单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 39535 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-05-16 |
Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes
2025-06, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016
PMID:40122457
|
研究论文 | 利用肿瘤浸润免疫细胞相关基因构建模型，预测膀胱癌风险和免疫治疗效果 | 首次结合20种机器学习算法与孟德尔随机化方法，基于肿瘤浸润免疫细胞特征评分构建膀胱癌预后及免疫治疗预测模型 | 未提及明确局限性 | 开发基于肿瘤浸润免疫细胞的膀胱癌预测模型 | 膀胱癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 机器学习集成模型（20种算法） | 基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 多组RNA表达数据和单细胞RNA数据（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 422 | 2026-05-16 |
Identifying Immunomodulatory Subpopulations of Adipose Stromal Vascular Fraction and Stem/Stromal Cells Through Single-Cell Transcriptomics and Bulk Proteomics
2025-Jun, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-025-10889-6
PMID:40366552
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学整合分析，鉴定脂肪基质血管成分和干细胞/基质细胞中具有免疫调节功能的亚群 | 首次将单细胞RNA测序与蛋白质组学数据结合，利用Scissor算法识别出未培养SVF中存在的两种新型ASC亚群——Scissor阳性（类似细胞因子刺激的免疫调节细胞）和Scissor阴性（以细胞外基质重塑为特征） | 未明确说明局限性 | 解析脂肪组织中基质血管成分来源的ASC的异质性免疫调节潜力，为治疗策略提供依据 | 人脂肪组织来源的基质血管成分及其中的脂肪干细胞/基质细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序， 蛋白质组学 | NA | 单细胞基因表达数据， 蛋白质组数据 | 培养的P2代ASC（暴露于炎症细胞因子）和未培养的P0代SVF样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 423 | 2025-05-22 |
Corrigendum to "Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics"
2025-Jun, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2025.100088
PMID:40393347
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 424 | 2026-05-16 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-05-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
|
研究论文 | 通过机器学习探索系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者的遗传和免疫细胞动态变化 | 首次利用机器学习识别出IFI27作为SLE合并EBV感染的关键基因，并结合单细胞RNA测序揭示其在CD4 CTL和B细胞亚群中的表达模式 | 未提供具体局限性信息 | 识别SLE合并EBV感染患者中的关键基因和免疫细胞 | 系统性红斑狼疮合并EB病毒感染患者 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 来源于GEO数据库的多个数据集（GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918） | NA | NA | NA | NA |
| 425 | 2026-05-16 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing identifies APOC1 as a biomarker and therapeutic target for G0/G1 cell cycle arrest in cholangiocarcinoma
2025-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111028
PMID:40064358
|
research paper | 通过整合单细胞和批量RNA测序，确定了APOC1作为胆管癌G0/G1细胞周期阻滞的生物标志物和治疗靶点 | 首次识别APOC1为胆管癌G0/G1期阻滞的特征基因，并利用单细胞RNA测序验证其表达峰与细胞周期的关联 | NA | 探索胆管癌中诱导G0/G1期阻滞的分子机制以及鉴定G0/G1期特征生物标志物 | 胆管癌细胞 | machine learning | 胆管癌 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2026-05-16 |
Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung
2025-04-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204346
PMID:40177910
|
研究论文 | 通过多尺度3D成像和单细胞转录组学，揭示了鸡肺单向气流适应性的形态发生、分子和细胞特征 | 首次阐明了鸡肺中支气管末梢融合形成副支气管的过程，并发现了一种鸡特有的KRT14阳性肺泡腔细胞类型 | 研究主要基于鸡肺，对于其他鸟类或物种的泛化性有限，且功能验证尚未深入 | 探索禽类肺单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向呼吸肺的差异 | 鸡肺的关键发育阶段样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 3D图像，单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 多关键发育阶段的鸡肺样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | 10x Chromium，10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒，Stereo-seq空间转录组学 |
| 427 | 2026-05-16 |
Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis
2025-04, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010
PMID:39732390
|
research paper | 本研究探讨了抗生素诱导的肠道菌群失调对小鼠角膜稳态的影响，并发现短链脂肪酸可恢复角膜功能 | 首次系统揭示了肠道菌群通过短链脂肪酸信号调控角膜昼夜节律基因表达、屏障完整性和神经密度的分子机制 | 未在人体样本中验证，且短链脂肪酸对无菌小鼠的治疗效果未涉及 | 研究肠道菌群失调对角膜稳态的影响及短链脂肪酸的恢复作用 | 小鼠角膜组织及肠道菌群 | digital pathology | geriatric disease | RNA-seq, single-cell sequencing | NA | gene expression data | 未明确说明样本量 | Illumina | RNA-seq, single-cell RNA-seq | Illumina NovaSeq | RNA测序和单细胞测序 |
| 428 | 2026-05-16 |
Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis
2025-Mar, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748
PMID:39921941
|
研究论文 | 通过先进的单细胞转录组学分析技术，本研究揭示了囊性纤维化气道上皮中的新型基因和调控网络，为开发靶向治疗策略提供了新靶点 | 本研究采用改进的分析方法，整合多源数据并利用全面的肺部参考面板进行标准化和映射，发现了此前未与囊性纤维化气道疾病关联的新型基因和调控网络 | NA | 通过增强的单细胞转录组学分析阐明囊性纤维化相关的分子机制，并识别新的治疗靶点 | 囊性纤维化患者和健康对照的肺组织样本 | 机器学习 | 囊性纤维化 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2026-05-16 |
Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409913
PMID:39498880
|
研究论文 | 开发一种通过纳米颗粒加载全肿瘤抗原检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞的方法，用于预测免疫治疗效果 | 首次提出利用纳米颗粒加载全细胞肿瘤抗原来激活和检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞，将ETASTs与其他T细胞的区别转化为激活和非激活状态，通过检测激活状态和细胞毒性功能标记物实现区分 | 检测方法可能受ETASTs与其他T细胞表型重叠影响；研究仅在肺癌中验证，其他癌症类型需进一步确认；样本量信息未明确 | 开发一种高效、非侵入性的生物标志物，用于预测免疫治疗疗效 | 肺癌患者、健康个体、良性肺结节患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 纳米颗粒加载全肿瘤抗原，单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 未明确 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 430 | 2026-05-16 |
Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406849
PMID:39556706
|
研究论文 | 该研究通过分析正常头围自闭症谱系障碍个体来源的脑类器官，发现FABP7缺失会触发神经干细胞过早分化，并揭示了FABP7/MEK通路在其中的作用 | 首次从正常头围自闭症患者的前瞻性出生队列中建立iPSC来源的脑类器官模型，结合多细胞系和时间序列单细胞RNA测序，揭示了FABP7/MEK通路在神经干细胞异常分化中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 探究正常头围自闭症谱系障碍个体中神经发育异常的分子机制 | 正常头围自闭症谱系障碍个体的诱导多能干细胞来源的脑类器官 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | 多细胞系和时间序列样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 431 | 2026-05-16 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Unraveled Spatial Evolution of Papillary Thyroid Cancer
2025-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404491
PMID:39540244
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示甲状腺乳头状癌的空间演化机制 | 首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学解析甲状腺乳头状癌的空间异质性和演化路径，发现肿瘤细胞通过增强有氧代谢、抑制mRNA翻译及蛋白质合成、以及细胞间相互作用驱动多路径演化，并识别出恶性与转移基因足迹 | 单细胞RNA测序丢失空间信息，空间转录组学分辨率有限，可能遗漏稀有细胞亚型；需要更大样本验证足迹的诊断价值 | 阐释甲状腺乳头状癌的空间异质性、恶性进展和转移机制，提出改进的诊断策略 | 甲状腺乳头状癌肿瘤细胞及其正常甲状腺细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 432 | 2026-05-16 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
|
研究论文 | 提出IN-DEPTH方法，实现同一玻片上的空间多组学整合，揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 首次开发了IN-DEPTH方法，实现了同一玻片上单细胞空间蛋白质组学和空间转录组学的迭代捕获，并引入SGCC方法进行多模态空间多组学分析 | 当前方法在多重视图、空间分辨率及分析方法上仍有限制，但IN-DEPTH已在一定程度上克服了这些限制 | 开发可扩展、资源高效的空间多组学方法，用于剖析肿瘤微环境并推动临床相关发现 | 淋巴组织和EBV阳性及EBV阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | IN-DEPTH方法兼容各种空间平台 |
| 433 | 2026-05-16 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-12-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
|
研究论文 | 研究海胆胚胎细胞转分化的重编程过程，揭示其分子机制及信号时序对重编程成功的影响 | 通过单细胞RNA测序随时间追踪，首次揭示胚胎细胞转分化的完整重编程序列，并发现Delta信号在Nodal之前表达可恢复色素细胞缺失 | 未提供明确数据量和统计分析，且研究中仅针对海胆特定细胞类型，结论推广性有限 | 阐明胚胎转分化过程中重编程的分子机制及调控因素 | 海胆16细胞期的小裂球（成骨细胞前体）及内胚层、中胚层和色素细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未知（研究中未明确样本量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序随时间追踪 |
| 434 | 2026-05-16 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠类胚体中前后轴早期自主模式形成 | 首次揭示了类胚体在无外部信号引导下自主建立前后轴极化的早期分子事件，包括T+和T-群体的细胞状态转变和转录特征，并发现该过程对聚集大小变化具有稳健性 | 尽管类胚体与小鼠胚胎在转录上具有相似性，但初始多能细胞状态差异明显，可能影响早期发育模拟的准确性 | 解析小鼠类胚体中前后轴建立的早期动态过程，特别是外部Wnt刺激前的细胞命运空间限制和转录变化 | 小鼠胚胎干细胞聚集形成的类胚体 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 多个小鼠类胚体样本，未具体说明数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 435 | 2026-05-16 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
|
研究论文 | 提出INSPIRE，一种基于深度学习的多空间转录组数据集整合方法，可解释、灵活且空间感知 | 结合图神经网络和对抗学习机制，实现空间感知的数据整合；使用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子和基因程序，并能够构建3D组织模型 | 未在论文标题和摘要中明确提及 | 开发一种方法，有效整合和解释来自不同样本、技术和发育阶段的多空间转录组数据集 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片、时空器官发生图谱（包含50万个空间点） | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 1D | 多种数据集，包括人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片，以及包含约50万个空间点的时空器官发生图谱 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 436 | 2026-05-16 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
|
研究论文 | 利用统计物理学方法和早期海鞘胚胎的单细胞测序数据，构建胚胎转录组的物理模型，识别基因表达的集体模式 | 整合自然变异与统计物理的建模及推断技术，从完整互联胚胎层面分析转录组，通过统计相关性揭示细胞间相互作用网络及基因表达的集体模式 | 未明确提及，可能依赖于特定物种（海鞘）的数据，方法推广性有待验证 | 从单细胞基因表达测量中推断空间相互作用及其诱导的集体表达模式，探索整体胚胎转录组的动态特性 | 早期海鞘胚胎的转录组 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 利用近期早期海鞘胚胎的单细胞测序数据（具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 437 | 2026-05-16 |
Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09918-8
PMID:38700584
|
研究论文 | 通过脑内皮细胞中的体细胞BrafV600E突变成功诱导出与人类病变高度相似的小鼠脑动静脉畸形模型 | 首次在脑内皮细胞中引入BrafV600E突变，开发出与人类临床表型一致的散发性脑动静脉畸形小鼠模型 | 达拉非尼对成熟脑动静脉畸形病变的疗效仍不确定 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并评估潜在治疗策略 | 携带脑内皮细胞Braf突变的小鼠 | 机器学习 | 脑血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组及不同脑区的小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 438 | 2026-05-16 |
Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09929-5
PMID:38775849
|
研究论文 | 开发并表征了一种可规模化、稳定的基于人多能干细胞的心肌微血管样内皮细胞生成方案 | 首次利用三维搅拌罐生物反应器结合高浓度VEGF-A处理，从血管类器官中生成表型稳定且具有心脏特异性的微血管样内皮细胞和壁细胞 | 未明确说明局限性，但可能涉及长期稳定性及体内功能验证的不足 | 为冠状动脉微血管疾病的研究及心脏组织工程应用提供可靠的细胞模型 | 人多能干细胞来源的内皮细胞和壁细胞 | 机器学习和数字病理学 | 冠状动脉微血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 439 | 2026-05-16 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell landscape following antimony exposure during spermatogenesis in Drosophila testes
2023-Mar-09, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-023-01391-4
PMID:36894529
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生过程中细胞景观的影响 | 首次在单细胞分辨率下揭示锑暴露对果蝇睾丸精子发生的转录调控机制，并发现新的基因（如Dup98B）在精子发生过程中的状态偏向表达 | 未提及具体局限性 | 研究锑暴露对果蝇睾丸精子发生的影响及单细胞分辨率下的转录调控机制 | 果蝇睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 果蝇暴露于锑10天的睾丸样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 440 | 2026-05-16 |
Single cell RNA-seq analysis reveals temporally-regulated and quiescence-regulated gene expression in Drosophila larval neuroblasts
2022-08-24, Neural development
IF:4.0Q2
DOI:10.1186/s13064-022-00163-7
PMID:36002894
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析果蝇幼虫神经母细胞的基因表达，揭示时间调控和静止调控的特征 | 首次在多个发育时间点对果蝇幼虫中枢神经系统进行单细胞转录组分析，发现新的祖细胞亚型标记物，并鉴定出静止神经母细胞对胰岛素信号通路的转录预备状态 | 未提及具体局限性 | 探究果蝇幼虫神经系统发育中神经多样性的生成机制 | 果蝇幼虫中枢神经系统中的神经母细胞和中间祖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育时间点的果蝇幼虫样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |