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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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4241 | 2025-02-07 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-Feb-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统计框架scRecover,用于区分单细胞RNA测序数据中的真实零值和假零值,并仅对假零值进行插补 | 提出了一种新的统计框架,能够有效区分单细胞RNA测序数据中的真实零值和假零值,并开发了新的插补工具scRecover | NA | 提高单细胞RNA测序数据中零值的区分和插补准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 零膨胀负二项模型,Good和Toulmin模型的修改版 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
4242 | 2025-02-07 |
Emerging technologies of single-cell multi-omics
2025-Feb-06, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2022.282557
PMID:39911109
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综述 | 本文综述了单细胞多组学技术的最新进展,包括其原理、历史发展以及不断扩展的多组学工具 | 单细胞多组学技术能够直接测量每个细胞的个体信号,显著增强了揭示细胞异质性的能力 | NA | 为研究者选择最适合其研究需求的单细胞多组学平台提供指导 | 正常和恶性造血系统中的遗传克隆性和转录异质性 | 分子生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
4243 | 2025-02-07 |
The use of deidentified organ donor testes for research
2025-Feb-06, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.70008
PMID:39912553
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综述 | 本文讨论了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行基础科学研究的情况 | 强调了使用去识别化的人类睾丸捐赠组织进行研究的价值,特别是在人类睾丸发育和功能研究中的独特优势 | 使用去识别化的人类睾丸捐赠组织可能面临伦理和获取难度的问题 | 探讨人类睾丸发育和功能,以改进不育症的治疗和诊断 | 去识别化的人类睾丸捐赠组织 | 生殖医学 | 不育症 | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 组织样本 | NA |
4244 | 2025-02-07 |
An inducible mouse model of OI type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C > T mutation
2025-Feb-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjaf022
PMID:39908237
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研究论文 | 本文开发了一种可诱导的小鼠模型,用于研究由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的病理机制 | 开发了一种新的可诱导小鼠模型,能够在不同发育阶段通过Cre表达来探索MALEP-IFITM5蛋白的致病效应 | 尽管模型解决了胚胎致死性问题,但仍需进一步研究以全面理解MALEP-IFITM5的分子机制 | 探索V型成骨不全症的病理机制,特别是由Ifitm5 c.-14C>T突变引起的异常成骨 | 可诱导的Ifitm5flox c.-14C>T小鼠模型 | 分子生物学 | 成骨不全症 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 多种Cre表达的小鼠模型 |
4245 | 2025-02-07 |
Loss of 18q Alters TGFβ Signalling Affecting Anteroposterior Neuroectodermal Fate in Human Embryonic Stem Cells
2025-Feb-05, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13813
PMID:39908990
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研究论文 | 本文研究了染色体18q缺失如何影响人类胚胎干细胞(hESCs)向视网膜祖细胞分化的能力,并探讨了TGFβ信号通路在此过程中的作用 | 首次揭示了18q缺失通过影响TGFβ信号通路,导致hESCs在前后神经外胚层命运决定中的异常 | 研究仅限于实验室条件下的hESCs,未涉及体内环境或临床样本 | 探究染色体异常对hESCs分化能力的影响,特别是18q缺失对神经外胚层命运决定的作用 | 人类胚胎干细胞(hESCs) | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具有复杂核型的hESCs细胞系 |
4246 | 2025-02-07 |
SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses
2025-Feb-04, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/spectrum.01933-24
PMID:39714149
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研究论文 | SCovid v2.0是一个更新的数据库,旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病(COVID-19)在不同组织中的分子特征 | SCovid v2.0相较于其前身,增加了全面的数据、实用的功能,并重建了分析流程,包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据,以及与其他人类冠状病毒的比较分析 | NA | 揭示COVID-19在不同组织中的分子特征,并进行与其他人类冠状病毒的比较分析 | COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集,涵盖15个组织的789个样本;1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据;7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集 |
4247 | 2025-02-07 |
Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Feb-04, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-03889-3
PMID:39901202
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌中三级淋巴结构(TLS)对免疫微环境的影响及其预后价值 | 通过多光谱荧光成像和单细胞转录组分析,揭示了TLS在胃癌免疫微环境中的空间分布和细胞间相互作用 | 样本量相对较小,特别是单细胞转录组分析仅涉及12个样本 | 研究胃癌中TLS对免疫微环境的影响及其预后价值 | 59名接受免疫治疗的胃癌患者和110名胃癌患者的免疫细胞浸润情况 | 数字病理学 | 胃癌 | 多光谱荧光成像、单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 图像、转录组数据 | 59名接受免疫治疗的胃癌患者和110名胃癌患者的免疫细胞浸润情况,单细胞转录组分析涉及12个样本 |
4248 | 2025-02-06 |
O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway
2025-Feb-04, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02126-w
PMID:39901237
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研究论文 | 本研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减少肺上皮细胞铁死亡的作用 | 揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减少铁死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,临床应用的直接证据尚需进一步验证 | 探索O-GlcNAcylation在减少肺缺血再灌注损伤引起的铁死亡中的作用 | 肺上皮细胞 | 生物医学 | 肺损伤 | 单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀(ChIP)实验、双荧光素酶报告实验 | Ogt1条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征(ALI/ARDS)患者的肺上皮细胞、Ogt1条件性敲除小鼠、缺氧/复氧(H/R)损伤诱导的TC-1细胞 |
4249 | 2025-02-07 |
Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes
2025-Feb-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97764
PMID:39898521
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探索了海马、海龙和海马鱼等鱼类进化适应性的发育遗传基础 | 首次创建了海湾海马鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱,揭示了其头部形状、无齿、皮肤盔甲和雄性怀孕等特征的发育遗传机制 | 研究仅限于海湾海马鱼,未来需要跨多个物种和发育阶段的研究来全面理解这些鱼类的进化创新 | 探索海马、海龙和海马鱼等鱼类进化适应性的发育遗传基础 | 海湾海马鱼胚胎 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 海湾海马鱼胚胎 |
4250 | 2025-02-07 |
Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq
2025-Feb-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01812-z
PMID:39899181
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研究论文 | 本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌(TNBC)预后模型,并探讨其临床和免疫相关性 | 通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq)数据,筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因,构建了一个新的预后模型 | 研究主要依赖于公开数据集,缺乏独立的外部验证队列 | 开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型,并评估其临床和免疫相关性 | 三阴性乳腺癌(TNBC)患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 预后模型 | RNA测序数据 | TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据 |
4251 | 2025-02-07 |
Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications
2025-Feb-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07461-w
PMID:39900972
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研究论文 | 本文介绍了一种优化的人类肺类器官基因转导方法,提高了转导效率,为肺研究和疾病模型研究提供了有力工具 | 通过物理破坏类器官增加表面积,并结合旋转接种法施加剪切力,显著提高了慢病毒载体在人类iPSC来源肺类器官中的转导效率 | NA | 优化人类iPSC来源肺类器官的基因转导方法,以研究肺发育和疾病模型中的特定细胞和分子机制 | 人类iPSC来源的肺类器官 | 生物医学工程 | NA | 慢病毒载体转导、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因和蛋白质表达数据 | NA |
4252 | 2025-02-07 |
SELP+ TEC:CD8+ T cell crosstalk associates with improved radiotherapy efficacy in cervical cancer
2025-Feb-03, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02244-7
PMID:39901166
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研究论文 | 本研究探讨了P-选择素(SELP)在宫颈癌(CC)肿瘤内皮细胞中的表达及其与放疗效果的关系 | 首次揭示了SELP在肿瘤内皮细胞中的表达与CD8 T细胞通过ACKR1-CCL5轴的相互作用,从而增强放疗效果 | 研究样本量有限,且机制研究仍需进一步验证 | 探讨SELP在宫颈癌中的表达及其对放疗效果的影响 | 205名接受放疗的宫颈癌患者的肿瘤组织样本,42,159个细胞的单细胞RNA测序数据,以及187名接受放疗的患者的批量RNA测序数据 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 205名宫颈癌患者的肿瘤组织样本,42,159个细胞的单细胞RNA测序数据,187名患者的批量RNA测序数据 |
4253 | 2025-02-07 |
EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer
2025-Feb-03, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03637-w
PMID:39901189
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研究论文 | 本文研究了上皮-间质转化(EMT)驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌(TNBC)治疗适应中的作用 | 首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性,并在化疗前产生罕见的预适应状态 | 研究仅基于体外模型,未涉及体内环境 | 探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用 | 三阴性乳腺癌(TNBC)细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个TNBC体外模型 |
4254 | 2025-02-07 |
Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas
2025-Feb, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110190
PMID:39638278
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应,揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达 | 首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达,并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类视网膜的缺氧反应 | 理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制 | 小鼠视网膜细胞 | 单细胞RNA测序 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠视网膜细胞 |
4255 | 2025-02-07 |
CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor
2025-Feb, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6374
PMID:39648412
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9筛选技术鉴定了FER作为肿瘤抑制基因的作用,并揭示了其在肿瘤发生和进展中的关键角色 | 首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术鉴定FER为肿瘤抑制基因,并揭示了其在肿瘤发生和进展中的具体机制 | 研究主要基于实验模型,尚未在临床样本中广泛验证 | 系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解,并开发早期诊断和疾病进展缓解策略 | FER基因及其在肿瘤发生和进展中的作用 | 肿瘤生物学 | 肿瘤 | CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
4256 | 2025-02-07 |
Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer
2025-Feb, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02917-y
PMID:39658606
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研究论文 | 本研究探讨了三阴性乳腺癌(TNBC)中三级淋巴结构(TLSs)对新辅助治疗(NAT)反应和免疫微环境特征的预测作用 | 首次结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光染色(mIF)和放射组学技术,评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境(TME)变化,并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统 | CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应,研究样本量未明确说明 | 探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用 | 三阴性乳腺癌(TNBC)患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫荧光染色(mIF)、放射组学 | NA | RNA测序数据、影像数据 | NA |
4257 | 2025-02-07 |
TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407408
PMID:39665254
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研究论文 | 本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞(VSMCs)向成纤维样细胞转分化中的关键作用,以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性 | 首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和VSMC谱系追踪研究,揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用,并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用 | 血管平滑肌细胞(VSMCs) | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
4258 | 2025-02-07 |
Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405749
PMID:39686623
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术,描绘了肝动脉灌注化疗(HAIC)后肝细胞癌(HCC)的多细胞生态系统 | 首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术,详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统,并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用 | 研究样本量有限,且未涉及长期随访数据 | 研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统 | 肝细胞癌(HCC)患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | 治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本 |
4259 | 2025-02-07 |
Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56623-1
PMID:39893178
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研究论文 | 本文介绍了ReDeconv算法,该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据标准化和批量RNA测序(bulk RNA-seq)细胞去卷积中 | ReDeconv算法引入了基于线性化转录组大小的计数(CLTS)标准化方法,纠正了标准每10K计数标准化通常误识别的差异表达基因,并通过正交验证确认 | NA | 提高单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(bulk RNA-seq) | ReDeconv算法 | RNA测序数据 | 合成数据集和真实数据集 |
4260 | 2025-02-07 |
Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70226
PMID:39902678
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探讨了抗MDA5阳性皮肌炎相关快速进展性间质性肺病(RP-ILD)患者外周和肺部免疫失调的机制 | 揭示了单核-巨噬细胞动态在抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD免疫病理中的关键作用,并提出了针对单核细胞招募和巨噬细胞激活的潜在治疗策略 | 样本量较小,仅涉及五名患者 | 深入了解抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者外周和肺部免疫失调的机制,探索潜在治疗靶点 | 抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者 | 免疫学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序,Luminex检测,流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 五名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞 |