单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4321	2025-01-31	Tumor-associated-fibrosis and active collagen-CD44 axis characterize a poor-prognosis subtype of gastric cancer and contribute to tumor immunosuppression 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06070-9 PMID:39871345	研究论文	本研究通过分析胃癌样本，发现了一种与纤维化相关且预后不良的胃癌亚型，揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的关键作用	首次识别出一种与纤维化相关的胃癌亚型，并揭示了胶原-CD44信号轴在肿瘤免疫抑制中的核心机制	研究主要基于TCGA和GEO数据库，缺乏实验验证，且样本量有限	探索胃癌中肿瘤相关纤维化的机制及其对免疫治疗的影响	胃癌样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间分析、CellChat分析、共定位分析	NA	RNA测序数据、GWAS数据	375个胃癌样本（TCGA）、15个胃癌样本（GEO）、19个免疫治疗队列、2个GWAS数据集
4322	2025-01-31	Fetal fibroblast heterogeneity defines dermal architecture during human embryonic skin development 2025-Jan-27, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.027 PMID:39880186	研究论文	本研究通过分析人类胎儿皮肤中的成纤维细胞异质性，揭示了不同发育阶段的成纤维细胞群体及其动态相互作用	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，揭示了人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在发育过程中的空间分布和动态变化	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	研究人类胎儿皮肤中成纤维细胞的异质性及其在皮肤发育过程中的作用	人类胎儿皮肤中的成纤维细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 单分子荧光原位杂交	NA	RNA测序数据, 空间分布数据	8和16孕周的人类胎儿皮肤样本
4323	2025-01-31	Intratumor heterogeneity of HPV integration in HPV-associated head and neck cancer 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56150-z PMID:39865078	研究论文	本文研究了HPV相关头颈癌中HPV整合的肿瘤内异质性	揭示了HPV整合的肿瘤内异质性，发现了四种HPV物理状态，并指出至少49%的肿瘤在没有整合的情况下进展	样本量相对较小，仅51个肿瘤	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的整合机制及其对肿瘤发展的影响	HPV阳性头颈鳞状细胞癌（HPV HNSCC）	基因组学	头颈癌	全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序，免疫组织化学	NA	基因组数据，RNA数据	51个肿瘤样本
4324	2025-01-31	Statistical identification of cell type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Jan-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56280-4 PMID:39865128	研究论文	本文介绍了一种名为Celina的统计方法，用于系统检测细胞类型特异性空间变异基因（ct-SVGs）	Celina方法利用空间变化系数模型，准确捕捉每个基因在组织位置上的空间表达模式，确保有效的I型错误控制和高功率	NA	识别空间转录组学中的细胞类型特异性空间变异基因	空间转录组学数据	生物信息学	肺癌, 肾癌, 阿尔茨海默病	空间转录组学	空间变化系数模型	空间转录组学数据	五个真实数据集
4325	2025-01-31	Genetic variation in IL-4 activated tissue resident macrophages determines strain-specific synergistic responses to LPS epigenetically 2025-Jan-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56379-8 PMID:39863579	研究论文	本文研究了不同遗传背景下的组织驻留巨噬细胞（TRMs）对IL-4激活和LPS暴露的协同反应	揭示了C57BL/6和BALB/c小鼠TRMs在IL-4激活和LPS暴露下的表观遗传重编程差异及其对协同反应的遗传背景依赖性	研究仅限于雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs，未涉及其他组织或性别差异	探讨遗传背景如何影响组织驻留巨噬细胞对多种刺激的整合反应	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔组织驻留巨噬细胞（TRMs）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性C57BL/6和BALB/c小鼠的腹膜腔TRMs
4326	2025-01-28	Reverse-engineering the FLT3-PI3K/AKT axis to enhance TILs function and improve prognosis in ovarian and cervical cancers 2025-Jan-25, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01592-8 PMID:39863894	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学，探索了卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的关键调节作用	首次提供了FLT3在卵巢癌和宫颈癌中免疫调节作用的空间解析证据，将其定位为有前景的免疫治疗靶点	研究中涉及的样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	探索卵巢癌和宫颈癌中的免疫调节机制，特别是PI3K/AKT通路和FLT3的作用	卵巢癌和宫颈癌	数字病理学	卵巢癌, 宫颈癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST)	Seurat, Harmony	RNA测序数据, 空间数据	NA
4327	2025-01-27	Specific types of male infertility are correlated with T cell exhaustion or senescence signatures 2025-Jan-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56193-2 PMID:39856063	研究论文	本文通过结合多参数表型分析和单细胞RNA测序，描绘了不育男性在精液和全身水平的免疫状态	研究发现年轻不育男性的精液和外周血中髓系细胞和炎症介质的频率增加，显示出与健康老年男性相似的免疫改变，并通过转录组分析确认了不育男性外周血T细胞中与干扰素-γ和-α反应相关的基因上调	研究未明确这些免疫特征与不育之间的因果关系	探讨男性不育与健康状况之间的关联	不育男性	生物医学	男性不育	多参数表型分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
4328	2025-01-31	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	本文通过单细胞ATAC-seq技术，揭示了成年大鼠16个脑区174,593个高质量核的染色质可及性图谱，展示了神经系统中细胞类型特异性的染色质组织和基因调控元件的多样性	首次在大鼠神经系统中应用单细胞ATAC-seq技术，揭示了细胞类型特异性的染色质组织和基因调控元件的多样性，并整合了单核RNA-seq数据以探索脊髓再生的基因调控网络	研究主要集中在大鼠模型，可能不完全适用于人类神经系统	探索哺乳动物神经系统中细胞类型特异性的染色质组织和基因调控元件的多样性	成年大鼠的16个脑区	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq	NA	单细胞染色质可及性数据, RNA-seq数据	174,593个高质量核
4329	2025-01-31	Insights from the single-cell level: lineage trajectory and somatic-germline interactions during spermatogenesis in dwarf surfclam Mulinia lateralis 2025-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11266-w PMID:39856558	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了矮蛤（Mulinia lateralis）精子发生过程中的细胞异质性、发育轨迹及体细胞与生殖细胞间的相互作用	首次在矮蛤中进行了大规模单细胞转录组分析，揭示了精子发生过程中的关键基因和分子机制，特别是体细胞与生殖细胞间的双向通讯	研究局限于矮蛤这一特定物种，结果可能不适用于其他无脊椎动物	探究矮蛤精子发生过程中的分子机制和关键驱动基因	矮蛤的睾丸细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	WGCNA	单细胞转录组数据	超过4,600个睾丸细胞
4330	2025-01-31	Single-cell RNA-seq analysis reveals microenvironmental infiltration of myeloid cells and pancreatic prognostic markers in PDAC 2025-Jan-23, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01830-x PMID:39847195	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中髓系细胞的微环境浸润及其预后标志物	首次在单细胞水平上分析了PDAC中髓系细胞的异质性，并构建了一个8基因风险模型，用于预测生存结果和免疫治疗反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究PDAC中髓系细胞的异质性及其对治疗反应和预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集变异分析（GSVA），CIBERSORT，LASSO分析，Cox分析	8基因风险模型	RNA测序数据	来自Tumor Immune Single-cell Hub、TCGA和GEO数据库的样本
4331	2025-01-25	A Functional Variant rs2122031 in ATG7 Is Associated with the Risk of Radiation Pneumonitis 2025-Jan-23, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0238OC PMID:39847703	研究论文	本研究探讨了自噬相关基因的功能性遗传变异与放射性肺炎（RP）风险之间的关系	首次发现ATG7基因的功能性变异rs2122031与放射性肺炎风险降低相关，并揭示了ATG7在放射性肺炎中的潜在干预作用	样本量较小（301名患者），且仅研究了5个自噬相关基因的13个SNPs，可能未涵盖所有相关遗传变异	研究自噬相关基因的遗传变异是否与放射性肺炎风险相关	301名接受放疗的患者	遗传学	放射性肺炎	MassArray、Sanger测序、qRT-PCR、免疫组化分析、单细胞RNA测序	NA	基因型数据、表达数据、影像数据	301名患者
4332	2025-01-28	Heterogeneity analysis and prognostic model construction of HPV negative oral squamous cell carcinoma T cells using ScRNA-seq and bulk-RNA analysis 2025-Jan-23, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01525-6 PMID:39849233	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA分析，评估了HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞的异质性，并构建了预后风险模型	首次利用单细胞RNA测序技术分析HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞的异质性，并构建了基于T细胞相关基因的预后模型	样本量相对较小，仅包括14个HPV阴性OSCC样本和6个正常样本	评估HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞的基因表达谱，构建预后风险模型，并探讨其与免疫治疗反应的相关性	HPV阴性口腔鳞状细胞癌患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq），批量RNA分析（bulk-RNAseq），qRT-PCR	预后风险模型	RNA测序数据	14个HPV阴性OSCC样本和6个正常样本，共28,000个细胞
4333	2025-01-31	Single-cell RNA sequencing highlights the role of distinct natural killer subsets in sporadic amyotrophic lateral sclerosis 2025-Jan-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03347-0 PMID:39849490	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了散发性肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者外周血免疫细胞的作用，特别是自然杀伤细胞（NK细胞）的不同亚群	首次使用单细胞RNA测序技术研究ALS患者外周血免疫细胞的作用，揭示了CD56dim NK细胞亚群（特别是NK_2细胞）在ALS中的扩展及其基因表达变化	样本量较小（14名ALS患者和14名健康对照），且研究仅限于外周血免疫细胞，未涉及中枢神经系统的免疫细胞	研究ALS患者外周血免疫细胞的改变及其在ALS病理生理中的作用	14名ALS患者和14名健康对照的外周血单核细胞（PBMC）	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	14名ALS患者和14名健康对照
4334	2025-01-31	Stimulating the regenerative capacity of the human retina with proneural transcription factors in 3D cultures 2025-Jan-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417228122 PMID:39823300	研究论文	本研究探讨了在3D培养环境中通过过表达前神经转录因子刺激人类视网膜再生能力的方法	在更完整的视网膜环境中改进Müller胶质细胞（MG）重编程策略，使用人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜的体外培养系统	在2D培养中的神经发生效果有限，对新生神经元的分析受限	改善视网膜退行性疾病的再生医学方法	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜	再生医学	视网膜退行性疾病	免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、电生理学	NA	生物组织	人类胎儿视网膜组织和成人死后视网膜
4335	2025-01-24	Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56135-y PMID:39833151	研究论文	本文通过组织学和单细胞RNA测序研究了袖状胃切除术（SG）对人类胃上皮的影响，揭示了胃上皮在分子和细胞水平上的重塑	研究发现SG手术与酸分泌壁细胞亚群的增加以及组胺分泌的肠嗜铬样细胞（ECLs）的增加相关，这些细胞过度表达呼吸酶和神经肽及血清素的生物合成基因	研究样本量较小，仅包括12名女性患者	研究袖状胃切除术对胃上皮的影响及其在分子和细胞水平上的重塑	12名接受袖状胃切除术的女性患者的胃上皮	生物医学	肥胖症	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	12名女性患者
4336	2025-01-31	A practical guide for choosing an optimal spatial transcriptomics technology from seven major commercially available options 2025-Jan-20, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11235-3 PMID:39833687	研究论文	本文分析和比较了七种主要商业化的空间转录组技术，以指导研究人员根据其研究需求选择最合适的技术平台	提供了对七种主要商业化的空间转录组技术的详细分析和比较，帮助研究人员根据具体研究目标选择最合适的技术平台	未提及具体的技术选择案例或实际应用中的挑战	帮助研究人员选择最适合其研究需求的空间转录组技术平台	七种主要商业化的空间转录组技术平台	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	RNA分子空间分布数据	NA
4337	2025-01-31	From Genes to Clinical Practice: Exploring the Genomic Underpinnings of Endometrial Cancer 2025-Jan-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020320 PMID:39858102	综述	本文探讨了子宫内膜癌（EC）的基因组基础，从基因到临床实践的转化	整合了单细胞基因组学和空间转录组学等多组学技术，提供了识别新型生物标志物和治疗靶点的全面视角	患者反应存在变异性，基因组数据整合到临床工作流程中仍存在挑战，以及伦理考虑	探索子宫内膜癌的基因组基础，以改善诊断、治疗和患者预后	子宫内膜癌（EC）	基因组学	子宫内膜癌	单细胞基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据	NA
4338	2025-01-31	Integrative Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies a Macrophage-Related Prognostic Signature for Predicting Prognosis and Therapy Responses in Colorectal Cancer 2025-Jan-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020811 PMID:39859524	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，并构建了一个由15个具有预后价值的巨噬细胞相关基因组成的预后标志物（MRPS），用于预测结直肠癌患者的预后和治疗反应	整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个新的巨噬细胞相关预后标志物（MRPS），并验证了其在多个数据集中的预测性能，同时揭示了其在巨噬细胞分化中的潜在作用	研究未明确说明样本的具体来源和数量，且未进行大规模临床试验验证MRPS的临床应用效果	识别与结直肠癌相关的巨噬细胞基因，构建预后标志物以预测患者预后和治疗反应	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	机器学习框架	RNA测序数据	NA
4339	2025-01-31	Novel Assignment of Gene Markers to Hematological and Immune Cells Based on Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020805 PMID:39859519	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，研究了人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并开发了一种优化的计算工作流程来分析大规模单细胞RNA测序数据集	开发了一种优化的计算工作流程，用于分析大规模单细胞RNA测序数据集，并提出了新的基因标记来区分特定的细胞类型	未提及具体的研究局限性	研究人类血液和免疫系统中的细胞类型及其亚型，并找到最佳的基因标记来定义每个细胞群体	骨髓和外周血中的不同细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林（Random Forest）	单细胞RNA测序数据	分析了三个不同的单细胞数据集
4340	2025-01-31	Cellular Senescence in Hepatocellular Carcinoma: Immune Microenvironment Insights via Machine Learning and In Vitro Experiments 2025-Jan-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26020773 PMID:39859485	研究论文	本研究通过机器学习和体外实验探讨了肝细胞癌（HCC）中细胞衰老在免疫微环境中的作用	利用三种机器学习方法（KNN、SVM、RF）识别了八个关键的HCC细胞衰老标志物（HCC-CSMs），并通过单细胞RNA测序数据研究了免疫微环境	研究主要基于体外实验和机器学习模型，尚未进行大规模临床验证	探讨细胞衰老在HCC免疫微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境	机器学习	肝癌	RNA干扰、单细胞RNA测序、共培养实验	KNN、SVM、RF	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体外实验和单细胞RNA测序数据