本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
4321 | 2025-10-06 |
Zwilch kinetochore protein affects the prognosis of cancer patients by participating in cell proliferation, enhancing cell communication, and reshaping the tumor microenvironment
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02981-7
PMID:40643756
|
研究论文 | 本研究探讨Zwilch动粒蛋白通过参与细胞增殖、增强细胞通讯和重塑肿瘤微环境影响癌症患者预后的机制 | 首次系统揭示ZWILCH在多种癌症中的普遍高表达特征及其通过细胞通讯和肿瘤微环境重塑影响预后的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探究ZWILCH在肿瘤发生发展中的作用机制及其临床意义 | 多种癌症类型及其肿瘤微环境 | 生物信息学 | 多种癌症 | 全转录组分析,空间转录组分析,单细胞转录组分析,GSEA,GSVA,KEGG富集分析,Aucell,全基因组CRISPR筛选 | 单变量Cox回归分析 | 转录组数据,功能蛋白数据 | 多种癌症患者样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
4322 | 2025-10-06 |
Exploring the role of PANoptosis related genes in the prognosis of oral squamous cell carcinoma subtypes based on multi-omics analysis
2025-Jul-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03154-2
PMID:40643861
|
研究论文 | 基于PANoptosis相关基因通过多组学分析探索口腔鳞状细胞癌亚型的预后作用 | 首次基于PANoptosis相关基因对OSCC进行分子分型,并构建包含8个基因的预后模型 | 研究主要基于TCGA数据库,需要外部验证队列确认结果的普适性 | 探索PANoptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌预后中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR | Cox回归模型, 聚类算法 | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | TCGA数据库中的OSCC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |
4323 | 2025-10-06 |
Construction of a macrophage-related prognostic signature and assessment of immune checkpoint inhibitor efficacy of HCC
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-06937-3
PMID:40645977
|
研究论文 | 本研究构建了肝细胞癌中巨噬细胞相关的预后基因特征,并评估了其预测免疫检查点抑制剂疗效的能力 | 首次基于单细胞RNA测序构建了八基因巨噬细胞相关预后特征,并深入揭示了PLAUR通过PI3K/AKT/mTOR通路促进免疫抑制极化和肿瘤进展的机制 | 研究样本量有限,需要更多独立队列验证基因特征的临床适用性 | 开发肝细胞癌预后生物标志物和免疫检查点抑制剂疗效预测工具 | 肝细胞癌患者、巨噬细胞亚型、PLAUR基因功能 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 功能实验 | 预后模型, 细胞通讯分析 | 基因表达数据, 单细胞数据, 临床数据 | TCGA-LIHC队列和配对肝癌与正常肝组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4324 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of Mendelian randomization and scRNA-seq identify key prognostic genes and relevant functional roles in colorectal cancer
2025-Jul-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10354-x
PMID:40646181
|
研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞测序识别结直肠癌关键预后基因MMRN1和SLC6A19及其功能机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞测序技术系统鉴定结直肠癌预后关键基因 | NA | 识别结直肠癌关键预后基因并探索其分子机制 | 结直肠癌相关基因和细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR | 单变量Cox分析, 列线图模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4325 | 2025-10-06 |
Comparison of local effects and systemic T-cell responses in patients with breast cancer treated by radiofrequency ablation versus microwave ablation
2025-Jul-11, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03896-7
PMID:40646574
|
研究论文 | 比较射频消融与微波消融治疗乳腺癌的局部效果和系统性T细胞免疫反应 | 首次报道实体瘤热消融后外周T细胞溶解功能差异,通过单细胞RNA测序揭示微波消融激活树突状细胞脂肪酸代谢的机制 | 需要未来临床试验验证研究结果 | 比较两种热消融疗法在乳腺癌治疗中的局部效果和免疫反应差异 | 60名乳腺癌患者 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术, ELISA, qRT-PCR, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 血液样本, 基因表达数据 | 60例乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4326 | 2025-10-06 |
Multimodal evaluation of cerebrospinal fluid from breast cancer leptomeningeal metastases using circulating tumor cell detection, single-cell sequencing, and proteomics
2025-Jul-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06671-4
PMID:40640833
|
研究论文 | 通过多模态方法评估乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液,包括循环肿瘤细胞检测、单细胞测序和蛋白质组学分析 | 首次结合循环肿瘤细胞检测、单细胞RNA测序和细胞因子分析对乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液进行综合分子分析 | 研究仅基于单例患者样本,样本量有限 | 开发用于监测乳腺癌中枢神经系统转移治疗反应的微创方法 | HER2阳性乳腺癌软脑膜转移患者的脑脊液样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 细胞因子分析, 循环肿瘤细胞检测 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组学数据, 细胞计数数据 | 1例患者的系列脑脊液样本 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
4327 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing dataset of hearts from wild type and Cyp26b1 knockout mouse embryos
2025-Jul-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05497-5
PMID:40634327
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析野生型和Cyp26b1基因敲除小鼠胚胎心脏的转录组变化 | 首次在四个发育时间点对Cyp26b1敲除小鼠心脏进行单细胞转录组分析,揭示其在心肌细胞中的特异性转录变化 | 研究仅关注胚胎期E10.5-E13.5发育阶段,未涉及更晚期发育或成年表型 | 探究Cyp26b1基因在心脏发育中的作用及其与左心室致密化不全的潜在关联 | 野生型和Cyp26b1基因敲除小鼠胚胎的心脏组织 | 单细胞组学 | 心肌病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 134,499个高质量细胞(57,923个野生型,62,488个敲除型) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4328 | 2025-10-06 |
Novel Cell-to-Cell Communications Between Macrophages and Fibroblasts Regulate Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis
2025-Jul-01, Diabetes..
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0762
PMID:40063503
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析技术揭示了肥胖诱导的脂肪组织纤维化中巨噬细胞与成纤维细胞之间的新型细胞通讯机制 | 发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群通过分泌Osm调控成纤维细胞胶原基因表达的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究肥胖诱导的脂肪组织纤维化过程中的细胞间通讯机制 | 饮食诱导肥胖小鼠的脂肪组织及人类肥胖脂肪组织 | 单细胞生物学 | 肥胖相关代谢疾病 | 单细胞转录组分析,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 饮食诱导肥胖小鼠模型及人类肥胖脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
4329 | 2025-10-06 |
NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia
2025-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00256-w
PMID:40494896
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现NRF2通过激活WNT信号通路增强口腔白斑的光动力疗法耐药性 | 首次在单细胞水平揭示NRF2通过调控WNT信号通路介导口腔白斑光动力疗法耐药的新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模临床试验验证NRF2抑制剂的治疗效果 | 探究口腔白斑光动力疗法耐药的关键调控通路 | 口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型 | 单细胞组学 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例单细胞测序样本(3例敏感,3例耐药),117例验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4330 | 2025-10-06 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和AspWood数据库,鉴定并验证了毛果杨中木质部纤维优势表达基因的启动子 | 首次通过整合单细胞RNA测序和AspWood数据库系统鉴定毛果杨木质部纤维优势表达基因启动子,并创建了启动子::GUS转基因杨树进行功能验证 | 研究仅针对毛果杨这一树种,未在其他树种中验证启动子的保守性和功能 | 鉴定和验证适用于林木育种的木质部纤维特异性基因启动子 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的基因启动子和转基因植株 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割, RT-qPCR, 组织化学GUS染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 32个候选基因,最终验证9个基因启动子 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4331 | 2025-10-06 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
|
荟萃分析 | 开发了一种专注于可重复性的单细胞转录组病例对照研究荟萃分析方法,用于识别稳健的差异表达基因 | 提出基于跨数据集相对差异表达排序可重复性的非参数荟萃分析方法SumRank | 依赖已发表研究的质量和一致性,可能受原始实验设计差异影响 | 评估单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性并开发改进的识别方法 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序研究数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病,精神疾病,传染病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 非参数荟萃分析模型 | 基因表达数据 | 多个已发表研究的汇总数据 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4332 | 2025-10-06 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
|
研究论文 | 开发了一种名为PDI-TCR的新方法,用于识别抗原特异性T细胞受体,并应用于结核病研究 | 通过比较非重叠肽池的反应,能够区分真正的抗原特异性TCR克隆型与旁观者激活相关的TCR | NA | 开发识别抗原特异性TCR的方法并研究结核病中CD4 T细胞的动态和表型 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏的健康个体的T细胞受体 | 免疫学 | 结核病 | 肽驱动TCR鉴定、TCR测序、单细胞RNA测序 | NA | 序列数据、基因表达数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体 | NA | 单细胞RNA测序, bulk TCR测序 | NA | NA |
4333 | 2025-10-06 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学技术,揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控机制 | 首次结合空间转录组学、成像质谱流式和质谱成像技术,系统解析胶质瘤核心与边缘区域的代谢异质性 | 样本量相对有限,需要进一步验证代谢物的功能机制 | 探索弥漫性胶质瘤区域特异性代谢依赖性与肿瘤生长的关系 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤组织(核心与边缘区域) | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 空间转录组学, 成像质谱流式, 质谱成像 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤样本(包含IDH突变少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤) | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
4334 | 2025-10-06 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
|
研究论文 | 开发了一个名为SPLISOSM的计算框架,用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | 首次提出了能够同时考虑位点和异构体水平依赖关系的多变量测试方法,在稀疏数据上表现出稳健性能 | NA | 研究转录多样性的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 神经精神疾病, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多变量统计模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
4335 | 2025-10-06 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
|
研究论文 | 系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析在识别GWAS靶基因方面的互补性和差异性 | 首次系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析两种方法在识别非编码变异靶基因方面的表现 | 研究主要关注血液细胞性状相关的基因组区域,可能不适用于其他组织或疾病类型 | 评估不同方法在识别非编码变异靶基因方面的效果和互补性 | 数百个与血液细胞性状相关的基因组区域 | 功能基因组学 | 血液相关疾病 | CRISPR干扰, 单细胞转录组测序, eQTL分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 数百个基因组区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4336 | 2025-10-06 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示实验性肺动脉高压中新型巨噬细胞和内皮细胞亚群的作用 | 首次建立跨物种单细胞图谱,鉴定出Dhcr24高表达巨噬细胞亚群和Ednrb阳性内皮细胞亚群在肺动脉高压中的新作用 | 动物模型与人类疾病的完全对应关系仍需进一步验证 | 研究肺动脉高压动物模型与人类疾病的细胞水平关联 | 小鼠、大鼠肺动脉高压模型和人类肺动脉高压患者 | 单细胞测序分析 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种啮齿类动物模型和人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4337 | 2025-10-06 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
|
研究论文 | 研究Meis转录因子在晚期视网膜祖细胞中过表达对时间模式和神经发生的影响 | 首次系统研究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的功能,揭示它们对时间身份和神经发生能力的不同调控作用 | 未能完全重编程晚期祖细胞,过表达效果有限 | 探究Meis因子过表达是否能够改变视网膜祖细胞的时间身份并诱导早期细胞类型 | 出生后小鼠视网膜祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜疾病 | 电转染,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4338 | 2025-10-06 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
|
研究论文 | 系统评估儿科癌症单细胞RNA测序数据存储现状并提出标准化建议框架 | 首次系统分析儿科癌症scRNA-seq数据存储的不一致性问题,并提出改善数据存储实践的具体建议框架 | 仅分析已公开的scRNA-seq数据集,未涉及其他单细胞测序技术 | 改善儿科癌症单细胞RNA测序数据的存储标准和使用效率 | 公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本,超过130万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4339 | 2025-10-06 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.25.650540
PMID:40654702
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了十三线地松鼠视锥细胞优势视网膜发育的分子机制 | 发现视锥细胞不仅来源于早期神经源性祖细胞,还来源于晚期神经源性祖细胞,这种扩展的视锥细胞生成期由转录因子表达的异时性转变驱动 | NA | 探索地松鼠视锥细胞优势视网膜发育的调控基础 | 十三线地松鼠发育过程中的视网膜 | 发育生物学 | 视力障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
4340 | 2025-10-06 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
|
研究论文 | 本研究探讨妊娠期肝内胆汁淤积症中胆汁酸通过NRF1/PGC-1α通路导致胎盘滋养细胞线粒体功能障碍的机制 | 首次在单细胞水平揭示ICP胎盘滋养细胞线粒体功能损伤机制,发现NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制受损 | 研究主要基于细胞模型,需要更多临床样本验证 | 探究胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制,为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和滋养细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序,荧光共聚焦显微镜,电子显微镜,线粒体膜电位检测 | 细胞模型 | 单细胞测序数据,显微镜图像,分子检测数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |