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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2025-11-11 |
Multi-omics analyses identify mannose phosphate isomerase-centered hypoxia-induced angiogenesis signature in colorectal cancer
2025-Nov-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07291-8
PMID:41204349
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了结直肠癌中缺氧诱导血管生成的转录调控机制,并鉴定出甘露糖磷酸异构酶(MPI)在这一过程中的关键作用 | 首次系统识别了12个HIFs转录激活的HIA相关基因,构建了HIAscore预后评分系统,并发现MPI通过LDHA相互作用激活JAK2/STAT3信号通路促进血管生成的新机制 | 研究主要基于计算分析和体外实验验证,需要更多临床样本和机制研究进一步证实 | 探索结直肠癌中缺氧诱导血管生成的调控网络、分子机制和预后价值 | 结直肠癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | ChIP-seq, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 微阵列, RT-qPCR, Co-IP, western blot, 集落形成实验, 管形成实验, 皮下异种移植瘤模型 | ssGSEA, SRGA, 共识聚类 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 422 | 2025-11-11 |
The multifaceted roles of non-coding RNAs in cell-cell communication in cardiovascular health and disease
2025-Nov-07, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01484-w
PMID:41204346
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综述 | 探讨非编码RNA在心血管系统细胞间通讯中的多重作用及其在心脏发育、功能和疾病进展中的调控机制 | 系统对比已确立的microRNA通讯机制与新兴长链非编码RNA的重要性,并强调测序技术对解析非编码RNA通讯网络的革新性贡献 | 长链非编码RNA及其载体在心脏细胞间信号传导中的作用研究不足,非编码RNA摄取机制及其影响的理解存在空白 | 阐明非编码RNA通过细胞外囊泡等载体介导心血管系统细胞间通讯的分子机制 | 心血管系统中的非编码RNA(包括microRNA和长链非编码RNA)及其载体(细胞外囊泡、RNA结合蛋白、脂蛋白复合物) | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 423 | 2025-11-11 |
Identification of gene modules associated with B cell activation and tissue remodeling in primary Sjögren's syndrome
2025-Nov-07, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-025-00765-w
PMID:41204409
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析识别与原发性干燥综合征中B细胞激活和组织重塑相关的基因模块 | 首次应用高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)和scRank方法在单细胞水平解析pSS的基因调控网络 | 样本量较小(仅3例患者和3例对照), 需要未来功能验证 | 探索pSS中B细胞相关基因模块并发现新的治疗靶点 | 原发性干燥综合征患者的唇唾液腺细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, Gene Ontology富集分析 | hdWGCNA, scRank | 单细胞基因表达数据 | 32,337个细胞(来自3例pSS患者和3例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2025-11-11 |
Endothelial septin 4 reduction contributes to lipopolysaccharide-induced acute lung injury by disrupting endothelial barrier integrity and promoting infiltration of ISG+ cells
2025-Nov-07, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.148790
PMID:41207585
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和内皮特异性SEPT4条件性敲除小鼠模型,揭示了内皮细胞中septin 4减少通过破坏内皮屏障完整性和促进ISG+细胞浸润导致急性肺损伤的机制 | 首次阐明SEPT4在内皮细胞中的特异性分布及其在急性肺损伤中通过调节内皮屏障功能和免疫细胞浸润的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明内皮特异性septins在急性肺损伤中的作用和机制 | 小鼠肺组织、内皮细胞、成纤维细胞和ISG+免疫细胞 | 单细胞生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序、条件性基因敲除、组织病理学分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织病理图像、蛋白质表达数据 | 小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 425 | 2025-11-11 |
Transcriptomic plasticity of cholinergic adipose macrophages in the acute thermogenic response
2025-Nov-07, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110925
PMID:41207622
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胆碱能脂肪巨噬细胞在急性冷暴露下的转录组可塑性及其混合起源 | 首次在单细胞水平系统揭示胆碱能脂肪巨噬细胞的转录组动态特征和混合胚胎/成体骨髓起源 | 研究仅基于小鼠模型,人类相关性尚需验证;机制性研究不足 | 探究胆碱能脂肪巨噬细胞在急性产热反应中的转录组特征和细胞起源 | 小鼠皮下白色脂肪组织中的ChAT-eGFP+胆碱能细胞 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠皮下白色脂肪组织样本(热中性和急性冷暴露条件) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 426 | 2025-11-11 |
CXCR6 sustains TRM-driven psoriasis relapse by CXCL16 chemotaxis and curcumol targeting
2025-Nov-01, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.10.066
PMID:41177431
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研究论文 | 本研究揭示CXCR6/CXCL16轴通过调控组织驻留记忆T细胞(TRM)介导银屑病复发,并证实姜黄醇可通过靶向该轴抑制疾病复发 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和CXCR6基因敲除模型,系统阐明CXCR6/CXCL16轴在TRM细胞维持和银屑病复发中的核心调控机制,并发现姜黄醇的靶向治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证相对有限,姜黄醇的临床转化效果需进一步验证 | 阐明CXCR6/CXCL16轴在银屑病复发中的作用机制并探索靶向治疗策略 | 银屑病患者临床样本、imiquimod诱导的小鼠银屑病模型、TRM细胞 | 单细胞生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 免疫荧光, 基因敲除 | CXCR6基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 细胞表型数据 | 未明确样本数量,包含临床样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 427 | 2025-11-11 |
Spatial Transcriptomics Reveals Injured Cells, Signature Genes, and Communication Patterns in the Cyst Microenvironment of Polycystic Kidney Disease
2025-Oct-10, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000894
PMID:41071604
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 428 | 2025-11-11 |
Single-cell sequencing analysis and multiple machine learning methods identified immune-associated SERPINB1 and CPEB4 as novel biomarkers for COVID-19-induced ARDS
2025-Sep-02, Die Naturwissenschaften
DOI:10.1007/s00114-025-02016-9
PMID:40892227
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研究论文 | 通过单细胞测序分析和多种机器学习方法鉴定SERPINB1和CPEB4作为COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 首次通过整合单细胞RNA测序和三种机器学习算法(LASSO、SVM-RFE、随机森林)识别出COVID-19诱发ARDS的新型免疫相关生物标志物 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证 | 识别COVID-19诱发急性呼吸窘迫综合征的有效分子生物标志物 | COVID-19诱发的急性呼吸窘迫综合征患者 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 加权基因共表达网络分析 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林 | RNA测序数据 | 来自三个公共数据集(GSE172114、GSE149878、GSE213313)的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 429 | 2025-11-11 |
Progress and new challenges in image-based profiling
2025-Aug-07, ArXiv
PMID:40799808
|
综述 | 回顾基于图像的细胞表型分析领域的技术进展与新兴挑战 | 深度学习彻底重塑了基于图像的细胞表型分析,改进了特征提取、可扩展性和多模态数据整合能力 | 该领域仍面临需要创新解决方案的重大挑战 | 为研究人员提供导航这一快速发展领域进展和新挑战的路线图 | 基于图像的细胞表型分析技术 | 计算机视觉 | NA | 显微镜成像技术 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | 单细胞分析 | NA | NA |
| 430 | 2025-11-11 |
Decoding Cellular Stress States for Toxicology Using Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.10.657506
PMID:40766395
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组技术解码HepaRG细胞在多种化学物质暴露下的细胞应激状态 | 应用TempO-LINC平台系统分析多种化学物质诱导的细胞应激反应通路,揭示细胞亚群异质性应激表型 | 仅使用HepaRG细胞系,未涉及原代细胞或体内模型 | 开发基于单细胞转录组学的毒理学细胞应激状态解码方法 | HepaRG肝细胞系 | 单细胞组学 | 毒理学 | 单细胞转录组测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 约40,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | TempO-LINC | TempO-LINC单细胞转录组平台 |
| 431 | 2025-11-11 |
Correction: Exposing the cellular situation: findings from single-cell RNA sequencing in breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1709624
PMID:41208986
|
correction | 对乳腺癌单细胞RNA测序研究文章的更正 | NA | NA | NA | NA | NA | breast cancer | single-cell RNA sequencing | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 432 | 2025-11-11 |
CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery
2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630040
PMID:39763976
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研究论文 | 本文介绍了一种基于爬山优化算法的计算框架CORTADO,用于高效发现细胞类型特异性标记基因 | CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱独特性和稀疏性三个关键特性,克服了传统方法仅依赖p值排序的局限性 | NA | 开发高效发现细胞类型特异性标记基因的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群和标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 爬山优化算法 | 基因表达数据 | 多个数据集(包括DLPFC 151507、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 433 | 2025-11-11 |
Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function
2024-Nov-20, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c15013
PMID:39520323
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现Wnt信号通路激活可促进修复性雪旺细胞转化,并开发了Wnt3a修饰的聚合物支架以改善周围神经再生 | 首次将Wnt3a蛋白整合到电纺纤维支架表面,并通过单细胞测序揭示了Wnt通路在促进雪旺细胞修复功能中的作用机制 | 研究仅在大鼠坐骨神经缺损模型中进行验证,尚未在更大型动物或临床环境中测试 | 探索Wnt信号通路在周围神经再生中的作用,并开发新型神经支架材料 | 雪旺细胞和大鼠坐骨神经缺损模型 | 组织工程 | 周围神经损伤 | 单细胞测序,电纺丝技术,氨化处理 | NA | 单细胞测序数据,组织学数据,神经电生理数据 | 大鼠坐骨神经缺损模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 434 | 2025-11-11 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和性测序技术在单细胞RNA-seq中准确测序通过同聚物引物区域的能力及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 首次系统评估亲和性测序技术对单细胞RNA-seq中同聚物引物区域的测序能力,并开发改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比并未持续提高读段比对率,且未排除其他新兴平台可能具有类似性能 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征方法,特别是多聚腺苷酸化位点的精确分析 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, 亲和性测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti亲和性测序平台,标准单细胞RNA-seq |
| 435 | 2025-11-10 |
Exploring the therapeutic role of thiabendazole in lung adenocarcinoma via network pharmacology and single-cell analysis
2025-Dec, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102548
PMID:41130017
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研究论文 | 通过网络药理学和单细胞分析探索噻苯达唑在肺腺癌中的治疗作用 | 首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术系统研究抗寄生虫药物噻苯达唑在肺腺癌中的抗癌机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探索噻苯达唑在肺腺癌治疗中的作用机制 | 肺腺癌相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 网络药理学, 分子对接 | LASSO回归, 支持向量机, 随机森林 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 多个GEO数据集(GSE136103, GSE10072, GSE19188, GSE19804, GSE30219, GSE40791) | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 436 | 2025-11-10 |
HMOX1 expression influence the role of macrophage in EGFR-TKI resistance of lung adenocarcinoma
2025-Nov-07, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115795
PMID:41205382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了HMOX1巨噬细胞在肺腺癌EGFR-TKI耐药中的作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序系统分析EGFR-TKI敏感与耐药肿瘤微环境的差异,发现HMOX1巨噬细胞在耐药肿瘤中富集并参与细胞间通讯 | 样本量相对有限(12例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究肿瘤微环境中非肿瘤细胞,特别是巨噬细胞在EGFR-TKI耐药中的作用 | 肺腺癌患者肿瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 单细胞生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12例患者的7458个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 437 | 2025-11-10 |
Functional characterization of a calcium-dependent bacterial-binding C-type lectin from amphioxus
2025-Nov-07, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115777
PMID:41205384
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研究论文 | 本研究功能表征了文昌鱼中一种新型钙依赖性细菌结合C型凝集素AmphiCTL6 | 首次在文昌鱼中发现具有串联EGF样结构域和CTLD独特架构的C型凝集素,并证明其作为广谱模式识别受体的功能 | 仅对AmphiCTL6进行了体外功能验证,缺乏体内免疫功能研究的直接证据 | 研究基础脊索动物中C型凝集素的免疫功能多样性 | 日本文昌鱼(Branchiostoma japonicum)的C型凝集素AmphiCTL6 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 原位杂交, 蛋白质重组表达, 结构域截断分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质结合数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 438 | 2025-11-10 |
Single-cell to pre-clinical evaluation of Trem2, Folr2, and Slc7a7 as macrophage-associated biomarkers for atherosclerosis
2025-Nov-07, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf210
PMID:41206594
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和TRAP测序技术,评估Trem2、Folr2和Slc7a7作为动脉粥样硬化巨噬细胞相关生物标志物的潜力 | 首次系统评估Trem2作为循环生物标志物的潜力,并探索Folr2和Slc7a7作为PET示踪剂靶点的可能性,揭示了Slc7a7在泡沫细胞形成中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;PET示踪剂的应用潜力仍需进一步临床验证 | 阐明动脉粥样硬化中巨噬细胞驱动的机制,识别可用于诊断和治疗的生物标志物 | 动脉粥样硬化小鼠模型中的巨噬细胞,涉及主动脉、脂肪组织和肝脏 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,TRAP测序,PET成像 | NA | 基因表达数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录omics | NA | NA |
| 439 | 2025-11-10 |
Recent advances in reproductive biology: European innovations in embryo development and research†
2025-Nov-07, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf245
PMID:41206649
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综述 | 本文综述欧洲在生殖生物学领域的创新贡献,重点关注胚胎发育研究和单细胞转录组学技术的应用 | 开发合成胚胎模型展示多能细胞自组织能力,并利用高通量单细胞RNA测序揭示早期胚胎发育的分子通路 | 在实现模型可重复性和建立更稳健的植入模型方面仍存在挑战 | 推进生殖生物学和胚胎学研究,改善人类和动物的生育结果 | 哺乳动物早期胚胎发育过程和多能干细胞 | 生殖生物学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序,干细胞技术,生物工程技术 | 合成胚胎模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 440 | 2025-11-10 |
3D-generation of high-purity midbrain dopaminergic progenitors and lineage-guided refinement of grafts supports Parkinson's disease cell therapy
2025-Nov-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.10.001
PMID:41151578
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研究论文 | 开发了一种三维分化方法SphereDiff,用于生成高纯度中脑多巴胺能祖细胞,并通过谱系引导优化提高帕金森病细胞治疗的安全性和有效性 | 开发了SphereDiff三维分化方法生成高纯度mDA祖细胞;利用单细胞空间转录组学揭示移植后细胞分布模式;采用交叉移植单细胞分裂条形码技术解析供体细胞克隆谱系命运 | 研究主要在PD模型小鼠中进行,尚未进行人体临床试验 | 提高帕金森病细胞治疗中中脑多巴胺能神经元的分化效率和移植后存活率 | 人类多能干细胞、中脑多巴胺能祖细胞、PD模型小鼠 | 再生医学 | 帕金森病 | 三维分化、单细胞空间转录组学、交叉移植单细胞分裂条形码 | NA | 转录组数据、空间分布数据 | PD模型小鼠 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |