单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-06-13 |
Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes
2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873
PMID:40499345
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研究论文 | 本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析 | 采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法） | 基因表达数据 | 十个真实的scRNA-seq数据集 |
| 422 | 2025-06-13 |
Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation
2025-Jun-06, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854
PMID:40499413
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研究论文 | 本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用 | 揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平 | 阐明PM加剧哮喘的分子机制 | 哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本 | 分子生物学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠哮喘模型 | 基因表达数据、血清标志物数据 | 未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集 |
| 423 | 2025-06-13 |
CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST
2025-Jun-06, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916
PMID:40499539
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研究论文 | 该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用 | 首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型 | 研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号 | LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX) | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 纵向单细胞RNA测序 | PDX模型 | RNA测序数据 | NA |
| 424 | 2025-06-13 |
Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.657480
PMID:40501958
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研究论文 | 通过细胞表面蛋白质组学分析，识别出CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子 | 首次将细胞表面邻近标记与质谱技术结合，系统性分析稳态下小胶质细胞表面蛋白质组，并开发基于图像的六项形态/空间指标的功能筛选方法 | 研究主要基于体外模型和脑片实验，尚未在完整生物体内验证CD72的调控机制 | 揭示小胶质细胞平铺现象（非重叠突触空间分布）的分子调控机制 | 小胶质细胞的表面蛋白质组及其空间分布特征 | 神经科学 | NA | 细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、显微图像数据 | NA（未明确说明具体样本数量） |
| 425 | 2025-06-13 |
A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity
2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.02.656433
PMID:40502191
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研究论文 | 通过基于成像的空间转录组学分析17个人类婴儿肺在不同发育和损伤阶段的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱 | 首次创建了一个涵盖不同发育阶段和疾病严重程度的急性新生儿肺损伤的空间转录组图谱，并应用计算聚类方法识别共享分子模式 | 样本量相对较小（17个婴儿肺），且仅关注了急性新生儿肺损伤 | 揭示肺器官发生过程中的细胞转变时机和调控机制，以及疾病中这些过程的破坏 | 人类婴儿肺组织 | 空间转录组学 | 新生儿肺损伤 | 成像空间转录组学 | 计算聚类方法 | 空间转录组数据 | 17个人类婴儿肺样本，约120万个细胞 |
| 426 | 2025-06-13 |
Human microglia in brain assembloids display region- specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids
2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657874
PMID:40501840
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research paper | 研究通过构建区域特异性大脑类器官并结合人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和作用 | 首次在区域特异性大脑类器官中整合人类小胶质细胞，并发现其对携带SCN2A突变的神经元过度兴奋的反应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和其在神经环路中的作用 | 人类小胶质细胞和区域特异性大脑类器官 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序，化学遗传学 | 大脑类器官模型 | 基因表达数据，钙信号数据 | 多种区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑） |
| 427 | 2025-06-13 |
NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas
2025-Jun-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1
PMID:40502769
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research paper | 该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制 | 首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制 | 研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限 | 探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用 | NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞 | 肿瘤代谢 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序 | 细胞系模型(CH157-MN) | 基因表达数据，代谢数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验 |
| 428 | 2025-06-13 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
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research paper | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | PMM2-CDG患者和小鼠模型 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍 | 多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学） | 小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织 |
| 429 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 430 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 431 | 2025-06-13 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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research paper | 该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达 | 首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用 | 虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制 | 探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs) | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 432 | 2025-06-13 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
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research paper | 介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性 | 未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性 | 开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 基因组学 | NA | scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞 |
| 433 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛敏感 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |
| 434 | 2025-06-13 |
Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657070
PMID:40502055
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research paper | 介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码 | 填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果 | 开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | NA |
| 435 | 2025-06-13 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
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研究论文 | 该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化 | 揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究衰老过程中白质退化的免疫机制 | 小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞 | 神经退行性疾病研究 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量（小鼠模型） |
| 436 | 2025-06-13 |
Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma
2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586
PMID:40412102
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研究论文 | 本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例 | 首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例 | 仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效 | EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和单细胞测序数据 | 1例患者 |
| 437 | 2025-06-13 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
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research paper | 介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析 | scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析 | 虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识 | 开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟 | 多模式单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny | 单细胞数据 | NA |
| 438 | 2025-06-13 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
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研究论文 | 介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正 | NA | 开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 439 | 2025-06-13 |
SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
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研究论文 | 介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞 | SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上 | NA | 开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理 | 小鼠小肠 | 空间转录组学 | NA | Visium HD | SMURF | 空间转录组数据 | NA |
| 440 | 2025-06-13 |
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656371
PMID:40501538
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research paper | 该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用 | 研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制 | 小鼠骨折模型中的成骨细胞 | 骨生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组转基因小鼠 |