单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4281	2025-02-07	Disruption of cortical cell type composition and function underlies diabetes-associated cognitive decline 2023-08, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05935-2 PMID:37351595	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了2型糖尿病引起的大脑皮层细胞类型组成和功能的破坏，从而解释了糖尿病相关的认知衰退的病理基础	首次使用单细胞转录组测序技术系统地分析了2型糖尿病小鼠模型大脑皮层的细胞类型组成和功能变化，并在人类样本中进行了验证	研究主要基于小鼠模型，尽管在人类样本中进行了验证，但样本量相对较小，且未涉及长期干预效果的评估	揭示2型糖尿病引起认知衰退的分子机制，并探索潜在的治疗靶点	2型糖尿病小鼠模型（db/db小鼠）和人类2型糖尿病患者的脑组织样本	数字病理学	2型糖尿病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、免疫组化、代谢评估	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像、代谢数据	小鼠模型和人类样本（年龄分别为74.3 ± 5.5岁和87.0 ± 8.5岁）
4282	2025-02-07	T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function 2023-07-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI162530 PMID:37279078	研究论文	本文研究了T-BET和EOMES在成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的持续作用	揭示了T-BET和EOMES在维持成熟NK细胞表型和抑制替代ILC谱系中的意外作用	研究仅限于人类NK细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探讨T-BET和EOMES在成熟NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求	未扩增的原代人类NK细胞	免疫学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未扩增的原代人类NK细胞
4283	2025-02-07	Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010 PMID:32553173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类胸腺生成过程中的细胞谱系特化轨迹和T细胞发育的承诺谱	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了人类胸腺生成过程中的细胞分化轨迹和T细胞发育的承诺状态	研究仅限于人类出生后胸腺中的CD34祖细胞，未涉及其他发育阶段或组织	理解人类胸腺生成和T细胞发育的分子机制	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（sRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物
4284	2025-02-06	Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433 PMID:39902149	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用	首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点	创伤性脑损伤后的海马神经元	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4285	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
4286	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA
4287	2025-02-06	Learning Phenotype Associated Signature in Spatial Transcriptomics with PASSAGE 2025-Feb-04, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401451 PMID:39905872	研究论文	本文介绍了一种名为PASSAGE的深度学习框架，用于在空间转录组学中有效表征与表型相关的特征	PASSAGE框架能够利用样本的生理/病理状态信息，在多个异质性空间切片中表征与表型相关的特征，突破了传统无监督方法的局限	未明确提及具体局限性	开发一种深度学习框架，用于在空间转录组学中识别与表型相关的特征	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习框架	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
4288	2025-02-06	Shining a light on cell biology of the nucleus with single-cell sequencing 2025-Feb-03, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102468 PMID:39903993	review	本文综述了单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	综述了单细胞测序技术的最新进展及其在揭示细胞核机制和细胞状态之间相互作用中的应用	NA	探讨单细胞测序技术在细胞核生物学中的应用及其对理解细胞核过程的新见解	细胞核生物学中的单细胞测序技术	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
4289	2025-02-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196 PMID:39904693	研究论文	本文通过单细胞转录组分析开发了一个与efferocytosis相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个新的efferocytosis相关基因签名（ER.Sig），并利用多组学方法深入解析了HCC的预后特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和一致性的限制	预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据	多个公共数据库中的HCC患者样本
4290	2025-02-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境的动态变化	识别了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）亚型和具有显著免疫抑制特征的巨噬细胞亚型，并发现雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅包括10个原发性和复发性NMIBC样本	深入了解尿路上皮膀胱癌（UBC）复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10个原发性和复发性NMIBC样本
4291	2025-02-05	Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure 2025-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70071 PMID:39901941	研究论文	本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化	首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证	研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制	TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞	数字病理学	白血病	下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术	小鼠模型	单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据	TCF3-PBX1白血病小鼠模型
4292	2025-02-06	Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach 2025-Jan-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278812.123 PMID:39622637	研究论文	本文提出了一种新的深度学习方法scIDST，用于推断单细胞转录组数据中的疾病进展阶段	scIDST方法通过弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，解决了患者来源组织中细胞异质性问题	NA	开发一种新的单细胞测序分析方法，以识别真实的疾病相关分子特征	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞/核基因组测序	深度学习	单细胞转录组数据	NA
4293	2025-02-06	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1 PMID:39877088	研究论文	本研究比较了基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本中的性能	首次系统评估了商业化的空间转录组学平台在空间生物学研究中的性能，并揭示了组织年龄和探针设计等参数对数据质量的影响	研究仅限于肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，可能不适用于其他类型的肿瘤	比较不同单细胞空间转录组学平台的性能，以确定其在肿瘤生物学研究中的适用性	福尔马林固定、石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学（ST）、RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx数字空间分析仪、苏木精和伊红染色	NA	图像、RNA测序数据	肺腺癌和胸膜间皮瘤样本的组织微阵列
4294	2025-02-06	Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632413 PMID:39868226	研究论文	本研究探讨了PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药性中的疗效，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用	研究发现PI3K抑制剂gedatolisib能有效抑制顺铂耐药的HNSCC增殖，并通过激活自噬、衰老和破坏脂肪酸代谢来增强顺铂的疗效	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	评估PI3K抑制剂在克服Nrf2介导的顺铂耐药性中的效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	转录组学、代谢组学、空间转录组学	皮下、原位和转移性异种移植模型	转录组数据、代谢组数据	使用免疫缺陷和人源化小鼠模型进行体内实验
4295	2025-02-06	Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616802 PMID:39868275	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的变化	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化中外膜成纤维细胞的动态变化，并发现SERPINH1基因在其中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，寻找新的治疗靶点	小鼠主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性Ldlr -/-小鼠，每组3只，共两组
4296	2025-02-06	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626638 PMID:39677753	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态速度和分子机制	GraphVelo通过保留向量大小和方向信息在不同数据表示之间的转换，扩展了RNA速度到多模态数据，并揭示了基因、病毒与宿主细胞之间以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	研究目的是从高通量单细胞数据中提取时间分辨信息，并扩展RNA速度到多模态数据	单细胞数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
4297	2025-02-06	Deciphering normal and cancer stem cell niches by spatial transcriptomics: opportunities and challenges 2025-Jan-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351956.124 PMID:39496456	研究论文	本文探讨了利用空间转录组学技术解析正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的研究机会与挑战	利用新一代测序（NGS）、单细胞转录组学和空间转录组学技术，提供了高分辨率的疾病组织分子图谱，揭示了肿瘤内结构和细胞间交流	技术限制和计算工具的瓶颈仍然是当前研究的主要挑战	研究正常干细胞和癌症干细胞及其微环境的特性，以揭示肿瘤异质性和治疗抗性的机制	正常干细胞（NSCs）和癌症干细胞（CSCs）及其微环境	数字病理学	癌症	NGS, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
4298	2025-02-06	HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data 2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629494 PMID:39763944	研究论文	本文介绍了一个名为HapCNV的综合统计框架，用于在单细胞或低细胞DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测	HapCNV框架通过构建新型基因组位置特异性伪参考，使用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留了常见的CNV，从而在CNV检测中表现出色，特别是在短CNV的检测上	虽然HapCNV在模拟和真实寄生虫数据集中表现出色，但其在更广泛的应用场景和不同生物样本中的普适性仍需进一步验证	开发一种适用于单细胞或低细胞DNA测序数据的CNV检测方法，以克服现有方法在单倍体基因组中的局限性	单细胞或低细胞DNA测序数据中的CNV	基因组学	NA	DNA测序	统计框架	DNA测序数据	模拟数据和真实寄生虫数据集
4299	2025-02-06	Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma 2025-Jan-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运规范的进化重构	利用单细胞转录组分析技术，比较了H. erythrogramma和Lytechinus variegatus的发育时间序列，揭示了胚胎模式中的多种进化变化	研究依赖于单细胞转录组数据，可能无法完全捕捉所有调控互作的变化	研究目的是识别发育机制中的进化变化，特别是在胚胎细胞命运规范方面	研究对象为海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个物种的胚胎细胞样本
4300	2025-02-06	GP73 reinforces cytotoxic T-cell function by regulating HIF-1α and increasing antitumor efficacy 2025-Jan-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009265 PMID:39762082	研究论文	本研究探讨了GP73在调节T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	揭示了GP73通过调节HIF-1α增强T细胞功能的新机制，为肿瘤免疫治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限，需要进一步验证	研究GP73在T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	小鼠T细胞和临床肿瘤患者的T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序、RNA测序、实时定量PCR、Western blotting、流式细胞术、Seahorse分析、葡萄糖摄取和L-乳酸分泌测定	GP73敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞代谢数据	小鼠模型和临床肿瘤患者的血液样本