单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 4321 - 4340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4321 | 2025-02-19 |
Accurate and efficient integrative reference-informed spatial domain detection for spatial transcriptomics
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02284-9
PMID:38844627
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IRIS的计算方法，用于在空间转录组学研究中准确高效地检测空间域，以表征组织的空间结构 | IRIS方法独特地利用单细胞RNA测序数据进行参考信息检测，整合多个SRT切片，并明确考虑切片内和切片间的相关性 | NA | 开发一种计算方法来提高空间转录组学研究中空间域检测的准确性和效率 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组学数据 | 六个SRT数据集，涵盖多种技术、组织、物种和分辨率 |
| 4322 | 2025-02-19 |
Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection
2024-Jun-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009
PMID:38417436
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研究论文 | 本文通过单核RNA测序技术，比较了PSEN1-E280A常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）携带者、散发性AD患者和对照组的转录组，揭示了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的下游通路差异 | 首次通过单核RNA测序技术深入探索了ADAD与散发性AD在特定细胞类型中的转录组差异，并发现了PSEN1-E280A病例中自噬基因和伴侣蛋白的显著表达差异 | 样本量较小（27例），且仅针对PSEN1-E280A突变携带者，可能无法完全代表所有ADAD病例 | 探索常染色体显性阿尔茨海默病（ADAD）与散发性阿尔茨海默病（AD）在特定细胞类型中的转录组差异，并揭示可能的疾病保护机制 | PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 27例（包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组） |
| 4323 | 2025-02-19 |
Mechanism of mTOR/RILP-regulated autophagic flux in increased susceptibility to myocardial ischemia-reperfusion in diabetic mice
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1506401
PMID:39958873
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研究论文 | 本研究探讨了糖尿病小鼠心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的潜在机制 | 揭示了mTOR/RILP通路在糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损中的作用，并提出了通过调节该通路来恢复自噬流和改善心肌易损性的新策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨糖尿病心肌缺血再灌注损伤后自噬流受损与心肌易损性增加的机制 | 糖尿病小鼠的心肌细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞测序、HE染色、透射电子显微镜、qRT-PCR、WB | NA | 基因表达数据、组织图像 | 糖尿病小鼠的心肌细胞 |
| 4324 | 2025-02-19 |
Gut Isolation from Zebrafish Larvae for Single-cell RNA Sequencing
2023-11-10, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65876
PMID:38009742
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研究论文 | 本文介绍了一种从斑马鱼幼虫中分离肠道细胞的方法，用于单细胞RNA测序分析 | 提出了一种新的斑马鱼幼虫肠道细胞分离方法，适用于单细胞RNA测序 | NA | 研究斑马鱼肠道发育和功能障碍的分子机制 | 斑马鱼幼虫的肠道细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 斑马鱼幼虫的肠道细胞 |
| 4325 | 2025-02-19 |
Peripheral Blood Single-Cell Sequencing Uncovers Common and Specific Immune Aberrations in Fibrotic Lung Diseases
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558301
PMID:37786685
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者外周血中常见和特定的免疫异常 | 使用前沿的单细胞分析技术，首次全面描述了IPF和FHP患者外周血中的免疫异常，并发现了疾病特异性的淋巴细胞异常 | 样本量相对较小，且仅针对外周血和支气管肺泡灌洗液样本进行分析，未涉及其他组织或更大规模的人群验证 | 识别IPF和FHP患者外周血中常见和特定的免疫异常，为诊断和治疗提供新策略 | 特发性肺纤维化（IPF）和纤维化过敏性肺炎（FHP）患者及健康对照组的外周血和支气管肺泡灌洗液样本 | 单细胞测序 | 肺纤维化疾病 | 单细胞RNA测序（10X Genomics 5'基因表达和V(D)J分析） | Seurat R管道、DoRothEA-VIPER算法、Monocle3、Velocyto、scVelo、CellRank、Connectome R包、CellRanger和Immcantation框架 | 单细胞RNA测序数据 | 83个样本中的327,990个细胞 |
| 4326 | 2025-02-19 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data reveals distinct subtypes of MAFLD based on N1-methyladenosine regulator expression
2023-Jun, Liver research
IF:2.0Q3
DOI:10.1016/j.livres.2023.06.001
PMID:39958950
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研究论文 | 本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了基于N1-甲基腺苷调节因子表达的MAFLD不同亚型 | 首次将m1A调节基因的表达模式与MAFLD的分子亚型联系起来，并揭示了这些亚型在免疫细胞浸润和炎症特征上的差异 | 研究样本量相对较小，且未进行实验验证 | 探讨RNA N1-甲基腺苷（m1A）修饰在MAFLD发病机制和异质性中的作用 | MAFLD患者的肝组织和免疫细胞 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MAFLD） | 批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | RNA测序数据 | 6个肝样本中的33,168个细胞 |
| 4327 | 2025-02-19 |
Nanoparticle stereochemistry-dependent endocytic processing improves in vivo mRNA delivery
2023-04, Nature chemistry
IF:19.2Q1
DOI:10.1038/s41557-023-01138-9
PMID:36864143
|
研究论文 | 本文研究了立体化学对多组分胶体（如脂质纳米颗粒）在体内mRNA递送中的影响 | 发现含有立体纯20α-羟基胆固醇的脂质纳米颗粒比含有20α-和20β-羟基胆固醇混合物的脂质纳米颗粒在肝脏细胞中递送mRNA的效率高出3倍 | 未明确提及具体局限性 | 探讨立体化学对脂质纳米颗粒在体内mRNA递送中的影响 | 脂质纳米颗粒（LNP）及其在肝脏细胞中的mRNA递送 | 生物医学工程 | NA | 单细胞RNA测序和成像 | NA | RNA测序数据和成像数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 4328 | 2025-02-19 |
Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts
2023-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-023-02238-2
PMID:36879130
|
研究论文 | 本文通过多组学分析探讨了脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制，揭示了神经发育程序在其中的作用 | 首次通过整合患者-父母三体外显子组、单细胞RNA测序转录组和患者病历的自然语言处理数据，揭示了ACs的发病机制及其与神经发育的关系 | 研究结果仅为初步指示，需进一步临床验证 | 阐明脑蛛网膜囊肿（ACs）的发病机制及其与神经发育的关系 | 617例患者-父母三体、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历 | 数字病理学 | 脑蛛网膜囊肿 | 外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理 | 无监督聚类 | 基因组数据、转录组数据、文本数据 | 617例患者-父母三体、152,898个单细胞RNA测序数据 |
| 4329 | 2025-02-19 |
A novel Bayesian framework for harmonizing information across tissues and studies to increase cell type deconvolution accuracy
2023-01-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac616
PMID:36631398
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研究论文 | 本文介绍了一种新的贝叶斯框架tranSig，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特征矩阵，以提高细胞类型去卷积的准确性 | 提出了一种新的贝叶斯框架tranSig，通过利用不同组织和研究中的共享细胞类型特异性表达模式，改进了从单细胞RNA测序数据中推断特征矩阵的方法 | 未明确提及具体局限性 | 提高细胞类型去卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | 贝叶斯框架（tranSig） | RNA测序数据 | 外周血、支气管肺泡灌洗液和主动脉的批量RNA测序数据 |
| 4330 | 2025-02-19 |
The regenerating skeletal muscle niche drives satellite cell return to quiescence
2022-Jun-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.104444
PMID:35733848
|
研究论文 | 本文研究了骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs）在肌肉再生过程中重新获得静止状态的机制 | 揭示了SCs在肌肉损伤后5-10天内重新获得静止状态的时间窗口，并发现非细胞自主信号网络在SCs命运决定中的作用 | 未详细探讨SCs重新获得静止状态的具体分子机制 | 研究骨骼肌干细胞在肌肉再生过程中的命运决定机制 | 骨骼肌干细胞（卫星细胞，SCs） | 细胞生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4331 | 2025-02-19 |
Distinct Injury Responsive Regulatory T Cells Identified by Multi-Dimensional Phenotyping
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.833100
PMID:35634302
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研究论文 | 本研究通过多维表型分析技术，全面表征了小鼠中响应损伤的调节性T细胞（Tregs），揭示了CD44 Tregs在损伤后的扩增及其高度抑制性 | 首次通过多维表型分析技术全面表征了损伤响应性Tregs，并揭示了CD44 Tregs在损伤后的独特转录和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 研究损伤响应性Tregs的表型和功能特征，以了解其在控制免疫反应中的作用 | 小鼠中的CD4调节性T细胞（Tregs） | 免疫学 | NA | 多维表型分析技术、T细胞受体（TCR）谱分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | RNA测序数据、质谱流式细胞术数据 | 小鼠Tregs样本 |
| 4332 | 2025-02-19 |
Cobolt: integrative analysis of multimodal single-cell sequencing data
2021-12-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02556-z
PMID:34963480
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Cobolt的新方法，用于整合多模态单细胞测序数据的分析 | Cobolt不仅能够分析联合模态平台的数据，还提供了一个整合不同模态测量的多个数据集的统一框架 | NA | 开发一种方法来整合和分析多模态单细胞测序数据 | 单细胞测序数据，特别是基因表达和染色质可及性的多模态数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 4333 | 2025-02-18 |
RETRACTION: Prognostic Value and Potential Mechanism of Cellular Senescence and Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma: Insights From Bulk Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24453
PMID:39584580
|
撤稿 | 本文因同行评审过程存在问题而被撤稿 | NA | 同行评审过程存在问题 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4334 | 2025-02-18 |
Revolutionizing prognosis: Introducing cell death index (CDI) as a powerful prognostic tool for CSCC patients
2025-Mar, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24265
PMID:39887534
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研究论文 | 本研究引入了一种新的预后指标——细胞死亡指数（CDI），用于宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的预后评估 | 首次提出细胞死亡指数（CDI）作为CSCC患者的预后工具，并构建了基于23个基因的预后模型 | 研究依赖于公开的RNA-seq和scRNA-seq数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 开发一种新的预后指标，以改善CSCC患者的预后评估和治疗策略 | 宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者 | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA-seq, scRNA-seq | 预后模型 | 基因表达数据 | 从GEO和TCGA数据库下载的RNA-seq和scRNA-seq数据集 |
| 4335 | 2025-02-18 |
Spatial transcriptomic analysis identifies epithelium-macrophage crosstalk in endometriotic lesions
2025-Feb-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111790
PMID:39935459
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用 | 揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色 | 研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，可能不适用于其他类型的子宫内膜异位症 | 识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用 | 浅表腹膜子宫内膜异位症病变和患者匹配的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4336 | 2025-02-18 |
Peptide amphiphiles alleviate myocardial endoplasmic reticulum stress to enhance cardiomyocyte-macrophage communication and promote macrophage M2 polarization
2025-Feb-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.12.042
PMID:39710208
|
研究论文 | 本研究开发了一种级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，用于靶向受损心肌细胞并控制ER应激抑制剂Salubrinal的释放，以改善心肌缺血再灌注损伤 | 开发了一种新型级联响应药物递送系统CT-PA@Sal，具有优越的靶向效率和增强的药物生物利用度，能够在受损心肌细胞内实现响应性释放 | 缺乏针对受损心肌细胞的有效ER应激抑制剂是机制理解转化为治疗实施的主要障碍 | 开发一种靶向药物递送系统，以治疗心肌缺血再灌注损伤 | 心肌细胞和巨噬细胞 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和生物信息学分析 | NA | NA | NA |
| 4337 | 2025-02-18 |
Prevention of Intrauterine Adhesion with Platelet-Rich Plasma Double-Network Hydrogel
2025-Feb, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400336
PMID:39673358
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研究论文 | 本研究探讨了血小板富集血浆双网络水凝胶（DN凝胶）在预防宫腔粘连（IUA）中的应用及其效果 | 创新性地开发了一种基于海藻酸钠的血小板富集血浆双网络水凝胶，通过单细胞测序分析其促进子宫内膜再生和增强子宫内膜接受性的机制 | 研究未提及DN凝胶的长期效果和潜在副作用 | 研究目的是评估DN凝胶在预防和治疗宫腔粘连中的效果 | 研究对象为宫腔粘连患者 | 生物医学工程 | 妇科疾病 | 单细胞测序 | NA | 生物样本数据 | 未明确提及样本数量 |
| 4338 | 2025-02-18 |
TIMD4hiMHCⅡhi Macrophages Preserve Heart Function Through Retnla
2025-Jan, JACC. Basic to translational science
DOI:10.1016/j.jacbts.2024.08.009
PMID:39906591
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研究论文 | 本文通过遗传命运映射和单细胞RNA测序技术，确认了TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并发现其通过Retnla基因保护心脏功能 | 首次确认TIMD4MHCⅡ巨噬细胞亚群的存在，并揭示其通过Retnla基因保护心脏功能的机制 | 未详细探讨TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在其他疾病中的作用 | 研究TIMD4MHCⅡ巨噬细胞在心脏功能保护中的作用 | TIMD4MHCⅡ巨噬细胞 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4339 | 2025-02-18 |
CBX1 is involved in hepatocellular carcinoma progression and resistance to sorafenib and lenvatinib via IGF-1R/AKT/SNAIL signaling pathway
2024-Oct, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-024-10696-0
PMID:38769286
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研究论文 | 本研究探讨了CBX1在肝细胞癌（HCC）进展及对索拉非尼和乐伐替尼耐药中的作用及其机制 | 首次揭示了CBX1通过IGF-1R/AKT/SNAIL信号通路促进HCC进展和增加TKI耐药性的机制 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探究CBX1在HCC中的作用及其对TKI耐药性的影响 | 肝细胞癌（HCC）细胞及小鼠模型 | 癌症研究 | 肝细胞癌 | RT-PCR, Western Blotting, 免疫组化分析, 单细胞RNA测序, CCK-8, 集落形成, Transwell侵袭, 划痕实验, 异种移植实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 多种癌症样本及HCC组织样本 |
| 4340 | 2025-02-18 |
Spatial Transcriptomic Analysis Identifies Epithelium-Macrophage Crosstalk in Endometriotic Lesions
2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.23.586434
PMID:38798560
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，识别了子宫内膜异位症病变中上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用 | 揭示了子宫内膜异位症病变中上皮细胞在驱动炎症信号和促进巨噬细胞修复表型中的新作用，并提出了补体3在病变病理生物学中的新角色 | 研究主要关注浅表腹膜子宫内膜异位症病变，未涉及深部病变或其他类型的子宫内膜异位症 | 识别子宫内膜异位症病变中细胞类型特异性基因表达变化，并阐明基质、上皮细胞和巨噬细胞之间的相互作用 | 浅表腹膜子宫内膜异位症病变及患者匹配的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |