单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4221	2025-02-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	研究论文	本文介绍了ReDeconv算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和批量RNA测序（bulk RNA-seq）细胞去卷积中	ReDeconv算法引入了基于线性化转录组大小的计数（CLTS）标准化方法，纠正了标准每10K计数标准化通常误识别的差异表达基因，并通过正交验证确认	NA	提高单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	ReDeconv算法	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
4222	2025-02-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了抗MDA5阳性皮肌炎相关快速进展性间质性肺病（RP-ILD）患者外周和肺部免疫失调的机制	揭示了单核-巨噬细胞动态在抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD免疫病理中的关键作用，并提出了针对单核细胞招募和巨噬细胞激活的潜在治疗策略	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者外周和肺部免疫失调的机制，探索潜在治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关RP-ILD患者	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序，Luminex检测，流式细胞术	NA	RNA序列数据	五名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞
4223	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4224	2025-02-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用，特别是通过激活巨噬细胞促进Th2炎症	研究主要依赖于已发表的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和可用性	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的角色	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	mRNA数据	特应性皮炎患者及非过敏性健康个体的皮肤病变和外周血单核细胞样本
4225	2025-02-07	Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling 2025-Jan-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010 PMID:39909047	研究论文	本文探讨了肺组织驻留的c-Kit+细胞分化为微血管内皮细胞对缓解肺血管重塑的作用	揭示了肺组织驻留的c-Kit+细胞通过分化为成熟内皮细胞在肺血管重塑中的保护作用，并提出了通过靶向NR2F2表达来逆转肺血管重塑的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肺组织驻留的c-Kit+细胞在肺血管重塑中的作用及其潜在治疗策略	肺组织驻留的c-Kit+细胞及其分化为内皮细胞的潜力	生物医学	肺血管疾病	遗传谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SU5416/缺氧（SuHx）诱导的肺血管重塑小鼠模型	基因表达数据	肺血管重塑小鼠模型及肺高压患者样本
4226	2025-02-07	Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology 2025-Jan-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025 PMID:39842636	研究论文	本文通过空间转录组学、多重免疫组化和双重标记技术，研究了早期和晚期胎盘的分子和细胞特征，揭示了人类生殖过程中免疫调节的新机制	发现了胚胎滋养层在植入前早期表达免疫检查点蛋白，揭示了胎儿和母体免疫系统之间的免疫反应机制，并提出了胎儿驱动的免疫平衡机制	研究主要基于正常和异位妊娠以及动物模型，可能无法完全代表所有人类妊娠情况	研究胎盘在早期和晚期的分子和细胞特征，以更好地理解人类生殖过程中的免疫调节	早期和晚期胎盘、正常和异位妊娠、动物模型	生殖免疫学	NA	空间转录组学(ST)、多重免疫组化、双重标记（免疫组化和荧光原位杂交(FISH)）	NA	组织、细胞、蛋白质和分子水平的数据	正常和异位妊娠样本及动物模型
4227	2025-02-07	Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620550 PMID:39554066	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，分析了21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片，以绘制老年人大脑背外侧前额叶皮层中长链非编码RNA（lncRNA）的空间表达图谱	首次系统地绘制了老年人大脑中lncRNA的空间表达图谱，并揭示了lncRNA在阿尔茨海默病（AD）发病机制中的潜在功能作用	研究样本量相对较小，且仅限于背外侧前额叶皮层，可能无法全面反映整个大脑中lncRNA的表达情况	探索lncRNA在老年人大脑中的空间表达及其在阿尔茨海默病发病机制中的作用	21名ROSMAP参与者的78个死后大脑切片	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组学	统计建模	RNA表达数据	78个死后大脑切片，来自21名ROSMAP参与者
4228	2025-02-07	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2025-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012855 PMID:39869679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了西尼罗河病毒（WNV）感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异，特别是肠内分泌细胞（EE）中病毒RNA的高水平复制	未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调，且研究仅限于库蚊中肠，未涉及其他组织或物种	研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	库蚊中肠细胞
4229	2025-02-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	本文分析了PAX6和LHX2这两个在哺乳动物大脑皮层发育中起基础作用的转录因子的下游靶标	通过比较PAX6和LHX2的染色质占据和转录失调，揭示了它们在神经发生过程中可能通过部分非重叠的途径进行调控	研究主要基于单细胞RNA-seq数据集，可能未涵盖所有相关细胞类型或发育阶段	探讨PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶标	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
4230	2025-02-07	Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82406-7 PMID:39732739	研究论文	本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物	使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少	揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Single Cell Variational Inference (scVI)	基因表达数据	C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本
4231	2025-02-07	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	本文研究了心脏骤停和复苏后早期炎症和神经学结果与多样化NKT细胞的关系	首次发现多样化NKT细胞在心脏骤停后神经保护中的作用，并提出了通过增强dNKT细胞数量或功能来治疗心脏骤停的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大量心脏骤停患者和小鼠模型
4232	2025-02-07	STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae670 PMID:39715685	研究论文	本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积	STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示	尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证	提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构	空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据）	数字病理学	NA	空间转录组技术	CGAN（循环一致性生成对抗网络）	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	五个模拟和真实数据集
4233	2025-02-05	Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf064 PMID:39902583	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4234	2025-02-07	Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-06001-z PMID:39441216	研究论文	本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型	首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性	未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力	开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估	乳腺癌患者	机器学习	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SuperPC模型	RNA测序数据	NA
4235	2025-02-07	A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6 2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05995-w PMID:39441229	研究论文	本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型	通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证	深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞	机器学习	乳腺癌	差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	乳腺癌相关数据集和MCF7细胞
4236	2025-02-07	Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics 2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.05.611566 PMID:39314329	研究论文	本研究利用空间转录组学（ST）和免疫组化（IHC）技术，揭示了阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞之间的相互作用	首次结合空间转录组学和免疫组化技术，系统地分析了AD患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用，并揭示了不同胶质细胞状态在斑块周围的免疫反应中的作用	研究样本量较小，仅涉及21名个体的78个脑切片，且所有样本均为死后脑组织，可能无法完全反映活体情况	研究阿尔茨海默病（AD）患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用及其对神经退行性变的影响	21名AD患者的78个死后脑切片	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、免疫组化（IHC）	NA	转录组数据、图像数据	21名个体的78个脑切片，共258,987个ST点
4237	2025-02-07	Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights 2024-Sep-04, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09890-y PMID:39230578	研究论文	本研究对富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）进行了细胞组成、生长因子动力学和转录组学的深入分析	首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上对L-PRF进行了综合表征	研究仅限于体外实验，未涉及体内应用效果	深入了解L-PRF的组成及其在组织修复中的潜在机制	富含白细胞和血小板的纤维蛋白（L-PRF）	生物医学工程	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA	NA	细胞数据、转录组数据、蛋白质数据	4个样本用于流式细胞术，5个样本用于单细胞RNA测序
4238	2025-02-07	A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat 2024-09, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13803 PMID:38798051	研究论文	本文介绍了如何将Seurat这一R包从单细胞RNA测序分析扩展到高维流式细胞术数据分析，并识别出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群	将Seurat这一原本用于单细胞RNA测序分析的R包，创新性地应用于高维流式细胞术数据分析，并成功识别出脐带血中独特的T细胞亚群	尽管Seurat在流式细胞术数据分析中表现出色，但其灵活性和互操作性仍需进一步验证和改进	探索高维流式细胞术数据的全面和无偏分析方法，并识别脐带血中独特的T细胞亚群	成人血液和脐带血中的T细胞	临床免疫学	NA	流式细胞术, 单细胞RNA测序	Seurat, Spectre	流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据	成人血液和脐带血样本
4239	2025-02-07	Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV 2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research IF:3.1Q2 DOI:10.1089/can.2023.0139 PMID:38252549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者接受至少1个月CBD治疗后外周血单核细胞中的基因表达变化	首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示了CBD治疗与髓系细胞中抗炎基因表达特征之间的关联	样本量较小（仅3名HIV感染者），且未设置安慰剂对照组	探究CBD治疗对HIV感染者外周血单核细胞基因表达的影响	HIV感染者的外周血单核细胞	生物信息学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名HIV感染者的约41,000个外周血单核细胞
4240	2025-02-07	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	研究论文	本文通过建立基因工程小鼠模型，研究了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）的分子异质性和细胞命运异质性，揭示了其与小细胞肺癌（SCLC）的相似性	首次建立了高转移性ONB的基因工程小鼠模型，并揭示了ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运异质性上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究嗅觉神经母细胞瘤的分子异质性和细胞命运异质性，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	分子生物学	嗅觉神经母细胞瘤，小细胞肺癌	基因工程小鼠模型，单细胞转录组学	基因工程小鼠模型	基因表达数据，单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本