单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4241	2025-02-03	Sp3 ameliorated experimental autoimmune encephalomyelitis by triggering Socs3 in Th17 cells 2025-Jan-28, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.051 PMID:39884649	研究论文	本研究探讨了Sp3在Th17细胞介导的实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用及其分子机制	揭示了Sp3通过上调Socs3抑制RORγt表达及Stat3和Smad2/3的磷酸化，从而改善EAE症状的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索Sp3对Th17细胞介导的EAE的影响及其分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型小鼠及Th17细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNA-seq数据分析、流式细胞术、ELISA、PCR、WB、免疫荧光和报告基因技术	NA	基因表达数据、细胞数据	Sp3+/+CD4Cre小鼠和Sp3+/-基因敲除小鼠
4242	2024-11-20	Long non-coding RNA H19X as a regulator of mononuclear cell adhesion to the endothelium in systemic sclerosis 2024-10-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae034 PMID:38305495	研究论文	研究H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达调节因子的功能	首次揭示了H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中作为内皮细胞粘附分子表达的调节因子	研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证	探讨H19X长非编码RNA在系统性硬化症血管病变中的功能	H19X长非编码RNA、内皮细胞、系统性硬化症患者皮肤活检	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、ELISA	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的内皮细胞
4243	2024-10-12	A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278980.124 PMID:39142810	研究论文	本文通过转录抑制后进行bulk和单细胞RNA测序，直接测量了秀丽隐杆线虫胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率，揭示了不同细胞类型和发育阶段的mRNA稳定性差异	首次在秀丽隐杆线虫胚胎中进行了时空分辨的mRNA降解速率的全转录组测量，并发现了mRNA降解速率与基因表达时间上的峰值相关	NA	研究胚胎发育过程中mRNA降解的时空模式及其对基因表达的调控作用	秀丽隐杆线虫胚胎中的mRNA降解速率	基因表达调控	NA	RNA测序	NA	转录组数据	秀丽隐杆线虫胚胎的全转录组数据
4244	2024-10-12	Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries 2024-Sep-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277066.122 PMID:39147582	研究论文	本文评估了在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上使用批量和单细胞变异检测方法的性能	本文首次系统地比较了批量和单细胞变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的性能，并发现了单细胞层面的变异检测在Chromium库中的局限性	本文主要集中在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上，未涵盖其他单细胞测序技术	评估不同变异检测方法在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库上的有效性和挑战	Chromium scRNA-seq和scATAC-seq库	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组数据	匹配的批量全基因组测序样本库
4245	2025-02-03	Developmental regulation of dermal adipose tissue by BCL11b 2024-Sep-19, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.351907.124 PMID:39266447	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了小鼠胚胎发育过程中真皮白色脂肪组织（dWAT）的发育调控机制，发现BCL11b通过调节Wnt信号微环境促进真皮脂肪细胞的分化	揭示了BCL11b在真皮脂肪组织发育中的调控作用，并阐明了不同解剖位置脂肪组织在胚胎发育和成年肥胖刺激下的不同调控途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	研究真皮脂肪组织的胚胎起源及其发育调控机制，以理解其在代谢疾病中的作用	小鼠胚胎发育过程中的真皮白色脂肪组织	发育生物学	代谢疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠胚胎发育过程中的细胞群体
4246	2025-02-03	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文通过分子研究分析了一名糖尿病肾病患者肾活检样本，揭示了肾小球新生血管化的分子特征	使用三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，揭示了标准组织病理学方法低估的肾小球周围新生血管化，并发现了与血管生成信号、内皮细胞增殖和存活以及新血管成熟和稳定性相关的基因表达特征	研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法推广到所有糖尿病肾病患者	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者肾小球新生血管化的分子特征，以补充和丰富肾活检的组织病理学诊断	一名66岁女性糖尿病肾病患者的肾活检样本	数字病理学	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1名患者的肾活检样本
4247	2025-02-03	Prostacyclin Mitigates Renal Fibrosis by Activating Fibroblast Prostaglandin I 2 Receptor 2024-02-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000286 PMID:38062563	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2（PGI2）及其受体PTGIR在肾脏纤维化和慢性肾病（CKD）进展中的作用	提供了PGI2在肾脏损伤/修复过程中通过减少纤维化和保护肾功能的新证据，并提出了PGI2/PTGIR作为CKD潜在治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	研究PGI2及其受体PTGIR在肾脏纤维化和CKD进展中的作用	PGI2、PTGIR、肾脏纤维化、慢性肾病	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	P tgis 和 Ptgir 缺陷小鼠模型及CKD患者的肾脏样本
4248	2025-02-03	Zika virus co-opts microRNA networks to persist in placental niches detected by spatial transcriptomics 2024-02, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2023.08.012 PMID:37598997	研究论文	本文研究了寨卡病毒如何通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在，并利用空间转录组学技术检测了这一现象	揭示了寨卡病毒通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在的机制，并发现增强微RNA和RNA干扰途径可以挽救寨卡病毒相关的病理变化	研究主要依赖于体外实验和动物模型，尚未在人类临床环境中验证	探讨寨卡病毒在胎盘中持续存在和复制的机制，以及微RNA和RNA干扰途径在其中的作用	人类和小鼠的胎盘组织	分子生物学	寨卡病毒感染	Argonaute高通量测序、紫外交联免疫沉淀、Visium空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	5个供体的人类胎盘培养物、3个寨卡病毒阳性的人类胎盘样本、2个未感染对照、20只小鼠母体（共187个胎儿样本）、14个小鼠胎盘
4249	2025-02-03	Computational cell-cell interaction technologies drive mechanistic and biomarker discovery in the tumor microenvironment 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103048 PMID:38142648	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术研究肿瘤微环境（TME）中细胞间相互作用（CCIs）的最新进展	利用scRNA-seq和ST技术揭示肿瘤微环境中的细胞间相互作用，推动肿瘤-免疫界面关键CCIs的发现	对肿瘤微环境中细胞异质性和相互作用伙伴的理解仍不完全，阻碍了完全药物反应的实现	研究肿瘤微环境中的细胞间相互作用，以发现可药物靶向的肿瘤生物标志物	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
4250	2025-02-03	Strategies for dissecting the complexity of neurodevelopmental disorders 2024-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2023.10.009 PMID:37949722	综述	本文综述了当前用于解析神经发育障碍复杂性的策略，包括模型生物、诱导多能干细胞、单细胞测序技术和大规模并行报告分析	强调了基于单细胞CRISPR的筛选技术，该技术能够高效、准确、高通量地进行细胞转录组的基因组研究	未提及具体的研究限制	解析神经发育障碍的复杂性	神经发育障碍	生物医学	神经发育障碍	高通量测序、单细胞测序、CRISPR筛选	NA	基因组数据、转录组数据	NA
4251	2025-02-03	Astrocyte ensheathment of calyx-forming axons of the auditory brainstem precedes accelerated expression of myelin genes and myelination by oligodendrocytes 2024-02, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25552 PMID:37916792	研究论文	本文研究了小鼠听觉脑干中形成杯状轴突的星形胶质细胞包裹现象，及其在少突胶质细胞髓鞘形成前的基因表达加速	首次证明小鼠MNTB中的星形胶质细胞在少突胶质细胞包裹和髓鞘压实之前广泛包裹生长的CH终末轴突	研究主要基于小鼠模型，可能不直接适用于人类	探讨早期出生后大脑发育中神经元和胶质细胞成熟之间的复杂相互作用，特别是髓鞘形成过程	小鼠内侧梯形体核（MNTB）中的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	NA	RNA-Seq, 电子显微镜3D成像	NA	基因表达数据, 3D图像数据	小鼠出生后第6天至第14天的组织样本
4252	2025-02-03	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本文研究了子宫内膜癌中错配修复（MMR）/微卫星不稳定性（MSI）状态的不一致性及其对治疗的影响	揭示了MMR表达异质性在子宫内膜癌中的重要性，特别是亚克隆或异质性MMR表达与高复发率及肿瘤侵袭性的关联	研究样本量有限，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态测试的一致性及其异质性因素	666例子宫内膜癌病例	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组织化学（IHC）、MSI测试、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	病理图像、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
4253	2025-02-03	Multi-omic analysis of human kidney tissue identified medulla-specific gene expression patterns 2024-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.10.024 PMID:37995909	研究论文	本文通过多组学分析揭示了人类肾脏髓质特有的基因表达模式	首次在成人肾脏中详细描述了髓质的基线基因表达和表观基因组特征，并整合了基因表达、染色质可及性和构象数据	样本量较小，仅来自五名男性患者的肿瘤邻近正常组织	研究肾脏髓质的基因表达和表观基因组特征，以理解其在肾脏功能和疾病中的作用	成人肾脏的皮质和髓质组织	基因组学	肾脏疾病	RNA-seq, ATAC-seq, Hi-C, 空间转录组学	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、染色质构象数据、空间转录组数据	五名男性患者的肾脏组织样本
4254	2025-02-03	Comprehensive Integration of Multiple Single-Cell Transcriptomic Data Sets Defines Distinct Cell Populations and Their Phenotypic Changes in Murine Atherosclerosis 2024-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320030 PMID:38152886	研究论文	本文通过整合多个单细胞转录组数据集，定义了小鼠动脉粥样硬化中的不同细胞群体及其表型变化	开发了一种基于报告基因表达量化的分类算法，用于研究平滑肌细胞向巨噬细胞表型的转分化	现有数据集的规模有限，且存在不一致或矛盾的结果，导致误解和争议	研究动脉粥样硬化的分子和遗传机制，解决单细胞RNA测序研究中报告结果不一致的问题	小鼠动脉粥样硬化中的细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序	分类算法	单细胞转录组数据	多个已发表的单细胞RNA测序数据集
4255	2025-02-03	Single-cell resolution of human airway epithelial cells exposed to bronchiolitis obliterans-associated chemicals 2024-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00304.2023 PMID:38084407	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，识别了暴露于与闭塞性细支气管炎（BO）相关化学物质后的人气道上皮细胞的转录组特征，以帮助解释BO的诱导机制	首次在单细胞分辨率下揭示了BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组变化，并识别了不同化学物质暴露下的功能通路差异	研究仅关注了两种化学物质（二乙酰和氮芥）的暴露，未涵盖其他可能的BO相关化学物质	揭示BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组特征，以解释BO的诱导机制	人气道上皮细胞	数字病理学	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	75,663个单细胞
4256	2025-02-03	Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00109.2023 PMID:37982169	研究论文	本研究探讨了肥胖如何影响内皮细胞的代谢表型，特别是线粒体基因表达	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了肥胖饮食导致脂肪内皮细胞氧化磷酸化基因表达减少，进而导致肠系膜和脂肪内皮细胞的表型趋同	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	理解肥胖对内皮细胞代谢表型的影响，特别是线粒体基因表达的变化	小鼠和人类的脂肪和肠系膜内皮细胞	分子生物学	肥胖	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脂肪和肠系膜内皮细胞，以及人类内脏脂肪的单核RNA测序数据
4257	2025-02-03	Distribution of P2Y and P2X purinergic receptor expression within the intestine 2024-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00108.2023 PMID:37987757	研究论文	本文研究了P2Y和P2X嘌呤能受体在肠道中的分布及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	通过单细胞RNA测序数据分析了P2嘌呤能受体在肠道中的表达，并使用人类肠道类器官验证了这些受体的功能	研究主要依赖于体外模型（如肠道类器官和细胞系），可能无法完全反映体内情况	探索嘌呤能受体在肠道上皮细胞中的表达及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	人类肠道上皮细胞、肠道类器官和肠道细胞系（T84、Caco2、HT29）	分子生物学	肠道炎症和感染性疾病	单细胞RNA测序（RNAseq）	NA	RNA测序数据	人类肠道类器官和三种肠道细胞系
4258	2024-10-04	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-Feb-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	研究探讨了人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）通过诱导粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌粒酶B并直接裂解肿瘤细胞，通过DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的失活，以及开发了一种可靠的平台用于ILC2s的2000倍扩增	研究主要集中在急性髓系白血病细胞和实体瘤模型，其他类型的肿瘤尚未涉及	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用	人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在肿瘤细胞裂解中的作用	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及急性髓系白血病细胞和实体瘤模型
4259	2024-08-05	A review of computational methods for predicting cancer drug response at the single-cell level through integration with bulk RNAseq data 2024-02, Current opinion in structural biology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.sbi.2023.102745 PMID:38109840	review	本综述探讨了通过整合大规模 RNAseq 数据预测单细胞级别癌症药物反应的计算方法	综述了利用大规模药物筛选生成特定癌细胞组药物敏感性的创新方法	缺乏将单细胞 RNA 测序知识转化为治疗策略的具体探讨	旨在通过整合数据来提升癌症药物的精准治疗策略	研究对象包括各种癌症药物对不同癌细胞群的反应	数字病理学	癌症	RNAseq	NA	NA	NA
4260	2025-02-03	Single-cell RNA sequencing of human prostate basal epithelial cells reveals zone-specific cellular populations and gene expression signatures 2024-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6227 PMID:37984408	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类前列腺基底上皮细胞在不同腺区中的细胞群体和基因表达特征	首次在前列腺基底细胞中识别出多个细胞群体和细胞类型特异性基因签名，这些签名可能在驱动前列腺疾病中起关键作用	研究主要基于体外培养的前列腺上皮细胞，可能无法完全反映体内情况	探讨前列腺基底细胞在不同腺区中的基因表达差异及其在前列腺疾病中的作用	人类前列腺基底上皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类前列腺和精囊的原代前列腺上皮细胞培养物