单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 4201 - 4220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4201 | 2025-03-05 |
Emerging advances in defining the molecular and therapeutic landscape of small-cell lung cancer
2024-Aug, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-024-00914-x
PMID:38965396
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综述 | 本文综述了小细胞肺癌（SCLC）的分子和治疗领域的最新进展，特别是基因组和转录组特征的研究，以及转化为新治疗方法的潜力 | 提出了SCLC的四种转录因子表达状态定义的分子亚型，并探讨了MYC同源基因的过表达和扩增对SCLC生物学和治疗脆弱性的影响 | 快速发展的治疗耐药性和缺乏有效的患者选择生物标志物是当前的主要挑战 | 改善小细胞肺癌患者的治疗效果 | 小细胞肺癌（SCLC） | 肿瘤学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组和转录组数据 | NA |
| 4202 | 2025-03-05 |
Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases
2024-Apr-02, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02375-3
PMID:38561568
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comments | 本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估 | 强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性 | 数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面 | 评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性 | ECM重塑的脑膜瘤细胞 | digital pathology | 脑膜瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4203 | 2025-03-05 |
Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells
2024-Mar-16, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02349-5
PMID:38491247
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 首次在单细胞水平上对ECM重塑脑膜瘤细胞进行了全面的转录组分析，揭示了其与细胞粘附和细胞外基质组织相关的基因表达特征 | 研究样本量未明确说明，可能限制了结果的普遍性 | 研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 脑膜瘤细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 4204 | 2025-03-05 |
Brain-wide correspondence of neuronal epigenomics and distant projections
2023-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06823-w
PMID:38092919
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研究论文 | 本文通过单细胞分析技术，将小鼠大脑中的神经元与其远程投射联系起来，揭示了神经元表观基因组与细胞类型之间的关系 | 使用epi-retro-seq技术，首次将单细胞表观基因组与远程投射的细胞类型联系起来，提供了全面的神经元投射类型与转录组和表观基因组关系的分析 | 研究仅限于小鼠大脑，未涉及其他物种或人类大脑 | 研究神经元表观基因组与远程投射之间的关系，解析细胞类型及其功能 | 小鼠大脑中的33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标 | 神经科学 | NA | epi-retro-seq, 空间转录组学 | NA | 表观基因组数据, 转录组数据 | 33,034个神经元，来自32个不同区域，投射到24个不同目标 |
| 4205 | 2025-03-05 |
Single-cell resolution of MET- and EMT-like programs in osteoblasts during zebrafish fin regeneration
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103784
PMID:35169687
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序 | 揭示了成骨祖细胞在再生过程中与上皮-间质转化（EMT）及其反向过程（MET）相关的成分富集，并提供了EMT标记物在去分化细胞和分化成骨细胞中共同表达的证据 | 研究局限于斑马鱼模型，可能不直接适用于其他物种 | 阐明斑马鱼尾鳍再生过程中成骨细胞的转录程序 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的成骨细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 4206 | 2025-03-04 |
TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling
2025-Mar-01, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05241-y
PMID:40025258
|
研究论文 | 本研究探讨了TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制，发现TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路，从而促进EMT和干细胞特性 | 揭示了TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路的新机制，为膀胱癌的诊断、治疗和预后提供了潜在策略 | TCF7在膀胱癌中的具体生物学功能和转录调控机制仍需进一步研究 | 研究TCF7在膀胱癌进展中的作用及其调控机制 | 膀胱癌 | 癌症研究 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4207 | 2025-03-04 |
IL-1β and associated molecules as prognostic biomarkers linked with immune cell infiltration in colorectal cancer: an integrated statistical and machine learning approach
2025-Feb-28, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01989-3
PMID:40019680
|
研究论文 | 本研究提出了一种结合生物信息学和机器学习的框架，用于增强结直肠癌（CRC）的诊断和预后生物标志物的识别 | 通过整合统计和机器学习方法，识别出27个枢纽基因，并验证了IL-1β作为预后和诊断生物标志物的潜力 | 研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制 | 增强结直肠癌的诊断和预后生物标志物的识别 | 结直肠癌（CRC） | 生物信息学 | 结直肠癌 | 甲基化差异表达基因（MeDEGs）分析、scRNA-seq分析、启动子甲基化分析 | K-最近邻（KNN）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF） | 基因表达数据、甲基化数据 | 使用TCGA数据集，具体样本量未明确说明 |
| 4208 | 2025-03-04 |
Decoding melanoma's cellular mosaic to unlock immunotherapy potential
2025-Feb-28, Trends in cell biology
IF:13.0Q1
DOI:10.1016/j.tcb.2025.01.009
PMID:40023663
|
review | 本文综述了单细胞多组学技术在揭示皮肤黑色素瘤生物学特性及免疫治疗耐药机制中的关键作用 | 利用单细胞测序和空间多组学技术，深入解析了肿瘤内异质性及其对癌症进展的影响 | NA | 探讨单细胞多组学技术如何揭示皮肤黑色素瘤的生物学特性及免疫治疗耐药机制 | 皮肤黑色素瘤 | digital pathology | melanoma | 单细胞测序, 空间多组学技术 | NA | 单细胞数据, 多组学数据 | NA |
| 4209 | 2025-03-04 |
Integrative analysis reveals the multilateral inflammatory mechanisms of CD14 monocytes in gout
2025-Feb-28, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.046
PMID:40023733
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了CD14单核细胞在痛风中的多边炎症机制 | 首次在单细胞水平上揭示了CD14单核细胞在痛风中的分子和细胞景观，特别是缺氧和脂肪酸代谢途径的作用 | 样本量相对较小（8名痛风患者和6名健康对照） | 阐明CD14单核细胞在痛风炎症反应中的分子和细胞机制 | 痛风患者和健康对照的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 8名痛风患者和6名健康对照 |
| 4210 | 2025-03-04 |
Dual function of MrgprB2 receptor-dependent neural immune axis in chronic pain
2025-Feb-28, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.02.037
PMID:40024332
|
研究论文 | 本文研究了MrgprB2受体依赖的神经免疫轴在化疗药物诱导的神经性疼痛（CINP）中的双向调节作用 | 揭示了MrgprB2/Tryptase/PAR2轴在CINP疼痛发展和缓解中的双向作用，强调了MrgprB2作为早期干预CINP的关键靶点 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨MrgprB2介导的神经免疫相互作用在CINP中的双向调节作用 | 野生型小鼠、MrgprD敲除小鼠、肥大细胞缺陷小鼠、MrgprB2敲除小鼠和MrgprB2-Cre tdTomato小鼠 | 神经免疫学 | 神经性疼痛 | 钙成像、细胞因子抗体阵列、单细胞测序数据库挖掘、免疫荧光、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP） | NA | 实验数据 | 多种基因修饰小鼠模型 |
| 4211 | 2025-03-04 |
SpaceBar enables clone tracing in spatial transcriptomic data
2025-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637514
PMID:39990434
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaceBar的细胞条形码策略，能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析 | 创新点在于使用96个合成条形码序列，通过成像空间转录组学（seqFISH）进行检测，每个细胞被标记为条形码的组合，从而在复杂组织环境中区分克隆动态和环境驱动的转录调控 | NA | 研究目的是开发一种能够同时进行克隆追踪和空间转录组分析的方法 | 研究对象是黑色素瘤细胞在肿瘤异种移植模型中的克隆身份和空间基因表达 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | seqFISH | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 4212 | 2025-03-04 |
Spatially distinct cellular and molecular landscapes define prognosis in triple negative breast cancer
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637503
PMID:39990419
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术，深入探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中不同预后群体的细胞和分子异质性 | 首次利用空间转录组学技术，详细描绘了TNBC中不同预后群体的细胞和分子基础，揭示了上皮细胞及其微环境在转录水平上的显著差异 | 样本量相对较小，仅包括32名女性患者，且为回顾性研究，可能影响结果的普遍性 | 探讨TNBC中不同预后群体的细胞和分子异质性，以揭示预后差异的分子驱动因素 | 32名未经治疗的三阴性乳腺癌女性患者，分为良好预后组（GPx）和不良预后组（PPx） | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，GeoMX® Digital Spatial Profiler，卷积神经网络（CNN） | 卷积神经网络（CNN） | 空间转录组数据 | 32名女性患者（17名良好预后，15名不良预后） |
| 4213 | 2025-03-04 |
Single-cell transcriptomics of X-ray irradiated Drosophila wing discs reveals heterogeneity related to cell-cycle status and cell location
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.10.627868
PMID:39990483
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了X射线辐射对果蝇翅膀原基的影响，揭示了细胞周期状态和细胞位置相关的异质性 | 首次在果蝇翅膀原基中应用单细胞RNA测序技术，揭示了X射线辐射后细胞间的异质性，并引入了赫芬达尔-赫希曼指数来量化基因表达的异质性 | 研究仅限于果蝇翅膀原基，未涉及其他组织或生物体 | 研究X射线辐射对果蝇翅膀原基细胞的影响，特别是细胞异质性 | 果蝇翅膀原基细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及样本数量，但涉及果蝇翅膀原基的多个细胞 |
| 4214 | 2025-03-04 |
Molecularly-guided spatial proteomics captures single-cell identity and heterogeneity of the nervous system
2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637505
PMID:39990460
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研究论文 | 本文介绍了利用空间单细胞蛋白质组学技术研究神经系统异质性的方法 | 通过免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS）技术，首次在异质性中枢神经系统中应用空间单细胞蛋白质组学 | 研究主要集中在中枢神经系统和周围神经系统的特定区域，未涵盖所有神经系统区域 | 研究神经系统中的单细胞异质性及其在神经疾病中的作用 | 大脑皮层、黑质、肠肌层神经节和神经束 | 蛋白质组学 | 神经疾病 | 免疫染色引导的激光捕获显微切割（LCM）结合液相色谱-质谱（LC-MS） | NA | 蛋白质组数据 | 多个大脑区域和神经组织的单细胞样本 |
| 4215 | 2025-03-04 |
A Benchmarking Study of Random Projections and Principal Components for Dimensionality Reduction Strategies in Single Cell Analysis
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636499
PMID:39974925
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研究论文 | 本研究系统评估了主成分分析（PCA）和随机投影（RP）方法在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维中的性能，重点关注计算效率和下游分析效果 | 首次全面比较PCA和RP方法在scRNA-seq数据中的应用，特别是RP在计算速度和数据变异性保持方面的优势 | 研究主要基于公开数据集，可能无法完全代表所有单细胞数据的特性 | 评估和比较不同降维策略在单细胞分析中的效果 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | PCA, RP, SVD, 随机SVD, 稀疏随机投影, 高斯随机投影 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公开的标记和未标记scRNA-seq数据集 |
| 4216 | 2025-03-04 |
The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636969
PMID:39975005
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研究论文 | 本文研究了环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并开发了一种新的模拟器ambisim来评估这些方法 | 开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据，用于评估解复用方法 | 研究主要集中在模拟数据和两个联合snRNA/snATAC数据集上，可能需要在更多实际数据上进行验证 | 评估环境污染物对单核多组学实验中解复用方法的影响，并提高解复用算法的灵敏度和特异性 | 单核多组学实验中的解复用方法 | 生物信息学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 模拟数据、联合snRNA/snATAC数据 | 两个联合snRNA/snATAC数据集 |
| 4217 | 2025-03-04 |
Seq-Scope-eXpanded: Spatial Omics Beyond Optical Resolution
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.04.636355
PMID:39975076
|
研究论文 | 本文介绍了Seq-Scope-X，一种通过组织扩展实现亚微米分辨率的空间转录组学技术，突破了传统测序方法的限制 | Seq-Scope-X通过物理放大组织，减少了转录扩散效应，并将空间特征密度提高了一个数量级，实现了亚微米分辨率 | NA | 开发一种超越光学分辨率的空间转录组学技术，以更精确地解析细胞结构和功能 | 肝脏组织、脑组织、结肠组织、小鼠脾脏和人类扁桃体 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 4218 | 2025-03-04 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data
2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636138
PMID:39974940
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于从高分辨率空间组学数据中识别空间可变特征 | scBSP利用稀疏矩阵操作显著提高了计算效率，能够在短时间内处理包含数百万细胞的高分辨率空间组学数据，并保持高准确性 | 未明确提及具体局限性 | 开发一个高效且准确的工具，用于识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征 | 高分辨率空间组学数据 | 空间组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间组学数据 | 19,950个基因和181,367个点 |
| 4219 | 2025-03-04 |
The profiles of immunosuppressive microenvironment in the Lauren intestinal-type gastric adenocarcinoma
2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03938-5
PMID:39891785
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，深入探讨了Lauren肠型胃腺癌（IGAC）中免疫抑制微环境的细胞亚群及其机制 | 首次详细描绘了IGAC中免疫抑制细胞亚群的组成及其功能，特别是HAVCR2+VCAM1+ Texs和LAYN+TNFRSF4+ Tregs的作用 | 样本量相对较小，仅包括15名中国患者，可能限制了结果的普遍性 | 研究IGAC中免疫抑制的机制，以发现增强免疫治疗效果的新靶点 | 15名诊断为IGAC的中国患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间分辨转录组学（SRT）、免疫荧光（IF）、流式细胞术（FCM） | NA | RNA测序数据、图像数据 | 15名中国IGAC患者的肿瘤组织和对应的非癌性黏膜 |
| 4220 | 2025-03-04 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型（scFMs）和联合图学习进行基因调控链接预测 | 结合大规模预训练模型和图学习方法，提出了一种新的基因调控链接预测框架scRegNet，并在多个基准数据集上实现了最先进的性能 | 监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据通常实验成本高且数量有限 | 解决基因调控链接预测问题，通过基因级别的向量化表示预测缺失的调控相互作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据（如ChIP-seq） | 机器学习 | NA | scRNA-seq, ChIP-seq | scFMs, 图学习 | 基因表达数据, 转录因子-DNA结合数据 | 七个scRNA-seq基准数据集 |