单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-07-10	Spatial heterogeneity in glioblastoma: Decoding the role of perfusion 2025-Jul-03, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189383 PMID:40614878	综述	本文探讨了胶质母细胞瘤（GBM）中灌注驱动的空间异质性及其对免疫调节和治疗抵抗的影响	聚焦于灌注在GBM空间异质性中的关键作用，并探讨了针对灌注诱导异质性的新兴治疗策略	作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献的综合分析	解析GBM中灌注驱动的空间异质性机制及其临床意义	胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	第三代基因组学、高分辨率代谢组学、单细胞和空间转录组学	NA	分子生物学数据	NA
422	2025-07-10	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	research paper	PROFET是一种计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续、非线性的单细胞基因表达轨迹	开发了PROFET框架，利用Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配学习全局向量场，重建连续基因表达动态	需要时间标记的样本数据，可能对数据稀疏性敏感	研究单细胞基因表达动态，以解析癌症治疗反应的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对palbociclib的治疗反应	computational biology	breast cancer	scRNA-seq	neural force-matching	gene expression data	合成数据、小鼠和人类数据集
423	2025-07-10	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了通过最大似然法（LAML）推断时间分辨细胞谱系树的方法，用于动态谱系追踪技术	提出了一种新的最大似然方法LAML，能够准确推断时间分辨的细胞谱系树，并在模拟数据和实际小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法，以更好地理解细胞分裂和迁移的动态过程	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和小鼠模型中的细胞数据
424	2025-07-10	scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf244 PMID:40622484	研究论文	提出了一种基于锚图的细胞聚类方法scAGCI，用于整合scRNA-seq和scATAC-seq数据	通过动态锚点统一过程捕获特定和共享的锚图，挖掘高阶共享信息以完成组学表示	未明确提及具体局限性	解决单细胞多组学聚类中的噪声和异质性问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	锚图方法	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本量
425	2025-07-10	Enhancing Sirt1-mediated deacetylation of p62 with a self-assembling nanopeptide and resveratrol hydrogel to mitigate sepsis-induced inflammation 2025-Jul-02, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.157047 PMID:40627928	研究论文	本研究探讨了Sirtuin 1 (Sirt1)在调控巨噬细胞线粒体自噬和免疫代谢重塑中的作用，以减轻脓毒症休克相关的炎症	开发了一种自组装纳米肽和resveratrol复合水凝胶，通过增强Sirt1介导的p62去乙酰化，促进线粒体自噬和免疫代谢重塑，从而减轻脓毒症引起的炎症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Sirt1在脓毒症炎症中的调控机制，并开发新的治疗策略	小鼠脓毒症模型和腹膜巨噬细胞	免疫代谢	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、透射电子显微镜(TEM)、代谢组学	小鼠脓毒症模型	基因表达数据、代谢组数据、显微镜图像	未明确说明具体数量，但使用了小鼠模型和体外实验
426	2025-07-10	Multiplexed single-cell transcriptomics reveals diverse phenotypic outcomes for pathogenic SHP2 variants 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.30.662374 PMID:40631144	研究论文	通过单细胞转录组学分析，揭示了致病性SHP2变体的多样化表型结果	结合单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析和细胞生物学，解释了致病性突变如何失调信号传导	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解SHP2结构扰动、细胞结果与人类疾病之间的联系	表达临床多样化SHP2变体的细胞	分子生物学	Noonan综合征与多种癌症	单细胞转录组学、蛋白质生物化学、结构分析	NA	转录组数据	NA
427	2025-07-10	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	本文介绍了一种名为MORPH的模块化框架，用于预测细胞对遗传扰动的响应	MORPH结合了基于差异的变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合以及新细胞环境中的扰动	NA	开发一个预测模型，以支持跨数据类型和细胞环境的遗传扰动响应预测	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	变分自编码器、注意力机制	VAE、注意力机制	单细胞转录组学数据、成像数据	NA
428	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
429	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
430	2025-07-10	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1介导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径来抑制自噬，进而逆转结直肠癌对5-FU的耐药性	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞和组织	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	耐药性结直肠癌细胞和组织样本
431	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
432	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本
433	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
434	2025-07-10	Controlling mitochondrial membrane architecture via MIC60 determines viral replication to promote anti-viral immunity 2025-Jul-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115922 PMID:40628273	research paper	研究线粒体膜结构如何通过MIC60调控病毒复制并促进抗病毒免疫	揭示了线粒体内膜（IMM）结构和嵴架构对病毒复制的影响，并首次将FF ATP合酶和MICOS复合物与病毒复制及免疫激活联系起来	研究主要基于小鼠模型和特定病毒（水泡性口炎病毒），结果在其他病毒或生物模型中的普适性尚待验证	探究线粒体膜结构在病毒复制和免疫反应中的作用	线粒体内膜（IMM）和嵴架构、FF ATP合酶、MICOS复合物（特别是MIC60）、骨髓来源的树突状细胞	免疫学	病毒感染	单细胞转录组学、基因敲除（Mic60CD11c-Cre小鼠模型）	小鼠模型	转录组数据、细胞成像数据	骨髓来源的树突状细胞（具体样本量未明确说明）
435	2025-07-10	Guanylate-Binding Proteins Promote Host Defense Against Leishmania major by Balancing iNOS/Arg-1 in Myeloid Cells 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.26.661809 PMID:40631203	research paper	该研究探讨了鸟苷酸结合蛋白（GBPs）在宿主防御利什曼原虫（Leishmania major）感染中的作用，特别是在调节iNOS/Arg-1平衡中的关键角色	首次揭示了GBPs在皮肤利什曼病（CL）中的免疫调节作用，特别是通过平衡iNOS和Arg-1的表达来影响寄生虫的控制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且GBPs的具体作用机制仍需进一步探索	探究GBPs在宿主防御利什曼原虫感染中的免疫调节作用	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3敲除（KO）模型的骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和单核细胞	免疫学	皮肤利什曼病	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq	GBPChr3 KO小鼠模型	RNA测序数据	C57Bl/6小鼠及其GBPChr3 KO模型的骨髓来源巨噬细胞和单核细胞
436	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜能	首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其具有调节、细胞毒性和炎症潜能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织炎症的影响，寻找独特的调控靶点	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织（gWAT）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织
437	2025-07-10	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	本研究通过建立63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系作为自闭症谱系障碍(ASD)的遗传模型，揭示了细胞类型特异的易感通路和翻译机器功能障碍	建立了首个包含63个ASD相关CNV遗传修饰ESC模型库，并发现谷氨酸能和GABA能神经元中Upf3b表达降低这一共同表型	研究主要基于小鼠ESC模型，与人类ASD患者可能存在物种差异	解析ASD相关CNV的细胞类型特异性致病机制	63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经发育疾病研究	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠ESC模型	单细胞转录组数据	63个基因修饰ESC系(其中12个代表性细胞系进行神经分化)
438	2025-07-10	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提高了统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	多个个体的外周血单核细胞和神经细胞
439	2025-07-10	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本研究提出了一种名为基因空间整合(GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学数据分析，并解决批次效应问题	利用自编码器网络提取空间嵌入，将空间特征投影到基因表达特征空间，实现了多样本的无缝整合，显著提升了分析工具的性能	方法主要关注基因分布的空间方面，可能未充分利用其他空间信息如细胞/点邻近性和维度性	开发一种深度学习方法，用于整合和分析多组空间转录组数据，以更好地理解组织特性	人类背外侧前额叶皮层数据集	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	自编码器网络	空间转录组数据	人类背外侧前额叶皮层数据集(具体样本包括151673和151672)
440	2025-07-10	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序数据分析中的整合方法	提供了更多的整合方法选择，包括基于Python的方法，并提供了集成性能评估工具和自动化Python环境管理	未提及具体的性能比较结果或用户反馈	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA