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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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4221 | 2025-10-06 |
Chemotaxis overrides the killing response in alloreactive CTLs, providing vascular immune privilege during cellular rejection
2025-Jul-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI155191
PMID:40435228
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研究论文 | 本研究揭示了在细胞排斥期间趋化作用如何通过引导细胞毒性T淋巴细胞远离内皮细胞来维持血管免疫特权 | 挑战了传统细胞内在免疫特权的观点,提出了细胞外在机制,证明趋化梯度能覆盖T细胞受体诱导的细胞毒性 | 研究主要基于肾脏移植模型,在其他器官或病理条件下的普适性需要进一步验证 | 探究移植排斥过程中血管免疫特权的机制 | 移植内皮细胞、细胞毒性T淋巴细胞、上皮细胞 | 免疫学 | 移植排斥 | 转录组学分析、单细胞RNA测序、活体显微镜、共培养实验 | NA | 基因表达数据、显微镜图像、临床活检数据 | 小鼠肾脏移植模型和人类肾移植活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4222 | 2025-10-06 |
Endocrine Resistance Score Based on Three Key Genes Predicts Prognosis and Reveals Potential Therapeutic Targets for ER+HER2- Breast Cancer
2025-Jul-15, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70100
PMID:40664624
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研究论文 | 本研究基于CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个关键基因构建内分泌抵抗评分,用于预测ER+HER2-乳腺癌预后并揭示潜在治疗靶点 | 首次发现CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个基因与内分泌抵抗相关,并构建了具有预后预测价值的评分系统 | 研究样本量有限,需要更大规模临床验证 | 探索ER+HER2-乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并开发预后预测工具 | ER+HER2-乳腺癌细胞系和患者组织样本 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,Cox回归分析 | nomogram模型 | 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
4223 | 2025-07-17 |
Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics
2025-Jul-15, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00877-4
PMID:40664743
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4224 | 2025-10-06 |
scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation
2025-Jul-15, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01220-1
PMID:40665101
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研究论文 | 提供scGPT在单细胞RNA测序数据中用于细胞类型分类的端到端微调协议 | 开发了基于scGPT基础模型的完整微调流程,实现了99.5% F1-score的高精度细胞类型注释 | 需要用户具备中等生物信息学知识,对Python和Linux有基本了解 | 解决单细胞研究中高分辨率细胞类型注释的挑战 | 视网膜单细胞数据集 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, scGPT | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4225 | 2025-07-17 |
Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy
2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03552-2
PMID:40665303
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
4226 | 2025-10-06 |
Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration
2025-Jul-15, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.70044
PMID:40665554
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研究论文 | 本研究首次揭示蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制 | 首次建立了光照条件与细胞重编程之间的分子联系,发现蓝光通过上调SHMT1基因加速细胞再生过程 | NA | 探究蓝光促进植物细胞重编程的分子机制 | 小立碗藓原生质体 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 新鲜分离原生质体(CK)、蓝光处理24小时(B24h)、白光处理24小时(W24h)三组样品 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4227 | 2025-10-06 |
Keratin 6A Overexpression in the Lymphovascular Invasion-Associated Tumor Subgroup Promotes Progression of Triple-Negative Breast Cancer
2025-Jul-14, Cancer research and treatment
IF:4.1Q2
DOI:10.4143/crt.2025.423
PMID:40665712
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研究论文 | 本研究探讨角蛋白6A在淋巴血管侵袭相关的三阴性乳腺癌亚群中的过表达及其促进肿瘤进展的机制 | 首次通过单细胞测序识别LVI阳性TNBC中的主导上皮细胞亚群,并发现KRT6A通过Wnt/β-catenin信号通路促进EMT和转移的新机制 | 未明确说明样本量大小,机制研究可能仍需进一步验证 | 研究三阴性乳腺癌中淋巴血管侵袭相关的上皮调节因子及其功能作用 | 三阴性乳腺癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞测序,转录组分析,免疫组化染色,CCK8,伤口愈合实验,Transwell实验,动物实验 | NA | 单细胞测序数据,转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4228 | 2025-10-06 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer
2025-Jul-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03080-3
PMID:40652419
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,揭示了胰腺癌肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系 | 首次将bulk RNA测序与单细胞RNA测序相结合系统分析胰腺癌肿瘤内异质性,构建了11基因预后模型并发现Galectin信号通路的关键作用 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 探索胰腺癌肿瘤内异质性的预后价值和治疗指导意义 | 胰腺癌患者 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | Cox回归分析,多种机器学习技术 | 转录组数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
4229 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer
2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04101-4
PMID:40650680
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和多组学分析建立甲状腺乳头状癌预后相关分子分型 | 首次基于肿瘤细胞分化状态构建甲状腺乳头状癌分子分型系统OSPTCC,并开发了7基因风险评分模型 | 样本量相对有限,单细胞数据仅来自11例患者,需要更大规模验证 | 改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测精度 | 甲状腺乳头状癌患者 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR, 多组学分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 11例PTC患者(158,577个细胞)的单细胞数据,501例TCGA-THCA队列数据,48例独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
4230 | 2025-10-06 |
Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes
2025-Jul-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03186-8
PMID:40652057
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研究论文 | 基于代谢相关基因开发并验证了预测黑色素瘤患者生存和免疫治疗获益的预后模型 | 首次基于代谢相关基因对黑色素瘤患者进行分子分型,并构建了包含五个特征基因的预后模型,同时结合单细胞RNA测序分析和体外实验验证 | 研究样本量有限,模型验证需要更大规模的前瞻性研究 | 开发预测黑色素瘤患者预后和免疫治疗反应的预后模型 | 皮肤 cutaneous 黑色素瘤(SKCM)患者 | 数字病理 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, western blot, 定量PCR, 免疫组化, siRNA干扰 | LASSO回归, COX回归, ResNet50, 弹性回归 | 基因表达数据, 病理图像, 单细胞测序数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4231 | 2025-10-06 |
Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution
2025-Jul-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9106
PMID:40644535
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究性别共享神经系统中单个神经元水平的分子性别二态性 | 首次在单神经元分辨率揭示性别共享神经系统的广泛分子二态性,发现触觉感受器等先前未知的神经元类型存在性别差异表达 | 研究仅限于成年雄性和雌雄同体,未涵盖其他发育阶段或性别类型 | 解析遗传性别如何塑造神经系统在单个神经元水平的分子结构 | 成年雄性和雌雄同体的性别共享神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年雄性和雌雄同体的性别共享神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4232 | 2025-10-06 |
Malevolent alliance of MYBL2hi cancer stem cell and SPP1+ macrophage confers resistance to neoadjuvant immunotherapy in bladder cancer
2025-Jul-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011319
PMID:40639849
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示了膀胱癌新辅助免疫治疗耐药的新机制 | 发现MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞之间的恶性同盟是膀胱癌免疫治疗耐药的关键机制 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探索膀胱癌新辅助免疫治疗耐药的分子机制 | 膀胱癌患者的外周血单核细胞、肿瘤组织、癌旁组织和转移淋巴结 | 数字病理 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间RNA测序, 多重免疫组化, 流式细胞术 | 小鼠原位膀胱癌模型 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 12例膀胱癌患者(2例未治疗,10例nICB治疗,含5例应答者和5例非应答者) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4233 | 2025-10-06 |
Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity
2025-Jul-09, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.06.014
PMID:40664217
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研究论文 | 通过整合血浆蛋白质组学和单细胞RNA测序数据,分析临床疟疾患者的系统生物学变化 | 首次将系统性蛋白质组变化与免疫细胞通讯和器官特异性反应联系起来,并识别出与疾病严重程度相关的11种蛋白质特征 | 研究对象为成人旅行者群体,样本代表性可能存在局限 | 理解疟疾的发病机制和宿主反应,改善临床管理和预防 | 成人旅行者中的急性恶性疟原虫疟疾患者 | 系统生物学 | 疟疾 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | NA | 血浆蛋白质数据,单细胞RNA测序数据 | 包含单细胞RNA测序数据的供体亚群 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4234 | 2025-10-06 |
Leucine-rich repeat-containing protein 19 suppresses colorectal cancer by targeting cyclin-dependent kinase 6/E2F1 and remodeling the immune microenvironment
2025-Jul-07, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107893
PMID:40656610
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研究论文 | 本研究揭示了富含亮氨酸重复序列蛋白19通过靶向CDK6/E2F1轴和重塑免疫微环境抑制结直肠癌的机制 | 首次阐明LRRC19通过调控CDK6/E2F1轴诱导细胞周期阻滞,并发现其对肿瘤免疫微环境的重塑作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究LRRC19在结直肠癌中的肿瘤抑制功能及其分子机制 | 结直肠癌组织和细胞系 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 定量PCR, 免疫组织化学, Western blotting, 流式细胞术, 双荧光素酶报告基因检测, 分子对接, 单细胞测序 | 异种移植模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | 来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
4235 | 2025-10-06 |
Emerging Techniques of Translational Research in Immuno-Oncology: A Focus on Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Jul-04, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132244
PMID:40647543
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综述 | 本文重点介绍免疫肿瘤学中用于改善非小细胞肺癌诊疗精度的新兴转化研究技术 | 聚焦人工智能、液体活检等创新诊断工具在解码肿瘤微环境相互作用机制中的应用 | NA | 优化非小细胞肺癌个性化治疗策略 | 非小细胞肺癌患者 | 自然语言处理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 液体活检 | 机器学习, 深度学习 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
4236 | 2025-10-06 |
Emerging Therapeutic Strategies Targeting GPX4-Mediated Ferroptosis in Head and Neck Cancer
2025-Jul-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136452
PMID:40650229
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综述 | 本文综述了靶向GPX4介导的铁死亡在头颈癌治疗中的新兴策略 | 系统阐述了GPX4在铁死亡中的核心调控机制及其在治疗耐药头颈癌中的靶向价值 | 药物递送、毒性和耐药机制等挑战仍需解决,目前主要基于临床前数据 | 探索靶向GPX4介导的铁死亡作为克服头颈癌治疗耐药的新策略 | 头颈癌及其治疗耐药亚型 | 肿瘤治疗学 | 头颈癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
4237 | 2025-10-06 |
Stratification of Hepatocellular Carcinoma Using N6-Methyladenosine
2025-Jul-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132220
PMID:40647517
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研究论文 | 本研究开发并验证了一个基于m6A相关基因的八基因风险模型,用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果 | 首次利用m6A相关基因构建肝细胞癌风险分层模型,并系统评估其与免疫治疗疗效的关联 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要更多前瞻性研究验证模型的临床应用价值 | 开发基于m6A相关基因的肝细胞癌预后和免疫治疗疗效预测模型 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,LASSO Cox回归,多元Cox回归,体外实验 | 风险评分模型 | 转录组数据,临床数据,单细胞转录组数据 | 485例HCC患者(TCGA-LIHC和GSE76427),外加ICGC外部验证队列 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
4238 | 2025-10-06 |
Current Landscape of Preclinical Models for Pediatric Gliomas: Clinical Implications and Future Directions
2025-Jul-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17132221
PMID:40647519
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综述 | 本文综述了儿童胶质瘤临床前模型的现状,重点介绍了各类模型在模拟肿瘤生物学和肿瘤微环境方面的进展 | 整合了包括患者来源脑类器官、基因工程小鼠模型和区域特异性中线类器官在内的多种创新模型,并应用单细胞RNA测序和空间转录组学等多组学平台 | NA | 推进儿童高级别胶质瘤的有效治疗方法开发 | 儿童高级别胶质瘤(pHGGs),特别是弥漫性中线胶质瘤(DMGs) | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,CRISPR-Cas9,脂质体介导的转染,PiggyBac质粒系统 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
4239 | 2025-10-06 |
Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2
2025-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02381-2
PMID:39313645
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研究论文 | 介绍SPLASH2,一种基于高效k-mer计数方法的快速可扩展实现,用于在多种测序技术和生物背景的大规模数据集中检测调控序列变异 | 基于高效k-mer计数方法实现快速可扩展的序列变异检测,支持多种测序技术和生物背景 | NA | 开发可扩展的无监督序列变异检测方法 | 原始测序读数 | 生物信息学 | 癌症 | k-mer计数,单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
4240 | 2025-10-06 |
Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView
2025-Jul, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02391-0
PMID:39375449
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研究论文 | 开发了一种名为PerturbView的光学池筛选技术,可在原代细胞和组织中进行多重图像表型筛选 | 利用体外转录在原位测序前扩增条形码,首次实现原代细胞和组织中的高多重表型筛选 | 未明确说明技术应用的样本规模限制或具体技术参数 | 开发适用于多种系统的光学池筛选技术 | 诱导多能干细胞衍生神经元、原代免疫细胞和动物模型肿瘤组织切片 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 原位测序、体外转录、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 光学池筛选、空间转录组学 | PerturbView | 基于体外转录条形码扩增的光学池筛选平台 |