单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4321	2025-02-11	CD34+ cell atlas of main organs implicates its impact on fibrosis 2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04606-6 PMID:36315271	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和遗传谱系追踪小鼠模型，研究了CD34+细胞在生理和病理条件下的异质性及其在血管生成和器官纤维化中的作用	揭示了CD34+细胞在血管生成和器官纤维化中的双重作用，特别是表达Pi16的CD34+细胞可能转化为肌成纤维细胞并参与器官纤维化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨CD34+细胞在生理和病理条件下的身份和作用，特别是其在血管生成和器官纤维化中的角色	CD34+细胞	单细胞RNA测序	心血管疾病	单细胞RNA测序，遗传谱系追踪	遗传谱系追踪小鼠模型	单细胞RNA测序数据	NA
4322	2025-02-11	Integrative insights and clinical applications of single-cell sequencing in cancer immunotherapy 2022-Oct-31, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04608-4 PMID:36316529	综述	本文综述了单细胞测序在癌症免疫治疗中的进展和应用	单细胞测序提供了单细胞水平的多维度细胞特征，揭示了肿瘤微环境的复杂性、肿瘤异质性的普遍性、细胞组成和细胞间相互作用、细胞谱系追踪以及肿瘤耐药机制	单细胞技术的临床转化尚未深入，特别是在免疫治疗中的应用	提高免疫治疗疗效，推动精准医学发展	癌症患者	数字病理	癌症	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组和多组学数据	NA
4323	2025-02-10	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Mar, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	本研究探讨了缺氧条件下头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞中小细胞外囊泡（sEVs）的生物生成和货物分选的机制	揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控sEVs生物生成和货物分选的新机制	研究主要集中于HNSCC细胞，未涉及其他类型癌症细胞	研究缺氧对头颈部鳞状细胞癌中小细胞外囊泡生物生成和货物分选的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	细胞生物学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和免疫组织化学	NA	细胞实验数据	NA
4324	2025-02-10	Decoding the blueprints of embryo development with single-cell and spatial omics 2025-Mar, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2025.01.002 PMID:39889540	综述	本文深入探讨了单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的最新技术进展及其应用	提供了单细胞和空间多组学方法的最新进展，并系统整理了这些技术在胚胎发育领域的应用	未具体提及技术的局限性	探讨单细胞和空间组学技术在胚胎发育研究中的应用及其潜力	胚胎发育过程中的细胞分化和基因表达变化	生物信息学	NA	单细胞测序、空间转录组学	NA	转录组数据、多组学数据	NA
4325	2025-02-10	Large-Scale Production of Expandable Hepatoblast Organoids and Polarised Hepatocyte Organoids From hESCs Under 3D Static and Dynamic Suspension Conditions 2025-Feb-08, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70001 PMID:39921573	研究论文	本研究开发了一种新的培养系统，能够在3D悬浮条件下从人类胚胎干细胞（hESCs）大规模生成可扩展的肝母细胞类器官（HB-orgs）和成熟的极化肝细胞类器官（P-hep-orgs）	利用低浓度Matrigel支持的3D悬浮条件，首次实现了在培养皿和生物反应器中大规模生成可扩展的肝母细胞类器官和成熟的极化肝细胞类器官	研究中未提及长期培养的稳定性和功能维持情况	开发一种成本效益高且稳健的平台，用于大规模生产功能性hESC衍生的肝细胞，以用于细胞治疗、疾病建模、药理学和毒理学研究	人类胚胎干细胞（hESCs）	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4326	2025-02-10	ICOSL, OX40L, and CD30L Control Persistence of Asthmatic CD4 Trm cells 2025-Feb-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	研究论文	本文研究了控制哮喘CD4 Trm细胞持久性的共刺激分子，并探讨了它们的靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体寿命的影响	通过单细胞RNA测序技术，识别了ICOSL、OX40L和CD30L在哮喘患者和小鼠模型中的表达，并展示了联合抑制这些分子对减少肺部炎症和记忆T细胞积累的有效性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究结果需要进一步验证	探索控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体寿命的影响	人类和小鼠的哮喘肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类和小鼠的哮喘肺CD4 T细胞样本
4327	2025-02-10	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，揭示了CD8 T细胞在DFU愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了DFU中不同细胞群体的分布，并验证了CD8 T细胞及其相关关键基因在DFU愈合过程中的作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，样本来源和数量可能有限	探讨糖尿病足溃疡的发病机制及治疗新视角	糖尿病足溃疡患者	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
4328	2025-02-09	Immune mechanisms in multiple sclerosis: CD3 levels on CD28+ CD4+ T cells link antibody responses to human herpesvirus 6 2025-Mar, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2025.156866 PMID:39884183	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨了抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的联系，并揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变人类疱疹病毒6（HHV-6）的比例对MS进展的影响	揭示了CD28+ CD4+ T细胞上CD3水平通过改变HHV-6比例对MS进展的影响，为HHV-6介导的MS生物学机制提供了新的见解	抗体介导的免疫反应与MS之间的确切因果关系仍不明确	探讨抗体介导的免疫反应与多发性硬化症（MS）之间的关联，并识别可能参与MS发病和进展的特定感染病原体	多发性硬化症（MS）患者和对照组	免疫学	多发性硬化症	单细胞测序，孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据	MS患者和对照组
4329	2025-02-09	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Feb-07, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	本文研究了T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的预后和治疗价值	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小，仅包括10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者	探讨T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮中的预后和治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康捐赠者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者
4330	2025-02-09	Massively parallel flow-cytometry-based screening of hematopoietic lineage cell populations from up to 25 donors simultaneously 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.014 PMID:39608688	研究论文	本研究旨在开发一种方法，允许对造血来源细胞表面标记进行高维度和技术统一的筛选	该方法能够在技术上统一的方式下筛选数百万细胞上的数百个标记，从而识别和表征稀有细胞群体的变化	虽然该方法能够处理大量细胞，但对于极低丰度的细胞群体，仍可能遗漏某些调控异常	开发一种高维度且技术统一的细胞表面标记筛选方法，以识别和表征稀有细胞群体的变化	造血来源的细胞群体	生物信息学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序（RNAseq）	机器学习算法	细胞表面标记数据	25个供体的细胞样本
4331	2025-02-09	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2025-Feb, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其机制	首次使用单细胞测序技术全面分析了AMG487对免疫细胞的转录组影响，揭示了其在调节免疫细胞比例和功能中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其作用机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞	数字病理学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞ATAC测序、RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的免疫细胞样本
4332	2025-02-09	CMAP prediction and experimental validation of Forskolin as a podocyte protective and anti-proteinuric drug for nephrotoxic serum-treated mice 2025-Feb, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116727 PMID:39716644	研究论文	本文通过结合肾脏单细胞RNA-seq数据库和Connectivity Map数据库（CMAP），预测并验证了Forskolin作为一种足细胞保护和抗蛋白尿药物在肾毒性血清（NTS）处理小鼠中的效果	首次结合单细胞RNA-seq和CMAP数据库预测特定足细胞损伤的药物，并验证了Forskolin的保护作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中进行验证	探索针对特定足细胞损伤的药物预测和验证方法	NTS处理的小鼠和培养的足细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA-seq, CMAP分析	NA	RNA-seq数据	NTS处理的小鼠和培养的足细胞
4333	2025-02-09	MetaLigand: A database for predicting non-peptide ligand mediated cell-cell communication 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633094 PMID:39868215	研究论文	本文介绍了MetaLigand，一个基于R语言和网络访问的工具，用于预测非肽配体介导的细胞间通讯	MetaLigand通过整合自动管道和手动整理的数据，提高了预测非肽配体丰度的准确性，并支持单细胞RNA测序和空间转录组数据	NA	研究非肽配体在细胞间通讯中的作用，并开发工具预测其生产和受体相互作用	非肽配体（NPLs）及其受体	生物信息学	年龄相关性黄斑变性	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	233种非肽配体
4334	2025-02-09	Case study of a neuroendocrine tumor of uncertain origin: single-cell transcriptomics unravels potential primary location 2024-Dec-31, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06071-z PMID:39738894	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和全外显子测序技术，探索了一例来源不明的神经内分泌肿瘤的原发部位	利用单细胞RNA测序和全外显子测序技术，结合公开的转录组数据集，开发并验证了用于组织来源识别的分子基因特征	研究仅针对一例病例，样本量较小，结果可能不具有广泛代表性	确定非器官局限性神经内分泌肿瘤的原发部位，以进行准确的诊断和管理	一例位于十二指肠和胰头之间的腹膜后非功能性神经内分泌肿瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全外显子测序（WES）	NA	转录组数据	一例病例
4335	2025-02-09	Identification of psoriasis-associated immune marker G3BP2 through single-cell RNA sequencing and meta analysis 2024-12, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13851 PMID:39267394	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和元分析，揭示了银屑病在细胞水平的潜在机制，并识别了在银屑病进展中起显著作用的免疫调节标记基因	创新性地结合了单细胞RNA测序和元分析，首次识别了与银屑病发病和进展相关的免疫调节标记基因G3BP2	样本量较小，仅包括12名银屑病患者的皮肤组织样本	探索银屑病的发病机制并识别有效的治疗靶点	银屑病患者的皮肤组织	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），元分析，加权基因共表达网络分析（WGCNA），LASSO回归，ROC曲线分析	NA	RNA测序数据	12名银屑病患者的皮肤组织样本
4336	2025-02-09	ITGA5+ synovial fibroblasts orchestrate proinflammatory niche formation by remodelling the local immune microenvironment in rheumatoid arthritis 2024-Nov-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225778 PMID:39486872	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中组织驻留滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	发现了一种新型的组织重塑CD45-CD31-PDPN+ITGA5+滑膜成纤维细胞亚群，并揭示了其在RA进展中的调控机制	研究主要依赖于单细胞和空间转录组学技术，可能受限于样本量和技术的分辨率	研究类风湿性关节炎中滑膜成纤维细胞的表型异质性及其在炎症反应中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜组织和滑膜成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术、细胞共培养、RNA测序	NA	基因表达数据、细胞表型数据	两个队列（PEAC和R4RA）的类风湿性关节炎患者样本
4337	2025-02-09	Cell and transcriptomic diversity of infrapatellar fat pad during knee osteoarthritis 2024-Oct-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2024-225928 PMID:39375009	研究论文	本研究采用多组学方法，识别了膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）中的主要细胞类型及其转录组特征，并探讨了IFP在KOA、性别和肥胖状态下的差异	首次提供了人类IFP的细胞和转录组多样性的全面图谱，并确定了IFP成纤维细胞作为与KOA疾病、性别或肥胖相关的转录组和代谢差异的关键细胞	样本量相对较小，仅包括21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者）	探讨膝骨关节炎（KOA）患者髌下脂肪垫（IFP）的细胞和转录组多样性及其在KOA、性别和肥胖状态下的差异	膝骨关节炎（KOA）患者和健康对照者的髌下脂肪垫（IFP）	数字病理学	膝骨关节炎	单核RNA测序、空间转录组学、生物信息学分析、代谢组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据	21个IFP样本（6个健康对照和15个KOA捐赠者），共82,924个细胞核
4338	2025-02-09	Inducible pluripotent stem cells to study human mast cell trajectories 2024-Oct, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.07.003 PMID:39038754	研究论文	本文开发了一种从诱导多能干细胞（iPSC）分化人类肥大细胞（MC）的体外模型，用于研究人类MC的分化轨迹	利用iPSC技术生成人类MC前体和成熟MC群体，为研究MC生物学和分化轨迹的转录调控提供了新的模型系统	研究中使用的细胞模型系统可能无法完全模拟体内MC的分化和功能	研究人类肥大细胞的分化轨迹和亚型	人类肥大细胞及其前体细胞	细胞生物学	炎症性疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC分化模型	细胞数据	547个单细胞（来自MCFC培养第4周的细胞）
4339	2025-02-09	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-Sep-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文通过使用SNCA三倍体诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官模拟路易体病（LBD），并筛选出四种潜在的治疗药物	首次使用SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官模拟LBD，并通过单细胞RNA测序和功能验证揭示了兴奋性神经元中的突触和线粒体功能障碍	研究主要基于体外模型，尚未在体内验证药物的疗效	研究路易体病（LBD）中α-突触核蛋白（α-SYN）病理的机制，并筛选潜在的治疗药物	SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	数字病理学	路易体病	单细胞RNA测序，实时震动诱导转化实验	iPSCs衍生的皮质类器官	基因表达数据，药物筛选数据	1280种FDA批准的药物，SNCA三倍体iPSCs衍生的皮质类器官
4340	2025-02-09	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文通过纵向双光子成像和单细胞转录组学技术，揭示了脉络丛在脑炎症中的调控机制	首次详细描述了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间如何短暂特化以滋养免疫细胞，并协调其招募、存活和分化	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脉络丛在脑炎症中的调控机制	小鼠脉络丛和免疫细胞	神经科学	脑膜炎	纵向双光子成像，单细胞转录组学	NA	图像，转录组数据	小鼠模型