单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4181	2025-02-20	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计	现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析	开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞
4182	2025-02-20	Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2024-Dec-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-02085-8 PMID:39696422	研究论文	本文介绍了一种名为VeloVGI的新方法，用于在批量单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度，以揭示复杂的细胞谱系	VeloVGI通过使用最优传输（OT）和互近邻（MNN）方法在批量数据中构建邻居，并改进VeloVI的速度估计，将图结构整合到编码器中以进行更有效的特征提取	现有RNA速度方法受限于批量效应，无法直接校正输入数据中的批量效应，可能导致速度流估计错误	改进RNA速度估计方法，以更好地理解细胞发育过程	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	VeloVGI	单细胞RNA测序数据	小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集
4183	2025-02-20	B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B 2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae280 PMID:38847286	研究论文	本文研究了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	首次通过RNA测序和流式细胞术分析了慢性HBV患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态	研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的比较分析	探讨慢性HBV感染患者B细胞的激活状态及其基因表达特征	慢性HBV感染患者的血液和肝脏B细胞	免疫学	乙型肝炎	RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	慢性HBV患者和健康对照的血液和肝脏B细胞样本
4184	2025-02-20	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证，研究了炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞的影响	首次全面验证了单细胞RNA测序与流式细胞术结合的方法，可重复识别小鼠骨髓中的关键细胞群，并揭示了炎症对不同骨髓区室的特异性影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨炎症对骨髓微环境中造血干细胞和祖细胞调控的影响	小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞（HSPC）及基质细胞	生物医学	炎症	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多种小鼠品系
4185	2025-02-20	Titration of RAS alters senescent state and influences tumour initiation 2024-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07797-z PMID:39112713	研究论文	本文通过体外和体内模型研究了致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	揭示了RAS剂量驱动的非线性连续表型，并定义了致癌剂量驱动的OIS谱，调和了衰老和肿瘤起始表型	研究主要基于小鼠模型，人类肝癌的适用性需要进一步验证	研究致癌RAS剂量对衰老状态和肿瘤发生的影响	肝细胞	肿瘤学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型中的肝细胞
4186	2025-02-20	Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism 2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13080978 PMID:39199224	研究论文	本研究探讨了特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）局部高浓度对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响，使用体外模型系统和三维离体人体组织模型进行评估	研究首次揭示了局部高浓度重金属暴露对鞘脂代谢途径的差异调节作用，并识别了氧化应激的转录组特征	研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响及其在哮喘中的作用	特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）暴露的细胞和人体肺组织	生物医学	哮喘	空间转录组学、定量实时PCR	体外模型系统、三维离体人体组织模型	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量
4187	2025-02-20	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601271 PMID:38979337	研究论文	本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1	研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本	研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞RNA测序	猪模型	RNA测序数据	幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞
4188	2025-02-20	Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair 2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.11.598515 PMID:38915507	研究论文	本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用	发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因	研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证	探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响	斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型	生物医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、诱导性基因敲除	NA	基因表达数据	NA
4189	2025-02-20	Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47933-x PMID:38670973	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的转录和染色质可及性变化	结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次展示了人类视网膜发育过程中早期视网膜祖细胞在睫状缘区的短暂存在	研究仅涵盖人类视网膜发育至中期，未涉及后期发育阶段	揭示人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制	人类视网膜发育过程中的视网膜祖细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类早期眼组织样本
4190	2025-02-20	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性	研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异	研究人类视网膜早期发育的分子信息	多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
4191	2025-02-20	High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays 2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65715 PMID:38189499	研究论文	本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议	提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析	协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织	开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法	脑和骨髓样本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析	NA	单细胞数据	NA
4192	2025-02-20	Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380 PMID:37950869	研究论文	本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物	首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究	人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	118,578个细胞
4193	2025-02-20	Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer 2023-Jun-30, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11100-0 PMID:37391708	研究论文	本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联	首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞	在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联	寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施	90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列	随机森林生存分析、多变量回归分析	血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本
4194	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides) 2023-03-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2022.312 PMID:36650066	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4195	2025-02-20	Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression 2022-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01215-0 PMID:35624211	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）进展过程中免疫景观的演变	揭示了GBM进展过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化，并识别了不同阶段的特定免疫细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	研究GBM进展过程中免疫微环境的变化	胶质母细胞瘤（GBM）小鼠模型和患者活检样本	数字病理	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	小鼠模型和患者活检样本
4196	2025-02-19	Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04893-y PMID:39636551	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了与原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞中甲氨蝶呤耐药相关的多种分子特征	首次在单细胞水平上对甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞进行了基因表达网络分析，并识别出关键基因和潜在的治疗药物	研究局限于体外培养的PCNSL细胞，未涉及体内模型或临床试验	探索甲氨蝶呤耐药的分子机制，为复发性PCNSL的挽救性化疗提供新策略	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞	生物信息学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及亲代和甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞
4197	2025-02-07	Correction to: Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells 2025-Mar, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04922-w PMID:39913048	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
4198	2025-02-19	Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data 2025-Feb-18, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009 PMID:39963994	研究论文	本文介绍了Deconer，一个用于评估基于参考的去卷积方法的全面工具包	Deconer提供了多种模拟和真实的基因表达数据集，并提供了多个可视化界面，系统地比较了16种基于参考的去卷积方法	目前缺乏对现有基于参考的去卷积方法的全面评估和指导	评估和比较基于参考的去卷积方法在细胞比例去卷积分析中的表现	基于参考的去卷积方法	生物信息学	NA	基因表达数据分析	NA	基因表达数据	多种模拟和真实的基因表达数据集，包括批量测序和单细胞测序数据
4199	2025-02-19	The molecular mechanism by which CTSB degrades FPN to disrupt macrophage iron homeostasis and promote the progression of atherosclerosis 2025-Feb-17, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05228-9 PMID:39960586	研究论文	本文研究了CTSB通过降解FPN破坏巨噬细胞铁稳态并促进动脉粥样硬化进展的分子机制	首次揭示了CTSB通过降解FPN诱导巨噬细胞铁死亡，从而促进动脉粥样硬化进展的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨CTSB在动脉粥样硬化进展中的作用及其与铁死亡的关系	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织	分子生物学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	ApoE敲除小鼠、高脂饮食SD大鼠和人类动脉粥样硬化组织样本
4200	2025-02-19	Single Cell Inference of Cancer Drug Response Using Pathway-Based Transformer Network 2025-Feb-17, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400991 PMID:39962810	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的深度学习模型scPDS，用于从单细胞RNA测序数据预测癌症药物敏感性	开发了scPDS模型，通过整合大规模细胞系数据集的bulk RNA-seq数据，提高了单细胞RNA测序分析的准确性和计算效率	NA	预测癌症药物反应，优化个性化治疗策略	乳腺癌细胞	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	RNA-seq数据	NA