单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-04-25	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统性地分析了颅神经板在闭合过程中的空间和时间基因表达变化，并揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同转录调控程序	研究仅针对小鼠模型，结果在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	研究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板的区域化和形态发生机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
422	2025-04-25	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2025-Apr-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02148-8 PMID:40195561	research paper	介绍了一种名为CHOIR的新方法，用于从单细胞数据中统计显著地检测细胞类型和状态	提出CHOIR方法，通过随机森林分类器和置换测试在层次聚类树中统计确定代表不同细胞群的簇，解决了现有聚类工具缺乏统计推断测试的问题	NA	开发一种能够统计显著地识别单细胞数据中生物相关细胞群的方法	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、空间转录组和多组学	随机森林	单细胞数据	230个模拟数据集和5个真实数据集
423	2025-04-25	scRNA-seq uncovers the transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2025-Apr-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57837-z PMID:40188181	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录变化及其发育轨迹	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境下的寄生虫-宿主相互作用	探究E. intestinalis寄生虫在人类巨噬细胞中的转录动态及其与宿主的相互作用	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
424	2025-04-25	Revealing NAPSA's role in ccRCC: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149478 PMID:40194687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了NAPSA在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中的表达特征及其潜在作用	首次在单细胞水平分析了NAPSA在ccRCC中的表达模式，并发现其与EMT过程及肿瘤微环境细胞间通讯的关联	样本量较小(7个肿瘤和2个正常样本)，且机制研究仍需进一步深入	探究NAPSA在ccRCC中的分子特征及其临床意义	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)组织和细胞系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), TCGA数据分析, 体外siRNA转染实验	Seurat分析流程	单细胞转录组数据	7个肿瘤样本和2个正常样本(来自GSE210042数据集)，以及OS-RC-2和Caki-1细胞系
425	2025-04-25	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90596 PMID:40184163	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别了14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义	研究肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用	肠嗜铬细胞(EC细胞)	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据和空间图像数据	NA
426	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-03, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	research paper	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的第三种肺泡细胞类型（KRT14表达的腔细胞），并揭示了其与肺泡类型2和1细胞在空间上的分布模式	研究仅针对鸡肺发育过程，未涉及其他鸟类物种的比较分析	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子和细胞特征	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
427	2025-04-25	Airway Spatial Transcriptomics in Smoking 2025-Apr-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.04.01.25325047 PMID:40236402	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组数据，预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	创建了一个框架，通过虚拟单细胞分辨率的空间转录组数据预测吸烟者肺部细胞间通讯的改变	样本量较小（3名吸烟者和3名非吸烟者），可能影响结果的普遍性	研究吸烟对肺部细胞间通讯的影响	吸烟者和非吸烟者的肺部组织样本	空间转录组学	肺部疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）和空间转录组学	NA	转录组数据	3名吸烟者和3名非吸烟者的肺部组织样本
428	2025-04-25	Single-cell analysis of the epigenome and 3D chromatin architecture in the human retina 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.28.630634 PMID:39764062	研究论文	通过单细胞多组学分析研究人类视网膜的基因表达、染色质可及性、DNA甲基化组和3D染色质结构	首次在23种视网膜细胞亚类中鉴定了420,824个独特的候选调控元件，并比较了人类和小鼠视网膜细胞的染色质景观	未提及具体样本量限制或技术局限性	解析人类视网膜的基因调控程序及相关疾病的非编码风险变异	人类视网膜、黄斑区和视网膜色素上皮(RPE)/脉络膜	表观基因组学	眼科疾病	单细胞多组学测序	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
429	2025-04-25	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补	首次将条件扩散概率模型应用于单细胞RNA测序数据的缺失值填补，并采用带有注意力机制的深度神经网络优化填补过程	未具体说明方法在超大规模数据集上的计算效率	解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平被掩盖问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	条件扩散概率模型(conditional diffusion probabilistic models)和带有注意力机制的深度神经网络	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集(未明确具体数量)
430	2025-04-25	The Effect of Cuproptosis-Related Proteins on Macrophage Polarization in Mesothelioma is Revealed by scRNA-seq 2025-Apr, Biological trace element research IF:3.4Q2 DOI:10.1007/s12011-024-04333-y PMID:39177724	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了铜死亡相关蛋白对间皮瘤中巨噬细胞极化的影响	首次发现铜死亡相关基因在间皮瘤中的表达差异，并构建了3基因特征预测模型	研究样本量有限，需要进一步临床验证	探究铜死亡相关蛋白对间皮瘤进展的影响机制	间皮瘤患者样本和细胞系	digital pathology	mesothelioma	scRNA-seq, LASSO回归分析	多基因预测模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的间皮瘤样本
431	2025-04-25	Integrative single-cell and spatial transcriptomic analyses identify a pathogenic cholangiocyte niche and TNFRSF12A as therapeutic target for biliary atresia 2025-Apr-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001064 PMID:39178365	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了胆道闭锁中的致病性胆管细胞生态位，并发现TNFRSF12A作为潜在治疗靶点	首次通过单细胞和空间转录组技术全面描绘了胆道闭锁的肝脏细胞图谱，并揭示了TNFRSF12A在疾病中的关键作用	样本量相对较小（12例单细胞测序和4例空间转录组样本），且主要在动物模型和类器官中验证发现	阐明胆道闭锁中胆管细胞的致病机制并寻找治疗靶点	胆道闭锁患者的肝脏组织和小鼠疾病模型	数字病理	胆道闭锁	单细胞RNA测序、空间转录组分析	小鼠疾病模型、人类胆道类器官	RNA测序数据、空间转录组数据	12例肝脏组织（9例BA患者和3例对照）的单细胞测序，4例肝脏切片（2例BA患者和2例对照）的空间转录组分析
432	2025-04-25	Chronic Rejection After Kidney Transplantation 2025-Apr-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005187 PMID:39192468	research paper	该文章探讨了肾移植后慢性排斥反应的机制及潜在治疗方法	揭示了自然杀伤细胞（NK细胞）在抗体介导的排斥反应（AMR）中的关键作用，并探索了靶向CD38的单克隆抗体felzartamab的治疗潜力	目前的研究仍处于探索性阶段，许多试验结果尚未明确，且缺乏批准的排斥治疗方案	研究肾移植后慢性排斥反应的免疫机制及开发有效治疗方法	肾移植患者及相关的免疫机制	医学研究	肾移植排斥反应	免疫组织化学、批量转录组学、空间转录组学和功能遗传学	NA	分子和形态学数据	NA
433	2025-02-15	A single approach, multiple insights: Harnessing spatial transcriptomics and proteomics to identify novel therapeutic targets of alcohol-associated hepatitis 2025-Apr, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.70007 PMID:39948688	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
434	2025-04-25	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组变化	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠系的皮质OPCs
435	2025-04-25	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-Apr, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的指导作用	发现了非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的三个阶段过程，并确定了MYB74转录因子在这一过程中的核心作用	未明确比较这种机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
436	2025-04-25	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Apr-01, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1 PMID:40235492	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的多样性、细胞毒性及对常见儿童病原体的反应能力	揭示了新生儿MR1T细胞在TCR使用上的多样性、较低的细胞毒性以及对多种常见儿童病原体无反应的特点	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在感染易感性中的作用	新生儿和成人的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	scRNA-seq/scTCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人样本
437	2025-04-25	An expandable synthetic library of human paired antibody sequences 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932 PMID:40258041	研究论文	本文介绍了一种名为IgHuAb的大型语言模型，用于高通量生成配对人类抗体序列，并创建了一个名为SynAbLib的合成人类抗体库	开发了IgHuAb模型和SynAbLib库，显著提高了人类抗体序列的多样性，并验证了其表达效率	未提及具体的技术限制或样本量限制	解决现有单细胞测序方法在人类抗体序列数据上的高通量和高成本问题	人类抗体序列	自然语言处理	NA	单细胞测序	大型语言模型	序列数据	NA
438	2025-04-25	Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70558 PMID:40259204	research paper	该研究探讨了溶瘤病毒感染如何调节胶质瘤中的赖氨酸乙酰转移酶，特别是KAT8的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示了溶瘤病毒EV-A71感染胶质瘤细胞后KAT8的下调，并验证了KAT8在胶质瘤中的表达与临床病理特征、患者生存率及细胞凋亡的关系	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证，且样本来源有限	探索溶瘤病毒感染对胶质瘤中赖氨酸乙酰转移酶的调控机制及其临床意义	胶质瘤细胞和胶质瘤组织	digital pathology	glioma	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织样本及体外培养的胶质瘤细胞系
439	2025-04-25	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004 PMID:40265090	research paper	研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者生存期的关联及其对免疫细胞抗肿瘤功能的负面影响	首次揭示了IDO1代谢物在NSCLC脑转移患者中的免疫抑制作用，并发现其与Treg细胞比例及患者生存期显著相关	样本量有限（195例），且未探讨IDO1抑制剂的治疗潜力	探究IDO1活性与NSCLC脑转移患者生存期的关系及其免疫调节机制	非小细胞肺癌伴脑转移患者	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	scRNA-seq分析、非靶向代谢组学分析	NA	血液/组织样本的代谢物检测数据、单细胞转录组数据	195例NSCLC患者（含脑转移病例）
440	2025-04-25	The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001 PMID:40265092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观及其独特的基因组和免疫特征	首次在单细胞水平上描绘了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫图谱，发现了恶性B细胞的高增殖和OXPHOS型代谢特征，以及T细胞的衰老样功能障碍	样本量相对较小（14例），且仅分析了淋巴结样本	阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征	HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤（主要是弥漫大B细胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤）患者和非HIV感染者的淋巴瘤样本	数字病理学	B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14例（6例HIV相关DLBCL，5例HIV相关BL，3例非HIV相关DLBCL）