单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4201	2025-02-17	Long Non-Coding RNAs in Ovarian Cancer: Mechanistic Insights and Clinical Applications 2025-Jan-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030472 PMID:39941838	综述	本文综述了长链非编码RNA（lncRNA）在卵巢癌中的多面角色及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	强调了lncRNA在卵巢癌中的双重作用，既可作为致癌基因也可作为肿瘤抑制基因，并探讨了其在诊断和治疗中的潜力	综述性文章，缺乏原始实验数据支持	探讨lncRNA在卵巢癌发病机制中的作用及其在诊断和治疗中的应用潜力	卵巢癌中的长链非编码RNA（lncRNA）	癌症生物学	卵巢癌	单细胞测序、生物信息学、组学方法	NA	文献数据、组学数据	NA
4202	2025-02-17	Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030445 PMID:39941811	研究论文	本文利用基因微阵列数据训练了一个能够跨平台预测的模型，验证了性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	使用稳健的集成机器学习方法，训练了一个能够在RNA-seq和潜在的单细胞RNA-seq等多平台上进行预测的模型	预测特征集仅对女性患者有效，对男性患者的应用产生了意外结果	验证性别与胶质母细胞瘤治疗反应之间的关联	胶质母细胞瘤患者	机器学习	胶质母细胞瘤	基因微阵列数据、RNA-seq、scRNA-seq	集成机器学习	基因表达数据	NA
4203	2025-02-17	Stem cell expression of CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ 2025-Jan-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263451 PMID:39639824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光染色和谱系追踪技术，揭示了CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并探讨了其在犁鼻器组织组成中的作用	首次发现CXCR4在增殖干细胞和基底神经元谱系中的表达，并揭示了其在神经元成熟和非神经元细胞类型中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探讨CXCR4在犁鼻器组织组成和细胞分化中的作用	小鼠的犁鼻器组织	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠模型
4204	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
4205	2025-02-16	Cannabidiol restores hematopoietic stem cell stemness in mouse through Atf2-Lrp6 axis after acute irradiation 2025-Feb, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70092 PMID:39949985	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性辐射后通过Atf2-Lrp6轴恢复小鼠造血干细胞干性的作用	发现CBD通过上调Atf2转录因子恢复造血干细胞的干性，并揭示了Atf2-Lrp6轴在辐射损伤修复中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索CBD在急性辐射后对造血干细胞的保护作用及其分子机制	小鼠造血干细胞	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
4206	2025-02-16	Heterogeneity in Cancer 2025-Jan-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030441 PMID:39941808	综述	本文讨论了癌症异质性在诊断、预后和治疗中的临床意义，强调了需要个性化方法来克服癌症多样性的挑战	强调了新兴分子诊断和分析技术在理解癌症异质性多维复杂性中的作用，并探讨了异质性在治疗抵抗和转移性病变复发中的作用	NA	探讨癌症异质性对诊断、预后和治疗的影响，并探索克服这些挑战的个性化方法	癌症患者及其转移性病变	肿瘤学	癌症	下一代测序（NGS）、单细胞转录组学、液体活检技术、人工智能	NA	分子数据	NA
4207	2025-02-16	Deciphering the Role of Cancer Stem Cells: Drivers of Tumor Evolution, Therapeutic Resistance, and Precision Medicine Strategies 2025-Jan-24, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17030382 PMID:39941751	综述	本文全面分析了癌症干细胞（CSCs）在肿瘤进展、复发和传统治疗抵抗中的核心作用，并探讨了其在精准医学中的潜力	详细讨论了Wnt、Notch和Hedgehog等关键信号通路作为治疗靶点的潜力，并探索了CRISPR/Cas9和单细胞测序等新兴技术在解析CSCs异质性和指导治疗策略中的变革性潜力	讨论了CSCs驱动的肿瘤异质性和休眠带来的挑战，以及如何通过新型治疗和靶向方法缓解这些障碍	旨在通过多学科方法结合创新技术、先进治疗和协作研究，解决CSCs的复杂性，推动个性化医学的发展	癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境（TME）的动态相互作用	肿瘤学	癌症	CRISPR/Cas9, 单细胞测序	NA	NA	NA
4208	2025-02-16	Physical inactivity exacerbates pathologic inflammatory signalling at the single cell level in patients with systemic lupus 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105432 PMID:39531917	研究论文	本研究探讨了体力活动对系统性红斑狼疮（SLE）患者单细胞水平上病理炎症信号的影响	首次在SLE患者中通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析体力活动对免疫细胞频率和基因表达的影响，揭示了体力不足如何通过CD4+和CD8+ T细胞加剧病理炎症信号	研究依赖于自我报告的体力活动数据，可能存在偏差；样本量相对较小，且仅限于加州地区的患者	探讨体力活动对SLE患者免疫细胞频率和基因表达的影响，揭示体力活动改善SLE症状的机制	123名系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物医学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	123名SLE患者
4209	2025-02-16	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-Nov-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	本文开发了针对ROBO1和ROBO2的ECD的人源单克隆抗体，用于阻断SLIT-ROBO信号通路，从而抑制病理性眼血管新生	首次开发出能够抑制ROBO1和ROBO2信号传导的人源单克隆抗体，并证明其在抑制病理性眼血管新生中的有效性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究旨在开发新的药物工具，通过阻断SLIT-ROBO信号通路来抑制病理性眼血管新生	ROBO1和ROBO2的ECD，以及其在病理性眼血管新生中的作用	生物医学	眼科疾病	单克隆抗体开发，单细胞RNA测序	小鼠模型（氧诱导视网膜病变和激光诱导角膜新生血管模型）	RNA测序数据，病理学数据	小鼠模型中的视网膜和角膜样本
4210	2025-02-16	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	研究论文	本文提出了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	MaxFuse通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，利用每种模态中的所有信息，在特征弱关联的情况下实现高质量的数据整合	NA	开发一种能够在特征弱关联的情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	单细胞测序数据和空间组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序、空间组学	MaxFuse	单细胞测序数据、空间组学数据	NA
4211	2025-02-16	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响，揭示了ESR1+腔上皮细胞在前列腺生长中的替代途径	揭示了SRD5A2缺失下ESR1+腔上皮细胞的增加及其在前列腺生长中的替代途径，为5ARI耐药机制提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的分析相对有限，需要进一步验证	探索SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响及其在5ARI耐药机制中的作用	小鼠模型和人类前列腺活检样本	数字病理学	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
4212	2025-02-16	Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596749 PMID:38854073	研究论文	本文研究了静水压力和剪切应力对内皮细胞（EC）响应的综合影响，揭示了压力在调节剪切应力诱导的信号传导中的剂量依赖性作用	开发了体外模型来研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应，并发现压力在调节剪切应力诱导的信号传导中具有剂量依赖性作用	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的环境	探讨静水压力和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响	内皮细胞	细胞生物学	血管疾病	RNA测序	体外模型	RNA测序数据	人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育样本
4213	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
4214	2025-02-16	Dynamic Intestinal Stem Cell Plasticity and Lineage Remodeling by a Nutritional Environment Relevant to Human Risk for Tumorigenesis 2023-08-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-1000 PMID:37097719	研究论文	本文研究了新西方饮食1（NWD1）对小鼠肠道干细胞和谱系重编程的影响，揭示了其与人类肠道癌症风险的关联	通过单细胞RNA测序和功能基因组学等方法，揭示了NWD1对Lgr5hi干细胞的快速、可逆重编程及其对线粒体结构和功能的影响	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接证据有限	探讨营养环境对肠道干细胞和谱系重编程的影响及其与肿瘤发生的关系	小鼠肠道干细胞及其后代细胞	分子生物学	肠道癌症	单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、功能基因组学、成像技术	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据、成像数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型
4215	2025-02-16	Intestinal stem cell aging at single-cell resolution: Transcriptional perturbations alter cell developmental trajectory reversed by gerotherapeutics 2023-05, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13802 PMID:36864750	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠肠道中Lgr5肠道干细胞（Lgr5 ISCs）随年龄增长的功能变化及其对粘膜稳态的影响，并探讨了二甲双胍和雷帕霉素对衰老影响的逆转作用	揭示了衰老过程中Lgr5 ISCs的转录重编程如何延缓细胞沿隐窝-腔轴成熟的进程，并首次展示了二甲双胍和雷帕霉素在逆转这些衰老效应中的互补作用	研究仅限于小鼠模型，未在人类中进行验证	探讨衰老对Lgr5 ISCs功能的影响及其对上皮再生的影响，并测试老年保护药物对这些影响的逆转效果	小鼠肠道中的Lgr5 ISCs及其后代细胞	生物医学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠肠道细胞
4216	2025-02-16	JAG1-NOTCH4 mechanosensing drives atherosclerosis 2022-09-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abo7958 PMID:36044575	研究论文	本文研究了内皮细胞通过JAG1-NOTCH4信号通路感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的机制	首次揭示了JAG1-NOTCH4信号通路在感知紊乱血流中的作用，并阐明了其通过调节内皮细胞异质性增强动脉粥样硬化易感性的机制	研究主要基于动物模型和体外培养的内皮细胞，尚未在人体中进行验证	探讨内皮细胞感知紊乱血流并促进动脉粥样硬化的分子机制	猪和鼠的动脉以及培养的人冠状动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	猪和鼠的动脉样本以及培养的人冠状动脉内皮细胞
4217	2025-02-16	Isolation of Endothelial Cells from the Lumen of Mouse Carotid Arteries for Single-cell Multi-omics Experiments 2021-10-04, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/63128 PMID:34661575	研究论文	本文介绍了一种从小鼠颈动脉内腔分离内皮细胞的方法，用于单细胞多组学实验，以研究血流对动脉内皮的影响	开发了一种新的内腔消化方法，用于从动脉壁中富集内皮细胞，从而在单细胞水平上研究血流对转录组和染色质可及性的影响	该方法主要应用于小鼠模型，尚未在人类动脉样本中广泛应用	研究血流对动脉内皮细胞的转录组和染色质可及性的影响	小鼠颈动脉内皮细胞	单细胞组学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞转座酶可及染色质测序（scATACseq）	小鼠部分颈动脉结扎模型（PCL）	单细胞RNA和染色质可及性数据	小鼠颈动脉样本，具体数量未明确说明
4218	2025-02-15	Tissue extracellular vesicles suppress neonatal cardiac regeneration: a Pak2-Erk1/2-mediated macrophage paracrine signaling 2025-Feb-14, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024193 PMID:39949198	研究论文	本文探讨了心肌组织来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，从而影响心肌细胞的增殖	首次发现出生后第8天小鼠心肌组织来源的EVs通过Pak2-Erk1/2信号轴调节巨噬细胞的旁分泌活动，影响心肌细胞增殖	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨心肌组织来源的EVs在心肌细胞增殖中的作用机制	小鼠心肌组织来源的EVs和巨噬细胞	细胞生物学	心血管疾病	生物信息学、高通量组学、单细胞分析	NA	单细胞测序数据	小鼠心肌组织样本
4219	2025-02-15	Dissecting the Spatial and Single-Cell Transcriptomic Architecture of Cancer Stem Cell Niche Driving Tumor Progression in Gastric Cancer 2025-Feb-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413019 PMID:39950944	研究论文	本文通过空间和单细胞RNA测序技术，揭示了胃癌中癌症干细胞（CSC）微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	首次通过高分辨率的空间和单细胞RNA测序技术，详细描绘了胃癌中CSC微环境的转录程序及其在肿瘤进展中的作用	研究样本量较小，仅包括32个人类胃黏膜组织，可能限制了结果的普遍性	研究胃癌中癌症干细胞微环境在驱动肿瘤干性和进展中的作用	32个人类胃黏膜组织	数字病理学	胃癌	空间和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	32个人类胃黏膜组织
4220	2025-02-15	Screening Co-Diagnostic Genes for Lung Adenocarcinoma and Myocardial Infarction and Analysis of the Molecular Functions and Drug Value of the Genes 2025-Feb-11, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303374928250130113050 PMID:39950480	研究论文	本研究通过生物信息学分析发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并分析其分子功能和潜在药物价值	首次发现MMP9作为肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，并揭示其在炎症和免疫调节中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	发现肺腺癌和心肌梗死的共同诊断基因，分析其分子功能和潜在药物价值	肺腺癌和心肌梗死的基因表达数据	生物信息学	肺癌, 心血管疾病	生物信息学分析, WGCNA, PPI网络, LASSO, SVM-RFE, 单细胞测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	从TCGA和GEO数据库中获取的肺腺癌和心肌梗死数据集