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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4321 | 2026-04-01 |
Human Papillomavirus (HPV) Infected Epithelial Cells and FBLN1+ Fibroreticular Cells Govern the Immunogenic Tumor Microenvironment in HPV-Associated Oropharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2026-Mar-31, Clinical and experimental otorhinolaryngology
IF:2.9Q1
DOI:10.21053/ceo.2025-00282
PMID:41913707
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了HPV相关口咽鳞状细胞癌中FBLN1+纤维网状细胞在塑造免疫原性肿瘤微环境中的关键作用 | 首次在HPV相关口咽鳞状细胞癌中鉴定出FBLN1+纤维网状细胞亚群,并通过空间定位分析揭示了其与肿瘤细胞和免疫细胞的密切关联,阐明了其通过表达SLIT2分子促进免疫细胞招募的机制 | 样本量相对较小(10个样本),未进行功能验证实验,研究结果需要在更大队列中验证 | 探究HPV相关口咽鳞状细胞癌预后较好的肿瘤微环境机制 | 口咽鳞状细胞癌患者组织样本(包括HPV阳性和阴性)及正常扁桃体组织 | 数字病理学 | 口咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 10个样本(2个非HPV相关OPSCC, 5个HPV相关OPSCC, 3个正常扁桃体) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4322 | 2026-04-01 |
Spatial omics insights into tumor myeloid cells: roles in tumorigenesis, prognosis, and therapy
2026-Mar-31, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-026-11758-2
PMID:41915288
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综述 | 本文综述了空间组学技术在肿瘤相关髓系细胞研究中的应用,探讨了其在肿瘤发生、预后和治疗中的作用 | 整合了新兴的空间蛋白质组学和转录组学研究,识别了调控肿瘤发生、预后和治疗反应的重复性空间结构,并提出了将空间模式转化为机制理解的分析框架 | NA | 探讨肿瘤相关髓系细胞在肿瘤进化、临床结果和治疗反应中的空间组织作用 | 肿瘤相关髓系细胞,包括巨噬细胞、单核细胞、中性粒细胞、树突状细胞及其相关谱系 | 数字病理学 | 癌症 | 空间组学技术,包括空间蛋白质组学和转录组学 | NA | RNA和蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 4323 | 2026-04-01 |
Hypoxia-related and immune phenotype-related fusion model for non-invasive prognostication of hepatocellular carcinoma treated by TACE: a multicentre study
2026-Mar-30, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-337938
PMID:41856522
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研究论文 | 本研究开发并验证了一个多模态预后模型,用于预测接受TACE治疗的肝细胞癌患者的生存结局 | 结合了深度学习、常规影像组学、临床变量以及多组学分析(包括单细胞转录组数据),构建了一个具有生物学可解释性的融合模型,实现了比现有临床模型更精细的风险分层 | 研究为回顾性多中心设计,可能存在选择偏倚;模型的外部验证和临床应用仍需进一步前瞻性研究 | 开发并验证一个用于预测肝细胞癌患者接受TACE治疗后生存结局的多模态预后模型 | 肝细胞癌患者 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多组学分析 | 深度学习模型,常规影像组学模型,早期融合和晚期融合模型 | 图像,临床数据,转录组数据 | 1448名肝细胞癌患者(包括TACE队列1349人,随机试验生物标志物子集41人,单细胞RNA测序队列和TCGA队列50人) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4324 | 2026-04-01 |
Identification of rheumatoid arthritis manganese metabolism-related diagnostic biomarkers through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Mar-30, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08081-3
PMID:41913032
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞RNA测序分析,识别了与锰代谢相关的类风湿关节炎诊断生物标志物 | 首次系统性地探索了锰代谢失调与类风湿关节炎发病机制之间的联系,并通过机器学习算法筛选出高诊断准确性的锰代谢相关基因 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且锰代谢在自身免疫病中的具体机制仍需进一步实验阐明 | 识别类风湿关节炎中与锰代谢相关的诊断生物标志物,并探索其病理机制 | 类风湿关节炎患者的基因表达数据及单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习算法 | LASSO, SVM, RF | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的类风湿关节炎患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4325 | 2026-04-01 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics analysis reveals MYCN-UBE2C-TFRC signaling endows ferroptosis resistance in neuroectodermal tumors
2026-Mar-26, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3233-3
PMID:41915328
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了MYCN-UBE2C-TFRC信号轴赋予神经外胚层肿瘤铁死亡抵抗的机制 | 首次发现了MYCN通过调控UBE2C表达,进而介导TFRC的泛素化降解,从而减少铁流入并赋予肿瘤细胞铁死亡抵抗的新机制 | NA | 探究MYCN扩增肿瘤中铁死亡抵抗的分子机制 | 神经外胚层肿瘤 | 数字病理学 | 神经外胚层肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CUT&Tag, 深度覆盖质谱蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 4326 | 2026-04-01 |
Visinin-like protein 1 disrupts calcium homeostasis and promotes atrial fibrillation in human and rodent models
2026-Mar-23, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02615-6
PMID:41872178
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研究论文 | 本研究通过整合人类心房颤动患者和啮齿动物模型的转录组学与电生理学数据,揭示了视锥蛋白样蛋白1在破坏钙稳态和促进心房颤动中的关键作用,并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次在心肌细胞中发现并证实VILIP-1通过依赖豆蔻酰化的运输机制增加钠钙交换体1的表面丰度,从而破坏钙稳态并诱发心房颤动,并发现两种FDA批准药物可通过靶向VILIP-1或其豆蔻酰化来减轻房颤易感性 | 研究主要基于动物模型和体外机制探索,在人类患者中的直接干预效果和长期安全性仍需进一步临床验证 | 探究视锥蛋白样蛋白1在心房颤动发生发展中的作用机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 人类心房颤动患者的心房组织、起搏诱导的大鼠心房颤动模型以及心房心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心房颤动 | bulk RNA测序、单细胞转录组学、电生理学分析 | NA | 转录组数据、电生理数据 | 人类AF患者和啮齿动物AF模型(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, single-cell transcriptomics | NA | NA |
| 4327 | 2026-04-01 |
A cell atlas of multiple liver organoids and the fetal liver based on scRNA-seq
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114955
PMID:41736863
|
研究论文 | 本研究通过整合多个肝脏类器官和人类胎儿肝脏的单细胞RNA测序数据,构建了一个包含217,025个高质量细胞的统一肝脏类器官细胞图谱 | 首次构建了跨多个培养方案的肝脏类器官综合细胞图谱,并系统比较了类器官与胎儿组织之间的差异 | 类器官在造血谱系代表性方面存在不足 | 理解肝脏类器官生长过程中的细胞特征和调控网络,以促进肝脏发育和功能研究 | 肝脏类器官和人类胎儿肝脏 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 217,025个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4328 | 2026-04-01 |
TNFRSF21 Orchestrates Epithelial Keratinization and Tight Junction Integrity in Periodontitis-Associated Oral Mucosal Repair
2026-Mar-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL48371
PMID:41914294
|
研究论文 | 本研究探讨了TNFRSF21在牙周炎相关口腔黏膜修复中调控上皮角化和紧密连接完整性的关键作用 | 首次揭示TNFRSF21通过调控角蛋白表达和与APP相互作用,在牙周炎上皮修复中的核心调控机制 | 研究主要基于体外模型和小鼠实验,临床转化仍需进一步验证 | 阐明TNFRSF在牙周炎发病和进展中的作用,并探索上皮角化修复机制以开发临床治疗策略 | 牙周炎患者的牙龈组织、体外角化模型、小鼠皮肤伤口模型 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫共沉淀 | NA | RNA测序数据、蛋白质相互作用数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈组织、小鼠伤口模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4329 | 2026-04-01 |
T cell development from expanded hematopoietic progenitors reveals initiation control by Lmo2 and Flt3L priming
2026-Mar-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adw7765
PMID:41824555
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研究论文 | 本研究通过优化血清自由扩增系统,探索了小鼠T细胞发育的最早阶段,揭示了Lmo2和Flt3L在T细胞程序启动中的调控作用 | 开发了一种血清自由扩增系统用于造血干细胞和祖细胞样细胞,结合单细胞RNA测序验证了其正常T细胞分化能力,并首次揭示了Lmo2作为祖细胞和白血病相关因子显著抑制T细胞程序启动 | 研究仅基于小鼠模型,分化速度较新鲜祖细胞慢,且仅测试了23个转录因子的功能 | 探究小鼠T细胞发育的最早阶段及其调控机制 | 小鼠造血干细胞和祖细胞样细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4330 | 2026-04-01 |
Histological, ultrastructural, and single-cell profiling reveal immune-mediated remodeling in gallbladder inflammation
2026-Mar-05, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-026-04057-6
PMID:41781757
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研究论文 | 本研究通过组织学、超微结构和单细胞分析,揭示了胆囊炎症中免疫介导的重塑过程 | 首次结合单细胞RNA测序与超微结构分析,定义了急性与慢性胆囊炎症中不同的免疫-基质程序 | 样本量相对较小(41例患者),且未探讨炎症状态的时间动态变化 | 阐明急性与慢性胆囊炎症的细胞和结构特征,并连接上皮、免疫和基质改变 | 胆囊组织及血液样本,来自41名患者(包括12例急性胆囊炎和29例慢性胆石症) | 数字病理学 | 胆囊疾病 | 单细胞RNA测序,组织病理学,免疫组织化学,透射电子显微镜,靶向细胞因子表达分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像,血液样本 | 41例患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4331 | 2026-04-01 |
Organization and evolution of sex-biased gene expression in Drosophila adult sexual circuits
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.28.708756
PMID:41846957
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,探究了果蝇成年性行为电路中性别偏向基因表达的组织结构和进化模式 | 首次在细胞分辨率下,结合性别决定基因作为分子标记,系统分析了果蝇性行为电路的转录组景观和进化动态 | 研究主要基于转录组数据,未直接验证基因表达变化与行为表型的因果关系 | 探究性行为电路如何从共享发育蓝图进化以满足性别特异性适应需求 | 果蝇成年性行为电路中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4332 | 2026-04-01 |
Functional Type I and Type II interferon crosstalk restricts progenitor exhausted CD8 T cells through spatial exclusion and checkpoint enforcement
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.01.708869
PMID:41847035
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研究论文 | 本研究揭示了在慢性病毒感染中,I型和II型干扰素通过空间排斥和检查点强化协同限制前体耗竭CD8 T细胞(Tpex)的机制 | 发现了一种先前未被识别的、空间编码的干扰素调控回路,该回路通过将Tpex隔离在富含PDL1的B细胞生态位并抑制T细胞来源的IFNγ来限制其扩增 | 研究主要基于慢性LCMV感染模型,在其他慢性感染或肿瘤环境中的普适性有待验证 | 探究I型和II型干扰素在慢性感染中如何协同调控CD8 T细胞的命运 | 慢性LCMV感染模型中的前体耗竭CD8 T细胞(Tpex)及其与免疫微环境的相互作用 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4333 | 2026-04-01 |
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Mar, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205134
PMID:41669898
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子对接技术,分析了骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性及分子机制,以识别潜在治疗靶点 | 结合单细胞RNA测序与分子对接方法,首次在单细胞水平对比骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群分布和基因表达差异,并探索天然化合物与DAP3蛋白的相互作用 | 研究基于公开数据集,可能受样本来源和技术限制;分子对接结果为计算模拟,需实验验证 | 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性、分子机制及潜在治疗靶点 | 骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群,包括神经元、软骨细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎, 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接 | t-SNE, UMAP | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4334 | 2026-04-01 |
Novel association of NAV3 with dilated cardiomyopathy and its role in cardiac fibrosis
2026-Mar-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00806.2025
PMID:41609618
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研究论文 | 本研究通过基因组关联分析发现NAV3基因与扩张型心肌病相关,并利用单细胞RNA-seq和体外实验揭示了NAV3在TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞活化和纤维化中的新功能机制 | 首次将NAV3基因与扩张型心肌病的心脏纤维化联系起来,并发现其通过非经典信号通路(独立于SMAD2/3)和细胞周期调控来促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化 | 研究主要基于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;机制研究尚未完全阐明NAV3调控的具体下游信号通路 | 探究NAV3基因在心脏病理生理学中的功能作用,特别是在扩张型心肌病相关心脏纤维化中的作用机制 | 人类心脏成纤维细胞(原代心室成纤维细胞) | 基因组学与细胞生物学 | 扩张型心肌病 | GWAS, 单细胞RNA-seq, RNA测序, Western blot, siRNA敲低 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 未明确样本数量(使用已发表的人类心脏单细胞RNA-seq数据和原代细胞) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4335 | 2026-04-01 |
STGNET: extending panel coverage in imaging-based spatial transcriptomics using deep generative adversarial networks
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag122
PMID:41875024
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研究论文 | 本研究提出了一种名为STGNET的深度学习框架,通过结合生成对抗网络和图神经网络来扩展成像空间转录组学的基因面板覆盖范围 | 首次将多阶段生成对抗网络与空间感知图卷积网络相结合,通过整合物理细胞邻近性和转录相似性来优化基因插补,从而突破现有成像空间转录组技术基因面板有限的瓶颈 | 方法性能依赖于单细胞RNA测序数据的质量,且在极稀疏或噪声较大的空间转录组数据中可能面临挑战 | 开发一种能够扩展成像空间转录组学基因覆盖范围的深度学习工具,以促进更全面的空间生物学发现 | 成像空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 成像空间转录组学,单细胞RNA测序 | 生成对抗网络,图卷积网络 | 空间基因表达数据 | 九个不同的空间转录组数据集 | NA | 成像空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4336 | 2026-04-01 |
A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag084
PMID:41706646
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研究论文 | 本文提出了一种名为scKD的新方法,该方法结合了混合邻域增强对比学习和自知识蒸馏策略,用于提高单细胞RNA测序数据的聚类分析性能 | 首次将混合邻域增强对比学习模型与自知识蒸馏策略相结合,用于单细胞RNA测序数据分析,能够同时准确识别主要细胞类型和稀有细胞亚型 | 未明确说明方法在特定生物环境或疾病类型中的适用性限制,也未讨论计算资源需求 | 提高单细胞RNA测序数据的聚类分析准确性,解决细胞异质性分析中的高维度、复杂性和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, 知识蒸馏 | 基因表达数据 | 多个真实世界数据集(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4337 | 2026-04-01 |
Spatiotemporal histogenesis of the developing human cerebellum reveals dynamic layering of Bergmann glia
2026-Feb-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2525673123
PMID:41665992
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研究论文 | 本研究结合组织病理学分析、空间转录组学和单核RNA测序,揭示了人类小脑中Bergmann胶质细胞(BG)的时空发育图谱 | 挑战了先前认为BG在妊娠晚期出现的观点,发现BG在11周后即出现,并揭示了人类特有的三层组织结构及BG的多阶段起源 | 研究主要基于发育中的人类小脑样本,可能未完全涵盖所有发育阶段或疾病状态 | 阐明人类小脑中Bergmann胶质细胞的发育时间线、分子特征和空间组织 | 人类小脑发育过程中的Bergmann胶质细胞、Purkinje细胞及其他胶质细胞 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 组织病理学分析、空间转录组学、单核RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 涉及多个发育阶段的人类小脑样本,具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学、单核RNA测序 | NA | NA |
| 4338 | 2026-04-01 |
Integrative microRNA and transcriptome analysis reveals sex-specific molecular divergence in human bladder cancer
2026-Jan-23, Biology of sex differences
IF:4.9Q1
DOI:10.1186/s13293-026-00829-5
PMID:41578372
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研究论文 | 本研究通过整合miRNA与转录组分析,揭示了膀胱癌中性别特异的分子差异及其对肿瘤生物学和预后的影响 | 首次结合bulk mRNA/miRNA表达、生存建模和单细胞转录组分析,系统识别了膀胱癌中性别特异的分子特征和调控网络,并强调了常染色体基因的转录后调控在性别差异中的主导作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性验证;单细胞分析样本量有限,可能影响细胞类型特异性结论的普适性 | 阐明膀胱癌性别差异的生物学机制,识别性别特异的分子特征和调控相互作用 | 人类膀胱癌组织样本,包括肿瘤和正常组织 | 生物信息学 | 膀胱癌 | bulk mRNA测序, microRNA测序, 单细胞RNA测序 | 差异表达分析, 生存分析(Kaplan-Meier, Cox模型), 相关性分析 | 基因表达数据, 生存数据 | 数据来源于TCGA、GEO和GSA等公共数据库,具体样本数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 4339 | 2026-01-23 |
Building consensus: construction of a juvenile and adult scRNA-seq meta-atlas for dataset comparisons and harmonizing transcriptomic definitions of enteric neuron subtypes
2026-Jan-22, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12283-5
PMID:41566221
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4340 | 2026-04-01 |
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.14.699504
PMID:41648465
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探究了卵巢激素缺乏如何加剧木材烟雾暴露诱导的骨髓免疫功能障碍,揭示了相关的转录组学和代谢改变机制 | 首次在卵巢激素缺乏背景下,结合单细胞RNA测序和功能验证,系统揭示了木材烟雾暴露对骨髓免疫细胞的特定影响,并发现了免疫-代谢解耦这一新机制 | 研究主要聚焦于卵巢切除小鼠模型,未涉及其他激素缺乏状态或人类样本;功能验证主要在骨髓来源巨噬细胞中进行,体内整体免疫表型验证有限 | 探究卵巢激素缺乏是否增加对木材烟雾诱导的免疫功能障碍的易感性,并阐明其分子机制 | 卵巢切除(OVX)小鼠和假手术(Sham)小鼠的骨髓免疫细胞及骨髓来源巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序,代谢功能测定,巨噬细胞极化分析 | NA | 单细胞转录组数据,功能测定数据 | 卵巢切除和假手术小鼠,暴露于过滤空气或木材烟雾 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |