单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4261	2025-02-16	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	研究论文	本文提出了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	MaxFuse通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，利用每种模态中的所有信息，在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	NA	开发一种能够在特征弱关联的情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	单细胞测序数据和空间组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间组学	MaxFuse	单细胞测序数据、空间组学数据	NA
4262	2025-02-16	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+腔上皮细胞在前列腺生长中的替代途径	揭示了SRD5A2缺失下ESR1+腔上皮细胞的增加及其在前列腺生长中的替代途径，为5ARI耐药机制提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对有限，需要进一步验证	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响及其在5ARI耐药机制中的作用	小鼠模型和人类前列腺活检样本	数字病理学	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
4263	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
4264	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
4265	2025-02-16	Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis 2023-08-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000 PMID:37097719	研究论文	本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联	通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限	探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系	小鼠肠道干细胞及其后代细胞	分子生物学	肠道癌症	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型
4266	2025-02-16	Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics 2023-05, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13802 PMID:36864750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠肠道中Lgr5肠道干细胞（Lgr5 ISCs）随年龄增长的功能变化及其对粘膜稳态的影响，并探讨了二甲双胍和雷帕霉素对衰老影响的逆转作用	揭示了衰老过程中Lgr5 ISCs的转录重编程如何延缓细胞沿隐窝-腔轴成熟的进程，并首次展示了二甲双胍和雷帕霉素在逆转这些衰老效应中的互补作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨衰老对Lgr5 ISCs功能的影响及其对上皮再生的影响，并测试老年保护药物对这些影响的逆转效果	小鼠肠道中的Lgr5 ISCs及其后代细胞	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠肠道细胞
4267	2025-02-16	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本文研究了内皮细胞通过JAG1-NOTCH4信号通路感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并阐明了其通过调节内皮细胞异质性增强动脉粥样硬化易感性的机制	研究主要基于动物模型和体外培养的内皮细胞，尚未在人体中进行验证	探讨内皮细胞感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和鼠的动脉以及培养的人冠状动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	猪和鼠的动脉样本以及培养的人冠状动脉内皮细胞
4268	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
4269	2025-02-15	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	本文探讨了心肌组织来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞的增殖	首次发现出生后第8天小鼠心肌组织来源的EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，影响心肌细胞增殖	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨心肌组织来源的EVs在心肌细胞增殖中的作用机制	小鼠心肌组织来源的EVs和巨噬细胞	细胞生物学	心血管疾病	生物信息学、高通量组学、单细胞分析	NA	单细胞测序数据	小鼠心肌组织样本
4270	2025-02-15	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-Feb-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中癌症干细胞（CSC）微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	首次通过高分辨率的空间和单细胞RNA测序技术，详细描绘了胃癌中CSC微环境的转录程序及其在肿瘤进展中的作用	研究样本量较小，仅包括32个人类胃黏膜组织，可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症干细胞微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	32个人类胃黏膜组织	数字病理学	胃癌	空间和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32个人类胃黏膜组织
4271	2025-02-15	Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes 2025-Feb-11, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303374928250130113050 PMID:39950480	研究论文	本研究通过生物信息学分析发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并分析其分子功能和潜在药物价值	首次发现MMP9作为肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并揭示其在炎症和免疫调节中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，分析其分子功能和潜在药物价值	肺腺癌和心肌梗死的基因表达数据	生物信息学	肺癌, 心血管疾病	生物信息学分析, WGCNA, PPI网络, LASSO, SVM-RFE, 单细胞测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的肺腺癌和心肌梗死数据集
4272	2025-02-14	DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells 2025-Mar, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12265 PMID:39648301	研究论文	本研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的作用及其通过调节Src激酶影响细胞生长、迁移和血管生成的功能	首次发现DRIM在血管内皮细胞中丰富表达，并揭示了其在调节Src激酶活性及下游信号通路中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证DRIM在血管生成中的具体作用	探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的功能及其分子机制	人类血管内皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序分析、蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用测定	NA	蛋白质数据、细胞成像数据	NA
4273	2025-02-14	Kushenol O Regulates GALNT7/NF-κB axis-Mediated Macrophage M2 Polarization and Efferocytosis in Papillary Thyroid Carcinoma 2025-Mar, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156373 PMID:39864368	研究论文	本研究探讨了kushenol O对甲状腺乳头状癌（PTC）细胞增殖和侵袭能力的影响及其潜在作用机制	首次揭示了kushenol O通过调节GALNT7/NF-κB轴介导的巨噬细胞M2极化和efferocytosis在PTC中的作用	研究主要基于细胞实验，缺乏体内实验验证	探讨kushenol O在PTC治疗中的潜在机制	甲状腺乳头状癌细胞	肿瘤免疫学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、EdU检测、CCK-8	NA	基因表达数据、细胞实验数据	PTC细胞系
4274	2025-02-14	A novel gene signature for predicting outcome in colorectal cancer patients based on tumor cell-endothelial cell interaction via single-cell sequencing and machine learning 2025-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42237 PMID:39944338	研究论文	本文通过单细胞测序和机器学习技术，开发了一种基于肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的新基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后	创新点在于结合单细胞RNA测序和机器学习算法，识别了与结直肠癌预后相关的肿瘤细胞与内皮细胞相互作用的分子特征，并开发了新的预后标志物	研究主要基于计算分析，缺乏实验验证，且样本来源和数据集的多样性可能影响结果的普适性	研究目的是通过分析肿瘤细胞与内皮细胞的相互作用，开发一种新的基因特征，以提高结直肠癌患者的预后预测精度	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤细胞和内皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法	RNA测序数据, 转录组数据	多个数据库中的结直肠癌患者样本
4275	2025-02-14	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-Feb-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本文介绍了一种名为HematoMap的工具，用于解析白血病的异质性和谱系异常	通过单细胞RNA测序数据和余弦距离算法，构建了正常造血过程的参考层次结构，并开发了LASSO评分模型来揭示AML和BCP-ALL患者的谱系异常	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受限于数据质量和样本量	理解白血病的细胞起源和疾病起始及发展的机制	急性髓性白血病（AML）和B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	LASSO评分模型	RNA测序数据	25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞
4276	2025-02-14	Characterization of ferroptosis-related genes in aplastic anaemia: an integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2025-Feb-12, Acta haematologica IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000543656 PMID:39938486	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，探讨了与再生障碍性贫血（AA）相关的铁死亡关键基因	首次在AA中整合使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关基因在AA中的作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于数据的质量和样本量	探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用	再生障碍性贫血患者和对照组的RNA测序数据	生物信息学	再生障碍性贫血	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
4277	2025-02-14	Analyzing and Validating the Role of Genes Related to Glucagon-like Peptide-1 Signaling in the Prognosis of Pancreatic Cancer 2025-Feb-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673367232250102015441 PMID:39945264	研究论文	本研究旨在开发与胰高血糖素样肽-1（GLP-1）信号相关的可靠预后工具，以指导胰腺癌（PC）的治疗	开发了一个基于GLP-1信号的RiskScore模型，用于评估胰腺癌的预后，并通过单细胞RNA-seq和免疫浸润分析验证了其有效性	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏差，且样本量有限	开发一个可靠的预后评估模型，以改善胰腺癌的诊断和治疗	胰腺癌患者	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq), CIBERSORT算法, ssGSEA方法, GSEA	RiskScore模型, nomogram模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	来自UCSCXena和GEO数据库的胰腺癌患者数据，GSE156405队列用于单细胞RNA-seq分析
4278	2025-02-14	Single Cell RNA Sequencing in Colorectal Cancer Immunology: Recent Updates, Application, and Emerging Challenges 2025-Feb-12, Current molecular medicine IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0115665240355043250130110501 PMID:39945269	综述	本文综述了单细胞RNA测序在结直肠癌免疫学中的最新进展、应用及面临的挑战	单细胞RNA测序技术的引入，使得研究者能够分析单个免疫细胞，克服了传统批量RNA测序的局限性，为癌症免疫反应和免疫治疗靶点的研究提供了新的视角	尽管单细胞RNA测序技术在癌症研究中展现出巨大潜力，但其在临床应用中仍面临技术和数据分析的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在结直肠癌免疫学中的应用及其在推动个性化免疫治疗发展中的潜力	结直肠癌及其免疫反应	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
4279	2025-02-14	Carboxylesterase 1-mediated endocannabinoid metabolism in skin: role in melanoma progression in BRafV600E/Pten-/- mice 2025-Feb-11, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00378-2 PMID:39934865	研究论文	本研究探讨了羧酸酯酶1（CES1）在皮肤中通过代谢内源性大麻素2-AG影响黑色素瘤进展的机制	首次证明了CES1在皮肤中的表达及其在黑色素瘤进展中的作用，提出CES1可能成为治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类黑色素瘤亚型的CES1表达模式仍需进一步验证	探讨CES1介导的2-AG代谢在黑色素瘤进展中的作用	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型中的黑色素瘤组织	肿瘤生物学	黑色素瘤	靶向代谢组学、化学蛋白质组学、活性蛋白质分析（ABPP）、靶向脂质组学、放射性示踪实验	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠模型	代谢物数据、蛋白质活性数据、单细胞RNA测序数据	BRafV600E/Pten-/-基因工程小鼠的黑色素瘤组织及正常皮肤组织
4280	2025-02-14	Contrasting cytotoxic and regulatory T cell responses underlying distinct clinical outcomes to anti-PD-1 plus lenvatinib therapy in cancer 2025-Feb-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.01.001 PMID:39889705	研究论文	本文通过单细胞转录组学和T细胞受体克隆型分析，比较了肝细胞癌（HCC）患者在抗PD-1联合lenvatinib治疗前后的T细胞反应，揭示了与临床疗效和耐药性相关的T细胞亚群	发现了肿瘤浸润的GZMK CD8效应/效应记忆T细胞（Teff/Tem）在联合治疗中的积极作用，以及未充分研究的KIR CD8 T细胞亚群和FOXP3 CD4调节性T细胞在非响应者中的富集	研究样本仅限于肝细胞癌患者，未涵盖其他类型的癌症	探索抗PD-1联合lenvatinib治疗在癌症中的免疫学机制	肝细胞癌（HCC）患者	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学，T细胞受体克隆型分析	NA	单细胞RNA测序数据	肝细胞癌患者治疗前后的T细胞样本