单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4241	2025-02-12	Dapagliflozin alleviated seizures and cognition impairment in pilocarpine induced status epilepticus via suppressing microglia-mediated neuroinflammation and oxidative stress 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114117 PMID:39889414	研究论文	本研究探讨了Dapagliflozin通过抑制小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，减轻癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的效果	首次揭示了Dapagliflozin通过抑制SGLT2调节小胶质细胞介导的神经炎症和氧化应激，对SE及其相关认知障碍的神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人类临床试验中验证	探讨Dapagliflozin对癫痫持续状态（SE）引起的癫痫发作和认知障碍的治疗效果	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞	神经科学	癫痫	单细胞转录组分析、免疫荧光染色、免疫组化、流式细胞术、Western blot、RT-qPCR、ELISA	NA	基因表达数据、行为数据、生化数据	雄性C57BL/6小鼠和BV2细胞
4242	2025-02-12	Exploring the dynamic responses of group 3 innate lymphoid cells at different times in response to LPS challenge 2025-Feb-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114162 PMID:39889415	研究论文	本研究探讨了第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）在不同时间对LPS挑战的动态响应	结合微阵列数据和单细胞RNA测序数据，分析了ILC3亚群的功能，并发现了肠道ILC3s可能迁移至肺部的证据	研究主要依赖于已有数据库的数据，缺乏实验验证	阐明ILC3s在急性炎症中对LPS挑战的动态响应	第3组先天性淋巴细胞（ILC3s）	免疫学	肺炎	微阵列数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、qRT-PCR	NA	基因表达数据	NA
4243	2025-02-12	Cardiac Reprogramming and Gata4 Overexpression Reduce Fibrosis and Improve Diastolic Dysfunction in Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Feb-11, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.067504 PMID:39673349	研究论文	本文研究了心脏重编程和Gata4过表达在保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中减少纤维化和改善舒张功能的效果	首次在HFpEF模型中验证了心脏重编程和Gata4过表达的治疗效果，并揭示了其通过抑制心脏成纤维细胞（CFs）激活来减少纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类CFs的效果仍需进一步验证	探讨心脏重编程和Gata4过表达在HFpEF中的治疗效果及其机制	Tcf21iCre/Tomato/MGTH2A转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞	心血管疾病	心力衰竭	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	转基因小鼠模型	基因表达数据	转基因小鼠和人类心脏成纤维细胞
4244	2025-02-12	Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor 2025-Feb-11, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00951g PMID:39679936	研究论文	本文介绍了一种新型微流控设备，结合多层互连Si/SiO控制电路，用于高效组合多个单细胞	引入了确定性单细胞组合反应器（DSCR）设备，通过局部电场实现单细胞的高效捕获和组合	NA	实现多个单细胞的高效组合，以促进单细胞转录组分析和细胞间相互作用的研究	PC3细胞	微流控技术	NA	微流控技术	NA	细胞图像	三组不同荧光染料标记的PC3细胞
4245	2025-02-12	Exploring Parkinson's through the Lens of Genomics and Bioinformatics 2025-Feb-10, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a041621 PMID:39929729	研究论文	本文探讨了基因组学和生物信息学在帕金森病研究中的应用，旨在揭示该疾病的分子机制并寻找新的治疗靶点	应用单细胞转录组学技术揭示了帕金森病中细胞类型特异性的失调和脆弱性，超越了多巴胺能神经元的损失	未具体提及研究的局限性	通过基因组学和生物信息学技术解析帕金森病的分子机制，寻找新的治疗靶点	帕金森病的遗传和分子机制	生物信息学	帕金森病	基因分型、基因组测序、转录组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	大规模人类群体或模式生物
4246	2025-02-12	Mapping T cell dynamics to molecular profiles through behavior-guided transcriptomics 2025-Feb-10, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01126-4 PMID:39930061	研究论文	本文介绍了一种名为行为引导转录组学（BGT）的扩展协议，用于整合T细胞活体成像数据与单细胞转录组学，以分析与动态T细胞行为相关的基因程序	BGT协议结合了BEHAV3D平台的活体成像数据和单细胞RNA测序技术，能够揭示与T细胞动态行为相关的分子驱动因素，从而发现新的生物标志物	该协议需要用户具备基本的细胞培养、成像和编程技能，且实验周期较长，需要一个月时间完成	研究目的是通过整合T细胞活体成像数据和单细胞转录组学，揭示与T细胞动态行为相关的分子机制，以增强癌症免疫治疗的疗效	研究对象为患者来源的肿瘤类器官（PDO）和工程化T细胞的共培养体系	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	图像、转录组数据	NA
4247	2025-02-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Feb-10, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	本文探讨了Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation在俱乐部细胞衰老中的关键作用，并提出了针对neddylation的策略可能逆转肺老化和俱乐部细胞衰老	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类中进行验证	研究KL在COPD中调节俱乐部细胞衰老和分化的机制	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	COPD患者的肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型
4248	2025-02-12	Exploring the co-morbid relationship between Alzheimer's disease and lung cancer in the 5xFAD transgenic mouse model 2025-Feb-10, Animal models and experimental medicine IF:3.8Q2 DOI:10.1002/ame2.12527 PMID:39930922	研究论文	本研究探讨了阿尔茨海默病（AD）与肺癌在5xFAD转基因小鼠模型中的共病关系	首次在5xFAD转基因小鼠模型中建立了AD与肺癌的共病模型，揭示了AD通过铁稳态失衡和氧化应激增加抑制肺癌进展的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类患者中验证	阐明AD如何抑制肺癌进展的机制	5xFAD转基因小鼠	数字病理学	阿尔茨海默病, 肺癌	单细胞测序, 分子病理分析	5xFAD转基因小鼠模型	病理图像, 分子数据	5xFAD转基因小鼠和野生型（WT）小鼠
4249	2025-02-12	CDK16+ Luminal Progenitor Cell-Like Tumor Cells Interacted with POSTN+ Cancer-Associated Fibroblasts Associate with Chemo-Resistance In Breast Cancer 2025-Feb-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401192 PMID:39930931	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了乳腺癌中CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用与化疗耐药性的关联	首次系统性地整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和公共基因表达数据，揭示了CDK16+肿瘤细胞与POSTN+癌症相关成纤维细胞的相互作用网络，为化疗耐药性提供了新的治疗靶点	研究主要基于单细胞转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示乳腺癌中肿瘤异质性和肿瘤微环境相互作用在化疗耐药性中的作用	乳腺癌患者和鼠模型中的肿瘤细胞和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、公共基因表达数据	175,825个单细胞转录组数据，来自接受新辅助化疗的乳腺癌患者的活检样本
4250	2025-02-12	uN2CpolyG-mediated p65 nuclear sequestration suppresses the NF-κB-NLRP3 pathway in neuronal intranuclear inclusion disease 2025-Feb-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02079-1 PMID:39920690	研究论文	本研究揭示了uN2CpolyG通过与p65直接相互作用并隔离p65，抑制NF-κB-NLRP3通路并损害自噬的分子机制	首次揭示了uN2CpolyG通过隔离p65抑制NF-κB-NLRP3通路的分子机制，为NIID提供了新的治疗靶点	研究主要基于细胞模型和果蝇模型，尚未在人体中进行验证	阐明uN2CpolyG与NF-κB-NLRP3通路之间的分子相互作用	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞模型、果蝇模型	分子生物学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	细胞模型、果蝇模型	基因表达数据	NIID患者的皮肤组织、HEK-293T和U87-MG细胞、果蝇模型
4251	2025-02-12	The Role of Jianpi Jiedu Recipe in Modulating the CRC Microenvironment 2025-Feb-07, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073339913241214051331 PMID:39931853	研究论文	本研究探讨了健脾解毒方（JPJDR）在调节结直肠癌（CRC）微环境中的作用及其机制	首次系统性地研究了JPJDR在CRC微环境中的调节作用，并发现其通过下调HMGB1和MT2A基因表达来调节CRC微环境	研究主要基于单细胞RNA测序数据和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨JPJDR在CRC治疗中的抗肿瘤机制	结直肠癌（CRC）微环境中的细胞类型，包括恶性CRC细胞、免疫细胞和基质细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	RNA测序数据	多个已发表研究中的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
4252	2025-02-12	Gene Expression Variations Induced by Sevoflurane in Glia and Glioma Cells and the Role of EPHA3 in Sevoflurane's Anti-Glioma Effect 2025-Feb-07, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673342409241230113947 PMID:39931981	研究论文	本研究通过分析七氟醚处理的单细胞转录组数据，揭示了七氟醚通过免疫炎症反应、神经元分化和血脑屏障维持等信号通路产生麻醉效应，并发现EPHA3基因在七氟醚抗胶质瘤效应中的关键作用	首次揭示了七氟醚通过影响DAAM2和EPHA3等基因表达来影响胶质瘤患者生存率，并发现EPHA3在七氟醚抑制胶质瘤细胞侵袭和迁移中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床验证	探讨七氟醚对神经系统疾病（如胶质瘤）影响的分子机制	胶质细胞和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4253	2025-02-12	Tgfβ signaling stimulates glycolysis to promote the genesis of synovial joint interzone in developing mouse embryonic limbs 2025-Jan-10, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq4991 PMID:39772668	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠胚胎膝关节原基，发现糖酵解基因在发育中的滑膜关节间区细胞中高度表达，并揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向间区细胞的转化	首次揭示了Tgfβ信号通过激活mTOR和Hif1α刺激糖酵解，促进软骨细胞向滑膜关节间区细胞的转化	研究主要基于小鼠胚胎模型，尚未在人类或其他动物模型中验证	研究滑膜关节间区细胞形成的分子机制	小鼠胚胎膝关节原基	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎膝关节原基
4254	2025-02-12	TDO2 + cancer-associated fibroblasts mediate cutaneous squamous cell carcinoma immune escape via impeding infiltration of CD8 + T cells 2025-Jan-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03921-0 PMID:39751882	研究论文	本研究探讨了TDO2在皮肤鳞状细胞癌（cSCC）相关成纤维细胞中的表达及其在免疫逃逸中的作用	首次报道了TDO2在cSCC相关成纤维细胞中的高表达及其通过抑制CD8+T细胞浸润介导免疫逃逸的机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索cSCC的发病机制及TDO2在其中的作用	皮肤鳞状细胞癌（cSCC）及其相关成纤维细胞	癌症研究	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型
4255	2025-02-12	Identification of EGR1 as a Key Diagnostic Biomarker in Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease (MASLD) Through Machine Learning and Immune Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S499396 PMID:39925925	研究论文	本研究通过机器学习和免疫分析，识别出EGR1作为代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的关键诊断生物标志物	首次结合机器学习方法和免疫分析技术，识别出EGR1作为MASLD的关键基因，并验证其在疾病发病机制中的重要作用	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别MASLD的有效诊断生物标志物，以帮助理解其发病机制	代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	机器学习	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	微阵列数据分析、单细胞RNA测序	LASSO、SVM、随机森林（RF）	基因表达数据	六个GEO数据集，包括训练集和验证集
4256	2025-02-12	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	本文提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图提取数据的局部结构信息，以提高聚类效果	创新性地将correntropy与PCA结合处理噪声和异常值，并引入超图提取局部结构信息，同时使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间的相似性信息，并引入稀疏约束以获得稀疏主成分	未提及具体的数据集规模或实验限制	提高单细胞RNA测序数据的聚类效果，促进对细胞异质性的理解	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
4257	2025-02-12	Crosstalk of SPINK4 Expression With Patient Mortality, Immunotherapy and Metastasis in Pan-Cancer Based on Integrated Multi-Omics Analyses 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S487126 PMID:39926372	研究论文	本文通过整合多组学分析，探讨了SPINK4表达与患者死亡率、免疫治疗和转移在泛癌中的相互作用	揭示了SPINK4在泛癌过程中的关键作用，特别是在肿瘤微环境、干细胞评分和化疗敏感性中的关联	研究主要基于TCGA数据集，可能缺乏对其他独立数据集的验证	探讨SPINK4在不同癌症类型中的具体功能和影响	泛癌患者和结肠腺癌细胞	生物信息学	癌症	多组学分析、单细胞测序、伤口愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的泛癌患者样本和结肠腺癌细胞系（HCT116和RKO）
4258	2025-02-12	Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells 2024-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01030-x PMID:39147984	研究论文	本文介绍了一种名为邻近测序的逐步操作流程，用于在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白质复合物	提出了一种新的邻近测序方法，能够在单细胞水平上同时测量多种蛋白质复合物，结合转录状态和细胞功能的测量	需要具备基础分子生物学和单细胞测序的专业知识，且整个流程需要大约16小时，分散在几天内完成	开发一种能够在单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和蛋白质复合物的方法，以研究转录状态与细胞功能之间的相互作用	单细胞中的mRNA、细胞外蛋白质和细胞外蛋白质复合物	单细胞测序	NA	邻近测序	NA	mRNA、蛋白质、蛋白质复合物	单细胞
4259	2025-02-12	Leveraging Single-Cell RNA-Seq to Generate Robust Microglia Aging Clocks 2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616811 PMID:39554035	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据开发并比较了生成微胶质细胞衰老时钟的计算方法	通过单细胞RNA测序数据开发微胶质细胞衰老时钟，提供了单细胞水平的衰老过程洞察	研究主要依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和多样性	开发并比较计算方法来建立稳健的微胶质细胞衰老时钟	微胶质细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督、基于频率的特征化方法	RNA测序数据	NA
4260	2025-02-12	Influence of Vitamin D Receptor Signalling and Vitamin D on Colonic Epithelial Cell Fate Decisions in Ulcerative Colitis 2024-Oct-15, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae074 PMID:38747639	研究论文	本文研究了维生素D受体信号和维生素D对溃疡性结肠炎中结肠上皮细胞命运决定的影响	揭示了维生素D-VDR信号轴在支持结肠上皮细胞分化中的重要作用，并提出了其作为治疗溃疡性结肠炎的新靶点	研究主要基于体外实验和患者样本，未进行大规模临床试验验证	探讨维生素D和维生素D受体信号在溃疡性结肠炎中的作用机制	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本	NA	溃疡性结肠炎	免疫组织化学、RNA表达阵列、单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9基因敲除	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	溃疡性结肠炎患者和健康个体的结肠活检样本