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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4281 | 2026-04-07 |
Machine learning-directed massively parallel programmable nucleic acid amplification
2026-Mar-27, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aec9175
PMID:41880514
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研究论文 | 本研究开发了一种基于热力学的可编程核酸扩增方法,通过机器学习优化,提高了扩增效率的调控精度,应用于DNA数据存储和临床诊断 | 通过引物标签补偿策略解耦序列特异性和杂交能量调控,实现了连续精确的扩增效率调制,并利用机器学习模型显著提升预测准确性 | 未明确说明方法在单细胞测序和空间转录组学中的具体应用验证,临床验证仅基于模拟测序深度 | 开发可编程核酸扩增技术,用于分子诊断和DNA数据存储 | 核酸扩增过程、DNA数据存储系统、宫颈癌RNA变异 | 机器学习 | 宫颈癌 | 核酸扩增、机器学习建模 | 机器学习模型 | 实验数据 | 2483个实验数据点 | NA | NA | NA | NA |
| 4282 | 2026-03-28 |
Correction: Single-cell RNA-seq integrated with multi-omics reveals SERPINE2 as a target for metastasis in advanced renal cell carcinoma
2026-Mar-24, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08472-z
PMID:41876448
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4283 | 2026-04-07 |
SR2P: an efficient stacking method to predict protein abundance from gene expression in spatial transcriptomics data
2026-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.04.709692
PMID:41846960
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SR2P的堆叠机器学习框架,用于从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度 | SR2P通过集成11种互补的预测模型,在多个空间多组学基准测试中持续优于现有方法,首次实现了从仅含RNA的空间数据中推断蛋白质丰度 | 技术仍受限于仅基于RNA表达进行预测,可能无法完全捕捉蛋白质-RNA丰度不一致性,且依赖于现有空间多组学数据进行训练 | 开发一种高效方法,从空间转录组学数据中的基因表达预测蛋白质丰度,以增强对肿瘤微环境中免疫细胞状态的分析能力 | 空间转录组学数据,特别是头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境 | 机器学习 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学,空间多组学分析 | 堆叠机器学习框架,集成11种预测模型 | 基因表达数据,蛋白质丰度数据 | NA | NA | 空间转录组学,空间多组学 | NA | NA |
| 4284 | 2026-04-07 |
Ovarian hormone deficiency enhances wood smoke-induced immune dysfunction via transcriptomic and metabolic alterations
2026-Mar-02, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfag023
PMID:41879291
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研究论文 | 本研究探讨卵巢激素缺乏如何通过转录组和代谢改变加剧木烟暴露引起的免疫功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示卵巢激素缺乏与木烟暴露协同作用导致骨髓免疫细胞转录程序和代谢重编程的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞分析仅聚焦卵巢切除背景 | 识别木烟暴露免疫毒性的易感因素,特别是卵巢激素缺乏的作用 | 卵巢切除小鼠的骨髓免疫细胞和骨髓来源巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 卵巢切除和假手术小鼠的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4285 | 2026-04-07 |
Unraveling the carcinogenic mechanisms of benzo[a]pyrene in prostate cancer: a multi-omics approach
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04842-0
PMID:41288678
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞转录组学、分子对接、孟德尔随机化等多种方法,揭示了苯并[a]芘在前列腺癌中的致癌机制 | 首次采用多组学方法系统研究苯并[a]芘在前列腺癌中的具体作用机制,并识别出TP53等关键基因的诊断和因果相关性 | 研究主要基于生物信息学分析和已有数据,缺乏实验验证,且样本来源和具体技术细节未明确说明 | 阐明苯并[a]芘在前列腺癌中的致病机制 | 苯并[a]芘靶点基因与前列腺癌相关基因 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 网络毒理学、单细胞转录组学、差异基因表达分析、分子对接、孟德尔随机化、文献计量学 | NA | 基因表达数据、文献数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 4286 | 2026-04-07 |
Unraveling the ferroptosis landscape in intervertebral disc degeneration through integrated bioinformatics and single-cell sequencing
2026-Mar, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04826-0
PMID:41288682
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研究论文 | 本研究通过整合生物信息学和单细胞RNA测序分析,系统揭示了铁死亡在椎间盘退变中的关键基因网络和细胞分布,并探索了白藜芦醇作为潜在治疗药物的可能性 | 首次在椎间盘退变中整合转录组和单细胞RNA测序数据,系统识别了铁死亡相关的核心枢纽基因网络,并揭示了这些基因在12种主要细胞亚群中的异质性表达模式,同时通过药物预测和体外实验验证了白藜芦醇的治疗潜力 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;单细胞测序样本量未明确说明;药物作用机制仍需进一步深入探究 | 阐明铁死亡在椎间盘退变发病机制中的作用,并探索潜在的治疗干预策略 | 椎间盘退变患者样本、髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞RNA测序、转录组分析、生物信息学分析、分子对接、CCK-8检测、RT-qPCR | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4287 | 2026-04-07 |
Circulating tumor cells in myeloma are a compound biomarker for bone marrow high-risk genomic alterations and tumor load
2026-Feb-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025030083
PMID:41411148
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和全基因组测序分析,揭示了多发性骨髓瘤中循环肿瘤细胞(CTC)水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷的关联 | 首次在单克隆水平上证明CTC与配对骨髓细胞转录相似,并发现高CTC水平患者骨髓细胞增殖增加和基因组事件不平衡,同时开发了预测遗传改变和肿瘤负荷对CTC水平影响的模型 | 研究主要基于新诊断多发性骨髓瘤患者,可能不适用于复发或难治性病例,且样本量有限,需进一步验证 | 探究CTC水平与骨髓高风险基因组改变及肿瘤负荷之间的机制关联 | 新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组学, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA测序 | 预测模型 | 转录组数据, 基因组数据 | 来自新诊断多发性骨髓瘤患者的配对骨髓和血液样本,并利用Multiple Myeloma Research Foundation CoMMpass数据集及内部数据集进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组测序, 全外显子测序, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4288 | 2026-04-07 |
Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma
2026, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了与多发性骨髓瘤髓外进展相关的预后生物标志物 | 利用单细胞RNA测序数据结合LASSO方法开发了一个基于七个特征基因的风险评分模型,并揭示了CD4+ T细胞在多发性骨髓瘤进展中的关键作用 | 研究依赖于公共数据库的数据,未进行独立的前瞻性验证,且样本来源和临床信息可能有限 | 探究多发性骨髓瘤髓外进展的克隆进化特征,识别新的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | LASSO回归模型 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4289 | 2026-04-07 |
Functional characterization of a human epilepsy-associated gene network reveals metabolic regulation as a critical factor underlying seizure susceptibilities
2026-01-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052307
PMID:40401642
|
研究论文 | 本研究利用果蝇全脑单细胞RNA测序技术,验证并表征了一个人类癫痫相关基因共表达网络,揭示了代谢调控在癫痫易感性中的关键作用 | 首次结合果蝇单细胞表达数据和行为学分析,验证人类癫痫基因网络,并发现AMPK介导的代谢通路作为癫痫易感性的新调控机制 | 研究基于果蝇模型,结果向人类直接转化需进一步验证;样本规模相对有限 | 揭示癫痫的分子机制,特别是代谢调控在癫痫易感性中的作用 | 人类癫痫相关基因网络及其在果蝇中的同源基因 | 单细胞测序 | 癫痫 | 单细胞RNA测序 | 基因敲低模型 | RNA测序数据 | 涉及26个基因的果蝇全脑单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4290 | 2026-04-07 |
ANGPTL3 in Podocytes Contributes to the Pathogenesis of Lupus Nephritis by Activating MSR1 in Macrophages
2026 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000550803
PMID:41883862
|
研究论文 | 本研究揭示了ANGPTL3在足细胞中通过激活巨噬细胞上的MSR1受体,驱动狼疮肾炎中干扰素偏向性炎症的关键机制 | 首次鉴定出ANGPTL3作为MSR1的配体,并揭示了其在狼疮肾炎中连接足细胞损伤与巨噬细胞驱动的炎症的新信号轴 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未深入探讨ANGPTL3-MSR1轴在其他肾脏疾病中的普适性 | 探究ANGPTL3在足细胞中是否通过激活巨噬细胞的MSR1受体,驱动狼疮肾炎的干扰素偏向性炎症 | 狼疮肾炎的足细胞与巨噬细胞相互作用 | NA | 狼疮肾炎 | 分泌组蛋白-蛋白相互作用筛选、共免疫沉淀、RNA测序、siRNA沉默、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、单细胞RNA-seq数据 | 使用pristane诱导的狼疮小鼠模型、人类LN肾脏标本及Nephroseq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4291 | 2026-04-07 |
Identification and Validation of a Novel Theranostic Target in Triple Negative Breast Cancer with Transcriptomics and Protein Analyses
2026, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S568001
PMID:41884418
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析,识别并验证了三阴性乳腺癌中潜在的治疗靶点LY6E | 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质验证,在三阴性乳腺癌中识别出LY6E作为新型治疗靶点 | 研究样本量有限,且主要基于体外细胞系和异种移植模型,需要进一步临床验证 | 识别三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点,以改善其成像和治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者样本、正常乳腺组织、TNBC细胞系及小鼠异种移植肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质印迹分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据 | 8名TNBC患者和11名正常患者的单细胞RNA测序数据,TCGA队列中162个TNBC和113个正常乳腺组织的批量RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 4292 | 2026-04-07 |
Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq
2025-10-31, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68619
PMID:41248068
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Stereo-seq的空间物种无关转录组分析方法,用于FFPE组织,通过随机探针方法实现亚细胞分辨率 | 该方法采用随机引物进行空间条形码,不同于标准空间转录组学方法,能同时检测宿主和非宿主RNA,包括微生物、病毒和真菌RNA | 协议需考虑环境和处理污染物对组织内外RNA的区分影响 | 开发一种空间物种无关的转录组分析技术,以研究细胞类型和病原物种的相互作用 | FFPE组织中的宿主和非宿主RNA,包括细菌、病毒和真菌RNA | 空间转录组学 | NA | 空间物种无关转录组分析,随机探针方法 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | Stereo-seq方法使用0.22 µm大小的随机捕获珠,每0.5 µm在阵列中重复,实现基于测序的亚细胞分辨率 |
| 4293 | 2026-04-07 |
Collection of Human Follicular Fluid, Follicle Somatic Cells, and Immature Oocytes from Individuals Undergoing In Vitro Fertilization
2025-10-24, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69122
PMID:41212768
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研究论文 | 本文介绍了一种从接受体外受精个体中系统收集和处理卵泡液、卵泡体细胞及未成熟卵母细胞的标准化实验方案 | 开发了无需酶法脱颗粒的卵丘细胞分离方法以保持转录组完整性,并建立了从新鲜卵泡液制备单细胞悬液用于单细胞RNA测序的逐步方案 | 方案依赖于辅助生殖技术过程中产生的废弃生物材料,样本获取受临床流程限制 | 建立标准化方案以利用辅助生殖技术产生的生物副产物研究卵巢生理学 | 人类卵泡内容物(卵泡液、卵母细胞、卵丘细胞、颗粒细胞等) | 生殖生物学 | 生殖功能障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、密度梯度离心、体外卵母细胞成熟 | NA | 单细胞转录组数据、细胞因子、激素、代谢物、环境毒物数据 | 未明确说明具体样本数量,但方案适用于接受取卵手术的女性个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4294 | 2026-04-07 |
Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii
2025-Oct-07, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01277-25
PMID:40853149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进展和生殖转变图谱 | 首次应用单细胞RNA测序技术构建卡氏肺孢子虫的转录组图谱,揭示了其生命周期的关键发育阶段和生殖转变过程 | 研究依赖于从感染大鼠中分离的病原体,可能无法完全模拟人类感染环境,且无法进行连续培养验证 | 阐明卡氏肺孢子虫的生命周期和生殖转变机制 | 卡氏肺孢子虫(Pneumocystis carinii) | 数字病理学 | 肺孢子菌肺炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 87,716个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Genomics平台 | NA |
| 4295 | 2026-04-07 |
SARS-CoV-2 induced immune perturbations in infants vary with disease severity and differ from adults' responses
2025-May-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59411-z
PMID:40379618
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血清分析,揭示了SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应特征,并与成人进行比较 | 首次系统研究重症COVID-19住院婴儿的免疫反应,发现婴儿与成人在T细胞和B细胞中的干扰素刺激基因签名存在显著差异 | 样本量较小(n=26),且仅针对住院婴儿,可能无法代表所有感染婴儿群体 | 探究SARS-CoV-2感染婴儿的免疫反应差异及其与疾病严重程度和成人反应的比较 | SARS-CoV-2感染的婴儿(n=26,包括亚急性、中度和重症)及匹配的对照组婴儿(n=14) | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),血清细胞因子分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,血清浓度数据 | 40名婴儿(26名感染,14名对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4296 | 2026-04-07 |
RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition
2025-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08542-2
PMID:39910313
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了肺纤维化中LEPR成纤维细胞通过肺泡成纤维细胞向病理成纤维细胞转化的机制,并发现RUNX2是调控该过程的关键因子 | 首次发现SCUBE2肺泡成纤维细胞是LEPR成纤维细胞的主要成分,并证明RUNX2是调控纤维化基因表达的关键转录因子 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;未探讨其他潜在细胞来源对病理成纤维细胞的贡献 | 探究肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制 | 小鼠肺组织中的LEPR成纤维细胞、SCUBE2肺泡成纤维细胞和CTHRC1POSTN病理成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 两个小鼠肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 4297 | 2026-04-07 |
Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance
2025-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55725-6
PMID:39755735
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研究论文 | 本研究揭示了胰岛素信号通路通过调控R2反转录转座子表达,在果蝇生殖系中协调跨代核糖体DNA拷贝数维持的机制 | 首次发现胰岛素受体作为R2表达的主要抑制因子,并揭示了饮食调控通过胰岛素通路影响rDNA拷贝数扩张的跨代遗传机制 | 研究主要基于果蝇模型,在哺乳动物系统中的普适性仍需验证 | 探究生殖系中核糖体DNA拷贝数维持的调控机制 | 果蝇雄性生殖干细胞及其核糖体DNA | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4298 | 2026-04-07 |
Optimized methods for scRNA-seq and snRNA-seq of skeletal muscle stored in nucleic acid stabilizing preservative
2025-Jan-04, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07445-2
PMID:39755918
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研究论文 | 本文开发了一种从保存在Allprotect® Tissue Reagent中的人类骨骼肌组织中获取高质量细胞和细胞核的优化方法,用于单细胞RNA测序和单核RNA测序 | 开发了一种从存档组织(特别是保存在核酸稳定保存剂中的骨骼肌)中获取高质量单细胞基因组材料的新协议,解决了新鲜起始材料需求的障碍 | 流式细胞分选虽然能富集更高质量的细胞和细胞核,但会导致总体输入材料减少 | 优化单细胞RNA测序和单核RNA测序方法,以从存档组织中获取高质量基因组材料 | 人类骨骼肌组织 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 4299 | 2026-04-07 |
Application of Spatial Transcriptomics in Digestive System Tumors
2024-12-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15010021
PMID:39858416
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用,包括其在探索肿瘤空间结构、异质性、肿瘤微环境及细胞间相互作用方面的作用,以及在诊断、预后和治疗中的潜力 | 强调了空间转录组学与单细胞RNA测序、人工智能和机器学习相结合在消化系统肿瘤研究中的重要性 | NA | 总结空间转录组学在消化系统肿瘤研究中的最新进展、应用前景和技术挑战 | 消化系统肿瘤 | 数字病理学 | 消化系统肿瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4300 | 2026-04-07 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-12, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术,分析了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏、肿瘤和血液中的免疫反应 | 首次在irMyocarditis患者中同时分析心脏、肿瘤和血液的免疫反应,揭示了心脏扩增的T细胞克隆与肿瘤组织中的T细胞克隆重叠度低,并发现血液中循环CD8 T细胞存在心脏扩增TCR与致命病例相关 | 样本量相对有限(28例患者),且未明确心脏自身抗原的具体靶点 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏组织、肿瘤组织和血液样本 | 单细胞组学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序,显微镜技术,蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,TCR序列数据,显微图像,蛋白质数据 | 28名irMyocarditis患者和41名未受影响个体的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |