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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4361 | 2026-01-14 |
Mapping somatosensory afferent circuitry to bone identifies neurotrophic signals required for fracture healing
2026-Jan-08, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr9608
PMID:41505527
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的关键作用 | 首次系统性地绘制了骨骼感觉传入神经元的单细胞转录组图谱,并识别出FGF9作为骨折修复的主要调控因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证尚需进一步研究 | 探究骨骼感觉神经元的神经解剖学环路及其在骨折愈合中的调控机制 | 小鼠骨骼的背根神经节神经元 | 单细胞转录组学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及骨折前后的小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4362 | 2026-01-14 |
A subcellular spatial atlas illuminates the microenvironmental remodeling of perineural invasion in distal cholangiocarcinoma
2026-Jan-08, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01773-4
PMID:41508044
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研究论文 | 本研究利用Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台,构建了远端胆管癌神经周围侵袭的亚细胞空间图谱,揭示了驱动神经侵袭的协调性上皮、基质和免疫重塑 | 首次在亚细胞分辨率下解析了远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子驱动因素,鉴定了LAMB3-DAG1轴作为肿瘤细胞与施万细胞相互作用的潜在介质 | 研究基于手术切除的肿瘤组织样本,样本量有限,且为横断面研究,未能动态追踪神经侵袭过程 | 阐明远端胆管癌神经周围侵袭的空间结构和分子机制 | 远端胆管癌患者的肿瘤组织 | 空间转录组学 | 胆管癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 根据PNI状态分层的远端胆管癌患者切除肿瘤组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium亚细胞分辨率空间转录组学平台 |
| 4363 | 2026-01-14 |
Drug and single-cell gene expression integration identifies sensitive and resistant glioblastoma cell populations
2026-Jan-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-67783-5
PMID:41501023
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研究论文 | 本研究开发了scFOCAL平台,通过整合单细胞基因表达数据与药物数据库,识别胶质母细胞瘤中对靶向疗法敏感和耐药的细胞亚群,并预测协同治疗组合 | 开发了scFOCAL(单细胞组学连接与分析框架),首次将单细胞RNA测序数据与LINCS L1000药物数据库的转录反应特征进行整合,量化细胞对药物的敏感性和耐药性景观,并预测药物组合协同作用 | 研究主要基于转录组数据,未全面评估表观遗传、蛋白质组等其他层面的异质性;临床前验证虽涵盖体外、离体和体内模型,但尚未进行临床试验 | 开发一个预测平台,以解决胶质母细胞瘤肿瘤内异质性和可塑性对治疗开发的阻碍,识别对不同治疗敏感或耐药的细胞状态,并发现新的协同治疗组合 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本中的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4364 | 2026-01-14 |
Mapping isoforms and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data with SPLISOSM
2026-Jan-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02965-6
PMID:41491254
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SPLISOSM的方法,用于从空间转录组学数据中检测异构体分辨率模式,并应用于小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤的分析 | SPLISOSM方法首次使用非参数核的多变量测试来处理点水平和异构体水平的依赖性,从而在稀疏数据上实现高统计功效,揭示了空间转录多样性的新调控关系 | 方法可能依赖于数据质量和覆盖度,且分析主要聚焦于大脑组织,在其他组织中的适用性未验证 | 研究旨在理解转录多样性(包括剪接和替代3'端使用)的空间协调机制及其在正常和肿瘤条件下的作用 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤组织 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | SPLISOSM(空间异构体统计建模) | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4365 | 2026-01-14 |
Radial-glia-to-astrocyte trans-differentiation and astrocyte transcriptional convergence are coordinated by CEH-43/DLX in C. elegans
2026-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
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研究论文 | 本研究通过线虫模型揭示了CEH-43/DLX转录因子在调控放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化和转录收敛过程中的关键作用 | 首次在C. elegans中解析了不依赖细胞分裂的放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化的两阶段分子程序,并发现CEH-43/DLX转录因子的保守调控机制 | 研究基于线虫模型,在哺乳动物系统中的直接适用性需进一步验证 | 揭示放射状胶质细胞向星形胶质细胞转分化过程中的分子调控机制 | 线虫CEPsh星形胶质细胞及其前体细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,比较转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4366 | 2026-01-14 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STAHD的可扩展且高效的方法,用于检测高分辨率空间转录组学数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器与多层次k路图分割,将大型图分解为紧凑子图并生成低维嵌入,从而提升计算效率和聚类精度 | NA | 开发一种可扩展且精确的解决方案,以应对大规模、高分辨率空间转录组学数据在空间域检测中的效率与准确性挑战 | 人类和小鼠的空间转录组学数据集 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4367 | 2026-01-14 |
Spider: a flexible and unified framework for simulating spatial transcriptomics data
2026-Jan-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf562
PMID:41237053
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研究论文 | 本文提出了一个名为Spider的灵活统一框架,用于模拟空间转录组学数据,以解决现有基准数据集在多样性和准确性方面的不足 | Spider框架无需真实ST数据作为参考,通过细胞类型比例和相邻细胞间转移矩阵来表征空间模式,能生成更真实、多样的模拟数据,并提供交互功能以定制空间域 | 未在摘要中明确提及 | 开发一个用于模拟空间转录组学数据的框架,以促进ST分析工具的基准测试 | 空间转录组学数据模拟 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学模拟 | NA | 基因表达谱和细胞位置信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4368 | 2026-01-14 |
Disruption of Pre-Bötzinger Complex neuropeptidergic tonality controls fear and metabolic response
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697304
PMID:41509333
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研究论文 | 本文识别了preBötzinger复合体作为协调应激与代谢适应的关键中枢,揭示了PACAP信号在此回路中的调控作用 | 首次将脑干呼吸节律生成器preBötzinger复合体定义为整合应激、呼吸和代谢的神经肽能脑干-外周回路的关键枢纽 | NA | 探索连接应激反应与外围代谢调节的中枢神经回路 | preBötzinger复合体神经元、棕色脂肪组织和肝脏 | 神经科学 | NA | 病毒追踪、全脑c-Fos映射、空间转录组学 | NA | 神经解剖学数据、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4369 | 2026-01-14 |
Single cell RNA-sequencing reveals an association between testosterone treatment and reduced hormone signaling in the human mammary gland
2026-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.31.697241
PMID:41509433
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,比较了接受睾酮替代治疗(TRT)的跨性别男性和顺性别女性的乳腺组织,揭示了睾酮治疗与乳腺中激素信号通路减少的关联 | 首次在单细胞水平上系统分析了睾酮治疗对乳腺激素信号通路的影响,并发现TRT能显著降低雌激素信号下游基因的表达 | 样本量相对较小,且未涉及长期随访数据,可能限制结果的普遍性 | 探究睾酮治疗对乳腺生物学的影响,评估TRT的长期安全性 | 接受睾酮替代治疗的跨性别男性和顺性别女性的乳腺组织 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 一个人口统计学匹配的队列,包括顺性别女性和接受TRT的跨性别男性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4370 | 2026-01-14 |
Integrative Single-Cell and Machine Learning Analysis Identifies a Nucleotide Metabolism-Related Signature Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in LUAD
2026-Jan-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers18010160
PMID:41514669
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和机器学习算法,构建了一个核苷酸代谢相关特征(NMRS),用于预测肺腺癌(LUAD)的预后和免疫治疗反应 | 首次在单细胞水平上系统描绘了肺腺癌中核苷酸代谢的异质性,并构建了一个跨队列稳健的预后和免疫治疗反应预测特征(NMRS),同时通过实验验证了关键基因ENO1的功能 | 研究主要基于公开的回顾性数据集,需要前瞻性临床队列进一步验证NMRS的预测效能;体外实验仅初步验证了ENO1的功能,缺乏体内模型和机制深入探索 | 探究肺腺癌中核苷酸代谢的细胞异质性及其对肿瘤进展、免疫微环境和治疗反应的影响,并开发相关的预后和预测标志物 | 肺腺癌(LUAD)患者肿瘤组织中的细胞,特别是恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),机器学习算法组合 | 多种机器学习算法组合(共101种组合),inferCNV,Monocle2,CellChat | 单细胞RNA测序数据,批量RNA测序数据 | 来自独立LUAD患者的公开scRNA-seq数据集,TCGA-LUAD队列和多个GEO队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4371 | 2026-01-14 |
Endothelial CEPT1 Promotes Angiogenesis Through PPARα and VEGF-A Signaling
2026-Jan, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.323302
PMID:41263082
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞中CEPT1通过PPARα和VEGF-A信号通路促进血管生成的作用 | 首次揭示了CEPT1在糖尿病背景下通过PPARα和VEGF-A信号通路促进缺血后血管生成和恢复的机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证有限,且未探讨CEPT1在其他疾病模型中的作用 | 探究CEPT1在糖尿病背景下促进缺血后血管生成和恢复的分子机制 | 人类外周动脉疾病患者样本、条件性内皮细胞特异性Cept1过表达小鼠、小鼠主动脉和内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、分子通路分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 人类患者样本和小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4372 | 2026-01-14 |
CausalGenDiff: Generative causal diffusion bridges scRNA-seq and spatial transcriptomics
2026-Jan, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2025.104966
PMID:41354118
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研究论文 | 提出了一种名为CausalGenDiff的生成因果扩散模型,用于有效整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据 | 首次将扩散和自回归过程相结合以利用基因间的因果依赖关系,并将原本用于图像生成的因果注意力变换器扩展应用于高维基因表达数据,无需依赖预定义关系即可捕捉基因调控机制 | 未明确说明模型的计算复杂度或对计算资源的需求,也未讨论模型在更广泛组织类型或疾病状态下的泛化能力 | 提高单细胞RNA测序和空间转录组学数据整合的性能,以更好地理解空间背景下的基因表达 | 基因表达数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 扩散模型,自回归模型,因果注意力变换器,VAE | 基因表达数据 | 10个组织数据集 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4373 | 2026-01-14 |
Optimization of Brain Tissue Preservation for Nucleic Acid Stability
2026 Jan-Feb, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554251400421
PMID:41489252
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研究论文 | 本文通过优化脑组织保存方案,旨在提高空间转录组学研究中核酸稳定性与细胞结构完整性 | 首次系统比较了不同保存条件对羊脑组织RNA质量和细胞结构的影响,为空间转录组学样本制备提供实证指导 | 研究基于羊脑模型,尚未在人类样本中验证;冷冻方案仍需改进以达到FFPE组织的细胞结构水平 | 优化脑组织保存方法以提升空间转录组学研究的样本质量 | 羊脑组织(n=16)的FFPE和冷冻样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、RNA完整性分析、组织形态学分析 | NA | RNA质量数据、组织切片图像 | 16个羊脑样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4374 | 2026-01-14 |
Transcriptional Heterogeneity Reveals a Synaptic Gene Program in Developing and Adult Human Oligodendrocyte Precursor Cells
2026-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.01.697017
PMID:41509247
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胚胎和成年大脑皮层中少突胶质前体细胞(OPCs)的转录异质性,并鉴定出一个表达突触相关基因的新型亚群 | 首次在人类胚胎大脑皮层中鉴定出一个表达突触发育、突触信号传导和神经调节相关基因的新型少突胶质前体细胞亚群(eSyn-OPCs),并在成年大脑中发现了其转录相似的对应亚群(aSyn-OPCs) | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限;样本主要来自孕周12-22周的胚胎组织,成年样本来自公开数据集 | 揭示人类少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性及其在神经元-胶质细胞通讯中的潜在作用 | 人类胚胎和成年大脑皮层中的少突胶质前体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,免疫组织化学分析 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,组织学图像 | 超过2300个纯化的少突胶质前体细胞,来自孕周17的人类大脑皮层;孕周12-22的胚胎组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 4375 | 2026-01-14 |
KCNV2-Deficient Retinal Organoid Model of Cone Dystrophy-In Vitro Screening for AAV Gene Replacement Therapy
2025-Dec-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010449
PMID:41516321
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研究论文 | 本研究建立了KCNV2缺陷的人视网膜类器官模型,用于评估AAV基因替代疗法的载体效力 | 首次利用患者来源和基因编辑的视网膜类器官作为生理相关模型,在体外评估AAV基因治疗载体的效力,并通过单细胞RNA测序在单细胞分辨率下验证治疗效果 | 研究为体外模型,仍需动物实验和临床试验进一步验证;类器官模型可能无法完全模拟体内视网膜的复杂微环境 | 开发用于评估基因治疗载体效力的视网膜疾病模型,并筛选先导治疗候选物 | KCNV2基因缺陷的人视网膜类器官 | 基因治疗 | 视网膜锥细胞营养不良 | 单细胞RNA测序,基因编辑,AAV载体构建 | 视网膜类器官模型 | 基因表达数据,蛋白质定量数据 | 来自两个独立来源的视网膜类器官:患者血液来源的iPSCs和对照细胞系的基因编辑产物 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4376 | 2026-01-14 |
MFAP5 Activates ITGA5 to Drive Tooth Germ Mineralization Through the MAPK/ERK Pathway: Insights from Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010394
PMID:41516268
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术构建了小型猪牙胚的高分辨率细胞图谱,揭示了MFAP5通过激活ITGA5并驱动MAPK/ERK通路来调控牙胚矿化的新机制 | 首次在牙胚发育中识别出MFAP5作为牙源性程序的新调控因子,并阐明其通过MFAP5-ITGA5-ERK/MAPK信号轴以细胞状态特异性方式驱动矿化的机制 | 研究主要基于体外功能实验和小型猪模型,其在人类牙胚发育中的直接适用性及体内功能验证仍需进一步探索 | 探究牙胚矿化的分子调控机制 | 小型猪的牙胚组织 | 单细胞转录组学 | 牙科发育与再生 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞RNA测序平台 |
| 4377 | 2026-01-14 |
Primordial cardiomyocytes orchestrate myocardial morphogenesis and vascularization but are dispensable for regeneration
2025-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.29.696817
PMID:41502935
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在成年斑马鱼心脏中发现了一个独特的、表达特定标记物的心肌细胞亚群,并揭示了其在心脏形态发生中的关键作用及其在再生过程中的非必要性 | 首次在成年斑马鱼心脏中鉴定出一个独特的原始心肌细胞亚群,并明确其在心脏发育(形态发生和血管化)中起关键组织者作用,但在心脏再生中并非必需,揭示了发育与再生程序之间的根本差异 | 研究主要基于斑马鱼模型,结论在哺乳动物或人类中的普适性尚需验证;原始心肌细胞再生能力有限的分子机制尚未完全阐明 | 探究脊椎动物心脏中不同心肌细胞亚群在心脏发育和修复中的具体作用 | 成年斑马鱼心脏中的心肌细胞亚群 | 发育生物学、心脏再生 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、遗传消融技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4378 | 2026-01-14 |
Macrophage-Dendritic Cell-T-Cell Tetrads Orchestrate Antitumor Immunity and Response to Checkpoint Blockade
2025-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.24.696419
PMID:41509466
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研究论文 | 本文识别了一种由巨噬细胞、cDC1s、CD4 T细胞和CD8 T细胞组成的空间组织多细胞免疫单元,称为“四联体”,它协调抗肿瘤免疫和对检查点阻断的反应 | 首次发现并定义了“四联体”这一多细胞免疫单元,揭示了其在抗肿瘤免疫和检查点阻断反应中的关键作用,并明确了ICOS-ICOSL通路的重要性 | 研究主要基于小鼠和人类肿瘤的成像与转录组学数据,可能未涵盖所有肿瘤类型或治疗场景,且临床样本量有限 | 定义调控有效抗肿瘤免疫的细胞结构,以解释免疫检查点抑制剂仅对部分患者有效的机制 | 小鼠和人类肿瘤中的免疫细胞,包括巨噬细胞、cDC1s、CD4 T细胞和CD8 T细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多重成像和空间转录组学 | NA | 图像和转录组数据 | 小鼠和人类肿瘤样本,具体数量未明确 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4379 | 2026-01-14 |
Multi-Omics Integration Identifies TNFRSF1A as a Causal Mediator of Immune Microenvironment Reprogramming in Diabetic Kidney Disease
2025-Dec-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27010279
PMID:41516155
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研究论文 | 本研究通过多组学整合方法,揭示了TNFRSF1A在糖尿病肾病免疫微环境重编程中的因果中介作用 | 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学、伪时间轨迹分析、细胞间通讯分析和孟德尔随机化等多种技术,系统性地鉴定了TNFRSF1A作为糖尿病肾病进展的因果驱动因子 | 研究未排除其他调控通路的参与,且斑马鱼模型与人类疾病存在物种差异 | 探究糖尿病肾病进展中的炎症介质及其因果驱动机制 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织及斑马鱼胚胎模型 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析, 孟德尔随机化 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 未明确说明人类样本数量,使用斑马鱼胚胎模型进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4380 | 2026-01-14 |
Eurotium cristatum-Fermented White Tea Ameliorates DSS-Induced Colitis by Multi-Scale
2025-Dec-25, Foods (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/foods15010072
PMID:41517138
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研究论文 | 本研究探讨了冠突散囊菌发酵白茶(FWT)通过多尺度机制改善DSS诱导的小鼠结肠炎 | 首次结合单细胞/空间转录组学揭示FWT通过增强肠上皮细胞、杯状细胞和干细胞群,优化功能并诱导抗菌和免疫调节因子,修复肠道屏障 | 研究基于小鼠模型,人类应用需进一步验证;机制涉及多因素,具体因果关联需深入探究 | 探究FWT对结肠炎的治疗效果及其多尺度作用机制 | DSS诱导的结肠炎小鼠模型 | NA | 结肠炎 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |