单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4181	2025-05-19	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2025-May-15, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定的WTAP如何通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤(GBM)的恶性进展	揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和USP7介导的去泛素化增强蛋白稳定性，进而通过m6A修饰调控LOXL2 mRNA的稳定性，促进GBM的间质转化和免疫逃逸	未明确提及	探究m6A在GBM肿瘤免疫抑制微环境(TIME)形成中的作用机制	间质胶质母细胞瘤干细胞(MES GSCs)和髓系来源的巨噬细胞(MDMs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱分析、RNA免疫沉淀(RIP)、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	未明确提及
4182	2025-05-19	Channel synapse mediates neurotransmission of airway protective chemoreflexes 2025-May-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.03.007 PMID:40187347	research paper	该研究揭示了小鼠喉咙中Pou2f3化学感应细胞家族通过通道突触与迷走神经元通信的机制，这些细胞表达对有害化学物质的GPCRs受体，触发吞咽和咳嗽样反射	发现了Pou2f3上皮细胞通过CALHM1/3通道突触作为气道保护反射的化学感应终端器官及其超反应性的位点	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	研究喉咙中化学物质引发的神经反射机制，以保护气道免受吸入和感染	小鼠喉咙中的Pou2f3化学感应细胞家族和迷走神经元	神经科学	慢性咳嗽	单细胞转录组学、光遗传学刺激	Calhm3和Pou2f3敲除小鼠模型	基因表达数据、行为数据	NA
4183	2025-05-19	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	研究论文	本文研究了在T细胞中靶向Setdb1基因如何在不影响抗肿瘤免疫的情况下诱导移植耐受	发现Setdb1缺失可以诱导Treg细胞分化，从而在不影响抗肿瘤免疫的情况下抑制移植排斥反应	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索选择性抑制移植排斥反应同时保持抗肿瘤免疫的方法	小鼠T细胞和移植模型	免疫学	移植排斥	RNA测序、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
4184	2025-05-19	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	research paper	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于分析单细胞RNA测序数据中的动态基因表达网络和推断细胞分化轨迹	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用（全局特征）和提取差异表达顺序（网络特征），并整合不同降维方法的表达特征	NA	深入理解细胞命运决定中的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
4185	2025-05-19	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析证实NAT10与结肠癌的因果关系及其在免疫逃逸中的作用	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	探索乙酰化相关基因在结肠癌发展中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 孟德尔随机化	细胞-细胞相互作用模型	基因组数据, 转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
4186	2025-05-19	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老半月板中Atf3+衰老软骨细胞的关键作用及其通过ANGPTL4通路驱动的退化机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4信号轴驱动退化	研究仅基于大鼠模型，人类半月板衰老的机制可能有所不同	阐明衰老半月板的细胞和分子机制，寻找年龄相关性半月板退化的治疗靶点	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	生物医学研究	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术，免疫组化	NA	基因表达数据，组织学数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
4187	2025-05-19	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	该研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞（CCT细胞）的差异表达基因，建立GBM的预后模型并探索其临床意义	揭示了CCT细胞在GBM中的关键作用，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型，为GBM的免疫逃逸机制提供了新见解	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	研究GBM中CCT细胞的基因表达特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者中的CCT细胞	digital pathology	glioblastoma multiforme	单细胞RNA测序，全基因组表达谱分析	LASSO回归	基因表达数据，临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的数据
4188	2025-05-19	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-May, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	研究COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录调控失调的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录失调的关联，并提出了甲基化可能对基因表达产生长期影响的机制	样本量相对较小，长期随访数据有限，需要更大规模的独立队列验证	探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻部细胞	分子生物学	COVID-19	酶促DNA甲基化组测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	甲基化数据和转录组数据	COVID-19患者19人(scRNA-seq 14人)，对照组14人(scRNA-seq 10人)，随访3个月7人，12个月5人，独立验证队列15人
4189	2025-05-19	Single-cell RNA sequencing of bone marrow reveals the immune response mechanisms of lymphocytes under avian leukosis virus subgroup J infection 2025-May, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104995 PMID:40121758	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析鸡骨髓淋巴细胞在禽白血病病毒J亚型感染下的免疫应答机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制，鉴定了18个不同的细胞簇，并揭示了关键基因和信号通路	仅针对ALV-J亚型进行研究，未涵盖其他ALV亚型；样本来源仅限于鸡骨髓淋巴细胞	探究禽白血病病毒J亚型感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制	鸡骨髓淋巴细胞	生物信息学	禽白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Ingenuity Pathway Analysis (IPA)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了18个不同的细胞簇
4190	2025-05-19	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过基因捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	发现了脊髓中独立的神经集合分别编码机械性和热痛，并揭示了多模态Gal抑制性神经元在疼痛传递中的门控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	基因捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	小鼠疼痛模型	基因表达数据、行为数据	成年小鼠脊髓组织
4191	2025-05-19	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本	未提及样本量是否足够大，以及是否考虑了其他潜在影响因素	理解HIV感染免疫无应答者的免疫功能障碍机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
4192	2025-05-19	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募	首次揭示了棘阿米巴角膜炎中的免疫逃逸机制，并开发了一种新型的双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白，该蛋白在体外和体内均显示出强大的结合亲和力和趋化能力	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床研究中进一步验证	改善棘阿米巴角膜炎的治疗效果，通过免疫疗法增强中性粒细胞招募	棘阿米巴角膜炎患者、真菌性角膜炎患者和细菌性角膜炎患者的角膜组织	免疫学	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析	NA	转录组数据	9例患者（3例AK患者，3例真菌性角膜炎患者，3例细菌性角膜炎患者）
4193	2025-05-19	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了其缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并通过体内外实验阐明其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的机制	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	人类颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、单细胞转录组分析、基因负荷分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	基因测序数据、转录组数据	人类POI患者和对照组的NGS队列、小鼠模型
4194	2025-05-19	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中的三级淋巴器官样结构及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了其细胞组成和功能	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的确切作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其临床意义	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型和三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	人类动脉粥样硬化斑块样本（具体数量未提及）
4195	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
4196	2025-05-19	Disruption of GPSM1/CSF1 signaling reprograms tumor-associated macrophages to overcome anti-PD-1 resistance in colorectal cancer 2025-Feb-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010826 PMID:40010765	研究论文	该研究揭示了GPSM1/CSF1信号在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并提出了克服抗PD-1耐药的新策略	首次发现GPSM1通过驱动巨噬细胞向免疫抑制性M2表型极化促进抗PD-1耐药，并鉴定出USP9X作为稳定GPSM1的关键因子	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探究GPSM1在结直肠癌抗PD-1耐药中的作用机制并寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者样本和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、质谱流式细胞术、流式细胞术、ChIP-PCR、免疫共沉淀	原位结直肠癌异种移植小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、细胞图像数据	抗PD-1耐药结直肠癌患者肿瘤样本及C57BL/6小鼠模型
4197	2025-05-19	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	该研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应模式，特别是NK细胞反应和炎症反应的差异	样本量相对较小（RSV 19例，SARS-CoV-2 30例，健康对照17例），且仅分析了血液样本	比较婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、细胞因子数据	RSV感染19例，SARS-CoV-2感染30例，健康对照17例
4198	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
4199	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
4200	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA