单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4281	2025-02-12	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Feb-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析与动态T细胞行为相关的基因程序	BGT协议结合了BEHAV3D平台的活体成像数据和单细胞RNA测序技术，能够揭示与T细胞动态行为相关的分子驱动因素，从而发现新的生物标志物	该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期较长，需要一个月时间完成	研究目的是通过整合T细胞活体成像数据和单细胞转录组学，揭示与T细胞动态行为相关的分子机制，以增强癌症免疫治疗的疗效	研究对象为患者来源的肿瘤类器官（PDO）和工程化T细胞的共培养体系	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	图像、转录组数据	NA
4282	2025-02-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Feb-10, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	本文探讨了Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation在俱乐部细胞衰老中的关键作用，并提出了针对neddylation的策略可能逆转肺老化和俱乐部细胞衰老	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类中进行验证	研究KL在COPD中调节俱乐部细胞衰老和分化的机制	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型
4283	2025-02-12	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-Feb-10, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	首次在5xFAD转基因小鼠模型中建立了AD与肺癌的共病模型，揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证	阐明AD如何抑制肺癌进展的机制	5xFAD转基因小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病, 肺癌	单细胞测序, 分子病理分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像, 分子数据	5xFAD转基因小鼠和野生型（WT）小鼠
4284	2025-02-12	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-Feb-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了乳腺癌中CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用与化疗耐药性的关联	首次系统性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和公共基因表达数据，揭示了CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用网络，为化疗耐药性提供了新的治疗靶点	研究主要基于单细胞转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示乳腺癌中肿瘤异质性和肿瘤微环境相互作用在化疗耐药性中的作用	乳腺癌患者和鼠模型中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、公共基因表达数据	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的活检样本
4285	2025-02-12	uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease 2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02079-1 PMID:39920690	研究论文	本研究揭示了uN2CpolyG通过与p65直接相互作用并隔离p65，抑制NF-κB-NLRP3通路并损害自噬的分子机制	首次揭示了uN2CpolyG通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路的分子机制，为NIID提供了新的治疗靶点	研究主要基于细胞模型和果蝇模型，尚未在人体中进行验证	阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞模型、果蝇模型	分子生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	细胞模型、果蝇模型	基因表达数据	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞、果蝇模型
4286	2025-02-12	The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment 2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073339913241214051331 PMID:39931853	研究论文	本研究探讨了健脾解毒方（JPJDR）在调节结直肠癌（CRC）微环境中的作用及其机制	首次系统性地研究了JPJDR在CRC微环境中的调节作用，并发现其通过下调HMGB1和MT2A基因表达来调节CRC微环境	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨JPJDR在CRC治疗中的抗肿瘤机制	结直肠癌（CRC）微环境中的细胞类型，包括恶性CRC细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	RNA测序数据	多个已发表研究中的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
4287	2025-02-12	Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect 2025-Feb-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673342409241230113947 PMID:39931981	研究论文	本研究通过分析七氟醚处理的单细胞转录组数据，揭示了七氟醚通过免疫炎症反应、神经元分化和血脑屏障维持等信号通路产生麻醉效应，并发现EPHA3基因在七氟醚抗胶质瘤效应中的关键作用	首次揭示了七氟醚通过影响DAAM2和EPHA3等基因表达来影响胶质瘤患者生存率，并发现EPHA3在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭和迁移中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探讨七氟醚对神经系统疾病（如胶质瘤）影响的分子机制	胶质细胞和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4288	2025-02-12	Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs 2025-Jan-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq4991 PMID:39772668	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠胚胎膝关节原基，发现糖酵解基因在发育中的滑膜关节间区细胞中高度表达，并揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向间区细胞的转化	首次揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向滑膜关节间区细胞的转化	研究主要基于小鼠胚胎模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	研究滑膜关节间区细胞形成的分子机制	小鼠胚胎膝关节原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎膝关节原基
4289	2025-02-12	TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells 2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03921-0 PMID:39751882	研究论文	本研究探讨了TDO2在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）相关成纤维细胞中的表达及其在免疫逃逸中的作用	首次报道了TDO2在cSCC相关成纤维细胞中的高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润介导免疫逃逸的机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索cSCC的发病机制及TDO2在其中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）及其相关成纤维细胞	癌症研究	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型
4290	2025-02-12	Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S499396 PMID:39925925	研究论文	本研究通过机器学习和免疫分析，识别出EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的关键诊断生物标志物	首次结合机器学习方法和免疫分析技术，识别出EGR1作为MASLD的关键基因，并验证其在疾病发病机制中的重要作用	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别MASLD的有效诊断生物标志物，以帮助理解其发病机制	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	LASSO、SVM、随机森林（RF）	基因表达数据	六个GEO数据集，包括训练集和验证集
4291	2025-02-12	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	本文提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图提取数据的局部结构信息，以提高聚类效果	创新性地将correntropy与PCA结合处理噪声和异常值，并引入超图提取局部结构信息，同时使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间的相似性信息，并引入稀疏约束以获得稀疏主成分	未提及具体的数据集规模或实验限制	提高单细胞RNA测序数据的聚类效果，促进对细胞异质性的理解	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
4292	2025-02-12	Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S487126 PMID:39926372	研究论文	本文通过整合多组学分析，探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用	揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用，特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联	研究主要基于TCGA数据集，可能缺乏对其他独立数据集的验证	探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响	泛癌患者和结肠腺癌细胞	生物信息学	癌症	多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系（HCT116和RKO）
4293	2025-02-12	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物	提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量	需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物	单细胞测序	NA	邻近测序	NA	mRNA、蛋白质、蛋白质复合物	单细胞
4294	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA
4295	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本
4296	2024-08-08	Correction to: Machine learning applications on intratumoral heterogeneity in glioblastoma using single-cell RNA sequencing data 2024-Sep-27, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad022 PMID:37226813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4297	2025-02-12	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2024-Sep-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.04.611293 PMID:39282389	研究论文	本文介绍了一种名为CLEANSER的混合模型，用于在单细胞CRISPR筛选实验中识别和过滤环境gRNA噪声	开发了CLEANSER模型，利用gRNA和细胞特定的归一化参数，有效过滤环境gRNA噪声，提高gRNA-细胞分配的准确性	未明确提及具体局限性	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA-细胞分配的准确性，减少假阳性结果	单细胞CRISPR筛选实验中的环境gRNA噪声	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4298	2025-02-12	Single-cell and spatial transcriptomics of vulvar lichen sclerosus reveal multi-compartmental alterations in gene expression and signaling cross-talk 2024-Aug-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.14.607986 PMID:39211101	研究论文	本文利用单细胞和空间转录组学技术，分析了外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤，揭示了VLS的分子发病机制	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面分析VLS的分子异质性，并揭示了不同细胞类型中的分子变化和信号通路激活	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证潜在生物标志物和治疗靶点的临床效果	揭示外阴硬化性苔藓（VLS）的分子发病机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	外阴硬化性苔藓（VLS）患者的病变和非病变皮肤以及健康对照外阴皮肤	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组学, 空间转录组学	单层和器官型培养模型	基因表达数据	VLS患者和健康对照的外阴皮肤样本
4299	2025-02-12	Defining the Regulatory Logic of Breast Cancer Using Single-Cell Epigenetic and Transcriptome Profiling 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598858 PMID:38948758	研究论文	本文通过单细胞表观遗传和转录组分析，定义了乳腺癌的调控逻辑	引入了一种新的方法，使用线性混合效应模型系统量化恶性细胞与正常乳腺上皮细胞中染色质可及性区域与基因表达之间的关联	NA	提高对肿瘤生物学的理解，特别是乳腺癌的调控机制	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织	生物信息学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织样本
4300	2025-02-12	Gene regulatory landscape of cerebral cortex folding 2024-Jun-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn1640 PMID:38838158	研究论文	本文研究了大脑皮层折叠的基因调控景观，揭示了其在哺乳动物大脑发育和进化中的关键作用	首次描述了大脑皮层折叠的转录组原图在早期胚胎阶段的出现及其涉及的细胞命运信号通路，并揭示了H3K27ac表观遗传景观在发育细胞命运限制中的作用	研究主要基于雪貂模型，可能不完全适用于人类大脑发育	探索大脑皮层折叠的基因调控机制及其在神经系统疾病中的作用	雪貂大脑皮层的基因表达和表观遗传景观	表观遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA