单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4181	2025-02-08	RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis 2025-01, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13869 PMID:39428350	研究论文	本研究探讨了RGS10在溃疡性结肠炎（UC）中的作用，发现RGS10缺乏通过抑制Th1/Th17细胞介导的免疫反应减轻肠道黏膜炎症	首次揭示了RGS10在UC中的具体作用机制，特别是其通过抑制STAT1和STAT3的磷酸化来阻断Th1和Th17细胞的分化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究RGS10在溃疡性结肠炎中的作用及其机制	溃疡性结肠炎患者和小鼠模型	免疫学	溃疡性结肠炎	qRT-PCR, 蛋白质印迹, 免疫组化, 免疫荧光分析, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 流式细胞术	RGS10基因敲除小鼠	基因表达数据, 蛋白质数据	UC患者和健康对照的样本
4182	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13 PMID:39900764	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析解决方案	尽管SciDAP提供了用户友好的界面，但对于特定复杂分析需求，可能仍需一定的计算知识	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)、单细胞多组学测序(scMultiome)	NA	单细胞测序数据	NA
4183	2025-02-08	Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009 PMID:39911841	研究论文	本研究提出了一种多轮双细胞去除（MRDR）策略，通过多次运行算法来有效减少随机性，提高双细胞去除的效果	提出了一种新的多轮双细胞去除策略，通过多次运行算法来减少随机性，提高双细胞去除的效果	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中双细胞去除的效率	14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	14个真实世界数据集、29个条形码scRNA-seq数据集和106个合成数据集
4184	2025-02-08	InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms 2024-Dec-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1 PMID:39711533	研究论文	本文介绍了一种新型的多模态单细胞RNA测序技术InTraSeq，能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标记、细胞质蛋白和核蛋白，从而提供对细胞功能的全面理解	InTraSeq技术通过使用寡核苷酸条形码抗体，首次实现了在单个细胞中同时测量RNA和蛋白质表达，包括翻译后修饰和转录因子，揭示了新的细胞亚型和状态	尽管InTraSeq提供了全面的细胞功能视图，但其协议相对简单，可能在某些复杂应用中存在局限性	研究目的是通过多模态单细胞RNA测序技术，揭示细胞分化和调控机制中的新生物学见解	研究对象是Th17细胞分化过程中的复杂细胞状态和调控机制	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多模态测序	NA	RNA和蛋白质表达数据	超过85,000个细胞
4185	2025-02-08	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	本文提出了一种生物物理模型，用于联合分析染色质和RNA测序数据，并评估多组学数据相较于未注册的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的优势	提出了一种新的生物物理模型，用于参数化多组学数据，并展示了该模型在整合染色质可及性数据与其他模态数据方面的生物物理基础方法	未明确提及具体的研究局限性	评估多组学数据相较于未注册的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的优势，并整合染色质可及性数据与其他模态数据	染色质和RNA测序数据	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
4186	2025-02-08	The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.06.622243 PMID:39574659	研究论文	本文研究了MRAP2蛋白如何通过与MC3R受体直接相互作用来增强信号传导，揭示了MRAP2在能量稳态中的关键作用	首次使用单分子下拉技术（SiMPull）确认MC3R和MRAP2在HEK293细胞中的相互作用，并通过荧光漂白步骤分析显示它们以1:1的化学计量比形成异二聚体	研究主要在HEK293细胞中进行，未在更复杂的生物体模型中验证结果	探讨MRAP2如何调节MC3R的功能及其在能量稳态中的作用	MC3R受体和MRAP2蛋白	分子生物学	肥胖症	单分子下拉技术（SiMPull）、荧光漂白步骤分析、单核和空间转录组学	NA	细胞实验数据、转录组数据	HEK293细胞
4187	2025-02-08	Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421 PMID:39476533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了母体肥胖导致后代纤维化的胚胎起源	首次在胚胎水平上揭示了母体肥胖导致后代纤维化的细胞机制，并提出了AMPK作为潜在的治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究母体肥胖对后代纤维化的影响及其机制	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎	单细胞RNA测序	纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	C57BL/6J雌性小鼠及其胚胎（E9.5, E11.5, E13.5）
4188	2025-02-08	NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma 2024-10, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13838 PMID:39016535	研究论文	本文研究了NME4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的免疫学意义，揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴阻止CD8+ T细胞浸润肿瘤微环境的机制	首次在肿瘤微环境中描述了NME4的免疫学作用，并揭示了其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的分子机制	NME4在ESCC患者中的临床病理和预后重要性有限，且研究主要基于小鼠模型，人类数据较少	探讨NME4在食管鳞状细胞癌中的免疫学作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	多重免疫组化、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选、单细胞RNA测序	小鼠同源肿瘤模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	ESCC患者和小鼠模型
4189	2025-02-08	FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70119 PMID:39400935	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和孟德尔随机化方法，探讨了铁死亡相关基因在复发性着床失败（RIF）中的表达及其意义	首次将铁死亡相关基因与RIF联系起来，并通过机器学习模型和单细胞RNA测序揭示了MUC1、GJA1和FANCD2作为潜在诊断标志物的重要性	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量可能限制了结果的普遍性	探讨铁死亡相关基因在复发性着床失败中的作用及其潜在治疗策略	复发性着床失败患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	生殖系统疾病	生物信息学分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	NA
4190	2025-02-08	Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness 2024-Jul-11, Function (Oxford, England) DOI:10.1093/function/zqae015 PMID:38985000	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了细胞因子处理的人类胰岛细胞的基因表达变化，发现人类胰岛细胞对细胞因子的反应显著减弱	首次在人类胰岛细胞中发现细胞因子反应的减弱，并揭示了与应激反应基因的高表达相关	研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响	研究人类胰岛细胞在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系	人类胰岛细胞	单细胞RNA测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
4191	2025-02-08	The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis 2024-07, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13786 PMID:38544333	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症的细胞异质性，并探讨了CD8 T细胞在疾病进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面描绘了子宫内膜异位症的细胞景观，并揭示了CD8 T细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程在疾病中的关键作用	样本量较小，仅包括三名卵巢子宫内膜异位症患者	探讨子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用	子宫内膜异位症患者和裸鼠模型	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	三名卵巢子宫内膜异位症患者
4192	2025-02-08	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	本文通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子协同调控基因表达的机制	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测靶基因表达水平	实验验证部分仅使用了大鼠外周神经的ChIP-seq数据，可能限制了结果的普适性	研究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
4193	2025-02-08	A Regularized Bayesian Dirichlet-multinomial Regression Model for Integrating Single-cell-level Omics and Patient-level Clinical Study Data 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.597391 PMID:38895417	研究论文	本文提出了一种正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	正则化贝叶斯Dirichlet-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
4194	2025-02-08	Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13770 PMID:38425094	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫的改变	首次使用单细胞RNA测序技术对免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征进行表征，并识别出S100A蛋白家族作为潜在血清标志物	样本量较小，仅包括四组患者，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	研究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的病理生理机制和潜在治疗靶点	外周血单核细胞（PBMC）样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk-RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	四组患者的外周血单核细胞样本，具体样本量未明确说明
4195	2025-02-08	Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates 2024-06, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13772 PMID:38424694	研究论文	本文研究了新生儿接种疫苗对髓系细胞代谢和功能的重编程作用	揭示了BCG疫苗通过上调mTOR/HIF1a信号通路和增强糖酵解来促进新生儿髓系细胞成熟的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类新生儿中进行验证	探讨新生儿接种疫苗对免疫系统的影响	新生小鼠的髓系细胞	免疫学	NA	单细胞转录组分析、代谢物分析、功能分析	NA	转录组数据、代谢物数据	新生小鼠的髓系细胞
4196	2025-02-08	TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells 2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.21.595189 PMID:38826322	研究论文	本文研究了TRPV4通道在收集淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调节作用	揭示了TRPV4通道在淋巴系统中的新作用，特别是其在组织驻留巨噬细胞中的表达及其通过血栓素A2受体调节淋巴管收缩功能的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	表征TRPV4通道在收集淋巴管中的表达并确定其对淋巴管收缩功能的调节程度	收集淋巴管及其周围的细胞	生物医学	淋巴水肿	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本
4197	2025-02-08	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2024-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.28.582604 PMID:38464095	研究论文	本文介绍了SciDAP平台，一个用户友好的单细胞测序数据分析工具，旨在简化scRNA-Seq、scATAC-Seq和scMultiome数据的分析过程	SciDAP平台通过使用Common Workflow Language (CWL)编写的可移植和可重复的管道，为非计算专业的生物学家提供了无需编码的单细胞测序数据分析方法	本文未明确提及SciDAP平台在处理特定类型数据或大规模数据集时的性能限制	开发一个用户友好的平台，以简化单细胞测序数据的分析过程，提高分析结果的可重复性	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）和单细胞多组学测序（scMultiome）数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome	NA	单细胞测序数据	NA
4198	2025-02-08	Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers 2024, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2024.1434617 PMID:39376916	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别并表征了三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群	首次在三阴性犬乳腺癌中识别出免疫抑制亚群，并揭示了其通过抗炎和M2样巨噬细胞等机制促进免疫逃逸的潜在途径	研究依赖于已发布的单细胞RNA测序数据集，样本量较小（30只犬），可能限制了结果的普适性	识别和表征三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制亚群，以揭示其免疫逃逸机制	三阴性犬乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	30只犬的样本
4199	2025-02-08	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	本研究评估了新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染并伴有呼吸窘迫的住院患者中的疗效和免疫生物标志物	首次在COVID-19呼吸窘迫患者中评估zanubrutinib的疗效，并进行了单细胞转录组分析以研究其对免疫反应的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的疗效及其对免疫反应的影响	SARS-CoV-2感染并伴有呼吸窘迫的住院患者	NA	COVID-19	单细胞转录组分析	NA	临床数据和生物标志物数据	63名患者（队列1：30名zanubrutinib，33名安慰剂；队列2：4名zanubrutinib）
4200	2025-02-08	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	本研究通过分析33种不同类型癌症的免疫组成，区分了热肿瘤和冷肿瘤，并识别了调节肿瘤微环境的关键基因，提出了将冷肿瘤转化为热肿瘤的潜在药物	开发了一个框架来区分不同癌症类型中的临床显著免疫亚型，并识别了将冷肿瘤转化为热肿瘤的潜在药物	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	研究免疫调节基因对热/冷肿瘤微环境的影响，以提高癌症治疗效果和患者预后	33种不同类型癌症的肿瘤样本	肿瘤免疫学	癌症	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、免疫组化数据	33种不同类型癌症的肿瘤样本