单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
422	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
423	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
424	2025-07-02	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次系统描述了卵巢衰老过程中MNGCs的分子特征及其与免疫细胞（如T细胞）的相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术的分离和分析	探究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢组织	生殖生物学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	跨年龄和跨物种的卵巢组织样本
425	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
426	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组
427	2025-07-02	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ的细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关小胶质细胞(DAM)和脂质相关巨噬细胞(LAM)的转录状态转变	研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证	探索细胞因子诱导的人类巨噬细胞重编程在神经退行性疾病中的作用机制	人类THP-1巨噬细胞系	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能测定	体外细胞模型	基因表达数据、功能测定数据	THP-1巨噬细胞系
428	2025-07-02	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	通过邻近依赖性标记技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	使用LIPSTIC技术进行单细胞转录组学分析，识别出在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞	研究仅关注了树突状细胞与CD4 T细胞的相互作用，未涉及其他免疫细胞类型	研究树突状细胞在肿瘤免疫反应中的作用及其与检查点阻断免疫疗法的关系	树突状细胞和CD4+ T细胞	免疫学	肿瘤	LIPSTIC (Labeling Immune Partnerships by SorTagging Intercellular Contacts), 单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
429	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	揭示了LAMs在多种组织和炎症条件下共享的保守转录特征以及组织特异性的基因程序，并与人类慢性炎症环境中的LAM群体高度保守	研究主要基于小鼠和人类的scRNA-seq数据，可能无法完全反映LAMs在活体中的全部功能特性	探究脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征及其在代谢和慢性炎症疾病中的作用	小鼠和人类中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢相关疾病（如动脉粥样硬化、肥胖、非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种小鼠和人类组织样本
430	2025-07-02	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本研究利用空间转录组学技术对特发性肺纤维化（IPF）和对照患者的肺组织进行了分析，结合单细胞RNA测序数据，识别了三种与疾病相关的微环境	首次通过空间转录组学技术揭示了IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关微环境，包括纤维化微环境、气道巨噬细胞微环境和免疫微环境	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	揭示特发性肺纤维化（IPF）的病理微环境特征，以促进药物靶点的识别和相关体外模型的开发	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
431	2025-07-02	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学模型和单细胞RNA测序数据，研究了转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在转录爆发调控中的不同作用，并发现MED26的急性缺失对基因调控网络影响最大	研究主要基于数学模型和单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探究转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	基因调控网络和转录爆发动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	NA
432	2025-07-02	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了线粒体钙信号作为内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的调节因子	首次发现线粒体钙摄取是EndMT的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运蛋白（MCU）在EndMT中的调节作用	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类患者样本验证有限	探索内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的分子机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞（ECs）及其向间充质细胞的转化过程	单细胞测序分析	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外EndMT模型和小鼠肢体缺血模型	单细胞RNA测序数据	三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病样本和严重肢体缺血患者组织样本
433	2025-07-02	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-07-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	本研究利用空间转录组学技术研究了大鼠运动皮层中电极植入后的基因表达变化，并与传统的胶质细胞反应、神经元损失和电生理记录质量指标进行了比较	首次将空间转录组学应用于脑电极界面的研究，识别出与电极植入相关的差异表达基因，并发现与记录质量相关的潜在生物标志物	研究仅限于大鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	探索电极植入后脑组织的生理变化及其对设备功能和寿命的影响	大鼠运动皮层	神经科学	NA	空间转录组学(ST), 免疫标记	NA	基因表达数据, 电生理记录数据	植入功能性密歇根式微电极阵列的大鼠，在植入后24小时、1周和6周进行采样
434	2025-07-02	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了不同基因调控程序的个体发育及其与年龄相关表型和功能差异的联系	识别了一个从发育最早阶段就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育过程中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调控因子	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探究T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控程序	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR扰动	NA	转录组数据、表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
435	2025-07-02	Single-cell and spatiotemporal profile of ovulation in the mouse ovary 2024-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.20.594719 PMID:38826447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了小鼠卵巢排卵过程中的时空细胞图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了排卵过程的精确时间窗口，并鉴定了排卵依赖的细胞状态基因标记	研究仅针对小鼠模型，人类卵巢排卵过程可能存在差异	解析排卵过程中卵巢细胞类型的时空动态变化	小鼠卵巢细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	配对小鼠卵巢样本（具体数量未明确说明）
436	2025-07-02	Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer 2024-05-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06598-6 PMID:38729966	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，揭示了结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤异质性和细胞间网络	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中揭示了肿瘤异质性和细胞间相互作用的空间特征	研究样本量较小（仅3对肿瘤-正常-血液样本），且空间转录组数据分辨率有限	探究结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间相互作用	结直肠癌患者的肿瘤组织、正常组织和血液样本	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	3对结直肠癌患者的肿瘤-正常-血液样本（共41,700个细胞)
437	2025-07-02	Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids 2024-05-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06703-9 PMID:38693114	研究论文	本研究利用人类诱导多能干细胞生成多细胞心脏类器官，模拟急性心肌梗死和心脏纤维化	使用多细胞心脏类器官（HOs）模拟成人心脏疾病，包括心肌梗死和心脏纤维化，克服了单细胞模型无法复现复杂心脏疾病的局限	类器官模型可能无法完全复现体内心脏的所有生理和病理特征	开发临床相关的心脏疾病体外模型，用于疾病研究和药物筛选	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的多细胞心脏类器官	干细胞与再生医学	心血管疾病	免疫组化、流式细胞术、q-PCR、单细胞RNA测序	心脏类器官模型	细胞和分子数据	NA
438	2025-07-02	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，特别是对免疫反应和炎症信号的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的免疫调节作用和临床效果	SARS-CoV-2感染的住院患者，包括需要住院治疗但无需机械通气的患者（队列1）和机械通气≤24小时的患者（队列2）	医学研究	COVID-19	随机对照试验，单细胞转录组分析	NA	临床数据，生物标志物数据	队列1：63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名）；队列2：4名患者
439	2025-07-02	SINGLE CELL DISSECTION OF DEVELOPMENTAL ORIGINS AND TRANSCRIPTIONAL HETEROGENEITY IN B-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA 2023-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.04.569954 PMID:38106088	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了89个B细胞急性淋巴细胞白血病样本，揭示了肿瘤内异质性及白血病细胞起源	首次使用单细胞RNA测序技术解析B-ALL的发育起源和转录异质性，并与正常B细胞发育参考图谱进行比较	样本量相对有限(89例)，且部分亚型样本数量可能不足	改进B-ALL的临床和基因组分类，提高治疗结果预测准确性	B细胞急性淋巴细胞白血病(B-ALL)样本	digital pathology	B细胞急性淋巴细胞白血病	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	89个B-ALL样本
440	2025-07-02	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568285 PMID:38045409	研究论文	本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动化识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	NA	开发一种工具以捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA