单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4201	2025-06-06	Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98620 PMID:39310107	research paper	该研究通过建立条件性敲除小鼠模型，揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能，发现其缺失会导致精子发生缺陷和雄性不育	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的功能	条件性敲除DIS3L2的小鼠模型	生殖生物学	不育症	bulk RNA-seq, scRNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	条件性敲除小鼠睾丸组织
4202	2025-06-06	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	本研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺失通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝癌发生的机制	揭示了Smad4在肝细胞中通过调控CXCL10/mTOR/LDHA通路增强CD8 T细胞糖酵解活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明Smad4在肝细胞中调控肝癌发生的具体作用机制	肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型和HCC患者样本	肿瘤免疫学	肝癌	免疫荧光、FACS、单细胞RNA测序	小鼠肝癌模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	未明确说明样本数量，包括基因工程小鼠和HCC患者样本
4203	2025-06-06	Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100417 PMID:39346541	研究论文	通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化及Nur77的参与	首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤的转录框架，并鉴定了关键分子Nur77的功能	研究样本量有限，仅包括核事故患者和辐射暴露大鼠的皮肤样本	阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制及潜在治疗靶点	人类皮肤样本和大鼠皮肤样本	数字病理	皮肤损伤	scRNA-Seq	NA	RNA序列数据	核事故患者的皮肤样本和辐射暴露大鼠的皮肤样本
4204	2025-06-06	Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99038 PMID:39431015	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，揭示了肺部和网膜结核肉芽肿的免疫微环境特征	首次利用空间转录组学技术分析了结核肉芽肿中细胞群体的空间分布和转录组特征，并鉴定了与肉芽肿形成相关的关键基因	样本量较小（仅4例临床活检样本），且未涉及其他器官的结核肉芽肿研究	解析结核肉芽肿形成和发展的核心转录组特征	结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织	数字病理	结核病	空间转录组测序	organoid-macrophage共培养模型	空间转录组数据	4例临床活检样本（2例结核感染，2例非结核对照）
4205	2025-06-06	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络	SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应	NA	改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法	小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	梯度提升和互信息方法	单细胞和空间转录组数据	整个小鼠单细胞图谱数据
4206	2025-06-05	Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278 PMID:40448976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，整合跨疾病的肺髓系细胞数据，揭示了体外模型中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的特征	研究验证了3D人类细胞培养模型作为更接近体内环境的模型，可用于临床前测试靶向巨噬细胞的新药	研究受限于缺乏已验证的人类临床前模型	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症治疗中的潜在作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D人类细胞培养模型	RNA测序数据	NA
4207	2025-06-05	RETRACTED: Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24280 PMID:38622820	研究论文	本研究通过分析Hippo信号通路与肿瘤免疫微环境(TME)的相互作用，探讨了骨肉瘤的分子基础及其预后标志物	鉴定了131个与Hippo通路相关的基因，并从中筛选出8个关键基因(DLG5、WNT11等)与患者预后显著相关，揭示了免疫逃避模式与不良预后的关联	研究基于公共数据集(TARGET-OS和GTEx)，可能需要更多独立样本验证	探索骨肉瘤的分子机制及预后标志物	骨肉瘤患者样本及其转录组数据	数字病理学	骨肉瘤	转录组数据分析、单细胞测序	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	转录组数据	TARGET-OS数据集和GTEx对照样本
4208	2025-06-05	RETRACTED: Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24243 PMID:38572681	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性	利用单细胞转录组测序技术深入探索食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境机制，并成功构建预后风险模型和筛选关键基因UPF3A	样本量相对较小，仅包括60个肿瘤样本和4个癌旁样本	研究食管鳞状细胞癌的致癌机制和潜在关键分子事件	食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	LASSO分析	单细胞RNA测序数据	60个肿瘤样本和4个癌旁样本
4209	2025-06-05	RETRACTED: Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24189 PMID:38476113	研究论文	本研究利用网络药理学探讨黄芪作为原发性肝癌新型治疗选择的潜力，揭示其分子和细胞机制	整合系统生物学、药物相互作用网络和毒理学视角，首次在单细胞分辨率下分析黄芪对肝癌的基因表达影响	研究结果需要进一步的体内实验验证	探索黄芪作为原发性肝癌治疗药物的潜在靶点和作用机制	黄芪及其活性成分对原发性肝癌细胞的影响	网络药理学	肝癌	scRNA-seq, UMAP, tSNE, 基因本体分析, KEGG通路分析, 基因集变异分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络, 分子对接	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	处理组与对照组各20个基因表达变化, 15个独特的细胞簇, 9个MT1相关细胞亚群, 5个通过SingleR包指定的细胞亚群
4210	2025-06-05	Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update 2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001085 PMID:40160177	综述	本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展，包括单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学，揭示了银屑病的细胞多样性及其在疾病进展中的关键作用	利用单细胞技术和空间转录组学揭示了银屑病中免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞亚型的作用，以及代谢失调在慢性炎症中的关键性	NA	探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对精准治疗的潜在影响	银屑病中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4211	2025-06-05	RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Jul, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24542 PMID:40358431	撤稿声明	该文章因提交和同行评审过程存在问题，且作者未回应验证肿瘤样本和细胞系来源的要求而被撤稿	NA	提交和同行评审过程被破坏，且作者未验证样本来源	NA	NA	NA	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
4212	2025-06-05	Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress 2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077 PMID:40397040	研究论文	研究探讨了花青素Malvidin通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激，从而缓解脂多糖诱导的急性肺损伤的作用	首次揭示了Malvidin通过JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激来缓解急性肺损伤的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估Malvidin对急性肺损伤的治疗效果并探究其作用机制	脂多糖诱导的急性肺损伤小鼠模型	生物医学	急性肺损伤	单细胞转录组学、药物靶点预测、RNA测序、分子对接和动力学模拟、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明小鼠数量
4213	2025-06-05	Cross-Analysis of Single-Cell Transcriptomic Datasets Reveals Conserved Neurogenic Gene Signatures and New Insights Into Neural Stem Cell Aging 2025-Jun-04, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70106 PMID:40464165	research paper	该研究通过跨分析单细胞转录组数据集，揭示了神经干细胞（NSCs）在神经发生和衰老过程中的保守基因特征和新见解	提出了新的标记物作为标准化参考，并通过伪时间推断分析探索了NSCs的时间动态及其向神经祖细胞的进展	研究中提到的NSCs分子分类和功能解析的挑战尚未完全解决	解决当前文献中细胞类型注释的不一致性，并提供一个研究NSCs不同状态的框架	海马成体神经干细胞（NSCs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	伪时间推断分析	转录组数据	公开可用的单细胞RNA测序数据集
4214	2025-06-05	Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation 2025-Jun-04, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01616-y PMID:40465018	研究论文	本研究通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟，分析了全氟和多氟烷基物质（PFAS）对乳腺癌的潜在靶点和作用机制	首次采用多组学整合方法揭示PFAS通过影响脂质代谢、氧化磷酸化和免疫调节等关键细胞过程促进乳腺癌发展的分子机制	研究主要基于计算模拟和组学分析，缺乏体内实验验证	探究PFAS促进乳腺癌发展的分子机制	全氟和多氟烷基物质（PFAS）及其对乳腺癌的影响	计算生物学	乳腺癌	网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学、分子模拟	PPI网络分析	组学数据	NA
4215	2025-06-05	Deciphering the temporal transcriptional landscape of human fetal leptomeninges 2025-Jun-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae397 PMID:39657259	研究论文	该研究通过单核RNA测序技术，揭示了人类胚胎发育过程中软脑膜的细胞异质性和转录组动态	首次全面描绘了人类胎儿软脑膜的转录组景观，识别了特定发育阶段的细胞亚群和分子标记，并比较了人类与小鼠的保守性	样本量较小（仅8个人类胚胎），且未涵盖胚胎发育的完整时期	探索人类胚胎软脑膜的发育和成熟过程	人类胚胎软脑膜组织	生物信息学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）、免疫染色	NA	RNA测序数据	8个人类胚胎的软脑膜组织
4216	2025-06-05	The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research 2025-Jun-03, Current diabetes reviews IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0115733998362669250424162654 PMID:40464182	综述	本文探讨了组学技术在2型糖尿病研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和基于LC-MS的蛋白质组学与代谢组学在揭示2型糖尿病分子机制中的创新应用	多组学数据整合仍面临挑战	探索组学技术对2型糖尿病研究的推动作用	2型糖尿病及其分子机制	生物医学	2型糖尿病	单细胞测序、LC-MS、蛋白质组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
4217	2025-06-05	A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study 2025-Jun-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673401081250523061057 PMID:40464186	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了线粒体功能障碍相关基因对糖尿病肾病的影响，并确定了与糖尿病肾病相关的基因，特别是那些具有显著遗传因果效应的基因	发现了7个与糖尿病肾病具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并深入研究了ACTN1作为治疗靶点的潜力	NA	探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	线粒体功能障碍相关基因及其在糖尿病肾病中的作用	多组学研究	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、SMR和MR分析、共定位分析、分子动力学分析、免疫荧光	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
4218	2025-06-05	TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279955.124 PMID:40210438	研究论文	本文介绍了一种名为TFcomb的计算方法，利用单细胞多组学数据识别重编程转录因子及其组合	TFcomb通过将重编程转录因子及其组合的识别建模为逆问题，并利用Tikhonov正则化保证解的泛化能力，同时设计图注意力网络增强基因调控网络	NA	开发一种计算方法，识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合	转录因子及其组合	计算生物学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	图注意力网络	单细胞多组学数据	人类胚胎干细胞数据和小鼠毛囊发育数据集
4219	2025-06-05	Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279857.124 PMID:40262896	研究论文	本文提出了一种名为stMLnet的方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及其信号反馈环路	stMLnet方法首次整合空间信息和多层信号调控机制，以识别空间转录组数据中的多层细胞间通讯信号反馈环路	NA	开发一种能够整合空间信息和复杂信号机制的工具，以推断功能性细胞间通讯	空间转录组数据中的多层细胞间通讯及其信号反馈环路	空间转录组学	COVID-19	seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq	扩散模型和质量作用模型	空间转录组数据	多种空间分辨率和基因覆盖率的ST数据，包括COVID-19感染的肺组织数据
4220	2025-06-05	STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data 2025-Jun-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280031.124 PMID:40355284	研究论文	本文提出了一种名为STCC的新型共识聚类框架，用于整合不同空间转录组学工具的结果，以提高空间域检测的准确性和稳定性	开发了STCC框架，通过多种共识策略整合现有工具的结果，显著提高了空间域检测的准确性和稳定性	未明确提及具体局限性，但可能包括对不同数据类型的适应性有待进一步验证	提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	共识聚类策略（Onehot-based, average-based, hypergraph-based, wNMF-based）	NA	空间转录组学数据	模拟数据和来自不同实验平台的真实数据