单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 40356 篇文献,本页显示第 4281 - 4300 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
4281 2026-04-25
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer's Disease
2020-08-20, Cell IF:45.5Q1
研究论文 利用空间转录组学和原位测序研究阿尔茨海默病中淀粉样斑块周围的转录变化和细胞相互作用 首次使用全基因组空间转录组学分析揭示AD小鼠模型淀粉样斑块周围100微米范围内的早期和晚期转录变化,并定义了两个基因共表达网络(OLIGs和PIGs),且通过原位测序在细胞水平验证 未提及具体局限性 研究阿尔茨海默病中淀粉样斑块周围的分子变化和细胞相互作用 阿尔茨海默病小鼠模型和人类脑切片 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学, 原位测序 NA 基因表达数据, 图像 小鼠和人类脑切片 10x Genomics 空间转录组学, 原位测序 10x Visium, 原位测序平台 10x Visium空间转录组学, 原位测序(具体平台未说明)
4282 2026-04-25
A discriminative learning approach to differential expression analysis for single-cell RNA-seq
2019-02, Nature methods IF:36.1Q1
研究论文 提出一种用于单细胞RNA-seq差异表达分析的判别学习方法 通过检测大量细胞中的转录动态和基因丰度变化来识别差异表达,并利用伪比对获得的转录本兼容性计数进行无需量化的3'单细胞RNA-seq分析,可识别之前无法检测的标记基因 未提及 开发一种改进的单细胞RNA-seq差异表达分析方法 单细胞RNA-seq数据中的差异表达基因 机器学习 NA 单细胞RNA测序 判别学习模型 单细胞转录组数据 大量细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4283 2026-04-24
PPP1R14A in male erectile dysfunction: key role in smooth muscle cells
2026-Jun, Sexual medicine IF:2.6Q2
研究论文 本研究整合单细胞RNA测序与全基因组关联分析,揭示PPP1R14A在男性勃起功能障碍中通过调控平滑肌细胞功能发挥关键作用 首次通过多组学整合分析(scRNA-seq、GWAS、蛋白质数量性状位点)系统性解析勃起功能障碍的分子机制,发现PPP1R14A作为候选治疗靶点,并筛选出黄体酮和氨苄西林等潜在结合化合物 样本量有限,缺乏直接体内外功能验证实验,药物候选的安全性和有效性需进一步临床验证,未能涵盖所有勃起功能障碍亚型和人群多样性 识别勃起功能障碍的新型治疗靶点并阐明其分子机制 勃起功能障碍患者及糖尿病和老年小鼠模型的阴茎海绵体组织 机器学习 勃起功能障碍 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 孟德尔随机化, 分子对接 NA 基因表达数据, 蛋白质数量性状位点数据, 表达数量性状位点数据 2579个差异表达基因(来自单细胞RNA测序预处理), 113种血浆蛋白(孟德尔随机化分析涉及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
4284 2026-04-24
Dissecting placental host-pathogen interactions: Rift Valley fever virus infection in early human trophoblast stem cells
2026-May-15, iScience IF:4.6Q1
研究论文 利用早期人类滋养层干细胞模型解析裂谷热病毒感染胎盘的宿主-病原体互作机制 首次使用早期人类滋养层干细胞(hTSC)建立胎盘感染的体外模型,并结合单细胞转录组学与病毒链特异性转录组学揭示裂谷热病毒在早期胎盘中的致病机制 未明确说明,但可能包括体外模型与体内环境的差异以及仅使用第一孕期细胞的局限性 探究裂谷热病毒在母胎界面的垂直传播机制及其对滋养层细胞的感染和病理影响 人早期滋养层干细胞(hTSC) 数字病理学 裂谷热病毒感染相关妊娠疾病 免疫荧光、qRT-PCR、蛋白质印迹、单细胞转录组学、病毒链特异性转录组学 NA 图像、文本(转录组数据) 人类早期滋养层干细胞(未明确具体数量) Illumina 单细胞转录组学 Illumina NovaSeq 单细胞转录组测序及链特异性病毒转录组分析
4285 2026-04-24
Single-cell gene expression and TCR profiling reveal age-related differences in recent thymic emigrants
2026-May-15, iScience IF:4.6Q1
研究论文 利用单细胞基因表达和TCR谱系分析揭示新生和成年小鼠近期胸腺迁出细胞在表型和功能上的年龄相关差异 首次结合单细胞转录组学和TCR测序,系统比较新生与成年阶段RTE的差异,并发现新生RTE中利用种系编码TCR的细胞具有更明显的效应基因特征 研究基于小鼠模型,其结果在人类中的适用性尚需验证 探究不同年龄阶段(新生与成年)近期胸腺迁出细胞的表型、功能及TCR使用差异 新生和成年小鼠的CD8阳性RTE细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序、TCR测序 NA 基因表达数据、TCR序列数据 小鼠模型,依赖命运映射模型比较新生和成年样本,具体数量未详述 NA 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 NA NA
4286 2026-04-24
CD163 and Tim-4 identify resident intestinal macrophages that are spatially regulated by TGF-β
2026-May-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序技术,识别肠道中由TGF-β空间调控的常驻巨噬细胞,并揭示CD163和Tim-4作为其标志物 挑战了肠道巨噬细胞仅存在于肌肉层的传统观点,发现固有层和黏膜下/肌层中均存在长寿命巨噬细胞,并揭示TGF-β信号对固有层巨噬细胞身份维持的关键作用 未提及的局限性 探究肠道不同组织中长寿命巨噬细胞的表型特征及其调控机制 野生型和Ccr2-/-小鼠的肠道巨噬细胞 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 野生型和Ccr2-/-小鼠肠道组织样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
4287 2026-04-24
Klotho in the kidney distal convolution regulates urinary Klotho excretion and kidney calcium reabsorption, but not phosphate homeostasis
2026-May, Kidney international IF:14.8Q1
研究论文 本研究探讨了肾脏远端曲小管中的Klotho蛋白对尿Klotho排泄和钙重吸收的调节作用,但不影响磷酸盐稳态 首次通过多种基因修饰小鼠模型和单细胞RNA测序,明确肾脏远端曲小管(特别是晚期DCT/CNT)是尿液中可溶性Klotho的主要来源,且远端曲小管Klotho调控钙重吸收而非磷酸盐稳态 研究基于小鼠模型,结论向人类外推需谨慎;未深入探讨远端曲小管Klotho调控钙重吸收的分子机制细节 阐明肾脏远端曲小管中Klotho蛋白在可溶性Klotho释放和矿物质代谢调节中的功能 小鼠肾脏远端曲小管细胞及多种基因修饰小鼠模型 机器学习 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA 基因表达数据 多种基因修饰小鼠模型(Kl-KODC、Kl-KODCT/CNT、Kl-KODCT仅、泛肾小管敲除) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台,用于分析分离的小鼠远端曲小管细胞
4288 2026-04-24
Senolytic Treatment With Fisetin Reverses Age-Related Endothelial Dysfunction Partially Mediated by SASP Factor CXCL12
2026-May, Aging cell IF:8.0Q1
研究论文 本研究探讨了衰老相关内皮功能障碍的分子机制,发现SASP因子CXCL12是关键驱动因素,以及非瑟酮通过清除衰老细胞逆转这一过程 首次通过单细胞转录组学揭示衰老内皮细胞中SASP因子CXCL12的升高,并证明非瑟酮治疗可逆转其表达,同时阐明CXCL12在介导内皮功能障碍中的核心作用 研究主要基于小鼠模型,人类验证尚需进一步研究;未完全阐明非瑟酮影响CXCL12的具体分子机制 识别与衰老内皮细胞相关的信号通路、内皮相关SASP因子及其对内皮功能的影响 小鼠主动脉内皮细胞、人类主动脉内皮细胞、循环SASP因子 数字病理 心血管疾病 单细胞转录组测序 NA 基因表达数据 小鼠:年轻(6月龄)和老年(27月龄)雌雄小鼠,每组包括非瑟酮处理组和对照组 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
4289 2026-04-24
Causal Associations Between Immune Cell-Specific Gene Expression and Major Depressive Disorder: A Single-Cell Transcriptome-Wide Mendelian Randomization Study
2026-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 通过单细胞转录组范围的孟德尔随机化研究,发现免疫细胞特异性基因表达与重度抑郁症之间的因果关联 首次将单细胞cis-eQTL数据与孟德尔随机化方法结合,在免疫细胞亚型层面鉴定与抑郁症因果相关的基因靶点 NA 利用遗传证据识别特定免疫细胞类型的分子靶点,为精准免疫治疗提供新方向 14种免疫细胞亚型(包括CD4 T细胞、未成熟B细胞和浆细胞) 机器学习 重度抑郁症 单细胞转录组测序 孟德尔随机化模型 基因表达数据和GWAS汇总统计数据 OneK1K队列中14种免疫细胞亚型的样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4290 2026-04-24
Histone lactylation maintains bovine early embryo development via regulating embryonic genome activation
2026-Apr-23, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1
研究论文 研究组蛋白乳酸化修饰通过调控胚胎基因组激活来维持牛早期胚胎发育 首次揭示组蛋白乳酸化修饰在牛早期胚胎发育中的作用及其通过调控胚胎基因组激活影响胚胎发育的机制,并发现β-烟酰胺单核苷酸可逆转抑制效应 未提及具体局限性 探究组蛋白乳酸化修饰对牛早期胚胎发育的影响及其机制 牛体外受精胚胎 数字病理学 生殖疾病 单细胞RNA测序、5-乙炔尿苷染色 NA 基因表达数据 牛体外受精胚胎(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
4291 2026-04-24
Immune Mediators in Birdshot Chorioretinopathy: A Systematic Review
2026-Apr-23, Ocular immunology and inflammation IF:2.6Q2
综述 系统综述了麻雀脉络膜视网膜病变(BSCR)中的免疫介质及其作为生物标志物或治疗靶点的潜力 首次系统整合BSCR中细胞因子、趋化因子和免疫细胞群的证据,并强调Th17、CD8+和NK细胞在发病机制中的作用 纳入研究数量有限(14项),且多为小样本研究;缺乏足够的多组学数据整合 评估BSCR中免疫介质的表达及其作为生物标志物或治疗靶点的潜在价值 BSCR患者的外周血、房水和玻璃体液样本 数字病理学 麻雀脉络膜视网膜病变 RNA测序 NA 文本 纳入14项研究 NA 单细胞RNA测序 NA NA
4292 2026-04-24
The MIF-CD74 axis drives colorectal cancer via glycolytic reprogramming and is targeted by a novel small-molecule inhibitor
2026-Apr-22, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
研究论文 揭示MIF-CD74轴通过糖酵解重编程驱动结直肠癌进展,并鉴定出一种新型小分子抑制剂 首次阐明MIF-CD74轴通过上调糖酵解酶促进结直肠癌瓦博格效应的新机制,并发现新型高效抑制剂F3277-0933 未在更大规模临床队列中验证抑制剂疗效,且体外实验向临床转化仍需进一步研究 研究MIF在结直肠癌代谢重编程中的作用机制及其靶向治疗潜力 结直肠癌组织样本、细胞系及小鼠模型 机器学习 结直肠癌 单细胞测序、虚拟筛选、功能实验 NA 单细胞测序数据、临床样本数据、药物筛选数据 TCGA/GTEx/CPTAC/HPA数据库数据及临床样本验证 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 单细胞测序分析数据集GSE166555和GSE144735
4293 2026-04-24
Cell migration inducing protein alleviates adverse remodeling after ischemia and reperfusion injury by controlling fibroblast activation
2026-Apr-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 探究细胞迁移诱导蛋白在控制成纤维细胞活化后减轻缺血再灌注损伤后不良重塑的作用 首次揭示CEMIP通过调节透明质酸周转和抑制成纤维细胞向肌成纤维细胞转化,在心肌梗死后愈合中发挥保护作用 仅使用全球Cemip敲除小鼠模型,未在特定细胞类型中验证,且机制研究主要基于体外实验 研究CEMIP在心肌梗死后心脏重塑中的功能及其潜在治疗靶点 小鼠心肌缺血再灌注损伤模型及心脏成纤维细胞 机器学习 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 小鼠心脏样本,具体数量未提及 NA 单细胞RNA测序 NA NA
4294 2026-04-24
Predictive model for clear cell renal cell carcinoma: a novel model integrating sunitinib resistance and prognosis related genes and clinical factors
2026-Apr-22, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2
研究论文 开发一种整合舒尼替尼耐药性、预后相关基因和临床因素的列线图模型,用于预测肾透明细胞癌患者的药物敏感性、治疗反应和生存结果 首次将舒尼替尼耐药相关基因(IFITM1、IMPA2、KCNN3)与临床因素整合,构建临床基因预后列线图模型(CGPNM),实现药物敏感性、治疗反应和生存结果的综合预测 摘要未提及研究的局限性 识别与肾透明细胞癌舒尼替尼耐药和预后相关的关键基因,并开发一个整合基因和临床因素的临床基因预后列线图模型 肾透明细胞癌(ccRCC)患者 机器学习 肾透明细胞癌 RNA-seq 列线图模型 基因表达数据、临床因素数据 NA NA NA NA NA
4295 2026-04-24
Imputing causality and clonal dynamics from single-cell transcriptomics in paroxysmal nocturnal hemoglobinuria
2026-Apr-22, Leukemia IF:12.8Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析阵发性睡眠性血红蛋白尿症患者的骨髓细胞,揭示PIGA突变干细胞的克隆动态和因果关系 首次从单细胞转录组层面解析PNH患者中正常造血干细胞与PNH型造血干细胞在骨髓衰竭背景下的差异表达模式,以及免疫负向选择对正常造血干细胞的影响 样本量较小,仅纳入PNH细胞比例较大(>50%)和较小(10-50%)的两组患者,可能无法完全反映疾病异质性 探究阵发性睡眠性血红蛋白尿症中PIGA突变干细胞的克隆扩增机制及骨髓衰竭的病理生理学 阵发性睡眠性血红蛋白尿症患者的骨髓细胞 数字病理学 阵发性睡眠性血红蛋白尿症 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 基因表达数据 阵发性睡眠性血红蛋白尿症患者,根据PNH细胞比例分为大(>50%)和小(10-50%)两组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
4296 2026-04-24
Dysfunction of the neurovascular unit as a temporal driver in Alzheimer's pathogenesis
2026-Apr-22, Translational neurodegeneration IF:10.8Q1
综述 系统回顾了阿尔茨海默病进展中神经血管单元功能障碍的作用,以及空间转录组学和类器官技术在NVU研究中的应用 强调神经血管单元功能障碍可能是阿尔茨海默病发病的早期驱动因素,并整合三维NVU类器官、单细胞分辨率空间转录组学和人工智能技术构建功能结构模型的新视角 未明确提及本综述的局限性,但可能受限于现有研究数据的完整性和技术进步的速度 系统梳理神经血管单元功能障碍在阿尔茨海默病进展中的时序作用及相关技术应用 神经血管单元功能障碍事件,包括内皮细胞紧密连接损伤、周细胞退化、星形胶质细胞和小胶质细胞激活、神经元凋亡,以及Aβ沉积与NVU功能障碍的协同作用 数字病理学 阿尔茨海默病 空间转录组学, 类器官技术, 人工智能, 机器学习, 深度学习 NA 文本 NA NA 空间转录组学 NA 单细胞分辨率空间转录组学
4297 2026-04-24
Heterogeneity of bacterial host-pathogen interactions across biological scales
2026-Apr-21, mSystems IF:5.0Q1
综述 本文综述了单细胞技术如何揭示宿主-病原体相互作用的动态和异质性,探讨了从单细胞到组织和整个生物体的多尺度感染结果 整合了显微成像、单细胞转录组学、蛋白质组学及新兴的双RNA-seq和空间方法,强调多尺度异质性在决定感染结局中的关键作用 未明确讨论跨尺度模型整合的计算挑战及临床转化中的实际限制 理解宿主-病原体相互作用的异质性及其对感染结局的影响 细菌病原体与宿主细胞之间的相互作用 机器学习 感染性疾病 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 双RNA-seq, 空间转录组学 计算与数学建模 转录组数据, 蛋白质组数据, 空间数据 不适用 不适用 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 不适用 不适用
4298 2026-04-24
Hypoxia inducible factor network reflects kidney disease progression in diabetes and sodium-glucose co-transporters inhibition
2026-Apr-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1
研究论文 通过单细胞转录组分析揭示糖尿病肾病患者中缺氧诱导因子网络反映疾病进展及SGLT2抑制剂治疗反应 首次通过单细胞转录组数据构建启动子锚定的HIF调控网络,并使用多组学数据验证,实现对糖尿病肾病的进展和治疗反应的量化评估 该研究未明确提及具体局限性,但可能包括样本来源有限(主要为年轻2型糖尿病患者)以及网络在更广泛人群中的验证仍需进一步研究 探讨缺氧诱导因子网络如何反映糖尿病肾病的进展以及SGLT2抑制剂的治疗效果 患有2型糖尿病的年轻人(临床DKD证据极少)、晚期DKD患者(来自KPMP项目)以及缺氧人肾类器官模型 计算生物学 糖尿病肾病 单细胞RNA测序、多组学分析、空间转录组学 调控网络模型 单细胞转录组数据、表观基因组数据(多组学)、空间转录组数据 未在摘要中明确样本量,但提及年轻T2D患者、KPMP项目参与者以及肾类器官模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
4299 2026-04-24
CD44 expression in renal tubules during maladaptive repair is a potential marker for the transition from acute kidney injury to chronic kidney disease in rats
2026-Apr-20, Toxicology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了大鼠急性肾损伤向慢性肾病转化过程中肾小管CD44的表达及其作为不良修复标志物的潜力 首次系统揭示了CD44在急性肾损伤向慢性肾病转化过程中的动态表达模式,并发现血清CD44可能成为顺铂肾毒性中肾小管不良修复的循环标志物 该研究仅在大鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证其临床相关性 探索CD44作为急性肾损伤向慢性肾病转化过程中肾小管不良修复标志物的可能性 大鼠肾小管上皮细胞 机器学习 肾病 基因芯片分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学 NA 基因表达数据、组织病理图像 大鼠模型,具体样本数量未列出 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 小鼠缺血再灌注模型单细胞RNA测序分析
4300 2026-04-24
Time-series single-cell transcriptomics and spatial metabolomics reveal spatiotemporal tobacco leaf response to herbivory
2026-Apr-17, Journal of advanced research IF:11.4Q1
研究论文 通过时间序列单细胞转录组学和空间代谢组学揭示烟草叶片应对草食动物取食的时空响应机制 首次构建了烟草叶片草食胁迫下的单细胞分辨率动态防御网络,并鉴定了WRKY81作为早期防御启动的关键调控因子 未详细说明局限性,但从方法看可能包括VIGS验证的瞬时性及代谢物空间分布的检测精度限制 解析烟草叶片对草食动物取食防御反应在细胞类型和时间尺度上的调控机制 模拟草食胁迫下的烟草叶片细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序、空间代谢组学、共表达分析、伪时间分析、配体-受体推断、qRT-PCR、VIGS NA 单细胞转录组数据、空间代谢物分布数据 28,318个烟草叶片细胞 NA 单细胞RNA测序、空间代谢组学 NA NA
回到顶部