单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4221	2025-02-04	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	本文探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共同调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM细胞可塑性和异质性调控中的组合作用，以及它们在肿瘤细胞类型和迁移中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类GBM中得到验证	研究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞	癌症研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	NA
4222	2025-02-04	MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612571 PMID:39345374	研究论文	本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用	揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制，特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制	胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞	神经肿瘤学	胶质母细胞瘤	CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、体外切片培养	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养	基因表达数据、蛋白质磷酸化数据	小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片
4223	2025-02-04	Reconstruction of single-cell lineage trajectories and identification of diversity in fates during the epithelial-to-mesenchymal transition 2024-Aug-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2406842121 PMID:39093947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和最优传输分析，重建了MCF10A细胞系中TGF-β诱导的上皮-间质转化（EMT）过程中不同细胞命运的历史轨迹，并识别了EMT过程中的多样性	使用最优传输分析重建单细胞谱系轨迹，并精确识别了EMT过程中基因表达上调的时间点，揭示了潜在的细胞周期调控靶点	研究依赖于TGF-β诱导的MCF10A细胞系，可能无法完全反映其他细胞类型或条件下的EMT过程	探索上皮-间质转化（EMT）过程中细胞命运的多样性和机制	MCF10A细胞系	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序，最优传输分析	NA	单细胞RNA测序数据	MCF10A细胞系中的单细胞
4224	2025-02-04	Benchmarking multi-omics integration algorithms across single-cell RNA and ATAC data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae095 PMID:38493343	研究论文	本文对12种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的三种整合任务进行了基准测试，通过定性可视化和定量指标评估了这些方法在六个主要方面的表现	首次系统地对多种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的表现进行了全面的基准测试，并提供了针对特定场景和任务选择合适方法的指南	研究仅针对单细胞RNA和ATAC数据，未涵盖其他类型的单细胞多组学数据	评估和比较不同多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的性能，为研究人员提供选择合适方法的指导	单细胞RNA和ATAC数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞RNA和ATAC数据	NA
4225	2025-02-04	scMLC: an accurate and robust multiplex community detection method for single-cell multi-omics data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae101 PMID:38493339	研究论文	本文提出了一种名为scMLC的单细胞多模态Louvain聚类框架，用于有效整合单细胞多组学数据进行细胞聚类	scMLC通过构建多层次的单模态和跨模态细胞网络，捕捉模态特异性和一致性信息，并采用鲁棒的多重社区检测方法获得可靠的细胞聚类	NA	解决单细胞多模态测序数据整合和细胞聚类的挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多模态测序技术	Louvain聚类框架	单细胞多组学数据	七个真实数据集，同时测量基因表达和染色质可及性
4226	2025-02-04	Effective multi-modal clustering method via skip aggregation network for parallel scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae102 PMID:38493338	研究论文	本文提出了一种有效的多模态聚类方法scEMC，用于并行处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据	提出了一种跳跃聚合网络，同时学习细胞间的全局结构信息并整合来自不同模态的数据，通过跳跃连接将scRNA数据与聚合表示连接，以保护整合细胞表示的质量，并引入基于零膨胀负二项式的去噪自编码器以适应包含合成噪声的损坏数据	未明确提及具体限制	探索细胞亚群和肿瘤微环境	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据	生物信息学	肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	跳跃聚合网络, 零膨胀负二项式去噪自编码器	单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量
4227	2025-02-04	scGIR: deciphering cellular heterogeneity via gene ranking in single-cell weighted gene correlation networks 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae091 PMID:38487851	研究论文	本文介绍了一种名为scGIR的新算法，用于通过单细胞基因相关网络评估基因重要性，以解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题	提出了一种新的算法scGIR，利用加权基因相关网络和随机游走模型来评估基因重要性，有效克服了单细胞RNA测序中的技术噪声	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题，提高细胞类型识别和发育轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机游走模型，PageRank算法	基因表达数据	九个真实的单细胞RNA测序数据集
4228	2025-02-04	scDOT: enhancing single-cell RNA-Seq data annotation and uncovering novel cell types through multi-reference integration 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae072 PMID:38436563	研究论文	本文介绍了一种名为scDOT的创新细胞类型注释方法，通过整合多个参考数据集和发现新细胞类型来增强单细胞RNA-Seq数据的注释	scDOT引入了基于距离度量学习和最优传输的新优化框架，并开发了一个可解释的评分系统，用于精确识别数据中以前未见过的细胞类型	NA	解决单细胞RNA-Seq数据中细胞类型注释的挑战，特别是在处理多个参考数据集和识别新细胞类型时	单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq	距离度量学习和最优传输	单细胞RNA-Seq数据	使用了两组包含不同组织、测序技术和多样细胞类型的基准数据集
4229	2025-02-04	SPANN: annotating single-cell resolution spatial transcriptome data with scRNA-seq data 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad533 PMID:38279647	研究论文	本文提出了一种名为SPANN的注释方法，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞类型标签转移到新生成的单细胞分辨率空间转录组数据中，并从空间数据中发现新细胞	SPANN能够自动检测未见过的细胞类型中的新细胞，同时在已知细胞类型上保持高注释准确性，并找到空间转录组样本与RNA数据原型之间的映射，从而实现细胞类型级别的对齐	现有工具在整合两种数据模态时未明确考虑细胞类型映射，且缺乏检测新细胞的能力	开发一种计算工具，用于整合和注释单细胞分辨率空间转录组数据与scRNA-seq数据	单细胞分辨率空间转录组数据和scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	来自各种空间平台的数据集
4230	2025-02-04	Self-supervised deep learning of gene-gene interactions for improved gene expression recovery 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae031 PMID:38349062	研究论文	本文提出了一种自监督深度学习框架，通过利用基因间的相互作用来提高基因表达恢复的准确性	创新点在于将基因重新定位到二维网格中，以反映其相互作用关系，并采用自监督2D卷积神经网络提取这些相互作用的上下文特征，从而填补缺失的基因表达值	需要进一步验证在更广泛的实验数据集上的性能	提高单细胞RNA测序数据中基因表达恢复的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达值	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	2D卷积神经网络（CNN）	基因表达数据	模拟和实验scRNA-seq数据集
4231	2025-02-04	scAMAC: self-supervised clustering of scRNA-seq data based on adaptive multi-scale autoencoder 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae068 PMID:38426327	研究论文	本文提出了一种基于自适应多尺度自编码器的自监督聚类方法scAMAC，用于单细胞RNA测序数据的分析	scAMAC利用多尺度注意力机制融合自编码器各层的特征信息，探索同一尺度内的细胞相关性并捕捉不同尺度的深层特征，同时采用自适应反馈机制监督参数更新，获得更有效的细胞特征表示	NA	开发一种新的自监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自适应多尺度自编码器	单细胞RNA测序数据	NA
4232	2025-02-04	scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae018 PMID:38517692	研究论文	本文提出了一种名为scHybridBERT的新架构，用于通过整合时空嵌入和细胞图来提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	scHybridBERT架构结合了图学习模型和Performer模型，以处理细胞图和时空嵌入，从而在单细胞聚类任务中提高了准确性	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scHybridBERT, 图学习模型, Performer模型	基因计数矩阵	基准scRNA-seq数据集
4233	2025-02-04	GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad529 PMID:38261340	研究论文	本文提出了一种名为GMFGRN的新方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中准确推断基因调控网络（GRNs）	GMFGRN结合了矩阵分解和图神经网络（GNN），通过学习基因的代表性嵌入来推断转录因子-基因对的相互作用，显著提高了推断的准确性和效率	NA	提高从scRNA-seq数据中推断基因调控网络的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	八个静态scRNA-seq数据集和四个时间序列数据集
4234	2025-02-04	Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.03.560700 PMID:37873349	研究论文	本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响	发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证	探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响	小鼠和人类肾脏内皮细胞	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类肾脏样本
4235	2025-02-03	Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232123 PMID:39888328	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了Cd34和Dpt作为肝成纤维细胞特异性基因，并揭示了它们在肝纤维化和肝内胆管癌中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	小鼠肝脏中的成纤维细胞	生物医学	肝纤维化, 肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肝脏组织样本
4236	2025-02-03	Identify and analyze ferroptosis-related molecular modules and immune signatures in epilepsy using microarray-based transcriptome profiling and single-cell sequencing 2025-Mar-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149227 PMID:39848347	研究论文	本研究通过微阵列转录组分析和单细胞测序技术，识别并分析了癫痫中铁死亡相关分子模块和免疫特征	首次结合机器学习算法和单细胞测序技术，揭示了癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫特征，并建立了癫痫诊断模型	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索癫痫中铁死亡相关基因的分子机制和免疫特征	癫痫患者的血液和脑组织样本	生物信息学	癫痫	微阵列转录组分析, 单细胞测序, RT-qPCR, Western Blot	机器学习算法	转录组数据, 单细胞数据	来自GEO数据库的癫痫患者血液和脑组织数据集
4237	2025-02-03	Combining T cell receptor sequencing and transcriptomics to characterize tissue-resident T cells from human gut biopsies 2025-Feb-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151353 PMID:39837221	研究论文	本研究结合T细胞受体测序和转录组学技术，对人类肠道活检组织中的组织驻留T细胞进行表征	首次将流式细胞术、TCR测序和转录组学结合，分析来自批量分选的T细胞和单细胞的T细胞库，提供了特定T细胞的特异性和功能信息	研究样本量有限，且仅针对特定炎症条件下的活检样本	研究胃肠道T细胞在黏膜免疫中的作用，特别是在炎症条件下的T细胞反应	来自胃、结肠的活检样本及血液样本，患者包括有和无与糜烂性胃炎相关的炎症	免疫学	胃肠道疾病	NGS, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因表达数据, TCR序列数据	来自胃、结肠的活检样本及血液样本，具体数量未明确
4238	2025-02-03	Targeted FTO knockout in endothelial cells Boosts adhesion and lowers inflammatory infiltration to alleviate pulmonary arterial hypertension 2025-Feb-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151339 PMID:39869947	研究论文	本研究探讨了内皮细胞特异性FTO敲除对肺动脉高压（PAH）发展的影响	首次揭示了内皮细胞中FTO的缺失通过减少内皮细胞粘附和炎症细胞浸润来缓解缺氧诱导的PAH	研究主要集中在内皮细胞，未涉及其他细胞类型或整体动物模型的长期效果	探讨FTO在内皮细胞功能和PAH中的作用	内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4239	2025-02-03	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-Feb-02, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	本文研究了机械刺激对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械传导中的作用	研究主要基于大鼠模型，人类样本的研究较少	探讨机械刺激对牙周韧带基因表达的影响及Mkx的作用	大鼠和人类的牙周韧带细胞	生物医学	牙周疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	大鼠牙周韧带细胞（0天、1周、2周）和人类牙周韧带细胞
4240	2025-02-03	Combining Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization to Explore Novel Drug Targets for Parkinson's Disease 2025-Jan-31, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04700-3 PMID:39890696	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，探索帕金森病的新药物靶点	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，系统地探索了帕金森病中T细胞相关基因的因果效应，并提出了新的药物靶点	需要进一步的实验验证和临床试验来确认这些药物靶点的有效性	探索帕金森病的新药物靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq), 孟德尔随机化 (MR), GWAS	NA	RNA测序数据	帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞样本