单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4321	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
4322	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
4323	2025-02-28	HIV persists in late coronary atheroma and is associated with increased local inflammation and disease progression 2024-Oct-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5125826/v1 PMID:39483879	研究论文	本研究通过DNA/RNA检测、空间转录组学和高分辨率质谱分析，对HIV感染者与非感染者的冠状动脉和主动脉进行了全面评估，揭示了HIV感染者晚期动脉粥样硬化斑块中更高的炎症水平与HIV拷贝数的相关性	首次在HIV感染者的晚期动脉粥样硬化斑块中发现HIV持续存在，并揭示了其与局部炎症增加和疾病进展的关联	研究样本来自已故患者，可能无法完全反映活体情况	探讨HIV感染者中动脉粥样硬化进展的免疫机制	HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉	NA	心血管疾病	DNA/RNA检测, 空间转录组学, 高分辨率质谱分析	NA	生物样本数据	已故HIV感染者和非感染者的冠状动脉和主动脉样本
4324	2025-02-28	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中与三级淋巴结构相关的肿瘤内体液免疫微环境	首次构建了包含26个胰腺癌肿瘤的空间多组学图谱，并利用机器学习辅助的H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法，揭示了三级淋巴结构（TLS）在肿瘤微环境中的空间关系及其与免疫治疗应答的关联	样本量相对较小（26个肿瘤），且研究结果需要进一步验证	探讨胰腺癌中三级淋巴结构（TLS）在免疫治疗中的作用及其空间分布特征	胰腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术、H&E图像分类、空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR分析	机器学习模型、无监督学习模型	图像、基因表达数据、蛋白质组数据	26个胰腺癌肿瘤样本
4325	2025-02-28	Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors 2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402913121 PMID:39186651	研究论文	本研究探讨了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路如何增强免疫检查点抑制的效果	揭示了KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的损伤，并证明恢复该通路可显著改变肿瘤微环境，使其从免疫学上的“冷”肿瘤转变为“热”肿瘤，从而增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序分析，尚未在广泛的人类临床试验中验证	探讨KRAS突变肺肿瘤中I型干扰素信号通路的功能改变及其对免疫治疗的影响	KRAS突变的肺肿瘤	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺泡II型细胞及携带p53或LKB1突变的晚期小鼠和人类肿瘤样本
4326	2025-02-28	SIMS: A deep-learning label transfer tool for single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100581 PMID:38823397	研究论文	本文介绍了一种名为SIMS的低代码、数据高效的单细胞RNA分类管道，用于自动化细胞标记	SIMS是一种可扩展、可解释的机器学习工具，能够在少量训练数据（<3,500个细胞）下实现高精度的细胞分类，并揭示神经元分化过程中的遗传变化	NA	开发一种高效的单细胞RNA分类工具，用于自动化细胞标记	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	不同组织和物种的数据集，包括大脑和皮质类器官的单细胞RNA数据集
4327	2025-02-28	Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02522-5 PMID:38238426	研究论文	本文研究了氧化还原信号通过HIF1α激活p63，导致表型和代谢重编程，从而促进乳腺癌转移的机制	首次揭示了GPx2敲低通过HIF1α激活p63，调控表型和代谢可塑性，促进乳腺癌转移的分子机制	研究主要基于PyMT乳腺肿瘤模型，结果是否适用于其他乳腺癌模型尚需验证	探讨氧化还原信号在乳腺癌转移中的作用机制	PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	PyMT乳腺肿瘤模型及其配对肺转移灶
4328	2025-02-28	Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies 2023-08, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-023-00785-7 PMID:37079217	研究论文	本文通过开发一种体内来源的衰老特征（SenSig），利用p16-CreER;Ai14报告小鼠的外来体反应驱动的纤维化模型，识别了周细胞和“软骨样”成纤维细胞为衰老细胞，并定义了细胞类型特异性的衰老相关分泌表型（SASPs）	开发了一种新的体内衰老特征（SenSig），并应用转移学习和衰老评分技术，在不同病理的鼠类和人类单细胞RNA测序数据集中识别了衰老细胞群体	研究中使用的模型和数据集可能限制了结果的普遍适用性	研究细胞衰老在伤口愈合、组织纤维化和肿瘤抑制中的作用，并识别衰老细胞的表型	p16-CreER;Ai14报告小鼠的周细胞和“软骨样”成纤维细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	转移学习	RNA测序数据	NA
4329	2025-02-28	Spatial Transcriptomics Depict Ligand-Receptor Cross-talk Heterogeneity at the Tumor-Stroma Interface in Long-Term Ovarian Cancer Survivors 2023-05-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1821 PMID:36787106	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系	首次通过空间转录组学揭示了HGSC长期存活者肿瘤微环境中特定CAF亚型与肿瘤细胞亚型之间的空间配体-受体相互作用，并发现其与患者长期生存相关	需要进一步研究确认这些相互作用是否在调节HGSC恶性表型中起作用，并验证其作为患者生存预测生物标志物的潜力	探讨HGSC长期存活者肿瘤微环境中的基质异质性及其与患者生存的关系，以识别潜在的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者的肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	空间转录组学，单细胞RNA测序，多重免疫组化	NA	空间转录组数据，单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	高级别浆液性卵巢癌长期存活者（LTS）和短期存活者（STS）的肿瘤组织样本
4330	2025-02-28	Multiplexed LNP-mRNA vaccination against pathogenic coronavirus species 2022-08-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111160 PMID:35921835	研究论文	本文开发了针对SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV的脂质纳米颗粒（LNP）-mRNA疫苗候选物，并测试了多路复用LNP-mRNA在动物模型中诱导有效免疫反应的能力	开发了针对多种冠状病毒的LNP-mRNA疫苗，并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗接种后动物的全局系统性免疫库和转录组特征	研究仅限于动物模型，尚未进行人体试验	开发针对多种冠状病毒的多物种疫苗，并优化疫苗接种计划以提供广泛而强效的抗体免疫	SARS-CoV-2 Delta、SARS-CoV和MERS-CoV	疫苗开发	冠状病毒感染	LNP-mRNA疫苗技术、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	动物模型
4331	2025-02-28	Variant-specific vaccination induces systems immune responses and potent in vivo protection against SARS-CoV-2 2022-05-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2022.100634 PMID:35561673	研究论文	本文研究了针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应及其在动物模型中的保护效果	系统地研究了针对野生型、B.1.351和B.1.617变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应，并揭示了单细胞转录组学在免疫细胞群体和全局基因表达中的应用	研究仅限于动物模型，尚未在人体中进行验证	评估针对不同SARS-CoV-2变种的LNP-mRNA疫苗的免疫反应和保护效果	动物模型	免疫学	COVID-19	LNP-mRNA疫苗、单细胞转录组学、BCR-seq、TCR-seq	NA	基因表达数据、免疫反应数据	动物模型
4332	2025-02-28	IL-7 receptor alpha defines heterogeneity and signature of human effector memory CD8+ T cells in high dimensional analysis 2020-09, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104155 PMID:32619811	研究论文	本文研究了IL-7受体α链（IL-7Rα或CD127）在人类效应记忆CD8+ T细胞中的异质性及其在高维分析中的特征	通过高维飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，揭示了IL-7Rα在效应记忆CD8 T细胞中的多样化但有序的表达模式，定义了细胞亚群的异质性	NA	探讨IL-7Rα是否可以作为定义人类效应记忆CD8 T细胞异质性的关键分子	人类效应记忆CD8+ T细胞	免疫学	NA	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	NA
4333	2025-02-28	New insight into GABAergic neurons in the hypothalamic feeding regulation 2018-Nov, The journal of physiological sciences : JPS DOI:10.1007/s12576-018-0622-8 PMID:30003408	综述	本文综述了下丘脑中GABA能神经元在摄食调节中的作用及其研究进展	介绍了三种先进技术（光遗传学、化学遗传学、体内钙成像和单细胞RNA测序）在研究GABA能神经元亚群及其在摄食调节中的作用中的应用	NA	探讨下丘脑中GABA能神经元在摄食调节中的作用	下丘脑中的GABA能神经元	神经科学	NA	光遗传学、化学遗传学、体内钙成像、单细胞RNA测序	NA	神经活动数据、转录组数据	NA
4334	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
4335	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
4336	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
4337	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
4338	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
4339	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
4340	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本