单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4281	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
4282	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
4283	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
4284	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞
4285	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
4286	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
4287	2025-02-08	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并表征了三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群	首次在三阴性犬乳腺癌中识别出免疫抑制亚群，并揭示了其通过抗炎和M2样巨噬细胞等机制促进免疫逃逸的潜在途径	研究依赖于已发布的单细胞RNA测序数据集，样本量较小（30只犬），可能限制了结果的普适性	识别和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群，以揭示其免疫逃逸机制	三阴性犬乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	30只犬的样本
4288	2025-02-08	Idiopathic subglottic stenosis arises at the epithelial interface of host and pathogen 2023-May-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2945067/v1 PMID:37292825	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	首次利用单细胞RNA测序技术对iSGS患者的近端气道瘢痕进行无偏倚的细胞亚群表征，并详细描述了其分子表型，揭示了上皮细胞变化与微生物群位移、免疫激活和局部纤维化之间的关系	疾病罕见性和患者地理分布广泛限制了iSGS发病机制的实质性机制研究	研究特发性声门下狭窄（iSGS）的发病机制	特发性声门下狭窄（iSGS）患者的近端气道瘢痕组织	生物医学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	国际iSGS患者队列的致病性黏膜样本
4289	2025-02-08	Epitenon-derived cells comprise a distinct progenitor population that contributes to both tendon fibrosis and regeneration following acute injury 2023-Feb-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.30.526242 PMID:36778469	研究论文	本文通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，识别了一种源自腱外膜的双向祖细胞群，该细胞群在急性肌腱损伤后既参与腱周纤维化，也参与肌腱的再生愈合	首次识别出一种源自腱外膜的双向祖细胞群，并揭示了其在肌腱损伤愈合过程中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探索肌腱损伤愈合过程中细胞群的作用，以改善肌腱愈合的治疗方法	小鼠和人类的腱外膜细胞及腱周纤维化组织	生物医学	肌腱损伤	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型及人类腱周纤维化组织样本
4290	2025-02-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Feb-06, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	综述	本文综述了单细胞多组学技术的最新进展，包括其原理、历史发展以及不断扩展的多组学工具	单细胞多组学技术能够直接测量每个细胞的个体信号，显著增强了揭示细胞异质性的能力	NA	为研究者选择最适合其研究需求的单细胞多组学平台提供指导	正常和恶性造血系统中的遗传克隆性和转录异质性	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
4291	2025-02-07	The use of deidentified organ donor testes for research 2025-Feb-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70008 PMID:39912553	综述	本文讨论了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的情况	强调了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行研究的价值，特别是在人类睾丸发育和功能研究中的独特优势	使用去识别化的人类睾丸捐赠组织可能面临伦理和获取难度的问题	探讨人类睾丸发育和功能，以改进不育症的治疗和诊断	去识别化的人类睾丸捐赠组织	生殖医学	不育症	单细胞转录组和表观基因组分析	NA	组织样本	NA
4292	2025-02-07	An inducible mouse model of OI type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C > T mutation 2025-Feb-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	研究论文	本文开发了一种可诱导的小鼠模型，用于研究由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的病理机制	开发了一种新的可诱导小鼠模型，能够在不同发育阶段通过Cre表达来探索MALEP-IFITM5蛋白的致病效应	尽管模型解决了胚胎致死性问题，但仍需进一步研究以全面理解MALEP-IFITM5的分子机制	探索V型成骨不全症的病理机制，特别是由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的异常成骨	可诱导的Ifitm5flox c.-14C>T小鼠模型	分子生物学	成骨不全症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种Cre表达的小鼠模型
4293	2025-02-07	Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells 2025-Feb-05, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13813 PMID:39908990	研究论文	本文研究了染色体18q缺失如何影响人类胚胎干细胞（hESCs）向视网膜祖细胞分化的能力，并探讨了TGFβ信号通路在此过程中的作用	首次揭示了18q缺失通过影响TGFβ信号通路，导致hESCs在前后神经外胚层命运决定中的异常	研究仅限于实验室条件下的hESCs，未涉及体内环境或临床样本	探究染色体异常对hESCs分化能力的影响，特别是18q缺失对神经外胚层命运决定的作用	人类胚胎干细胞（hESCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具有复杂核型的hESCs细胞系
4294	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集
4295	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
4296	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
4297	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
4298	2025-02-07	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-Feb, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制	研究主要基于实验模型，尚未在临床样本中广泛验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
4299	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
4300	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型