单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4301	2025-02-01	Mapping the landscape of lineage-specific dynamic regulation of gene expression using single-cell transcriptomics and application to genetics of complex disease 2023-Dec-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.24.23297476 PMID:37961453	研究论文	本文利用单细胞转录组数据，开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，以量化基因表达的遗传调控动态，并估计其细胞类型特异性	开发了细胞类型特异性和细胞状态调整的基因表达遗传模型，能够检测与精神分裂症相关的已知和新基因，并提供了从UK Biobank中1500多种表型的基因组资源	单细胞RNA测序数据稀疏性以及个体细胞类型内复杂的细胞状态表达模式	研究基因变异如何影响人类生物学和疾病中的生物过程	中脑神经元在从诱导多能干细胞特化过程中的基因表达	基因组学	精神分裂症	单细胞RNA测序	遗传模型	单细胞转录组数据	UK Biobank中1500多种表型
4302	2025-02-01	Latent human herpesvirus 6 is reactivated in CAR T cells 2023-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06704-2 PMID:37938768	研究论文	本文通过大规模病毒基因组挖掘，研究了人类潜在病毒再激活的景观，并证明了HHV-6B可以在人类CD4 T细胞培养中被再激活	发现了HHV-6 '超级表达者'这一罕见细胞群体，并证实了其在接受细胞治疗的患者体内存在	研究主要基于实验室培养的细胞和临床数据，未涉及大规模临床试验	探讨细胞治疗产品中潜在病毒再激活的机制及其对临床的影响	人类CD4 T细胞和CAR T细胞	基因组学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据	研究级异体CAR T细胞和接受细胞治疗的患者
4303	2025-02-01	Neoadjuvant chemotherapy plus nivolumab with or without ipilimumab in operable non-small cell lung cancer: the phase 2 platform NEOSTAR trial 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-022-02189-0 PMID:36928818	研究论文	本研究探讨了在可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者中，新辅助化疗联合纳武利尤单抗（Nivo）加或不加伊匹木单抗（Ipi）的疗效	首次在NEOSTAR试验中比较了Nivo+CT和Ipi+Nivo+CT两种新辅助治疗方案的主要病理反应（MPR）率，并发现Ipi+Nivo+CT组MPR率更高	样本量较小，且未对所有患者进行肿瘤EGFR/ALK改变的全面筛查	评估新辅助化疗联合免疫检查点抑制剂在可手术NSCLC患者中的疗效和安全性	可手术的非小细胞肺癌（NSCLC）患者	肿瘤学	肺癌	单细胞测序和多平台免疫分析	NA	临床数据	44名患者（Nivo+CT组22名，Ipi+Nivo+CT组22名）
4304	2025-02-01	Costimulation of γδTCR and TLR7/8 promotes Vδ2 T-cell antitumor activity by modulating mTOR pathway and APC function 2021-12, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003339 PMID:34937742	研究论文	本文探讨了通过共刺激γδTCR和TLR7/8来增强Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，并研究了其机制	提出了一种新的共刺激方法，通过激活γδTCR和TLR7/8来扩增Vδ2 T细胞，并展示了其在体外和体内模型中的抗肿瘤效果	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	研究旨在提高Vδ2 T细胞的抗肿瘤活性，以增强基于γδ T细胞的免疫疗法的疗效	Vδ2 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序、反相蛋白阵列	NA	NA	PBMCs和人源化NSG小鼠的脾脏
4305	2025-01-31	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	研究论文	本研究通过整合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发了一个可靠的预后模型	结合RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，用于预测乳腺癌患者的生存和免疫景观	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发预后模型	乳腺癌样本	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	Cox回归模型, Lasso-Cox回归模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自TCGA数据库的乳腺癌样本
4306	2025-01-31	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过整合生物信息学方法和实验验证，探讨了自然杀伤（NK）细胞在强直性脊柱炎（AS）中的作用，并识别了与NK细胞相关的关键基因作为诊断生物标志物和治疗靶点	首次揭示了NK细胞在AS中的潜在作用，并识别了与NK细胞相关的关键基因，这些基因可能作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开的微阵列和单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且实验验证主要在基因表达水平进行，缺乏功能验证	探讨NK细胞在强直性脊柱炎（AS）中的作用，并识别相关的诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和健康对照组的基因表达数据	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、实时定量PCR（RT-PCR）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	基因表达数据	来自GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的微阵列和单细胞RNA测序数据
4307	2025-01-31	Single-cell transcriptomic profiling of maize cell heterogeneity and systemic immune responses against Puccinia polysora Underw 2025-Feb, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14519 PMID:39612313	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性及系统免疫反应	首次创建了玉米叶片在真菌攻击下的单细胞图谱，并重建了易感品系N110和抗病品系R99在感染期间的细胞轨迹，揭示了R99在不同叶片细胞类型中的多样化调控程序	NA	解析玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性及系统免疫反应机制	玉米叶片细胞	植物病理学	玉米锈病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	易感品系N110和抗病品系R99的玉米叶片细胞
4308	2025-01-31	Airway stenosis: classification, pathogenesis, and clinical management 2025-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70076 PMID:39866837	综述	本文综述了气道狭窄（AS）的分类、发病机制及临床管理，并探讨了基于发病机制开发的多种治疗方法	本文综合了AS的多种发病机制，并探讨了基于这些机制的新型治疗方法，如基因治疗、干细胞治疗等	尽管提出了多种治疗方法，但许多仍处于临床前阶段，尚未广泛应用于临床	揭示AS的发病机制并加速其临床转化	气道狭窄（AS）患者	NA	气道狭窄	单细胞RNA测序、16S rRNA基因测序、shotgun宏基因组测序	NA	NA	NA
4309	2025-01-31	A deep learning framework for in silico screening of anticancer drugs at the single-cell level 2025-Feb, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae451 PMID:39872221	研究论文	本文介绍了一个名为Shennong的深度学习框架，用于在单细胞水平上进行抗癌药物的计算机筛选	利用泛癌和泛组织的单细胞转录组数据揭示恶性细胞、癌前细胞以及癌症相关基质和内皮细胞的异质性表达模式，并开发了Shennong框架进行药物筛选	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	提高抗癌药物的筛选准确性和效率，加速药物发现过程	恶性细胞、癌前细胞、癌症相关基质和内皮细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	单细胞转录组数据	NA
4310	2025-01-22	Unlocking novel T cell-based immunotherapy for hepatocellular carcinoma through neoantigen-driven T cell receptor isolation 2025-Jan-29, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334148 PMID:39832892	研究论文	本文通过分析肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤、肝脏冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞反应，探索了在免疫抑制环境中识别反应性T细胞群体的可能性，并评估了这些T细胞对预测的新抗原的反应性	本研究首次在HCC的免疫抑制环境中识别并表征了反应性T细胞群体，特别是从肝脏冲洗液和引流淋巴结中分离出的T细胞，为HCC的T细胞免疫疗法提供了新的潜在来源	研究样本量较小，仅包括七名患者，可能限制了结果的普遍性	评估晚期HCC患者中T细胞对预测新抗原的反应性，探索其在免疫疗法中的应用潜力	晚期HCC患者的肿瘤、肝脏冲洗液和肝引流淋巴结中的T细胞	免疫疗法	肝细胞癌	单细胞RNA测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	七名HCC患者的临床样本
4311	2025-01-31	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	研究论文	本文探讨了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）中，组织特异性T细胞免疫反应的作用及其在不同器官中的差异进化	利用非人灵长类动物模型和系统免疫学方法，揭示了aGVHD中肺和肝脏T细胞转录编程的显著差异及其与克隆扩展的关系	研究主要基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究组织特异性T细胞编程在aGVHD中的作用机制	非人灵长类动物模型中的T细胞	免疫学	移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	RNA测序数据、TCR测序数据	非人灵长类动物模型中的T细胞样本
4312	2025-01-31	mSphere of Influence: How the single cell contributes to the collective 2025-Jan-28, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00431-24 PMID:39660837	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在微生物生态学中的应用，特别是如何通过单细胞研究揭示细菌在生态系统层面的作用	介绍了两种新的单细胞RNA测序技术，这些技术为研究细菌单细胞在生态系统中的作用提供了新方法	NA	探讨单细胞RNA测序技术如何帮助理解细菌单细胞在生态系统中的作用	细菌单细胞	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4313	2025-01-31	Single-cell transcriptomics identify a novel macrophage population associated with bone invasion in pituitary neuroendocrine tumors 2025-Jan-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03296-9 PMID:39865310	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）相关的巨噬细胞亚群，并揭示了其在促进骨侵袭中的关键作用	识别了一种新型的TNF-α+ TAM巨噬细胞亚群，并阐明了其通过IL34/CSF1R轴促进骨侵袭的机制	样本量相对较小，仅包括10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs	揭示骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤微环境变化及其促进骨侵袭的机制	骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（BI PitNETs）和非骨侵袭性垂体神经内分泌肿瘤（Non-BI PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	15例（10例骨侵袭性PitNETs和5例非骨侵袭性PitNETs）
4314	2025-01-28	To describe the subsets of malignant epithelial cells in gastric cancer, their developmental trajectories and drug resistance characteristics 2025-Jan-27, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01715-5 PMID:39869282	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃癌样本中的细胞亚群，揭示了恶性上皮细胞的发育轨迹和耐药特性	通过单细胞RNA测序技术，首次在胃癌中识别了32个不同的细胞簇和10种主要细胞类型，并构建了预后风险评分模型	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	研究胃癌的细胞和分子异质性，探索潜在的治疗靶点和生物标志物	胃癌样本中的262,532个细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）	预后风险评分模型	RNA测序数据	262,532个细胞
4315	2025-01-31	Combined PARP14 inhibition and PD-1 blockade promotes cytotoxic T cell quiescence and modulates macrophage polarization in relapsed melanoma 2025-Jan-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010683 PMID:39870492	研究论文	本文探讨了PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的应用，通过调节T细胞静止和巨噬细胞极化来增强治疗效果	首次结合PARP14抑制与PD-1阻断，揭示了其对T细胞静止和巨噬细胞极化的影响，并提出了一种新的治疗策略以克服免疫检查点抑制剂的耐药性	尽管增强了免疫反应，肿瘤细胞仍通过激活替代的免疫逃逸途径产生适应性耐药	研究PARP14抑制与PD-1阻断联合治疗在复发性黑色素瘤中的效果及其机制	复发性黑色素瘤患者及临床前模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4316	2025-01-31	STAIG: Spatial transcriptomics analysis via image-aided graph contrastive learning for domain exploration and alignment-free integration 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56276-0 PMID:39870633	研究论文	本文提出了一种名为STAIG的深度学习模型，用于整合基因表达、空间坐标和组织学图像，以精确研究空间域	STAIG模型通过图对比学习结合高性能特征提取，能够无需预对齐整合组织切片并去除批次效应，且适用于多种平台的数据	未明确提及具体局限性	研究空间转录组学，以探索细胞结构和相互作用	基因表达、空间坐标和组织学图像	数字病理学	肿瘤微环境	图对比学习	深度学习模型	基因表达数据、空间坐标数据、组织学图像	未明确提及样本数量
4317	2025-01-29	Monocytes serve as Shiga toxin carriers during the development of hemolytic uremic syndrome 2025-Jan-27, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-025-00689-8 PMID:39871175	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4318	2025-01-31	Wnt signalling facilitates neuronal differentiation of cochlear Frizzled10-positive cells in mouse cochlea via glypican 6 modulation 2025-Jan-27, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02039-9 PMID:39871249	研究论文	本研究揭示了小鼠耳蜗中Frizzled10阳性细胞在Wnt信号通路和glypican 6调控下促进神经元分化的机制	首次识别出Frizzled10阳性细胞作为耳蜗胶质细胞的一个重要亚群，并揭示了其在神经元分化中的关键作用及Wnt信号通路的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索耳蜗Frizzled10阳性细胞的神经元分化机制及其在听觉神经再生中的潜在应用	小鼠耳蜗中的Frizzled10阳性细胞	神经科学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠耳蜗组织
4319	2025-01-31	HMOX1 as a potential drug target for upper and lower airway diseases: insights from multi-omics analysis 2025-Jan-27, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03124-w PMID:39871287	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HMOX1作为上呼吸道和下呼吸道疾病潜在药物靶点的可能性	首次通过双向双样本孟德尔随机化分析揭示了HMOX1与上呼吸道和下呼吸道疾病之间的负向因果关系，并通过单细胞RNA测序确定了HMOX1在M2巨噬细胞中的定位	未进行临床试验验证，仅通过分子对接预测了潜在的治疗药物	探索HMOX1在上呼吸道和下呼吸道疾病中的作用及其作为药物靶点的潜力	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）、过敏性鼻炎（AR）和哮喘（AS）	生物信息学	呼吸道疾病	基因表达差异分析、基因集富集分析（GSEA）、随机森林算法、双向双样本孟德尔随机化分析（TwoSampleMR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	随机森林（RF）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确样本数量，使用了Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中的数据和单细胞RNA测序数据
4320	2025-01-31	Single-cell analyses of intestinal epithelium reveal the dysregulation of gut immune microenvironment in systemic lupus erythematosus 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06147-5 PMID:39871323	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了系统性红斑狼疮（SLE）背景下肠道上皮免疫微环境的失调	首次在系统性红斑狼疮背景下，通过单细胞RNA测序技术详细描绘了肠道上皮免疫和结构细胞的相互作用及其变化	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚需进一步研究	探讨系统性红斑狼疮中肠道免疫微环境的失调及其在疾病发病机制中的作用	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量聚合酶链反应（qPCR），流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	MRL/Lpr狼疮小鼠和MRL/Mpj对照小鼠的肠道上皮细胞