.08.681071
PMID:41279853
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ReconST的新方法,用于自动设计空间转录组学分析中的最优基因面板 | ReconST利用现有scRNA-seq数据,通过门控自编码器识别最优基因子集,在重建准确性和空间模式保留方面优于现有方法 | NA | 优化基因面板选择以最大化空间转录组学分析的效用 | 基因面板设计 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析,scRNA-seq | 门控自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 422 | 2025-12-02 |
Accelerating scRNA-seq Analysis: Automated cell type annotation using representation learning and vector search
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680787
PMID:41279915
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研究论文 | 本文介绍了一种基于表示学习和向量搜索的自动化细胞类型注释服务,用于加速单细胞RNA测序分析 | 采用反向搜索方法,避免依赖预定义标记基因或组织特异性参考,提供细粒度和粗粒度注释 | NA | 自动化单细胞RNA测序中的细胞类型注释,以提高分析速度和准确性 | 10x Genomics单细胞基因表达样本中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 表示学习 | 基因表达谱数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 423 | 2025-12-02 |
SpaDiff: Denoising for Sequence-based Spatial Transcriptomics via Diffusion Process
2025-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.07.681011
PMID:41280001
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaDiff的去噪方法,用于处理基于序列的空间转录组学数据中的spot-swapping噪声 | 将spot-swapping噪声建模为扩散过程,并模拟RNA分子的位移以逆转噪声,从而恢复原始空间分布 | NA | 提高空间转录组学数据的空间特异性和数据完整性 | 空间转录组学数据中的RNA分子 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 扩散过程模型 | 序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 424 | 2025-12-02 |
Multi-omics analysis identifies S100a10/Anxa2 complex within proximal tubule aggravates acute kidney injury through p-Stat3/Spp1 signaling
2025-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2025.11.003
PMID:41265636
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研究论文 | 通过多组学分析发现S100a10/Anxa2复合物在近端小管内通过p-Stat3/Spp1信号通路加剧急性肾损伤 | 首次结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学技术,系统性地识别了S100a10/Anxa2复合物在AKI中的作用,并通过实验验证了其通过p-Stat3/Spp1信号通路调控AKI的机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中进行验证,且具体信号通路的上下游调控细节有待进一步探索 | 探究急性肾损伤(AKI)的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏组织,特别是近端小管上皮细胞 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP-seq | NA | RNA-seq数据, 空间转录组数据, ChIP-seq数据 | 未明确指定样本数量,但涉及对照组和AKI模型组 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 425 | 2025-12-02 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的细胞应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析多种化学物质诱导的细胞应激反应通路,并基于文献来源的基因特征对单个细胞进行评分和聚类,揭示细胞状态的动态转变 | 研究仅针对HepaRG细胞系和24小时暴露时间,可能无法完全反映体内复杂环境或其他细胞类型的应激响应 | 探索单细胞转录组学在毒理学中解码细胞应激状态的应用潜力 | HepaRG细胞 | 单细胞转录组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 约40,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC平台用于生成单细胞转录组图谱 |
| 426 | 2025-12-02 |
Immune cell communication networks and memory CD8+ T cell signatures sustaining chronic inflammation in COVID-19 and Long COVID
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689507
PMID:41200182
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了COVID-19及长新冠患者的免疫细胞图谱,揭示了记忆CD8+ T细胞在慢性炎症中的核心作用及其分子特征 | 在单细胞分辨率下绘制了COVID-19及长新冠的免疫景观,首次系统性地揭示了记忆CD8+ T细胞在MHC-I介导的细胞通讯网络中的中心地位及其与慢性炎症的关联,并利用机器学习模型识别出预测慢性免疫失调的关键基因标志 | 研究样本量相对有限(73,110个PBMCs),且仅基于外周血单核细胞分析,未能涵盖组织特异性免疫反应;机器学习模型的验证仍需在独立队列中进行 | 探究COVID-19及长新冠中持续免疫失调和慢性炎症的分子机制,特别是记忆CD8+ T细胞的功能异常与炎症维持的关系 | 来自健康、暴露、感染及住院四个疾病状态个体的外周血单核细胞(PBMCs) | 生物信息学 | COVID-19及长新冠 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、机器学习模型训练、SHAP解释框架 | XGBoost等九种机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 73,110个外周血单核细胞(PBMCs),来自四个疾病状态(健康、暴露、感染、住院)的个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 427 | 2025-12-02 |
A discrete 'early-responder' stromal-cell subtype orchestrates immunocyte recruitment to injured tissue
2023-12, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01669-w
PMID:37932455
|
研究论文 | 本研究通过时间分辨单细胞RNA测序,鉴定出一种在急性损伤后早期响应的间充质基质细胞亚型,该亚型通过表达免疫调节因子(如Cxcl5)协调免疫细胞(如中性粒细胞和巨噬细胞)的招募,从而影响组织再生和炎症进程 | 首次在肌肉间充质基质细胞中识别出一种“早期响应者”亚型,该亚型在损伤后第一天迅速激活,表达独特的免疫调节转录本,并证明其通过Cxcl5等因子在协调免疫细胞招募和组织再生中发挥关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证有限;且未详细探讨该亚型在其他疾病或组织中的具体功能机制 | 探究急性损伤后间充质基质细胞亚型在免疫细胞招募和组织再生中的作用机制 | 小鼠肌肉间充质基质细胞(MmSCs)及其在急性损伤和肌肉萎缩模型中的响应 | 单细胞组学 | 肌肉损伤和肌肉萎缩 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 428 | 2025-12-02 |
Identification of human exTreg cells as CD16+CD56+ cytotoxic CD4+ T cells
2023-10, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01589-9
PMID:37563308
|
研究论文 | 本文通过小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据,识别并验证了人类exTreg细胞为CD16+CD56+细胞毒性CD4+ T细胞 | 首次将人类exTreg细胞定义为CD16+CD56+细胞毒性CD4+ T细胞,并利用跨物种转录组分析和功能实验验证其细胞毒性 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本的验证可能有限,且疾病背景聚焦于动脉粥样硬化 | 识别和表征在动脉粥样硬化中从调节性T细胞转化而来的exTreg细胞的分子特征和功能 | 小鼠和人类的T细胞、exTreg细胞,以及自然杀伤细胞 | 免疫学 | 动脉粥样硬化 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, CITE-seq, 流式细胞术, T细胞受体测序, 细胞杀伤和CD107a脱颗粒实验 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据, 序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2025-12-02 |
Multimodal single-cell datasets characterize antigen-specific CD8+ T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-10, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01608-9
PMID:37735591
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研究论文 | 本文使用多模态单细胞测序技术,对SARS-CoV-2疫苗接种和感染后的抗原特异性CD8+ T细胞进行了纵向分析 | 首次结合转录组、可及染色质景观和免疫表型,定义了疫苗诱导的CD8 T细胞亚群,并发现其与COVID-19患者临床结局相关 | 研究主要基于mRNA疫苗BNT162b2,可能不适用于其他疫苗类型;样本量有限,需进一步扩大验证 | 改善对T细胞反应的表征和量化,以补充基于抗体滴度的群体监测 | 人类循环白细胞,特别是CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 多模态测序技术,包括scRNA-seq | NA | 单细胞多模态数据(转录组、染色质可及性、免疫表型) | 纵向收集的疫苗接种前后人类白细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析 | NA | NA |
| 430 | 2025-12-02 |
Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis
2023-06, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02372-x
PMID:37322120
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研究论文 | 本研究通过分析原发性硬化性胆管炎(PSC)患者的结肠组织,发现了一种独特的适应性炎症转录特征,该特征与PSC患者发生异型增生的更高风险和更短时间相关 | 首次结合流式细胞术、批量与单细胞转录组学以及T和B细胞受体库分析,识别出PSC中与异型增生风险相关的特异性抗原驱动的炎症特征,揭示了PSC与IBD在异型增生机制上的差异 | 样本量相对有限(共221名参与者),且研究主要关注右结肠组织,可能未全面反映整个结肠的炎症状态 | 探究PSC患者结肠炎症与异型增生发展的关联机制,以指导结直肠癌预防 | 65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 流式细胞术、批量转录组学、单细胞转录组学、T和B细胞受体库分析 | NA | 转录组数据、细胞表型数据 | 221名参与者(65名PSC患者、108名IBD患者、48名健康个体) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 431 | 2025-12-02 |
The tumor immune microenvironment of nasopharyngeal carcinoma after gemcitabine plus cisplatin treatment
2023-06, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02369-6
PMID:37280275
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术,揭示了吉西他滨联合顺铂(GP)化疗后鼻咽癌肿瘤免疫微环境的变化,并发现了一种以先天样B细胞(ILB)为中心的抗肿瘤免疫反应机制 | 首次在单细胞分辨率下描绘了GP化疗后鼻咽癌的免疫微环境图谱,并发现了化疗诱导的DNA片段通过STING通路和TLR9信号激活先天样B细胞(ILB)的新型抗肿瘤免疫机制 | 样本量相对有限(15对匹配样本),且为观察性研究,需要进一步的功能性实验验证机制 | 阐明GP化疗在鼻咽癌中发挥临床活性的免疫学机制 | 鼻咽癌患者 | 单细胞组学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序,T细胞和B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据,免疫受体序列数据 | 15对匹配的初治与GP化疗后鼻咽癌样本(单细胞测序),一项III期试验中的139名患者(生存分析),以及380名接受GP联合免疫治疗的患者(验证队列) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 432 | 2025-12-02 |
Multimodal characterization of antigen-specific CD8 + T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.525203
PMID:36747786
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研究论文 | 本文利用多模态测序技术对BNT162b2疫苗接种前后的循环白细胞进行纵向分析,揭示了抗原特异性CD8+ T细胞的亚群特征及其与临床预后的关联 | 首次结合转录组、染色质可及性、免疫表型和T细胞受体测序等多模态数据,系统表征了疫苗诱导的SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞,并发现其频率可预测COVID-19临床结局 | 研究主要基于疫苗接种后的时间点分析,对感染后长期动态的覆盖有限;样本量相对较小,且未涵盖不同人群的异质性 | 深入表征SARS-CoV-2感染或疫苗接种后T细胞免疫应答,特别是抗原特异性CD8+ T细胞的特征 | 人类循环白细胞,特别是CD8+ T细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 多模态测序技术,包括scRNA-seq、ATAC-seq、T细胞受体测序和DNA寡核苷酸标记的肽-MHC多聚体技术 | NA | 单细胞多组学数据 | 疫苗接种前后采集的纵向人类白细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 433 | 2025-12-01 |
A synthetic circular RNA targeting miR-340-5p promotes optic nerve regeneration and retinal ganglion cell survival following axotomy
2026-Feb, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115527
PMID:41138896
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向miR-340-5p的合成环状RNA,能够促进视神经切断后的轴突再生和视网膜神经节细胞存活 | 首次通过计算模型筛选出调控多个再生相关基因的miR-340-5p,并设计环状RNA海绵实现多基因转录重编程 | Circ-340-5p对神经元存活的促进作用在六周后未能持续维持 | 探索通过miRNA调控促进中枢神经系统轴突再生的新策略 | 小鼠视网膜神经节细胞和背根神经节神经元 | 神经再生 | 神经损伤 | 单细胞RNA测序,计算建模,环状RNA设计 | 计算模型 | 单细胞RNA测序数据 | 雄性和雌性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 434 | 2025-12-01 |
Low-density lipoprotein receptor interacts with clusterin to regulate A1/A2 astrocyte polarization and ameliorate hemorrhagic brain injury
2026-Feb, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115539
PMID:41175961
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研究论文 | 本研究探讨低密度脂蛋白受体与clusterin相互作用调控星形胶质细胞A1/A2极化并改善出血性脑损伤的机制 | 首次揭示LDLR通过相互作用蛋白CLU调控星形胶质细胞极化状态,为出血性脑损伤提供新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探索LDLR对星形胶质细胞极化的影响及其分子机制 | C57BL/6J小鼠脑出血模型中的星形胶质细胞 | 神经科学 | 脑出血 | 单细胞测序, 质谱分析, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 小鼠脑出血模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 435 | 2025-12-01 |
De novo truncating variant in the FBRSL1 gene caused neurodevelopmental disorders, epilepsy, congenital heart disease, and facial dysmorphism
2026-Feb, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115549
PMID:41232796
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序和斑马鱼模型验证,发现FBRSL1基因新发截断变异导致神经发育障碍、癫痫、先天性心脏病和面部畸形的综合征 | 首次将FBRSL1确定为多系统发育障碍的致病基因,揭示了其与AUTS2旁系同源基因在神经发育中的关联机制 | 研究样本量有限,仅分析了5名患者,需要更大规模研究验证 | 探究FBRSL1基因在发育障碍中的致病作用 | 携带FBRSL1变异的患者和斑马鱼模型 | 遗传学 | 神经发育障碍 | 全外显子测序, 单细胞RNA测序, 斑马鱼基因敲低 | 斑马鱼模型, 类器官模型 | 基因组数据, 转录组数据 | 5名患者和斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | NA |
| 436 | 2025-12-01 |
EED226 treatment targets key immune genes to suppress LPS response in Chinese tongue sole splenocytes
2026-Jan, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2025.110927
PMID:41076212
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研究论文 | 本研究探讨EED226通过表观遗传机制调控中国半滑舌鳎脾细胞对LPS免疫反应的机制 | 首次在硬骨鱼中揭示EED蛋白及其抑制剂EED226的免疫调节功能,发现跨物种保守的EED靶点 | 研究仅限于中国半滑舌鳎脾细胞,未在其他组织或物种中验证 | 探究表观遗传机制在硬骨鱼LPS免疫反应中的调控作用 | 中国半滑舌鳎脾细胞 | 表观遗传学 | 细菌感染 | 转录组分析,单细胞RNA测序,定量RT-PCR | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 437 | 2025-12-01 |
Type I IFN drives neutrophil swarming, impeding lung T cell-macrophage interactions and TB control
2025-Dec-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250466
PMID:40986319
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了I型干扰素在结核感染早期通过驱动中性粒细胞聚集而限制CD4+ T细胞-巨噬细胞相互作用的新机制 | 发现相对耐药小鼠早期肺内I型干扰素反应更强,并阐明其通过中性粒细胞群聚阻碍T细胞-巨噬细胞空间互作的独特免疫调控机制 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类中验证;观察时间限于感染初期数周 | 探究结核分枝杆菌感染早期决定感染结局的免疫机制 | C57BL/6和C3HeB/FeJ小鼠的肺部免疫细胞 | 免疫学 | 结核病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 两种基因型小鼠在感染初数周内的肺部样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 438 | 2025-12-01 |
Inhibition of Cholesterol Transport from Lysosomes by Itraconazole Repolarizes Tumor-associated Macrophages to Anti-tumor M1 type
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17866
PMID:41318128
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研究论文 | 本研究探讨伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇转运将肿瘤相关巨噬细胞从促瘤M2表型重编程为抗瘤M1表型的机制 | 首次揭示伊曲康唑通过抑制溶酶体胆固醇释放实现巨噬细胞表型重编程的新机制 | 研究仅使用THP-1细胞来源的M2巨噬细胞,未在体内模型验证 | 探究伊曲康唑诱导肿瘤相关巨噬细胞表型重编程的分子机制 | THP-1细胞来源的M2巨噬细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,延时成像,Western blot | 细胞模型 | 基因表达数据,图像数据,蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 439 | 2025-12-01 |
Potential Role of Tumor-derived MIF in B-Cell Antigen Presentation in Lung Adenocarcinoma: Single-cell and TCGA Analyses
2025-Dec, Anticancer research
IF:1.6Q4
DOI:10.21873/anticanres.17874
PMID:41318120
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研究论文 | 本研究通过单细胞和TCGA分析探讨了肿瘤源性MIF在肺腺癌B细胞抗原呈递中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示MIF通过调控B细胞获得抗原呈递细胞样功能在肺腺癌中的双重作用 | 样本量较小(仅3个肿瘤样本),需要更大规模验证 | 研究肿瘤源性MIF在肺腺癌免疫调控和预后中的作用 | 肺腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和恶性细胞 | 单细胞分析 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | Seurat,CellChat,GEPIA2 | 单细胞RNA测序数据,TCGA临床数据 | 3个肺腺癌肿瘤(29,936个细胞)和TCGA-LUAD队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 440 | 2025-12-01 |
Single-cell analysis reveals the diversity of human fetal membrane and adjacent placental cells with preterm premature rupture of membranes
2025-Nov-30, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf143
PMID:41319021
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了早产胎膜早破患者胎膜及邻近胎盘细胞的多样性和细胞间相互作用差异 | 发现了一种新型滋养层细胞亚型FABP7+Tb,并识别了MMP11在EVT-1中的上调表达作为PPROM的潜在生物标志物 | 样本来源仅限于脐带周围约两厘米范围内的组织,可能无法完全代表整个胎膜和胎盘的情况 | 探索早产胎膜早破的细胞组成和分子机制 | 足月分娩、早产无胎膜早破和早产胎膜早破患者的胎膜及邻近胎盘组织 | 单细胞组学 | 产科疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 三种临床分组(FTIL、PPWROM、PPROM)的胎膜和胎盘组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |