单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4201	2025-03-18	MolGene-E: Inverse Molecular Design to Modulate Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.638723 PMID:40060426	研究论文	本文介绍了一种名为MolGene-E的深度生成框架，用于利用单细胞转录组数据设计新药物分子	MolGene-E结合了两种新模型：一种能够协调和去噪化学扰动的批量和单细胞转录组数据的跨模态模型，以及一种基于对比学习的生成模型，能够根据转录组数据生成新分子	单细胞组学数据具有噪声、异质性、稀缺性和高维性，这为机器学习方法的应用带来了挑战	开发一种能够利用单细胞转录组数据设计新药物分子的机器学习方法	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞转录组学	深度生成模型	单细胞转录组数据	NA
4202	2025-03-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2025-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6050441/v1 PMID:40034439	研究论文	本文提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的新方法，用于高效降维高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到包含10万多个位置的数据集，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算效率高的降维方法，以更好地理解组织结构和疾病进展的机制	人类和小鼠组织的高分辨率空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机空间主成分分析（RASP）	PCA	空间转录组数据	多种空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
4203	2025-03-18	EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636688 PMID:39975086	研究论文	本文介绍了一种名为EpiFoundation的基础模型，用于从单细胞ATAC-seq数据中学习细胞表示，通过创新的跨模态预训练过程解决数据稀疏性问题	EpiFoundation通过处理非零峰值集和利用密集基因表达信息监督预训练过程，创新性地解决了scATAC-seq数据的高维稀疏性问题	NA	开发专门针对单细胞ATAC-seq数据的基础模型，以解决数据稀疏性和峰值间相关性建模的挑战	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	基础模型	单细胞ATAC-seq数据	100,000+单细胞
4204	2025-03-18	Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764 PMID:38983858	研究论文	本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响	揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响	小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞	免疫学	过敏性气道疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	NA
4205	2025-03-17	Spatial transcriptomics combined with single-nucleus RNA sequencing reveals glial cell heterogeneity in the human spinal cord 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01876 PMID:38934400	研究论文	本文通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了人类脊髓中胶质细胞的异质性	首次在人类脊髓中应用高吞吐量单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞的分子异质性，并与小鼠数据进行了跨物种比较	研究主要局限于人类和小鼠的脊髓胶质细胞，未涉及其他物种或神经系统的其他部分	探索人类脊髓中胶质细胞的分子异质性及其在疾病中的作用	人类和小鼠脊髓中的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞	数字病理	神经退行性疾病	单核RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	人类和小鼠的脊髓样本
4206	2025-03-17	Exosomes originating from neural stem cells undergoing necroptosis participate in cellular communication by inducing TSC2 upregulation of recipient cells following spinal cord injury 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00068 PMID:38993124	研究论文	本文研究了脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用，并发现这些外泌体通过诱导受体细胞中TSC2的上调参与细胞通讯	首次揭示了神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在脊髓损伤后细胞通讯中的具体机制，特别是TSC2的上调作用	研究主要基于体外模型，尚未在体内模型中验证这些发现	探讨脊髓损伤后神经干细胞坏死性凋亡产生的外泌体在细胞通讯中的作用	神经干细胞及其外泌体	细胞生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、转录组测序	体外坏死性凋亡模型	RNA测序数据	16-17天胚胎小鼠的神经干细胞
4207	2025-03-17	Oligodendroglial heterogeneity in health, disease, and recovery: deeper insights into myelin dynamics 2025-Nov-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00694 PMID:39665821	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞在健康、疾病和恢复过程中的异质性，特别是通过单细胞RNA测序技术揭示了新的细胞状态，并提出了新的分类系统	通过单细胞RNA测序技术发现了少突胶质细胞谱系中的五种新细胞状态，并提出了新的分类系统，有助于更深入地理解少突胶质细胞在生理和病理环境中的作用	需要进一步的研究来验证这些新发现的细胞状态在不同疾病模型中的具体作用	研究少突胶质细胞在健康和疾病状态下的异质性，以及其在脱髓鞘疾病中的作用	少突胶质细胞谱系	生物医学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4208	2025-03-17	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	本文通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制了人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织图谱	结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CODEX技术，首次揭示了人类骨髓中非造血细胞的转录异质性及其与造血细胞的相互作用，并构建了空间解析的多组学图谱	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全捕捉细胞间的动态相互作用和功能变化	研究人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间组织，以揭示其在造血过程中的作用	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX成像	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的CODEX成像数据
4209	2024-08-07	Prediction of cell-cell communication patterns of dorsal root ganglion cells: single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Jun-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.384067 PMID:37905887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4210	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
4211	2025-03-17	Brief literature review and comprehensive bioinformatics analytics unravel the potential mechanism of curcumin in the treatment of periodontitis 2023-07-08, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-023-03181-x PMID:37422651	研究论文	本研究通过计算模拟揭示了姜黄素治疗牙周炎的潜在作用机制	通过单细胞分析和批量RNA测序数据的整合，结合分子对接和分子动力学模拟，揭示了姜黄素与CXCL1、FOS和CXCL8的结合模式	研究主要依赖于计算模拟，缺乏实验验证	揭示姜黄素治疗牙周炎的潜在机制	牙周炎	生物信息学	牙周炎	单细胞分析, 批量RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	基因表达数据	数据集GSE164241、GSE10334和GSE16134
4212	2025-03-16	Case report: single-cell transcriptome sequencing reveals the clonal origin of mature plasmacytoid dendritic cell proliferation in early T-cell precursor lymphoblastic leukemia 2025-Mar-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06301-5 PMID:40085211	病例报告	本文报告了一例69岁男性患者，通过单细胞转录组测序技术揭示了成熟浆细胞样树突状细胞增殖（MPDCP）与早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（T-ALL）的克隆起源	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了T-ALL原始细胞与浆细胞样树突状细胞（pDC）之间的转录连续性，表明这两种细胞类型之间可能存在发育关系	需要进一步研究以确认这些发现并探索其临床意义	探讨MPDCP与淋巴系统恶性肿瘤的关联及其细胞发育关系	69岁男性患者，患有早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病并伴有MPDCP	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	1例患者
4213	2025-03-16	Mature Megakaryocytes Acquire Immune Characteristics in a Mouse Model of Aplastic Anemia 2025-Mar-14, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015621 PMID:40086077	研究论文	本文探讨了在免疫性骨髓衰竭小鼠模型中，成熟巨核细胞获得免疫特性的现象	揭示了成熟巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的新角色，包括其作为抗原呈递细胞的能力和对T细胞的激活作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚不充分	研究巨核细胞在免疫性骨髓衰竭中的功能和特性	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞	血液学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序（scRNA-seq），电子显微镜	小鼠模型	基因表达数据，显微镜图像	小鼠模型中的巨核细胞和T细胞，以及再生障碍性贫血患者的样本
4214	2025-03-16	Mapping glioma progression: single-cell RNA sequencing illuminates cell-cell interactions and immune response variability 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01903-x PMID:40072722	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质瘤微环境的复杂性，特别是恶性胶质瘤细胞与巨噬细胞/单核细胞之间的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入分析了胶质瘤样本，识别了多种细胞亚群和巨噬细胞/单核细胞亚型，揭示了它们通过特定途径的相互作用，并开发了一个基于风险评分的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索胶质瘤微环境中恶性细胞与免疫细胞的相互作用及其对肿瘤进展和治疗反应的影响	胶质瘤细胞和巨噬细胞/单核细胞	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	预后模型	RNA-seq数据	来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本
4215	2025-03-16	Transcription factor networks and novel immune biomarkers reveal key prognostic and therapeutic insights in ovarian cancer 2025-Mar-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01788-w PMID:40074978	研究论文	本研究通过分析卵巢癌单细胞RNA测序数据，构建了一个基于转录因子调控网络的9基因风险模型，用于预测卵巢癌的预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序数据构建卵巢癌的转录因子调控网络，并开发了一个9基因风险模型，同时鉴定了三个新的免疫相关生物标志物	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量可能有限，且需要进一步验证模型在其他独立队列中的有效性	研究卵巢癌肿瘤微环境中的转录因子调控网络，开发预后预测模型并探索新的免疫治疗靶点	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞和转录因子	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR，免疫组化（IHC）	Lasso回归，ConsensusClusterPlus	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	未明确提及具体样本数量，但使用了138种GDSC数据库药物进行敏感性预测
4216	2025-03-16	Integrative whole slide image and spatial transcriptomics analysis with QuST and QuPath 2025-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00841-9 PMID:40075141	研究论文	本文介绍了一种名为QuST的QuPath扩展工具，用于在单细胞水平上整合全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）分析	提出了QuST工具，首次在单细胞水平上整合WSI和ST分析，为疾病生物学研究提供了新的视角	面临训练模式准备和分辨率差异等挑战	增强对疾病的理解，特别是在数字病理学领域	全切片图像（WSI）和空间转录组学（ST）数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	NA	图像和转录组数据	NA
4217	2025-03-16	Fatty acid metabolism shapes immune responses in chronic lymphocytic leukemia 2025-Mar-12, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00753-7 PMID:40075418	研究论文	本研究探讨了脂肪酸代谢在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的特征及其对免疫反应的影响，构建了相关的预后评分，并研究了脂肪酸代谢在CLL发展中的调控作用和机制	构建了基于脂肪酸代谢基因表达的预后风险评分，揭示了相关的免疫表型差异，并探索了脂肪酸氧化在CLL发展中的调控作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏对脂肪酸代谢在CLL中具体分子机制的深入实验验证	阐明脂肪酸代谢在CLL中的特征及其对免疫反应的影响，构建预后评分并探索其调控机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者和健康对照	肿瘤免疫学	慢性淋巴细胞白血病	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	Cox-LASSO回归	RNA测序数据	CLL患者和健康对照的RNA测序数据
4218	2025-03-16	From inflammation to remodelling: A novel BASP1+ monocyte subset as a catalyst for acute aortic dissection 2025-Mar-06, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.003 PMID:40057028	研究论文	本文研究了BASP1+单核细胞亚群在急性主动脉夹层（AAD）发展中的作用及其机制	首次揭示了BASP1+单核细胞亚群在AAD中的关键作用及其通过特定信号通路促进炎症和血管重塑的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证仍需进一步研究	探讨BASP1+单核细胞亚群在AAD发展中的作用及其机制	人类外周血和主动脉组织中的单核细胞/巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq, 免疫荧光, 激光散斑成像, 超声成像, Co-IP, ChIP测序	BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠	基因表达数据, 图像数据	人类外周血和主动脉组织样本, BASP1-CreER/Lyz2-DreER-tdT报告小鼠
4219	2025-03-16	Single-cell transcriptomics of clinical grade adipose-derived regenerative cells reveals consistency between donors independent of gender and BMI 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04234-4 PMID:40038777	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）的异质性，发现不同供体之间的ADRCs组成和质量具有高度一致性，不受性别和BMI的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面绘制了ADRCs的异质性图谱，并发现供体、性别和BMI对ADRCs组成的影响较小	研究仅基于两项细胞试验干预研究，样本量可能有限，且未探讨其他潜在影响因素	探讨供体、性别和BMI对脂肪来源再生细胞（ADRCs）组成和质量的影响	临床级脂肪来源再生细胞（ADRCs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	两项细胞试验干预研究中的ADRCs样本
4220	2025-03-16	Single-Cell RNA Sequencing Reveals an Atlas of Meihua Pig Testis Cells 2025-Mar-05, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15050752 PMID:40076035	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了梅花猪睾丸细胞的转录组图谱，并鉴定了不同发育阶段的细胞类型及其潜在标记基因	首次在梅花猪中应用单细胞RNA测序技术，构建了睾丸发育过程中生殖细胞和体细胞的单细胞发育图谱，并鉴定了精原细胞的候选标记基因TKTL1	研究仅限于梅花猪，未涉及其他物种或更广泛的样本	解析梅花猪睾丸发育过程中的细胞异质性及其转录组特征	梅花猪睾丸细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,839个梅花猪睾丸细胞